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Campus de Botucatu
Análise da expressão dos genes envolvidos na via de
síntese de cafeína em plantas de café (Coffea arabica)
apresentando diferentes teores de cafeína
Aline Gomes Tavares
Botucatu- SP
2010
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2
Análise da expressão dos genes envolvidos na via de
síntese de cafeína em plantas de café (Coffea arabica)
apresentando diferentes teores de cafeína
Dissertação apresentada ao Instituto de Biociências da
Universidade Estadual Paulista - Botucatu (SP), para a
obtenção do Título de Mestre em Ciências Biológicas.
Área de Concentração: Genética
Orientador: Prof. Dr. Ivan de Godoy Maia
Co-Orientadora: Profa. Dra. Mirian Perez Maluf
Botucatu-SP
2010
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3
Dedicatória
4
A Bernadete.
Sem seu trabalho e dedicação
esta dissertação não existiria.
5
Agradecimentos
6
A Deus, sem Ele nada é possível;
Aos meus pais, Elisa e Antonio, e irmão André que sempre me
deram todo apoio;
Aos meus avós pelo carinho e zelo;
A Mimi, que acreditou em mim;
Ao Ivan, que me deu a oportunidade do mestrado;
Ao Lucas, que aturou meus momentos de loucura, medo, terror,
agonia, pânico e desespero sempre me apoiando;
Minha tia Fátima por tentar me avisar que vida de biólogo não é
fácil, meu tio Wagner por sempre me apoiar nas loucuras e meus
tios Zé e Tânia pelas batatadas ;
As meninas do lab: Rebeca a Dory, Dani a Pós- Dory e a Val, sem
vocês para rir, chorar e tomar sorvete eu já teria desistido;
A mamãe Ju, Mari e Kênia apesar de pouco tempo um carinho
enorme;
7
A todos do IAC, que sempre foram muito bons pra mim;
Ao Branda, que me apresentou a Mimi e me colocou no IAC;
As minhas amigas de São Paulo: Ka, Juju, Lalinha, Re, Loira e
Roro. Agora vocês entendem os sábado que disse que não podia
sair?
Ao Biro, muha, chu, Bê, Billy, Rex e Kennedy (in memorian) pelo
amor incondicional e o carinho nos momentos tensos de redação;
Ao Felipe Rodrigues por ter complicado ainda mais a
bioinformática;
Finalmente, a todos que tornaram possível este trabalho e
auxiliaram de alguma forma.
8
Sumário
9
Lista de tabelas.................................................................................. 11
Lista de figuras................................................................................. 13
Resumo.............................................................................................. 16
Abstract............................................................................................. 19
1. Introdução..................................................................................... 22
1.1 História do Café e sua Importância econômica................. 23
1.2 O café................................................................................... 24
1.3 Cafeína................................................................................ 25
1.4 Café descafeinado............................................................... 28
1.5 Estudos genéticos e moleculares........................................ 31
2. Objetivos....................................................................................... 36
3. Materiais e Métodos.................................................................... 38
3.1 Local de Experimentação.................................................. 39
3.2 Material Vegetal................................................................. 39
3.3 Data mining e desenho de primers específicos................. 40
3.4 Extração de RNA total de folhas e síntese de
cDNA......................................................................... 41
3.5 Análise da expressão gênica............................................ 42
3.6 Race- PCR, clonagem e sequenciamento....................... 44
3.7 Extração de DNA genômico de café............................... 47
3.8 Southern Blot................................................................ 48
4. Resultados................................................................................. 50
10
4.1. Data mining e desenho dos primers específicos............ 51
4.2 Extração e integridade do RNA total, síntese e
Validação da integridade do cDNA................................ 51
4.3 Presença/Ausência do transcrito menor extra
em folhas.......................................................................... 52
4.4 Análise da expressão do gene da cafeina sintase............. 54
4.5 Extração de DNA e Southern Blot.................................... 56
4.6 Race PCR e sequenciamento............................................. 61
5. Discussão e perspectivas.............................................................. 75
5.1 Expressão do gene da cafeína sintase em folhas de café. 76
5.2 Expressão dos genes das enzimas da via de biossintese
da cafeína- Metilxantosina e teobromina......................... 78
5.3 Transcrito menor extra em folhas..................................... 79
5.4 Análise nos mutantes Semperflorens e abramulosa
1 e 2................................................................................. 81
5.5 Análise das regiões 5´e 3´- UTR do gene da cafeína
sintase ............................................................................. 83
6. Conclusões................................................................................ 86
7. Bibliografia................................................................................ 88
11
Lista de Tabelas
12
Tabela 1. Material vegetal utilizado para experimentação 39
Tabela 2. Genes, e respectivos primers, cuja expressão foi analisada
por RT-PCR 41
Tabela 3. Genes, e respectivos primers cuja expressão foi analisada
por RT-qPCR. 41
Tabela 4. Primers utilizados para amplificação da região não traduzida
da cafeína sintase usando a técnica de RACE-PCR. 45
Tabela 5. Regiões 5´UTR e 3´UTR clonadas e número de clones obtidos 61
Tabela 6. Características fenotípicas observadas em mutantes Sempreflorens
e Abramulosa 1 e 2 (segundo Carvalho et al., 1991) 76
13
Lista de Figuras
14
Figura 1. Via biossintética da cafeína mostrando as diferentes
N-metiltranferases envolvidas. Modificado de
Ashirara et al., 2008. 26
Figura 2. Via de degradação da cafeína. Modificado
de Ashirara et al., 2008 27
Figura 3. Amplificação por RT-PCR de um transcrito único correspondente
ao gene da actina. O produto esperado de 300 pb foi observado
em todas as amostras analisadas. As amostras foram analisadas
em gel 1% agarose corado com brometo de etídeo e
fotodocumentadas. 52
Figura 4. Amplificação por RT-PCR dos transcritos correspondentes
à cafeína sintase em folhas jovens e senescentes do cultivar
MN, dos mutantes AC1, AC2 e AC3 e de Et4.Transcrito maior
de aproximadamente 800 pb e o transcrito menor extra de
aproximadamente 300 pb 53
Figura 5. Amplificação por RT-PCR dos transcritos correspondentes
à cafeína sintase nos em flhas jovens dos mutantes semperflores
e abramulosa, em MN e em AC1. 53
Figura 6. Quantificação da expressão relativa das metiltransferases em
folhas jovens de café. 55
Figura 7. Quantificação da expressão relativa da cafeína sintase em folhas
jovens de café. Expressão de CS nas 3 plantas ACs do banco de
germoplasma de café, em MN, Et4 e nos mutantes
semperflorens e abramulosa 1 e 2. 55
Figura 8. Quantificação da expressão relativa da cafeína sintase em folhas
novas (FN) e senescentes (FM) do cultivar MN, dos mutantes
AC1, Ac2 e AC3 e do Et4. 56
Figura 9. Integridade do DNA genômico extraído de folhas jovens de plantas
AC1 e MN. As amostras foram analisadas em gel 1% agarose
corado com brometo de etídeo e fotodocumentadas. 57
Figura 10. Amostras de DNA genômico extraído de plantas MN e AC1
digeridas durante 16 h com as enzimas EcoRI e MboI 58
Figura 11. Southern blot de DNA genômico de café (MN e AC1) digerido
com as enzimas MboI e EcoRI usando sonda para a cafeína sintase. 59
Figura 12. Amplificação a partir de DNA genômico e de amostras de cDNA
obtidas de plantas MN e AC1 do transcrito de menor tamanho
da cafeína sintase. 60
Figura 13. Quantificação da expressão relativa do transcrito menor extra em
15
folhas de café. A: expressão do transcrito menor extra em folhas
jovensdas 3 plantas ACs, em MN e Et4. B: expressão do transcrito
menor extra em folhas senescentes das 3 plantas ACs,
em MN e Et4. 61
Figura 14. Alinhamento dos clones 5´UTR AC1 Folha e 5´UTR AC1Frutos 62
Figura 15. Alinhamento dos clones 5´UTR MN Folha e 5´UTR MN Frutos 63
Figura 16. Alinhamento dos clones 5´UTR MN Fruto e 5´UTR AC1 Frutos 64
Figura 17. Alinhamento dos clones 5´UTR MN Folhae 5´UTR AC1 Folha 65
Figura 18. Alinhamento dos clones 5´UTR AC1 Fruto 66
Figura 19. Alinhamento dos clones 3´UTR AC1 Fruto e Folha
com as sequência de referência 68
Figura 20. Alinhamento dos clones 3´UTR MN Fruto e Folha
com as sequência de referência 70
Figura 21.Alinhamento dos clones 3´UTR AC1 Fruto e 3´UTR AC1 Folha 71
Figura 22. Alinhamento dos clones 3´UTR MN Fruto e 3´UTR MN Folha 72
Figura 23
. Alinhamento dos clones 3´UTR MN Folha e 3´UTR AC1 Folha 73
Figura 24
. Alinhamento dos clones 3´UTR AC1Fr e 3´UTR MN Fruto 52
Figura 25. Representação esquemática do gene da cafeína sintase em plantas
AC1 (clone genômico), do transcrito normal e do transcrito
alternativo. 74
16
Resumo
17
A cafeína é um alcalóide do grupo das metilxantinas. Em café, sua síntese
depende da ação de três enzimas: Metilxanthosina sintase (MS), Teobromina sintase
(TS) e Cafeina sintase (CS). A crença de que o consumo de cafeína pode trazer
problemas à saúde como também a sensibilidade aos efeitos da cafeína, em alguns
consumidores, determinou um crescimento do mercado dos cafés descafeinados em pelo
menos 10%. O processo de descafeinização hoje é baseado no uso de solventes, que
acarreta em significante perda de compostos essenciais ao sabor e qualidade de bebida.
Recentemente, foram descobertas três plantas de Coffea arabica naturalmente
descafeinadas no banco de germoplasma do Instituto Agronômico de Campinas (IAC).
Estas plantas foram nomeadas AC. Análises bioquímicas nas folhas de AC1 mostraram
que esta planta acumula teobromina, percussor da cafeína, não sendo detectada
atividade da cafeína sintase. Maluf em 2009 descreveu, a existência de transcritos extras em
todas as fases de desenvolvimento de frutos de AC1. Estes transcritos também estão presentes
nos estágios verde-cana e cereja de frutos do cultivar mundo novo. Esses resultados obtidos
sugerem que o transcrito extra está relacionado ao mecanismo de não produção de cafeína em
frutos maduros.
Tais resultados representam a possibilidade do desenvolvimento de um
cultivar naturalmente descafeinado, e estratégias de melhoramento vêm sendo utilizadas
para a transferência desta característica para outros cultivares.
O presente trabalho caracterizou as plantas com baixos teores de cafeína através
de análises genéticas e moleculares. Através da analise da regulação da expressão do
gene caffeine sinthase (CCS), em folhas de café com teores normais e baixos de
cafeína. As quantifcação dos níveis de expressão, analisados via PCR quantitativo em
tempo real revelaram baixa expressão do gene em folhas dos mutantes naturalmente
descafeinados Ac1, Ac2 e Ac3 quando comparados aos nives expressos pela cultivar
Mundo Novo e do Etiópia 04, planta da mesma cultivar que os mutantes ACs. As
análises da expressão do gene revelaram ainda um baixo acumulo dos transcritos do
mutante abramulosa, comparando-se ao acumulo no cultivar mundo novo, já o mutante
semperflorens apresentou acumulo normal do transcrito. A expressão do gene da cafeína
sintase foi também analisado durante o desenvolvimento de folhas jovens e senescentes,
através RT-PCR semi-quantitativo. Foi observada a presença do transcrito extra
somente nas fases de senescência das folhas, estes resultados corroboram com os
resultados decritos que relacionam a presença do transcrito com a não produção da
cafeina. A fim de compreender a regulação do gene da cafeína sintase e do transcrito
18
extra, um cDNA cobrindo toda a região codificadora, 5´ e 3´ foi obtido através da
técnica RACE, determinando sua sequência.
19
Abstract
20
Caffeine is an alkaloid from the methilxanthine group. In coffee the synthesis of
caffeine is carried out by three enzymes, methylxanthosine synthase (MS), theobromine
synthase (TS) and caffeine synthase (CS).
Due to the belief that the caffeine could cause health problems and also to
consumers sensitivity to caffeine, the consumption of decaffeinated coffee increased in
about 10%. The decaffeination process is based on the use of solvents, this process
results in a loss of essentials compounds of flavor and cup quality. Recently, three
coffee plants with extremely low levels of caffeine were identified in the IAC Coffea
Germoplasm Collection, among non-cultivated C. arabica accessions. They are named
AC´s. Bioquimistry assays in AC1 leaves show teobromine accumulation, caffeine
precursor, no activity of caffeine synthase was detected.
Maluf in 2009 described the existence of extra transcript in all development of AC1
fruit. Those transcripts are also present on latter development stages, yellowish-green
and cherry. The Author suggest that this extra transcript is related to non-synthesis of
caffeine in mature fruits of cultivar MN and during the development of AC1 fruits.
These results represent the possibility of the development of low-caffeine cultivars and
coffee breeding programs are been used due to transfer this characteristic to others
cultivars.
In this work, the naturally caffeine free plants have been caracterizated by
molecular and genetics assays. Throught the characterization of the regulation of
caffeine synthase gene expression. The quantification of expression by qRT PCR show
low expression in leaves of ACs plants comparing the expression of MN and ET4, same
cultivar of AC. Expression assays show that abramulosa mutant has low expression
comparing to MN cultivar but seperflorens mutant showed a normal expression.
Caffeine expression was also studied througth leaves development by RT PCR. The
extra transcript was observed in mature leaves, this results corroborate with those
described of non-synthesis of caffeine. To understand role regulation of caffeine synthse
gene and extra transcript, a cDNA of all UTR region was cloned by RACE PCR and the
sequence was determinated.
21
22
1. Introdução
23
1.1. História do café e sua importância econômica
O café é uma planta perene de porte arbustivo nativa da Etiópia no continente
africano, onde ainda hoje faz parte da vegetação natural. Foi a Arábia a responsável pela
propagação da cultura do café. Somente no século XVI, na Pérsia, os primeiros grãos de
café foram torrados para se transformar em bebida.
As primeiras sementes de café chegaram ao Brasil em 1727 no Estado do Pará.
Devido às condições climáticas favoráveis, o cultivo de cafeeiros se espalhou
rapidamente. Em sua trajetória pelo Brasil o café passou pelo Maranhão, Bahia, Rio de
Janeiro, expandindo-se pela Serra do Mar até atingir o Vale do Paraíba (Carvalho,
1993). A cultura espalhou-se para todo o Sudoeste Brasileiro, passando de uma posição
relativamente secundária para a de produto-base da economia brasileira em 1780,
destacando-se como o mais importante da história do Brasil.
Por quase um século, o café foi a grande riqueza brasileira e as divisas geradas
pela economia cafeeira aceleraram o desenvolvimento do Brasil e o inseriram nas
relações internacionais de comércio. A cultura do café ocupou vales e montanhas,
possibilitando o surgimento de cidades e a dinamização de importantes centros urbanos
por todo o interior do Estado de São Paulo, Sul de Minas Gerais e Norte do Paraná.
A exportação brasileira do café começou a crescer a partir de 1816. Na década
de 1830-1840, o produto assumiu a liderança das exportações do país, com mais de 40%
do total. Em 1840, o Brasil tornou-se o maior produtor mundial de café. Deu-se início
ao período áureo do ciclo de café em que as exportações chegaram a representar 70 %
das exportações do país (Taunay, 1939).
A área ocupada de cafeeiros em produção, em nosso país, ocupa 2,3 milhões de
hectares empregando sete milhões de empregos diretos e indiretos, sobressaindo-se
24
como o setor que mais emprega no Brasil. A cadeia produtiva do café brasileiro ocupa
uma posição dominante no mercado internacional. Segundo o Departamento do Café da
Secretaria de Produção e Agroenergia do Ministério da Agricultura, Pecuária e
Abastecimento (Mapa), o café representou 6,9% de todas as exportações brasileiras do
agronegócio no acumulado dos cinco primeiros meses (janeiro a maio) deste ano em
receita. No acumulado de 2010 (até maio), as exportações totais de café renderam US$
1,9 bilhão, com volume total de 12,4 milhões de sacas. O consumo brasileiro de café em
2010 é estimado em 19,3 milhões de sacas, com aumento de 4,9% no comparativo com
o consumo de 2009, que foi de 18,4 milhões de sacas
. A primeira estimativa total da
safra 2010 indica que o País deverá colher entre 45,89 e 48,66 milhões de sacas de 60
quilos de café beneficiado (Estatístico Oficial Conab 2010).
1.2. O café
O café pertence à família das Rubiaceae, de porte arbustivo. O gênero Coffea
possui cerca de 100 espécies, dentre as quais se destacam duas, C. arabica (café
arábica) e C. canephora (café robusta) devido a sua importância econômica. C. arabica
é responsável por 70% da produção mundial de café, e C. canephora pelos 30%
restantes.
C. arabica é a única espécie alotetraplóide (2n = 4x = 44 cromossomos) do
gênero sendo predominantemente autofértil em aproximadamente 90% das flores,
apresentando um comportamento meiótico de um diplóide normal (Lashermes et al.,
2000). Já C. canephora e as outras espécies conhecidas do gênero Coffea são diplóides
(2n = 2x = 22 cromossomos) e autoincompatíveis, multiplicando-se exclusivamente por
fecundação cruzada (Fazuoli et al., 1999; Berthaud, 1980). O café arabica é originário
25
de regiões de altitude, entre 1300 a 2000m, tem apenas uma haste ortotrópica, é
suscetível às principais pragas e doenças da cultura, e tem alto custo de produção. Por
outro lado, C. canephora é originária das florestas úmidas e de baixa altitude da África
tropical, se estendendo da Guiné à Uganda e Angola. Já no Brasil, essa espécie é
cultivada essencialmente no Estado do Espírito Santo. São plantas vigorosas e tolerantes
às pragas, com ramos ortotrópicos em maior número, mais produtivas e com menor
custo de produção.
Apesar de somente C. arabica e C. canephora terem importância econômica
ativa no mercado mundial, algumas espécies selvagens como C. congensis, C.
recemosa, C. liberica var. dewevrei apresentam uma grande importância adaptativa,
sendo fontes importantes de variabilidade genética. Estas espécies não são cultivadas
comercialmente mas possuem características altamente vantajosas como resistência a
doenças e pragas, tolerância à seca e a outras alterações ambientais (Fazuoli et al.,
1999).
Por se tratar de uma planta perene de período juvenil longo, o melhoramento
clássico do cafeeiro tem alto custo, demanda muito tempo e requer grande espaço físico.
Entre as primeiras hibridizações até a obtenção de um novo cultivar pode-se levar no
mínimo 20 anos. Nesse contexto, a engenharia genética pode acelerar o processo de
obtenção de plantas genotipicamente superiores em um curto espaço de tempo, sendo de
grande interesse para o setor agrícola, e em especial para o setor cafeeiro (Borém,
1998).
Diversos programas de melhoramento do cafeeiro vêm sendo desenvolvidos
visando características agronômicas tais como resistência a pragas e doenças, melhoria
da qualidade de bebida, grãos com maiores ou menores teores de cafeína, entre outros.
26
1.3. Cafeína
A cafeína é um alcalóide purínico que se acumula em vários tecidos do cafeeiro
por causa do seu baixo catabolismo (revisado em Ashihara e Crozier, 1999). A
substância é sintetizada a partir da xantosina, um intermediário nas vias catabólicas das
purinas. Três genes, que codificam para N-metiltranferases, estão envolvidos na
biossíntese de cafeína: 7-metilxantosina sintase (MS), teobromina sintase (TS) e cafeína
sintase (CS) (Figura 1). A metilação dos substratos ocorre no primeiro, terceiro e quarto
passos da via biossintética. No segundo passo ocorre a remoção da ribose por uma
nucleosidase (revisado em Kato e Mizuno, 2004; Ogita et al., 2005).
Figura 1. Via biossintética da cafeína mostrando as diferentes N-metiltranferases
envolvidas. Modificado de Ashirara et al., 2008.
A principal via de degradação de cafeína (Figura 2) foi elucidada como sendo:
cafeína → 1,3-dimetilxantina (teofilina) → 3-metilxantina → xantina → ácido úrico →
alantoína → ácido alantóico → uréia → CO2+NH4. Alternativamente, a cafeína pode
degradar-se para teobromina, e desta para 3-metilxantina.
27
Figura 2. Via de degradação da cafeína. Modificado de Ashirara et al., 2008.
Os primeiros estudos com as enzimas envolvidas na via de síntese de cafeína em
café foram feitos pelos grupos de Waller (Roberts & Waller, 1979) e Baumann
(Baumann et al., 1983), que verificaram que a enzima responsável pela conversão de 7-
metilxantosina para 7-metilxantina, e desta para teobromina, era provavelmente a
mesma. Outra metiltransferase é responsável pela metilação da xantosina para 7-
metilxantosina. Estas enzimas foram purificadas, e os genes que as codificam foram
clonados e sequenciados em diferentes espécies, incluindo o café (Moisyadi et al., 1998;
Ogawa et al., 2001). A clonagem e o sequenciamento de cDNAs destas enzimas
(Ogawa et al., 2001; Mizuno et al., 2003; Uefuji et al., 2003) demonstrou que elas são
28
muito similares, apresentando mais de 80% de identidade de seqüência (revisado em
Kato e Mizuno, 2004).
A cafeína é conhecida pelos seus efeitos estimulantes. Quando consumida de
forma moderada (4 a 5 xícaras por dia) não causa danos a saúde, exceção feita aos
indivíduos que apresentam sensibilidade ao composto ou históricos de sintomas
cardiovasculares, gastrointestinais ou neurológicos. Devido principalmente ao efeito
estimulante da cafeína, a demanda por cafés descafeinados cresceu gradualmente desde
1970, representando, nos dias atuais, 12% do mercado mundial de cafés, gerando
recursos de mais de US$ 4 bilhões (Hielmann, 2001).
O conhecimento sobre a síntese e degradação da cafeína tem grande relevância
em estudos que podem conduzir ao desenvolvimento de cafeeiros com grãos
desprovidos de cafeína, seja pela intervenção molecular em um dos passos das vias de
biossíntese, ou pela utilização de genes marcadores na seleção assistida em programas
de melhoramento genético.
1.4. Café descafeinado
A composição química do café cru depende não só da espécie e da variedade
como também de outros fatores tais como práticas agrícolas, grau de maturação do
fruto do café, processamento primário e condições de estocagem (Toledo et al., 1997).
Durante a torrefação dos grãos ocorrem consideráveis mudanças químicas que são
responsáveis pelo aroma e sabor final da bebida, sendo o café um dos produtos que mais
sofre modificações durante o processamento. Um dos principais compostos que se
modificam durante esse processo são os ácidos clorogênicos, que são responsáveis pelo
aroma e sabor da bebida final. Além disso, os ácidos clorogênicos atuam como um
29
potente inibidor da proteína integrase codificada pelo vírus da imunodeficiência humana
(HIV-1) (Robinson et al., 1996) e como potente antioxidante em eritrócitos humanos
(Lekse, 2001).
Os primeiros métodos de descafeinação datam do começo do século 20. A
descafeinação é realizada nos grãos crus inteiros, antes do processo de torrefação. A
maioria dos métodos de descafeinação existentes utiliza solventes para extração da
cafeína, como diclorometano, tricloroetileno, benzeno, clorofórmio, álcool, acetona,
água, entre outros (Ramalakshmi et al, 1999), sendo o diclorometano o mais utilizado
no Brasil. Existem dois métodos básicos para a produção de café descafeinado usando
solventes: a extração direta pelo solvente, ou pelo uso da água seguida pelo uso de
percoladores. Neste último, a água separa a cafeína associada ao ácido clorogênico
fazendo com que o solvente tenha fácil acesso à cafeína, facilitando a sua saída pela
parede celular do grão (Menthe et al, 1985).
O processo de descafeinação com diclorometano modifica a composição
química dos grãos das espécies C. arabica e C. canephora, ocasionando redução dos
teores de ácidos clorogênicos, sacarose e proteínas. Tais modificações químicas podem
resultar na alteração das características sensoriais da bebida (Toci et al., 2006).
Em 1970, a extração pelo método CO
2
supercrítico começou a ser utilizada. Este
método consiste em alterar a temperatura e a pressão de CO
2
acima dos seus valores
críticos, aumentando assim a solvência e a difusibilidade, e diminuindo a viscosidade.
Tem como aspectos positivos, a capacidade de não alterar os componentes da bebida, a
não toxicidade, e a ausência de componentes cancerígenos e inflamáveis. Porém, o
custo das instalações e de manutenção é muito alto.
A busca por cafeeiros produtores de grãos naturalmente descafeinados ou com
baixos teores de cafeína vem sendo utilizada como alternativa para atender o mercado
30
de descafeinados sem que ocorra perda na qualidade de bebida. Como resultado,
espécies de Coffea da região de Madagascar naturalmente desprovidas de cafeína foram
descritas (Charrier & Berthaud, 1985; Charrier, 1978; Rakatomalala et al., 1992), mas
barreiras genéticas dificultam a transferência dessa característica para cultivares de C.
arabica. Buscas em bancos de germoplasmas revelaram variabilidade nos teores de
cafeína i.e. ao redor de 0,6% no cultivar Laurina (Tango & Carvalho, 1963) e ao redor
de 1,2% em Coffea arabica (Mazzafera & Carvalho, 1992). O cultivar Laurina foi
utilizado extensamente em hibridações com cultivares comerciais de C. arabica, mas a
seleção de plantas produtivas e com baixo teor de cafeína não se revelou tão simples
(Carvalho et al., 1988). Cruzamentos interespecíficos entre C. arabica e espécies
diplóides com baixo teor de cafeína provenientes da África foram realizados por
Mazzafera e Carvalho (1992). Os autores obtiveram híbridos com baixo teor de cafeína,
mas também com reduzido valor agronômico.
Silvarolla e colaboradores (2004) estudaram trezentos acessos selvagens de C.
arabica provenientes da Etiópia, centro de origem e diversificação da espécie, e
observaram que as plantas denominadas AC1, AC2 e AC3, apresentaram níveis muito
baixos de cafeína (por volta de 0.06%). Uma vez que foi observado o acúmulo de
teobromina, precursor imediato da via de síntese da cafeína, nas folhas de plantas AC1,
os autores sugeriram que uma deficiência na enzima que age na conversão da
teobromina para cafeína poderia ser responsável pelos baixos teores de cafeína. Para
testar esta hipótese, os autores introduziram nas plantas AC1 e Mundo Novo (MN),
cafeína e/ou adenina marcadas radioativamente a fim de monitorar a degradação e a
conversão da cafeína. Essa análise foi feita utilizando HPLC em tempos de 4, 21 e 48
horas de incubação. A cafeína exógena marcada radioativamente foi degradada na
planta AC1 e MN. Na planta AC1, porém, houve um acúmulo de teobromina, indicando
31
a existência de um problema na via de síntese da cafeína. Os autores sugeriram que o
baixo nível de cafeína em AC1, comparado com MN, não está relacionado com a
degradação da cafeína, e verificaram que não foi detectada a atividade de cafeína sintase
em folhas.
Cabe ressaltar que as plantas ACs são menos vigorosas, apresentam baixa
produção e arquitetura incomum a Coffea arabica, além de um desenvolvimento não
uniforme (dados não publicados). Em 2004, um novo programa de melhoramento foi
iniciado no Instituto Agronômico de Campinas visando a transferência da característica
“naturalmente descafeinada” das plantas ACs para plantas mais vigorosas e produtivas.
Tal transferência tem se mostrado complicada e demorada (dados não publicados), e em
paralelo, técnicas genéticas e moleculares vêm sendo empregadas para compreender e
acelerar a obtenção desta nova cultivar.
1.5. Estudos genéticos e moleculares
Como ressaltado anteriormente, o conhecimento sobre a síntese e degradação da
cafeína tem grande relevância em estudos que podem conduzir ao desenvolvimento de
cafeeiros com grãos desprovidos de cafeína, seja mediante intervenção molecular em
um dos passos da via de síntese, ou pela utilização de genes marcadores na seleção
assistida em programas de melhoramento genético.
Mazzafera e colaboradores (1994) através do uso de marcadores radioativos, e
da dosagem de enzimas em C. liberica var. dewevrei e nos cultivares Mundo Novo e
Laurina de C. arabica (1%, 1,2% e 0,6%, de cafeína nas sementes, respectivamente),
concluíram que a proporção entre as taxas de síntese e degradação de cafeína variavam
durante a maturação e entre as cultivares, determinando assim o teor final na semente.
32
Polimorfismos em genes envolvidos na via de biossíntese da cafeína têm
importância destacada no melhoramento do cafeeiro. Mizuno et al. (2003) obtiveram
um cDNA que codifica uma cafeína sintase em frutos de Coffea arabica e verificaram
que este apresenta cerca 40% de identidade com genes que codificam outras
metiltransferases em plantas, sugerindo a ocorrência de polimorfismo gênico. Em
relação ao chá, o cDNA clonado em café apresenta 80% de similaridade com a
teobromina sintase e 40% de similaridade com a cafeína sintase, respectivamente. Os
autores sugeriram que estes genes podem auxiliar no desenvolvimento de transgênicos
de C. arabica com baixo teor de cafeína através do uso da tecnologia de RNA antisenso
ou pelo silenciamento gênico.
Ogita e colaboradores (2003) produziram plantas transgênicas de C. canephora
com redução de até 70% do teor de cafeína em folhas. A estratégia utilizada foi a de
silenciar o gene que codifica a enzima teobromina sintase por meio da técnica de RNAi
(RNA interference; Ogita et al., 2003). Tais plantas, entretanto, ainda não tiveram os
seus frutos avaliados quanto ao teor de cafeína.
Koshiro e colaboradores (2006) avaliaram a expressão dos genes metilxantosina
(CmXRS1), teobromina (CTS2) e cafeína sintase (CCS1) em diferentes estágios de
desenvolvimento de frutos de C. arabica cultivar Mokka e em C. canephora. Os
resultados mostraram a expressão regular de CmXRS1 e CCS1, e irregular de CTS2,
durante o desenvolvimento do fruto. Picos de acúmulo de transcritos de CTS2 foram
observados no estágio de expansão dos frutos, enquanto que a acumulação de transcritos
dos genes CmXRS1 e CCS1 declinou durante a maturação. Esses autores concluíram que
a síntese de cafeína ocorre em frutos não maduros, no estágio verde. Nos estágios
posteriores, verde-cana e cereja, a enzima cafeína sintase não tem atividade, apesar dos
frutos apresentarem teores estáveis de cafeína.
33
Por outro lado, Nagai e colaboradores (2008) desenvolveram um hibrido de
C.eugenioides, C. canephora e C.arabica com baixos teores de cafeína e teobromina.
Os autores sugeriram que estas plantas possuem baixa atividade de biossíntese de
cafeína em folhas e frutos.
De forma similar ao grupo de Koshiro, nosso grupo estudou a expressão desses
genes em frutos de plantas AC1 em diferentes estágios de desenvolvimento. Foi
observado que a acumulação de transcritos do gene CTS2 é baixa nos primeiros estágios
de desenvolvimento dos frutos, enquanto que os transcritos do gene CCS1 estão
presentes em níveis significantemente baixos em todos os estágios (Maluf et. al., 2009).
Sugeriu-se que devido ao acúmulo de teobromina nos frutos de AC1 ocorre um possível
mecanismo de regulação por feedback, em que a transcrição de CTS2 é reprimida
(Maluf et. al., 2009). A expressão dos genes envolvidos na via de biossíntese foi
também analisada, via RT-PCR quantitativo e semiquantitativo, em frutos de C. arabica
cv. Mundo Novo, C. eugenioides e C. canephora. Curiosamente, em amostras de C.
arabica cv. Mundo Novo, C. eugenioides e C. canephora, além do transcrito
correspondente à cafeína sintase, foi observado também um transcrito extra, de menor
tamanho e intensidade, presente somente nos estágios finais de desenvolvimento dos
frutos. Da mesma maneira, em frutos de plantas AC1 observou-se apenas a presença do
transcrito de menor tamanho.
A presença desse transcrito extra em todas as fases de desenvolvimento dos
frutos AC (que tem baixos teores de cafeína), e nos frutos já maduros de Mundo Novo e
C. eugenioides, sugere que o mesmo possa estar diretamente envolvido com a regulação
da via de síntese da cafeína nos frutos. A presença ou não desse transcrito em outros
órgãos/tecidos de café pode auxiliar a desvendar tal possibilidade.
34
Uma hipótese plausível sobre a origem de tal transcrito é que o mesmo seja
derivado do processamento alternativo do transcrito primário da cafeína sintase. O
processamento alternativo como um mecanismo de regulação gênica é bastante comum
em plantas. A auto-regulação da expressão de um gene (FCA) relacionado com a
regulação floral em Arabidopsis é um exemplo. Estudos demonstraram que os
transcritos de FCA são processados via splicing alternativo e poliadenilação, originando
quatro tipos de RNA, dos quais apenas um é biologicamente funcional (revisado por
Quesada et al., 2005). Recentemente em café foi observado que os transcritos do gene
etr1 (que codifica um receptor de etileno) são processados de forma alternativa
(Bustamante-Porras et al., 2007). Os autores identificaram diferentes tipos de transcritos
durante os estágios de desenvolvimento de frutos das espécies C. canephora e C
pseudozangebariae. Outra explicação é a ocorrência de um alelo alternativo da cafeína
sintase, mas a clonagem e sequenciamento do transcrito menor não elucidaram tal
questão (Maluf et.al, 2009).
As análises realizadas até então pelo nosso grupo sugerem que um evento de
splicing alternativo possa estar envolvido com a regulação da expressão da cafeína
sintase no final do desenvolvimento dos frutos, fato que estaria diretamente
correlacionado com o fim da produção de cafeína (Maluf et al., 2009). Nos mutantes
AC, entretanto, esse processamento alternativo parece ocorrer em todas as fases de
desenvolvimento dos frutos, possivelmente inibindo a via de síntese da cafeína em toda
a planta.
Neste estudo foi também descrita a existência de polimorfismos na sequência de
AC1. Substituições de nucleotídeos com alterações na sequência primária de
aminoácidos são observadas, com destaque para: uma substituição de G para C no exon
2 do gene da cafeína sintase, e outra na posição 266 do exon 3 desse mesmo gene, que
35
determina a substituição de uma isoleucina, presente na enzima do cultivar MN, para
uma valina, em AC1.
Os baixos teores de cafeína observados nas plantas AC1 podem ser, portanto,
resultantes de dois mecanismos distintos: um associado à regulação transcricional e pós-
transcricional, e o outro referente à atividade da enzima. Entretanto, novos estudos são
necessários para entender as bases moleculares dos mutantes AC e assim estabelecer
uma estratégia de melhoramento para torná-la uma cultivar viável.
36
2. Objetivos
37
O presente trabalho teve por objetivos:
- Analisar a expressão dos genes que codificam as enzimas envolvidas na via de
síntese de cafeína em folhas de plantas de C. arabica com teores normais e reduzidos de
cafeína (AC) nos frutos.
- Comparar o perfil de expressão dos genes da via biossintética da cafeína em
folhas de variedades de C. arabica e mutantes.
- Verificar se o transcrito extra observado em frutos AC é resultado de um
processamento alternativo do transcrito do gene CCS1, ou resultado de expressão de
outro alelo.
- Caracterizar as regiões não traduzidas (UTR) do gene da cafeína sintase.
38
3. Material e Métodos
39
3.1 Local de Experimentação
As atividades experimentais foram desenvolvidas no Centro de Café “Alcides
Carvalho” do Instituto Agronômico de Campinas (IAC), situado no Centro
Experimental, Fazenda Santa Elisa, Campinas, São Paulo.
3.2 Material Vegetal
O material vegetal utilizado está descrito na Tabela a seguir:
Tabela 1. Material vegetal utilizado para experimentação
Material sigla Tipo de folha coletada
C.arabica cv. Mundo novo MN Folhas Jovens e Folhas Senescentes
C.arabica AC1 AC1 Folhas Jovens e Folhas Senescentes
C.arabica AC2 AC2 Folhas Jovens e Folhas Senescentes
C.arabica AC3 AC3 Folhas Jovens e Folhas Senescentes
C.arabica ET4 ET4 Folhas Jovens e Folhas Senescentes
C.arabica var. semperflorens SF Folhas Jovens
C.arabica var. abramulosa ar1 AR1 Folhas Jovens
C.arabica var. abramulosa ar2 AR2 Folhas Jovens
As plantas MN e ET4 foram utilizadas como controles, já que MN é uma
cultivar com teores normais de cafeína enquanto ET4 é do mesmo acesso que as plantas
ACs, mas possui teores normais de cafeína nos frutos. Todas folhas foram lavadas com
40
água Milli-Q, congeladas imediatamente em nitrogênio líquido e armazenadas em
freezer -80ºC para posterior extração de DNA e RNA.
3.3 Data mining e desenho dos primers gene-específicos
Seqüências públicas dos genes que codificam a cafeína sintase (CS) (CCS1 - n°.
AB086414, 1203pb; CaDXMT1 – nº. AB084125, 1155pb), a metilxantosina sintase
(MS) (CaXMT1 - n°. AB048793, 1316pb), e a teobromina sintase (TS) (CaMXMT1 - n°
AB048794, 1298pb), disponíveis no GeneBank (www.ncbi.nlm.nih.gov), foram
utilizadas para identificar EST específicos no Banco de Seqüências Expressas (EST) do
Projeto Genoma Café (http://www.lge.ibi.unicamp.br/cafe/) através da ferramenta
BLAST (Altschul et al., 1990). Uma vez que estas proteínas apresentam mais de 80%
de similaridade entre si, somente ESTs que apresentaram 100% de similaridade com a
sequência de determinada enzima foram utilizados.
Contigs com os ESTs selecionados foram montados para cada uma das
proteínas alvo com ferramentas desenvolvidas pela equipe de Bioinformática do projeto
Genoma Café. O aplicativo ClustalW (Higgins et al., 1994) foi utilizado para a
confirmação das seqüências com relação às proteínas em questão, através do
alinhamento das seqüências dos contigs entre si e com as seqüências públicas
anteriormente mencionadas.
A maioria dos primers específicos foi desenhada manualmente com base na
seqüência dos contigs montados, tanto para o PCR quantitativo (Tabela 2) quanto para a
análise em PCR semiquantitativo (Tabela 3).
41
Tabela 2. Genes, e respectivos primers, cuja expressão foi analisada por RT-PCR
Gene Sequência dos primers
Cafeína sintase F2
F- 5’ ATA CAA GAA TTG TTG CGG 3’
R- 5’
CAG GATA CAG GGG AAT GGG ATC 3’
Transcrito menor da
cafeína sintase
F- 5’ ATT CAG GGA CGT CTG GAG GAA GAA3’
R- 5’
ACT GGT TAT CAT CAA TGG AGA AAG C 3’
Actina F- 5’ GAC CTC ACA GAT CAC CTC AT3’
R- 5’ GTA GTC TCG TGG ATA CCA GC3’
Tabela 3. Genes, e respectivos primers, cuja expressão foi analisada por RT-qPCR.
Gene Sequência dos primers
Cafeína sintase F- 5’ GTG CAT TTA CTC TTC CAA AGC AAG T 3’
R- 5’ CGA ATG AAT CCT AAG AAA TGT GGT AA 3’
Metilxantosina sintase F- 5’ATGCCCGGCTCTTTCTACAG3’;
R- 5’CGGGCGTCTAATTCAACTCCT3’.
Teobromina sintase F- 5’CCCGTCCAGAAGGCATATTT3’;
R- 5’GAGAAGGCAGCATCATAATGGG3’
GAPDH F- 5’ TTG AAG GGC GGT GCA AA 3’
R- 5’AAC ATG GGT GCA TCC TTG CT 3’
Transcrito menor da
cafeína sintase
F- 5’ ATT CAG GGA CGT CTG GAG GAA GAA3’
R- 5’
ACT GGT TAT CAT CAA TGG AGA AAG C 3’
3.4 Extração de RNA total de folhas e síntese de cDNA
42
Folhas jovens, do segundo par foliar, e folhas senescentes foram colhidas e
maceradas em nitrogênio líquido. O macerado foi transferido para tubos Falcons
contendo tampão de extração 2% CTAB; 2% PVP; 100 mM Tris-HCl pH 8,0 ; 25 mM
EDTA; 2 M NaCl e 2% β-mercaptoetanol. O macerado foi homogeneizado ao tampão e
incubado a 65ºC por 20 minutos. Adicionou-se 1 volume de clorofórmio e a mistura foi
centrifugada a 11000xg por 10 minutos. O sobrenadante foi coletado para novo tubo. O
processo de adicionar 1 volume de clorofórmio seguido de centrifugação foi repetido
algumas vezes até que não fosse observado precipitado na interface entre as fases
aquosa e orgânica. A fase aquosa foi recolhida para um novo tubo e uma solução de
LiCl 12 M foi adicionada até a concentração final de LiCl 2,5 M. Os tubos foram
incubados a 4ºC por 12 h. Após esse período, a mistura foi centrifugada a 11000xg a
4ºC por 30 minutos. Descartou-se o sobrenadante, o sedimento foi lavado com 500 µL
de LiCl 2,5 M e centrifugado a 11000 xg a 4ºC por 10 minutos. Descartou-se
novamente o sobrenadante. O sedimento foi seco a temperatura ambiente e depois
ressupendido em 100 µL de água tratada com Diethyl pyrocarbonate (DEPC).
O RNA total extraído foi submetido à eletroforese em agarose e quantificado em
espectrofotômetro, medindo-se a absorbância entre 220 -280 nm. Posteriormente,
as
amostras de RNA total foram tratadas com a enzima DNAseI (RNase QI - promega),
para eliminar qualquer contaminação com DNA genômico restante do processo da
extração.
3.5 Análise da expressão gênica
43
Sintetizou-se cDNA a partir de 400 ng de RNA total. As condições para a
síntese estão descritas no Kit SuperScript III First – Strand Synthesis SuperMix
(Invitrogen). O cDNA sintetizado foi quantificado em espectrofotômetro, medindo-se a
absorbância em 220-280 nm. A expressão dos genes alvo foi analisada por RT-PCR
semiquantitativo e quantitativo.
Testes de expressão do gene que codifica a cafeína sintase foram feitos em PCR
semi- quantitativo a partir do cDNA sintetizado. Para a reação de 25 µL de volume
final, foram utilizados: 1X PCR buffer, 2 mM MgCl, 2 mM dNTP, 1 pmol dos primers
específicos e 0,25 u Taq DNA polimerase. A reação de PCR foi constituída da seguinte
condição de ciclagem: 5 minutos a 95ºC seguido de 30 ciclos de 1 minuto a 95ºC, 1
minuto à temperatura de anelamento específica para cada primer e 1 minuto a 72ºC. Os
fragmentos obtidos foram separados em gel de agarose 1,5%.
O RT-PCR quantitativo foi realizado usando um termociclador modelo AB7300
System (Applied Biosystems) utilizando Sybr Green Kit (Invitrogen), que contem syber
green e a referência passiva ROX. Dois µl do cDNA das amostras de interesse foram
adicionados à seguinte reação (concentração final): 7,5 µl de Maxima SYBR Green
qPCR SuperMix with ROX, 0,3 µM de cada oligonucleotídeo gene-específico (forward e
reverse), 4,9 µl de água ultra pura livre de RNAse para um volume final da reação de 15
µl. Cada reação foi feita em triplicata para cada amostra. Para a certificação da ausência
de qualquer tipo de contaminação, o controle negativo foi realizado adicionando-se água
livre de RNAse ao invés de cDNA. Para confirmar a presença de amplicons únicos, os
produtos do PCR foram submetidos à curva de dissociação com temperatura variando
entre 60ºC e 95ºC. Os resultados foram analisados através do software SDS version
1.3.1 (Applied Biossistens), e a freqüência dos transcritos foi estimada através do uso
dos parâmetros treshold, baseline e Ct (Iskandar et al., 2004). O gene que codifica uma
44
GAPDH (gliceraldeído-3-fosfato desidrogenase) de café foi usado como controle
endógeno e o cultivar MN como calibrador.
O cálculo para a determinação da expressão gênica foi o do ∆Ct (Livak e
Schmittgen, 2001), que utiliza a expressão QR = 2
-
∆∆
Ct
, na qual QR representa o nível de
expressão gênica; Ct o ciclo de amplificação de cada amostra; ∆Ct se refere à diferença
entre o Ct da amostra amplificada para o gene alvo e o Ct da mesma amostra
amplificada para o gene controle, e ∆∆Ct representa a diferença entre o ∆Ct da amostra
de interesse e o ∆Ct da amostra de referência.
Para confirmar os resultados, as amostras foram analisadas em triplicadas, cada
análise foi feita três vezes e uma repetição biológica, em anos diferentes, foram
realizadas.
3.6 RACE- PCR, clonagem e sequenciamento
As seqüências completas dos cDNAs da cafeína sintase de frutos e folhas de
AC1 e MN foram obtidas usando a técnica 5’ e 3’-RACE (rapid amplification of cDNA
ends). Para desenho dos primers foram usadas as seqüências de nucleotídeos dos ESTs
da cafeína sintase de MN e de AC1 disponíveis no banco de ESTs do café
(http://www.lge.ibi.unicamp.br/cafe/). Quatro primers específicos foram desenhados
junto às porções 3’ e 5´ destes ESTs. Destes primers, dois (denominados 5´GSP1 e
5´GSP2) foram sintetizados para frutos de MN e AC1 e para folhas de MN e AC1,
respectivamente, e outros dois (3´GSP2 e 3´GSP3) para MN e para AC1,
respectivamente (Tabela 4). A porção faltante foi amplificada empregando o kit
GeneRacer® Kit with AMV RT and TOPO TA Cloning® kit for Sequencing
(Invitrogen), seguindo as instruções do fabricante.
45
Tabela 4. Primers utilizados para amplificação da região não traduzida da cafeína
sintase usando a técnica de RACE-PCR.
Nome Sequência dos primers
5´GSP1 R- 3´ CCG CAA CAA TTC TTG TAT GCA TT 5´
5´GSP2 R- 3´AAA ATG TGT TTG GTC CAG AAG CG 5´
3´GSP2 F- 5´TTT ATG CCC CTT ATG ATG CTG G 3´
3´GSP3 F- 5’ ATT CCC CAG TAT CCT GCG ATG A 3´
Os fragmentos resultantes da amplificação por 5’e 3’-RACE foram verificados
em gel de agarose e então isolados do gel com o auxílio de uma lâmina descartável.
Esses fragmentos foram purificados utilizando-se o kit QIAEX II Gel Extraction
(Qiagen) de acordo com as especificações fornecidas pelo fabricante. Os fragmentos
purificados foram ligados ao vetor de clonagem TOPO TA 2.1 (Invitrogen) seguindo as
informações dadas pelo fabricante.
Os plasmídeos recombinantes foram então inseridos em células competentes da
cepa DH5α de Escherichia coli
preparadas conforme protocolo descrito por Sambrook
et al. (2001). A transformação foi realizada empregando choque térmico segundo
protocolo descrito (Sambrook et al., 2001). Após a transformação, as bactérias foram
plaqueadas em placas de Petri contendo meio Luria-Bertani (LB) sólido (0,1% p/v de
triptona, 0,05% p/v de extrato de levedura, 0,1 % p/v de NaCl e 0,15% p/v de Select
Agar em água deionizada, pH7,0) adicionado de 100 µg/ml de ampicilina; 24 mg/ml de
IPTG (Isopropil-β-D-tiogalactopiranosídeo) e 50 mg/ml de X-GAL (5-bromo-4-cloro-3-
46
indolil-β-Dgalactosídeo
). As placas de Petri foram deixadas em estufa a 37ºC por 16
horas.
Foram escolhidas colônias de “coloração branca” para confirmação da presença
do vetor recombinante e posterior sequenciamento do inserto. Para purificação dos
plasmídeos, as colônias isoladas foram inoculadas em 3 ml de meio LB líquido
contendo ampicilina (100 µg/ml) e mantidas sob agitação constante de 220-250 rpm a
37ºC durante 14-16 horas. Após esse período, o meio líquido contendo as bactérias foi
transferido para microtubos. Estes tubos foram submetidos à centrifugação, o
sobrenadante foi descartado, e o sedimento foi utilizado para a extração de DNA
plasmidial usando o Qiaprep Spin Miniprep kit como descrito pelo protocolo do
fabricante (Qiagen).
Para confirmar a inserção, os plasmídeos recombinantes foram submetidos à
digestão com a enzima de restrição EcoRI (Fermentas) e os produtos foram visualizados
em gel de agarose 1% (p/v) corado com brometo de etídeo (0,1 µg/ml). As digestões
foram realizadas a 37ºC durante 16 horas na presença de tampão de reação 1X, 100 ng
de DNA plasmidial e água Milli-Q autoclavada.
.O sequenciamento dos clones selecionados foi realizado utilizando o BigDye™
Terminator v3.1 Cycle Sequencing Kit (Applied Biosystems). Para preparar a reação foi
utilizada água Milli-Q autoclavada, 4 µl de plasmídeo (500 ng), 0,5 µM dos oligos M13
reverse e M13 forward (Invitrogen), 2 µl do mix de BigDye™ e 2 µl de tampão Save
Money (10 %(v/v) com MgCl2 50 mM e 20 % (v/v) de Tris-HCl pH 9,0. A reação
ocorreu em termociclador usando as seguintes condições: 96ºC por 45 segundos, 50ºC
por 30 segundos e 60ºC por 4 minutos, compondo um ciclo, o qual foi repetido 25
vezes. Após a reação, as amostras foram purificadas com a adição de isopropanol 65% e
a placa ficou em repouso e ao abrigo de luz por 15 minutos. Após esse período a placa
47
foi centrifugada a 4000 rpm por 5 min. O sobrenadante foi descartado. Foi adicionado
etanol 70%, e a placa foi novamente submetida a centrifugação nas mesmas condições
anteriormente descritas. O sobrenadante foi descartado. As placa ficou a temperatura
ambiente a ao abrigo da luz até secar. Após esse período, as amostras foram
ressuspendidas em 10 µl de formamida deionizada (Hi-di; Applied Biosystems).
Imediatamente antes do seqüenciamento, as amostras foram desnaturadas em
termociclador a 90ºC por 3 minutos e incubadas em gelo por 5 minutos. O
sequenciamento foi realizado em seqüenciador automático ABI PRISM 377
(AppliedBiosystems), e uma seqüência consenso foi obtida a partir da seqüência de
nucleotídeos de cada clone usando o programa MEGA. A seqüência consenso das
reigões 5´e 3´UTR
resultante foi submetida à pesquisa junto ao banco de dados do
NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast) utilizando BLAST e BLASTx
(Altschul et
al. 1990, 1997).
3.7 Extração de DNA genômico de café
A extração de DNA genômico foi realizada empregando folhas jovens, do
segundo par foliar, as quais foram maceradas em nitrogênio líquido. O macerado foi
transferido para tubos Falcon contendo tampão de extração (2% CTAB; 2% PVP40;
100 mM Tris-HCl pH 8,0; 20 mM EDTA; 2 M NaCl e 0,2% β-mercaptoetanol). Ao
homogeneizado foi adicionado 25 mg de carvão ativado por grama de tecido, agitando-
se gentilmente. Os tubos foram incubados a 60ºC por 60 minutos. Após esse período
adicionou-se 1 volume de clorofórmio-álcool isoamílico (24:1) e os tubos foram
agitados. A mistura foi submetida à centrifugação, 10000xg por 20 minutos, e o
sobrenadante foi transferido para novo tubo. Foi adicionado 2/3 do volume de
48
isopropanol gelado e os tubos foram incubados por 1 h no freezer. Após esse período, os
tubos foram submetidos à centrifugação, 10000xg por 30 minutos, e o sobrenadante foi
descartado. Adicionou-se ao sedimento 10 ml de tampão de lavagem por grama de
tecido (80% etanol e 10 mM acetato de amônio). Os tubos foram agitados em shaker
vertical por 30 min. Após esse período, foram novamente centrifugados a 3200 rpm por
10 minutos a 4ºC. O sobrenadante foi então descartado e o sedimento ressupendido em
TE, e o volume resultante foi transferido para tubos de 2 ml. Foi adicionada RNAse e os
tubos foram incubados a 37ºC. Adicionou-se 400 µl de TE, sendo em seguida
acrescentado um volume de clorofórmio-álcool isoamílico (24:1), e os tubos foram
novamente submetidos à centrifugação, 12000xg por 15 min. O sobrenadante foi
transferido para um novo tubo e a este se adicionou 0,1 volume de acetato de sódio 3 M
e 0,8 volume de isopropanol absoluto gelado. Os tubos foram incubados a 4ºC por cerca
de 12 a 18 h. Após esse período, os tubos foram submetidos novamente a
centrifugação, (12000xg por 20 minutos) e o sobrenadante foi descartado. O sedimento
foi lavado com etanol 70%. Os tubos foram novamente centrifugados e o sedimento
ressuspendido em água Milli-Q autoclavada.
3.8 Southern Blot
O DNA genômico extraído de folhas foi digerido com as enzimas de restrição
EcoRI e MboI (fermentas), sendo incubado por 16 h em banho Maria a 37ºC. O DNA
digerido foi separado por eletroforese em gel de agarose 1,5% (p/v) a 30v durante 12 h.
O DNA foi transferido para membrana de nylon Hybond N
+
(Amersham Pharmacia)
visando a hibridização seguindo o protocolo descrito por Sambrook et al. (2001).
49
A sonda não radioativa foi construída utilizando o PCR Dig Probe Synthesis kit
(Roche), seguindo o protocolo do fabricante. Para construção da sonda foi utilizada a
seqüência do transcrito menor da cafeína sintase que tem aproximadamente 300 pares
de base (pb). A eficiência da marcação foi determinada aplicando-se diluições de DNA
controle e da sonda desejada em membrana Hybond N
+
e comparando os sinais obtidos.
A membrana foi colocada em saco plástico vedado contendo solução de pré-
hibridização sendo mantida a 42ºC sob agitação constante por um período de 5 h. Após
esse período, a solução foi retirada e adicionou-se à membrana a solução de
hibridização contendo a sonda marcada e desnaturada. O saco foi novamente vedado e a
membrana incubada a 42ºC com agitação constante por 16 h. Após o período de
hibridização, a membrana foi lavada duas vezes com tampão de lavagem I (Uréia 2 M,
SDS 0,1% e SSC 0,5X) a 55ºC. A membrana foi então transferida para um recipiente
limpo e lavada em tampão de lavagem II (Tris 1 M e NaCl 2 M) a temperatura ambiente
por 5 min. Após as lavagens, a membrana foi sumetida ao processo de geração e
detecção de sinal. Para tal foi utilizado o Dig Nucleic Acid Detection kit (Roche)
seguindo as instruções fornecidas pelo fabricante.
50
4. Resultados
51
4.1. Data mining e desenho dos primers específicos
Em análises no banco ESTs do Projeto Genoma Café, Maluf et al. (2009)
sintetizaram seis pares de primers específicos para o gene da cafeína sintase, dos quais,
os primers CS-F2 e Caxmrt-R foram utilizados neste trabalho. A fim de obter a
sequência completa do gene da cafeína sintase, as extremidades 3’ e 5´ faltantes foram
amplificadas por RACE-PCR, e os produtos obtidos foram sequenciados.
Para verificar a existência do transcrito menor em folhas, como observado por
Maluf et al. (2009) em diferentes fases de desenvolvimento de frutos de café, primers
para amplificação específica desse transcrito foram desenhados com base na sequência
obtida por esses autores.
4.2 Extração de RNA total, síntese e validação da integridade do
cDNA
Amostras de RNA total foram extraídas de folhas de café em diferentes estágios
de desenvolvimento provenientes de plantas controle e mutantes. Os respectivos cDNAs
foram sintetizados com o uso da enzima Superscript III e Oligo-dT (Invitrogen). Para
confirmar a integridade e a qualidade dos cDNAs sintetizados, uma amplificação prévia
foi realizada empregando-se primers específicos para o gene que codifica uma actina
em café Nesse caso, foi observado um produto
único de amplificação no tamanho
esperado (300 pb) em todas as amostras extraídas (Figura 3A e 3B), demonstrando a
viabilidade do cDNA sintetizado.
52
Figura 3. Amplificação por RT-PCR de um transcrito único correspondente ao gene da actina. O produto
esperado de 300 pb foi observado em todas as amostras analisadas. As amostras foram analisadas em gel
1% agarose corado com brometo de etídeo e fotodocumentadas. A: Folhas jovens de MN, AC1, AC2,
AC3 e Et4 (controles de cafeína), os mutantes semperflores e abramulosas 1 e 2,
controle negativo (c-) e
marcador molecular (PM) B: Amostras de folhas novas e folhas senescentes de MN, AC1, AC2, AC3 e
Et4, controle negativo (c-) e marcador molecular (PM).
4.3 Presença/Ausência do transcrito menor extra em folhas
Maluf et al. (2009) descreveram a existência de um transcrito menor extra
relacionado ao gene da cafeína sintase nas primeiras e últimas fases de desenvolvimento
de frutos de MN e em todas as fases de frutos AC1. Os autores julgaram que este
transcrito estaria diretamente ligado a uma sinalização de não-síntese de cafeína nessas
fases de desenvolvimento dos frutos. Com o intuito de verificar se tal transcrito está
presente, e apresenta o mesmo comportamento em folhas de café, um ensaio de RT-
PCR foi realizado. As análises de RT-PCR semiquantitativo revelaram a presença de
um transcrito extra de menor intensidade, e de mesmo tamanho que o descrito por
Maluf e colaboradores (2009), em folhas senescentes de todos os acessos investigados,
e em folhas jovens e senescentes de AC1 e ET4 (Figura 4).
53
Figura 4. Amplificação por RT-PCR dos transcritos correspondentes à cafeína sintase em folhas jovens e
senescentes do cultivar MN, dos mutantes AC1, AC2 e AC3 e de Et4. Transcrito maior de
aproximadamente 800 pb e o transcrito menor extra de aproximadamente 300 pb. As amostras foram
analisadas em gel 1% agarose corado com brometo de etídeo e fotodocumentadas. C-: controle negativo e
PM: marcador molecular.
De mesma maneira foi analisada a presença/ausência do transcrito menor extra
nos mutantes Semperflorens e Abramulosa. Nesse caso, as análises de RT-PCR
semiquantitativo revelaram a existência do transcrito maior de aproximadamente 800 pb
correspondente à região codificadora da cafeína sintase, mas não do transcrito menor
extra (Figura 5).
Figura 5. Amplificação por RT-PCR dos transcritos correspondentes à cafeína sintase nos em flhas jovens
dos mutantes semperflores e abramulosa, em MN (controle c/ cafeína normal) e em AC1 (controle com
baixa cafeina). O transcrito maior de aproximadamente 800 pb é visível em MN, semperflorens e
abramulosas, enquanto que o transcrito menor extra de aproximadamente 300 pb está presente somente
em AC1. As amostras foram analisadas em gel 1% agarose corado com brometo de etídeo e
fotodocumentadas. C-: controle negativo e PM: marcador molecular.
54
4.4 Análise da expressão relativa dos genes que codificam
metiltransferases em café
A quantificação da expressão relativa dos genes que codificam metiltransferases
em café foi avaliada em folhas do cultivar MN, que apresenta teores normais de cafeína
em frutos, bem como nos mutantes semperflorens e abramulosas 1 e 2 e em ET4 . Estas
análises tiveram como objetivo investigar o padrão de expressão deste gene em folhas
de diferentes genótipos, para comparação com o padrão de expressão observado em
folhas de plantas AC1.
A expressão dos gene que codificam a cafeína sintase, a metilxantosina sintase e
a teobromina sintase, respectivamente, foi avaliada em folhas jovens e senescentes
através da metodologia de RT-qPCR (PCR em tempo real quantitativo). Nesses ensaios,
o gene GAPDH foi utilizado como controle endógeno. Para cada par de primers foram
realizadas pelo menos três repetições de RT-qPCR. Uma repetição biológica foi
realizada a fim de confirmar os resultados obtidos na primeira análise
.
Como observado para frutos, o acúmulo de transcritos correspondentes ao gene
da cafeína sintase (CS) é reduzido em folhas jovens das plantas AC (Figura 6C).
Observou-se ainda um maior acúmulo de transcritos da teobromina sintase (TS) em MN
que em AC (Figura 6B), e um maior acúmulo de transcritos da metilxantosina sintase
(MS) em AC que em MN (Figura 6A). Observa-se também que os mutantes
semperflorens e abramulosas apresentam menor acúmulo de transcritos da cafeína
sintase, comparando-se ao cultivar MN, sendo que o perfil de expressão no mutante
55
abramulosa 1 mostrou-se semelhante ao perfil de expressão observado em AC3 (Figura
7).
0
0,5
1
1,5
2
2,5
3
MN
AC1
AC2
AC3
ET4
0
0,2
0,4
0,6
0,8
1
1,2
MN
AC1
AC2
AC3
ET4
0
0,2
0,4
0,6
0,8
1
1,2
MN
AC1
AC2
AC3
ET4
A
B
C
0
0,5
1
1,5
2
2,5
3
MN
AC1
AC2
AC3
ET4
0
0,2
0,4
0,6
0,8
1
1,2
MN
AC1
AC2
AC3
ET4
0
0,2
0,4
0,6
0,8
1
1,2
MN
AC1
AC2
AC3
ET4
0
0,5
1
1,5
2
2,5
3
MN
AC1
AC2
AC3
ET4
0
0,2
0,4
0,6
0,8
1
1,2
MN
AC1
AC2
AC3
ET4
0
0,2
0,4
0,6
0,8
1
1,2
MN
AC1
AC2
AC3
ET4
A
B
C
Figura 6. Quantificação da expressão relativa das metiltransferases em folhas jovens de café. A:
expressão de MS nas 3 plantas ACs do banco de germoplasma de café, em MN e Et4. B: expressão de TS
nas plantas ACs, MN e Et4. C: expressão de CS nas plantas ACs, Et4 e MN. MN foi usado como
calibrador para os três experimentos.
56
Figura 7. Quantificação da expressão relativa da cafeína sintase em folhas jovens de café. Expressão de
CS nas 3 plantas ACs do banco de germoplasma de café, em MN, Et4 e nos mutantes semperflorens e
abramulosa 1 e 2. MN foi usado como calibrador para os três experimentos.
A fim de validar os resultados descritos anteriormente e obtidos usando-se RT-
PCR semiquantitativo, a expressão do gene da cafeína sintase em folhas novas (FN) e
senescentes (FM) do cultivar MN, das três plantas ACs e do Et4 foi avaliada por RT-
qPCR. Como pode ser observado na Figura 8, a expressão em folhas senescentes
mostrou-se significantemente baixa, com exceção do ET4.
Figura 8. Quantificação da expressão relativa da cafeína sintase em folhas novas (FJ) e
senescentes (FS) do cultivar MN, dos mutantes AC1, Ac2 e AC3 e do Et4. MN foi usado como
calibrador para os três experimentos.
4.5 Extração de DNA e Southern Blot
Ensaios de Southern blot foram realizados com o objetivo de verificar o número
de cópias do gene que codifica a cafeína sintase em café. Para tal, procedeu-se a
extração de DNA genômico de folhas provenientes do segundo par foliar de plantas MN
e AC1 (Figura 9). Os DNAs genômicos extraídos foram submetidos ao processo de
57
digestão empregando-se duas enzimas de restrição, EcoRI e MboI, sendo que a enzima
EcoRI tem um sítio de reconhecimento no meio do gene da cafeína sintase.
Figura 9. Integridade do DNA genômico extraído de folhas jovens de plantas AC1 e MN. As amostras
foram analisadas em gel 1% agarose corado com brometo de etídeo e fotodocumentadas. PM – marcador
de peso molecular.
A reação de digestão do DNA extraído foi realizada a 37°C durante 16 h. Para
verificar se a digestão ocorreu de forma completa, uma alíquota dos DNAs digeridos foi
submetida a eletroforese em gel de agarose (Figura 10).
58
Figura 10. Amostras de DNA genômico extraído de plantas MN e AC1 digeridas durante 16 h com as
enzimas EcoRI e MboI, respectivamente. As amostras foram analisadas em gel 1% agarose corado com
brometo de etídeo e fotodocumentadas.
Após eletroforese em gel de agarose por um período de 12 h, o DNA genômico
digerido foi transferido para membrana de nylon Hybond N+ (Amersham pharmacia)
visando a hibridização. Para verificar a eficiência de marcação da sonda, um teste foi
realizado aplicando-se diluições de DNA controle em membrana, sendo essa submetida
então aos tratamentos de pré-hibridização, hibridização e revelação. Os sinais obtidos
foram comparados.
Sabendo-se a eficiência da sonda construída, a membrana contendo o DNA
genômico extraído das plantas MN e AC1 foi hibridizada, e o resultado obtido está
representado na Figura 12. Esse resultado, porém, não foi conclusivo, já que não foram
observadas bandas nos diferentes materiais analisados.
59
Figura 12. Southern blot de DNA genômico de café (MN e AC1) digerido com as enzimas MboI e EcoRI
usando sonda para a cafeína sintase. PM - marcador molecular.
Uma nova estratégia foi então estabelecida com base no uso de primers
específicos para o transcrito menor extra da cafeína sintase (Tabela 3). Análises
utilizando PCR de DNA genômico, RT-PCR e RT-qPCR foram realizadas seguindo as
condições já descritas. A análise inicial empregando PCR de DNA genômico e RT-PCR
revelou a existência de um fragmento de mesmo tamanho e intensidade, que foi
amplificado a partir de amostras de DNA genômico bem como de amostras de cDNA de
plantas MN e AC1 (Figura 13).
60
Figura 13. Amplificação a partir de DNA genômico e de amostras de cDNA obtidas de plantas MN e
AC1 do transcrito de menor tamanho da cafeína sintase. C-: controle negativo e PM: marcador de peso
molecular (Fermentas). As amostras foram analisadas em gel 1% agarose corado com brometo de etídeo
e fotodocumentadas.
A quantificação da expressão relativa desse transcrito por RT-qPCR revelou o
padrão esperado de acúmulo de transcritos nas plantas investigadas. Ou seja, maior
acúmulo de transcritos em folhas jovens de AC1, AC2 e AC3 em comparação a MN
(Figura 14A)
. A planta ET4 apresentou maior acumulo que o observado em MN, mas
menor em relação as plantas ACs. Já o acúmulo de transcritos em folhas senescentes foi
maior em todas as plantas analisadas quando comparado ao acúmulo observado em
folhas jovens (Figura 14B).
Figura 14. Quantificação da expressão relativa do transcrito menor extra em folhas de café. A: expressão
do transcrito menor extra em folhas jovens das 3 plantas ACs, em MN e Et4. B: expressão do transcrito
menor extra em folhas senescentes das 3 plantas ACs, em MN e Et4.
61
4.6 RACE PCR e sequenciamento
A fim de obter a sequência completa do cDNA correspondente ao gene da
cafeína sintase, as extremidades 3’UTR e 5´UTR foram amplificadas por RACE-PCR .
Os produtos obtidos foram purificados E inseridos em vetor de clonagem, a presença do
inserto foi verificada através de digestão a 37°C com a enzima ECORI. Foi observada
inserção dos fragmentos amplificados em 62 clones e estes foram sequenciados. A
análise in silico das sequências revelou que estas podiam ser agrupados em 27 contigs
mostrados na tabela abaixo (Tabela 5).
Tabela 5. Regiões 5´UTR e 3´UTR clonadas e número de clones obtidos
Região Contigs Número de clones
5´UTR AC1 Fruto 5Fr1
5Fr2
5Fr3
5Fr4
5Fr5
5Fr6
5Fr7
1
1
1
1
1
8
7
5´UTR AC1 Folha 5Fo1
5Fo2
5Fo3
5Fo4
3
2
4
1
5´UTR MN Fruto 5Fr8 5
5´UTR MN Folha 5Fo5
5Fo6
5Fo7
2
2
1
3´UTR AC1 Fruto 3Fr1
3Fr2
3Fr3
3Fr4
3Fr5
4
2
1
1
2
3´UTR AC1 folha 3Fo1
3Fo2
4
1
3´UTR MN Fruto 3Fr6
3Fr7
2
1
3´UTR MN Folha 3Fo3
3Fo4
2
1
62
3Fo5 1
Os contigs foram comparados seguindo a seguinte regra: seqüências
amplificadas a partir de folhas de AC1 foram comparadas com seqüências de frutos de
AC1; sequências amplificadas a partir de folhas MN foram compradas com sequências
de frutos de MN. Depois, as sequências de folhas de AC1 foram comparadas com
sequências de folhas de MN e as seqüências de frutos de AC1 foram comparadas as
sequências de frutos de MN e os resultados são mostrados abaixo:
• Comparação dos contigs 5´UTR_AC1Fruto com 5`UTR_AC1Folha (Figura 15)
O alinhamento das sequências correspondentes à região anterior ao códon de
iniciação de cada contig revelou que,todos contigs de 5´UTR AC1folha e três contigs de
5´UTR AC1fruto (5Fr1, 5Fr2 e 5Fr5) apresentaram uma inserção de 9 pares de bases
“TATGTACAA”. A sequência dos contigs 5Fr1,5Fr2 e 5Fr5 são idênticas à todas
sequências de 5´UTRFo. Os demais contigs de 5´UTR frutos (5Fr6 e 5Fr7) apresentam
algumas trocas de bases que só ocorrem nestes contigs. Já o contig 5Fr4 é muito
semelhante aos contigs que contem a inserção de 9 bases, porém esta região está
incompleta neste contig,. Observam-se ainda apenas duas alterações de bases nas
sequências de 5´UTRFr5 e 5´UTRFr2.
63
Figura 15. Alinhamento dos clones 5´UTR AC1 Folha e 5´UTR AC1Frutos
• Comparação dos contigs 5´UTR_MNFr com 5´UTR_MN1Fo (Figura 16)
O alinhamento das sequências correspondentes às regiões anteriores ao códon de
iniciação de cada contig revelou que os contigs Fo6, Fo7 e Fr8 apresentam a mesma
inserção de 9 bases observada nos contigs de 5´UTR_AC1Fo e 5´UTR_AC1Fr. Duas
64
alterações que ocorrem de forma isolada nas sequências de Fo5 e Fo7 puderam ser
constatadas
Figura 16. Alinhamento dos clones 5´UTR MN Folha e 5´UTR MN Fruto
• Comparação dos contigs 5´UTR_AC1Fr com 5´UTR_MNFR (Figura 17)
O alinhamento das sequências correspondentes às regiões anteriores ao códon de
iniciação de cada contig (posição 60 da sequência de referência genômica) revelou que
não há diferenças expressivas entre as regiões 5’-UTR isoladas a partir de AC1 e MN,
além da já identificada inserção de 9 pares de base. São observadas variações de
deleção/inserção de 3 pares de base nos contigs 5AC1Fr5, 5AC1Fr2 e 5AC1Fr3, após o
códon de iniciação, portanto dentro da região codificadora.
65
Figura 17. Alinhamento dos clones 5´UTR MN Fruto e 5´UTR AC1 Fruto
• Comparação da região 5´UTR_AC1Folha com 5´UTR_MNFolha (Figura 18)
Como observado para o alinhamento entre os contigs de fruto, o alinhamento das
sequências correspondentes às regiões anteriores ao códon de iniciação de cada
contig (posição 60 da sequência de referência genômica) em folhas revelou que não
há diferenças expressivas entre as regiões 5’-UTR isoladas a partir de AC1 e MN,
além da já identificada inserção de 9 pares de base. Neste caso, porém, algumas
sequências de folha de AC1 estão incmpletas. Também aqui são observadas
66
variações de deleção/inserção de 3 pares de base nos contigs MNFo4, MNFo7,
AC1Fo2, AC1Fo3 e AC1Fo1 após o códon de iniciação, portanto dentro da região
codificadora.
.
Figura 18. Alinhamento dos clones 5´UTR MN Folha e 5´UTR AC1 Folha
67
• Comparação da região 3´UTR_AC1 com sequência de referência AC1 genômico
e da região 3´UTR_MN com sequência de referência MN genômico (Figura 19)
O alinhamento das regiões 3´UTR com as sequências de referências utilizadas na
síntese dos primers, revela que as sequências clonadas apresentam muitas
diferenças. Provavelmente as regiões clonadas não são correspondentes ao gene da
cafeína sintase.
68
Figura19: Alinhamento sequência de 3´UTRFo e Fr com a seqüência de referência
69
• Comparação da região 3´UTR_MN com sequência de referência MN genômico
(Figura 20)
Nota-se que as sequências de MN são muito semelhantes a sequência de
referência, sendo possivel notar 7 trocas que ocorrem de forma isoladas e uma
deleção também de forma isolada. Detaca-se a presença de uma sequência de 5
pares de bases que em Fo6, Fo5 e Fo3 é “GTTTG”, em Fo4 na mesma posição
“GAGAAA” e em Fr7 “AACAC”. Porém estas ultimas são sequências mais curtas
e logo após estas 5 pares de bases começa a sequência de poli-A.
Mesmo as seqüências de MN não apresentarem diferenças significativas e AC1
não parecer ser a extremidade faltante do gene da cafeína, as sequências foram
submetidas as mesmas analises que a porção 5´UTR e os resultados estão dipostos
nas figuras abaixo.
70
Figura 20: Alinhamento 3´UTR Folha e Fruto com sequência de MN genômico
71
• Comparando 3´UTR_AC1Folha com 3´UTR_AC1Fruto (Figura 21)
Figura 21. Alinhamento dos clones 3´UTR AC1 Fruto e 3´UTR AC1 Folha
• Comparando 3´UTR_MNFr com 3´UTR_MNFo (Figura 22)
72
Figura 22. Alinhamento dos clones 3´UTR MN Fruto e 3´UTR MN Folha
• Comparando 3´UTR_MNFo com 3´UTR_AC1Fo (Figura 23)
73
Figura 23. Alinhamento dos clones 3´UTR MN Folha e 3´UTR AC1 Folha
• Comparando 3´UTR_MNFr com 3´UTR_AC1Fr (Figura 24)
.
74
Figura 24. Alinhamento dos clones 3´UTR AC1Fr e 3´UTR MN Fruto
75
5.Discussão
76
5.1 Expressão do gene da cafeína sintase em folhas de café
Como ressaltado anteriormente, métodos que acelerem o processo de
melhoramento clássico do café vêm sendo buscados. No caso do cafeeiro descafeinado,
uma forma de acelerar a seleção de plantas sem cafeína em frutos seria fazer a seleção
precoce das progênies a partir do teor de cafeína em folhas. Dessa maneira, não seria
necessário esperar a planta produzir frutos, o que leva em média 4 anos, para selecionar
a característica desejada. No entanto análises demonstram que o teor de cafeína nas
folhas não apresenta co-relação direta com o teor de cafeína em frutos (Silvarolla,
comunicação pessoal). Neste contexto, o objetivo desta dissertação foi avaliar aspectos
moleculares da expressão de genes da via biossintética de cafeína em folhas, tanto de
plantas com teores normais de cafeína quanto de plantas descafeinadas. A partir destas
análises pretendeu-se verificar se ocorrem diferenças na regulação destes genes que
possam estar associadas com diferenças no padrão de acúmulo de cafeína em frutos e
folhas.
Em 1979, Raju e Gopal descreveram que a cafeína é encontrada em todas as
partes do cafeeiro, porém com mais abundância nas flores, nas sementes e nas folhas
mais novas. Estudos posteriores conduzidos por Ashirara e colaboradores (1996)
revelaram que o catabolismo em folhas de café é muito semelhante ao de frutos, sendo
que frutos maduros e folhas velhas têm as menores quantidades de cafeína, enquanto
que folhas novas e frutos imaturos têm as maiores. Tal fato pode ser decorrente da
diminuição da taxa de síntese e aumento da degradação da cafeína em frutos maduros e
folhas velhas, ocorrendo o inverso em folhas novas e frutos imaturos (Ashirara, 1999).
Os resultados obtidos no presente trabalho corroboram os dados descritos por
Raju e Gopal (1979) e Ashirara e colaboradores (1996). No nosso caso, as análises em
77
PCR quantitativo revelaram maior acúmulo de transcritos do gene da cafeína sintase em
folhas jovens que em folhas senescentes de plantas MN, AC1, AC2 e AC3, indicando,
portanto, maior expressão deste gene em folhas jovens. Uma exceção para este padrão
foi observada apenas em folhas do acesso ET4 senescente que apresentaram elevado
acumulo de transcritos, comparado ao acumulo de transcritos em folhas jovens.
Os resultados obtidos neste estudo referentes aos níveis de expressão do gene da
cafeína sintase ao longo do desenvolvimento de folhas corroborou parcialmente o
estudo de expressão desse mesmo gene ao longo do desenvolvimento de frutos de café
realizado anteriormente (Maluf et al., 2009). Além disso, o padrão de expressão do gene
da cafeína sintase nas folhas jovens de plantas adultas avaliadas aqui estão co-
relacionadas com o teor do alcalóide nas futuras sementes a serem produzidas.
Os resultados obtidos criaram a expectativa de se correlacionar a presença do
transcrito menor extra com a não síntese de cafeína em folhas como descrito em frutos
por Maluf et al. (2009), viabilizando assim o uso desse transcrito como ferramenta de
seleção para a característica “descafeinado”, e acelerando a resposta do melhoramento
clássico. Porém o resultado obtido através da análise de PCR semiquantitativo revelou a
presença do transcrito menor extra em folhas jovens de plantas apenas em AC1, AC3 e
ET4, e em folhas senescentes de plantas MN, AC1, AC2, Ac3 e ET4. O fato que em
AC2, mutante descafeinado, as folhas jovens não apresentam o referido transcrito, e que
o mesmo está presente em folhas jovens de ET4, que tem teor normal de cafeína, parece
sugerir uma regulação diferencial entre folhas e frutos. Nesse caso, pode-se concluir que
a presença do transcrito menor extra não está relacionada com a não-síntese de cafeína
em folhas.
É importante notar que, a planta ET4 apresentou comportamento variável
durante os diferentes experimentos, mostrando-se mais influenciável pelas variações
78
nutricionais e climáticas que as demais plantas. Tal susceptibilidade pode ter sido
resultado de efeito pleiotrópico condicionado pela expressão diferencial deste transcrito
menor extra. No entanto, estudos mais detalhados necessitariam ser conduzidos para
comprovar esta hipótese.
Outro aspecto importante está relacionado com as mutações observadas na
região codificadora do gene cafeína sintase de planats AC. Foram relatadas pelo menos
duas alterações importantes relacionadas com o gene da cafeína sintase em AC1: uma
implica na redução dos níveis de expressão do gene e a outra é um SNP no exon 3 no
aminoácio 266 em que ocorre a troca de uma isoleucina para uma valina, que
possivelmente afeta a atividade da enzima. Tais mutações são consideradas “chave” na
determinação do mutante descafeinado. O acesso ET4, por ser da mesma progênie das
plantas ACs, pode apresentar a mutação relacionada com o nível de expressão do gene,
mas não a mutação da atividade da enzima, o que pode explicar as variações
encontradas nos experimentos.
5.2 Expressão das enzimas da via de bissintese da cafeína-
Metilxantosina e Teobromina
Outra forma de correlacionar o teor de cafeína em frutos é investigar os níveis de
expressão de outras enzimas envolvidas na via de biossíntese da cafeína como a
metilxantosina sintase e a teobromina sintase.
Testes de PCR quantitativo revelaram um maior acúmulo de transcritos do gene
da metilxantosina sintase em AC1, AC2, AC3 e ET4 que em MN, o que indica alto
nível de expressão do gene nestas plantas. Verificou-se também que essas mesmas
plantas apresentaram baixo acúmulo de transcritos do gene da teobromina sintase se
79
comparado com MN, indicando baixa expressão do gene nas plantas. Como era
previsto, observou-se também que as plantas AC1, AC2, AC3 e Et4 apresentam baixo
acúmulo de transcritos de cafeína comparado ao MN. Tais resultados sugerem que as
plantas AC1, AC2, AC3 e ET4 têm menor expressão do gene da cafeína comparado ao
MN, sendo que AC1 apresenta a menor expressão e o ET4 apresenta uma expressão
pouco mais baixa que MN. O aumento da expressão do gene da metilxanthosina sintase,
e baixa expressão do gene da teobromina sintase, corroboram o trabalho de Silvarolla et
al. (2004), no qual os autores verificaram o acúmulo de teobromina nas plantas ACs.
Por apresentarem alto acúmulo de teobromina nos frutos, as plantas ACs parecem
apresentar um mecanismo de feedback que seria capaz de reprimir a expressão do gene
da teobromina sintase, suprimindo também a expressão do gene da metilxantosina
sintase. O trabalho publicado por Maluf e colaboradores em 2009 também sugeriu a
possibilidade de ocorrência de um mecanismo de feedback em frutos.
5.3 O transcrito menor extra em folhas
Como já mencionado, Maluf e colaboradores (2009) descreveram a presença de
um transcrito menor extra em frutos de café. Estes autores cogitaram a possibilidade
deste transcrito ser fruto de splicing alternativo do transcrito normal da cafeína sintase,
tendo essa hipótese sido elaborada com base na presença dos exons 1 e 3 do gene da
cafeína sintase no transcrito menor extra. Nesse caso, durante o processamento
alternativo, os introns 1 e 2 seriam processados juntamente com parte do exon 3 (Figura
24).
80
Figura 25: Representação esquemática do gene da cafeína sintase em plantas AC1 (clone genômico), do
transcrito normal (E1/E2/E3) e do transcrito alternativo (E1/E3). Os exons (E) são representados pelos
retângulos e os Introns (I) pelas linhas, com o tamanho de cada região expresso pares de bases (pb). A
posição dos primers (F2 e R2) utilizados na amplificação do transcrito extra está indicada por setas.
A comparação da sequência de nucleotídeos do transcrito menor extra da cafeína
sintase clonado de plantas AC1 com a sequência do transcrito maior de plantas MN
revelou que, apesar de muito semelhantes, as duas sequências apresentam algumas
diferenças pontuais bem como uma troca de base que foi considerada uma mutação
chave (Maluf et al., 2009). Devido à presença destas mutações, os autores propuseram
que o transcrito menor extra poderia ser produto de expressão de outro alelo do gene da
cafeína sintase. Objetivando desvendar tal questão, no presente trabalho foram
realizados diversos ensaios de Southern blot empregando DNA genômico de café.
Entretanto, o uso de sonda não radioativa não se mostrou eficiente e específico,
impossibilitando a obtenção de resultados conclusivos. Diante de tal obstáculo, optou-se
81
por desenhar um par de primers específicos que fosse capaz de amplificar o transcrito
menor extra a partir de DNA genômico e de amostras de cDNA. Nesse caso, a análise
via PCR revelou a amplificação de um produto único em amostras de DNA genômico e
de cDNA provenientes de plantas AC1, sendo o mesmo fragmento (mesmo tamanho e
intensidade) amplificado em amostras de DNA genômico e cDNA obtidas de plantas
MN. Estes resultados sugerem que o transcrito menor extra é fruto de outro alelo do
gene da cafeína sintase.
A suposta existência de outro alelo sustenta a idéia discutida no tópico anterior
de que a presença deste alelo pode influenciar na expressão do gene da cafeína sintase.
Em frutos maduros ele estaria diretamente ligado a não-síntese de cafeína, enquanto que
em folhas ele teria um modo de ação diferente. A forma com que este transcrito pode
interferir com a expressão do gene da cafeína pode estar ligada ao número de cópias
presente no genoma. Essa questão, entretanto, precisa ser mais bem estudada, podendo
ser desvendada com a utilização de PCR em tempo real utilizando sonda TaqMan®
específica para cada alelo.
5.4 Análise nos mutantes Semperflorens e Abramulosa 1 e 2
Como ressaltado na introdução, os mutantes descafeinados ACs apresentam
características fenotípicas incomuns a C. arabica, dentre as quais podem ser citadas: as
folhas menores apresentando as vezes dois ápices; sistema complexo de ramificação
com ramos mais curtos; padrão de florescimento anormal; baixa produção e plantas
menos vigorosas. Tais características já foram relatadas anteriormente em outros
mutantes, como os mutantes Semperflorens e Abramulosas 1 e 2. (Tabela 6).
82
Tabela 6. Características fenotípicas observadas em mutantes Sempreflorens e
Abramulosa 1 e 2 (segundo Carvalho et al., 1991)
Mutante Características
Semperflorens Florescimento quase contínuo, plantas bem enfolhadas, folhas menores
com coloração verde mais intensa, ramos mais curtos e certa resistência a
seca.
Abramulosa 1 Maior número de ramos laterais, folhas de forma anormal, gema da haste
principal afetada e ramos laterais semelhantes a ramos podados.
Abramulosa 2 Folhas nas mudas são mais longas, têm forma anormal, e às vezes
mostram dois ápices. A haste nova e os ramos laterais são anormais no
desenvolvimento resultando um sistema complexo de ramificação.
Segundo uma revisão realizada por Ashihara e Suzuki (2004), a função da
cafeína em plantas ainda é indeterminada, existindo a hipótese de defesa química para
proteger o tecido jovem de predadores como larva de insetos. Entretanto, estudos
conduzidos no Instituto Agronômico de Campinas mostraram que as plantas ACs
apresentam o mesmo grau de infestação por bicho-mineiro que plantas com teores
normais de cafeína (dados não publicados). Uma segunda hipótese aventada é que a
cafeína exerceria algum papel na arquitetura da planta, e nesse caso, os mutantes
Semperflorens e Abramulosa 1 e 2 pela suas características fenotípicas constituiriam
modelos interessantes de estudo. Assim, a expressão do gene da cafeína sintase nesses
mutantes foi avaliada via PCR quantitativo, sendo a presença do transcrito menor extra
investigada em paralelo. Os resultados obtidos mostraram um menor acúmulo de
transcritos do gene alvo nas plantas Abramulosa 1 e 2, quando comparado ao cultivar
MN, e um acúmulo de transcritos em Semperflorens semelhante àquele detectado em
ET4. Adicionalmente, a presença do transcrito menor extra não foi observada nesses
mutantes. Estes resultados parecem revelar uma possível correlação entre o teor de
cafeína e arquitetura da planta, visto que todas as plantas descafeinadas apresentam
alterações fenotípicas, quando comparadas com Coffea arabica, que são semelhantes
àquelas observadas nos três mutantes avaliados.
83
Esta hipótese é suportada quando avalia-se Coffea arabica cv. Laurina,
conhecida por ter baixo ter de cafeína, por volta de 0.6%. O café `Laurina´ foi descrito
por Carvalho, et al. 1988 por apresentar porte pequeno, ramificação densa, internódios
curtos, folhas elíticas e pequenas, frutos e sementes pequenos e afilados na base e
pequena produtividade.
5.5 Análise das regiões 5´e 3’-UTR do gene da cafeína sintase
Alterações nas regiões não traduzidas (UTR) dos genes podem estar associadas
ao aumento ou diminuição de sua expressão. Neste contexto, o presente trabalho visou
analisar as possíveis alterações existentes nas regiões transcritas e não codificadoras do
gene da cafeína sintase.
É possível verificar a existências de trocas pontuais que ocorrem de forma
aleatória nas sequências. Essas trocas podem ser erros de sequenciamento ou podem
representar SNP´s (single nucleotide polymorphism, mutações de nucleotídeos únicos).
Para esclarecimento de tal questão seria necessária uma série de sequenciamentos e
analises não fragmentadas do gene da cafeína. Por esta razão, na análise realizada nesta
dissertação só foram consideradas trocas representativas, ou seja, que incluam pelo
menos três nucleotídeos.
A análise da região 5´UTR do gene da cafeína sintase até o códon de iniciação,
revelou que as sequências amplificadas de folha (AC1Fo) e fruto (AC1Fr) de plantas
AC1 puderam ser separadas em dois possíveis alelos: as sequências que apresentam
uma inserção de 9 pares de bases, e as sequências que não apresentam essa inserção. Tal
inserção pode influenciar a expressão do gene, reprimindo ou superexpressando, porém
pode também estar contida em uma região não funcional, não causando nenhuma
influência sob a expressão do gene. Uma vez que alelos contendo esta inserção são
84
expressos igualmente em genótipos AC1 e MN é provável que esta não tenha papel na
regulação da expressão do gene.
Uma outra questão que surge, a partir dos dados de expressão destes alelos, é se
os mesmo apresentam expressão tecido-específica Com relação a MN, os dois alelos são
expressos em folhas. No entanto, em frutos só foi detectada a expressão do alelo que
apresenta a inserção de 9 pares de bases. Porém, a ausência da expressão do outro alelo
pode ter sido resultado de amplificação e clonagem aleatória. Já em folhas e frutos de
plantas AC1 ambos alelos são igualmente identificados. Assim, não é possível associar
a inserção com regulação da expressão tecido-específica.
Por outro lado., extendendo a análise das sequências das regiões 5´ além do
códon de iniciação é possível notar a existência de inserção de 3 pares de bases em
algumas sequências. Analisando as sequências de AC1 é possível notar que: a sequência
5AC1Fr2 possui a inserção já citada de 9 pares de bases e mais uma inserção de três
pares de bases “ATA” pós códon de iniciação; a sequência 5AC1Fr7 não contem
nenhuma das inserções; já a sequência 5AC1Fr1 possui a inserção de nove pares de
bases bases mas não possui a inserção de 3 pares de bases pós códon de iniciação. As
sequências de folhas 5AC1Fo, todas, apresentam a inserção de nove pares de bases já
descritas e ainda a inserção de 3 pares de bases “AAC” pós códon de iniciação.
Levando-se em consideração a combinação destes resultados com os obtidos
para a região anterior ao códon de iniciação pode-se concluir que na verdade o gene da
cafeína sintase apresenta 4 alelos em plantas AC1, sendo 1 alelo expresso em folha e 3
expressos em fruto.
Utilizando-se a mesma estratégia para análise das sequências de MN pode-se
verificar que a sequência 5MNFo7 apresenta a inserção de 9 pares de bases já descritas
e uma inserção de três pares de bases “AAC” pós códon de iniciação na mesma posição
85
que as inserções descritas em AC1. A sequência 5MNFo5 não apresenta nenhuma das
inserções descritas. enquanto que a sequência 5MNFr e 5MNFo6 apresentam a
inserção de 9 pares de bases mas não a inserção pós códon de iniciação. Pode-se
sugerir, então, a existência de 4 alelos em MN, sendo 1 alelo de fruto e 3 alelos de folha.
Com base nos resultados obtidos a partir das análises das regiões 5’-UTR é
possível supor a ocorrência de dois alelos para o gene da cafeína sintase em AC1 e em
MN. Já se consideramos também parte da sequência alinhada após o códon de iniciação
foram identificados 4 alelos distintos, tanto para AC1 quanto para MN. No entanto para
definir quantos alelos e/ou genes estão relacionados com a transcrição de cafeína sintase
é necessário combinar estes dados com aqueles obtidos do seqüenciamento da região
codificadora genômica. Para isto, a estratégia utilizada neste estudo não é adequada,
uma vez que parte do seqüenciamento de regiões fragmentadas e clonadas do genes. A
fim de se obter a sequência interira dos alelos é necessário o sequencimaneto de regiões
únicas do genoma contendo o(s) loco(s) completo, como as encontradas em BACs.
Analisando a porção faltante 3´ UTR foi possível verificar que apesar das
diferenças verificadas entre as sequências 3´UTR de Folhas e Frutos e de 3´UTR de MN
e AC1 as sequências destas regiões faltantes não-codificadoras não alinharam com as
sequências utilizadas como referência para o desenho dos primers, alinhando somente
com a sequência disponível no banco de EST (sequências expressas). Isto pode
significar que os primers sintetizados não são específicos para o gene da cafeína sintase,
logo as regiões amplificadas e clonadas podem ser originários de outros genes das N-
metiltrasnferases, visto que os genes desta família apresentam mais de 80% de
identidade.
86
6. Conclusões
87
1-) A presença do transcrito menor extra não está relacionado com a não síntese de
cafeína em folhas, como descrito em frutos;
2-) Parece ocorrer regulação diferencial da cafeína sintase em folhas e frutos;
3-) É possível utilizar análise de nível de expressão do gene CS em folhas como
ferramenta de seleção precoce
88
7. Bibliografia
89
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