2. Materiais e m
´
etodos 28
• Aceptores de ponte de hidrogˆenio
• Doadores de ponte de hidrogˆenio
• Arom´aticos
• Enxofres
Seguem as classes dos ´atomos:
• Hidrof´obicos: ALA(CB), ARG(CB, CG, CD), ASN(CB), ASP(CB), CYS(CB),
GLN(CB, CG), GLU(CB, CG), HIS(CB, CG, CD2, CE1), ILE(CB, CG1, CG2,
CD1), LEU(CB, CG, CD1, CD2), LYS(CB, CG, CD), MET(CB, CG, CE),
PHE(CB, CG, CD1, CD2, CE1, CE2, CZ), PRO(CB, CG, CD), THR(CG2),
TRP(CB, CG, CD1, CD2, CE2, CE3, CH2, CZ, CZ2, CZ3), TYR(CB, CG,
CD1, CD2, CE1, CE2, CZ), VAL(CB, CG1, CG2)
• Positivos: ARG(NH1, NH2), HIS(ND1, NE2), LYS(NZ)
• Negativos: ASP(OD1, OD2), GLU(OE1, OE2)
• Aceptores: ALA(O), ARG(O), ASN(O, OD1), ASP(O, OD1, OD2), CYS(O),
GLN(O, OE1), GLU(O, OE1, OE2), GLY(O), HIS(O), ILE(O), LEU(O), LYS(O),
MET(O), PHE(O), PRO(O), SER(O), THR(O), TRP(O), TYR(O), VAL(O)
• Doadores: ALA(N), ARG(N, NE, NH1, NH2), ASN(N, ND2, OD1), ASP(N),
CYS(N), GLN(N, NE2), GLU(N), GLY(N), HIS(N, ND1, NE2), ILE(N), LEU(N),
LYS(N, NZ), MET(N), PHE(N), PRO(N), SER(N, OG), THR(N, OG1), TRP(N,
NE1), TYR(N, OH), VAL(N)
• Arom´aticos: HIS(CG, ND1, CD2 , CE1, NE2), PHE(CG, CD1, CD2, CE1, CE2,
CZ), TRP(CG, CD1, CD2, NE1, CE2, CE3, CZ2, CZ3, CH2), TYR(CD1, CD2,
CE1, CE2, CG, CZ)
• Enxofre: CYS(S), MET(SD)
Consideramos que dois r es´ıduos de amino´acidos fazem algum tipo de contato se, e
somente se:
1. A distˆancia seq¨uencial entre eles for de, no m´ınimo, 3 res´ıduos;
2. Algum dos ´ato mos de um dos res´ıduos estiver a uma distˆancia tridimensional
dentro dos intervalos de corte pr´e-definidos para suas classes de algum ´atomo do
outro res´ıduo;
3. Os ˆangulos entre os ´atomos n˜ao s˜ao considerados no cˆomputo dos contatos.