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Universidade
Católica de Brasília
PRÓ-REITORIA DE PÓS-GRADUAÇÃO E PESQUISA
STRICTO SENSU EM CIÊNCIAS GENÔMICAS E
BIOTECNOLOGIA
Mestrado
DESENVOLVIMENTO DE PAINÉIS MULTIPLEX DE MARCADORES
MICROSSATÉLITES PARA PROGRAMAS DE MELHORAMENTO
ASSISTIDO PARA QUALIDADE DE GRÃOS EM ARROZ (ORYZA
SATIVA L.)
AUTOR: Thaísa Sant´Anna Lacerda
Orientador: Dr. Márcio Elias Ferreira
BRASÍLIA
2009
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1
THAÍSA SANT´ANNA LACERDA
DESENVOLVIMENTO DE PAINÉIS MULTIPLEX DE MARCADORES
MICROSSATÉLITES PARA PROGRAMAS DE MELHORAMENTO
ASSISTIDO PARA QUALIDADE DE GRÃOS
EM ARROZ (ORYZA SATIVA L.)
Dissertação apresentada ao Programa de
Pós-Graduação Stricto Sensu em Ciências
Genômicas e Biotecnologia da
Universidade Católica de Brasília, como
requisito parcial para obtenção do Título de
Mestre em Ciências Genômicas e
Biotecnologia.
Orientador: Dr. Márcio Elias Ferreira
Brasília
2009
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Dissertação de autoria de Thaísa Sant´Anna Lacerda, intitulada “Desenvolvimento
de painéis multiplex de marcadores microssatélites para programas de melhoramento
assistido para qualidade de grãos em arroz (Oryza sativa L.)”, apresentada como requisito
parcial para obtenção do grau de Mestre em Ciências Genômicas e Biotecnologia da
Universidade Católica de Brasília, em 18 de agosto de 2009, defendida e aprovada pela
banca examinadora abaixo assinada:
______________________________________________
Prof. Dr. Márcio Elias Ferreira
Orientador
Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia
______________________________________________
Prof. Dr. Georgios Joannis Pappas Jr.
Mestrado em Ciências Genômicas e Biotecnologia – UCB
Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia
______________________________________________
Dr. Paulo Hideo Nakano Rangel
Embrapa Arroz e Feijão
Brasília
3
Dedico
A minha mãe, meu orientador Márcio Elias, à toda equipe do LGV e
a todos que possam usufruir deste trabalho em prol da ciência,
4
“...Nenhuma outra atividade econômica alimenta tantas pessoas, sustenta tantas famílias, é tão crucial para o
desenvolvimento de tantas nações e apresenta mais impacto sobre o nosso meio ambiente. A produção de
arroz alimenta quase a metade do planeta todos os dias, fornece a maior parte da renda principal para milhões
de habitações rurais pobres, pode derrubar governos e cobre 11% da terra arável do planeta." (Ronald Cantrell,
2002).
5
Agradecimentos
Em Primeiro lugar devo meus agradecimentos a DEUS, que foi e sempre será
minha força e minha motivação. Minha eterna gratidão por ter me capacitado e por me dar
força e Fé nos momentos de grandes medos e incertezas.
Ao Meu orientador Dr. Márcio Elias Ferreira pela orientação, incetivo,
compreensão, amizade, reconhecimento pela competência e pelos ensinamentos que me
proporcionou
Ao Dr. Paulo Hideo Nakano Rangel, pelos ensinamentos, disponibilidade e auxílio
neste trabalho.
Aos Pesquisadores Dr. Giorgio Pappas, Dr. Roberto Togawa e Marcos Mota pelo
grande auxilio e ensinamentos na parte de Bioinformática .
À EMBRAPA CENARGEN por toda infraestrutura, apoio, suporte financeiro e
oportunidade no desenvolvimento deste trabalho.
À Universidade Católica de Brasília e aos meus Mestres pela opotunidade de
compreensão e realização do curso.
A todos do Laboratório de Genética Vegetal. Aos meus colegas que fiz no
laboratório e sempre serão lembrados, Adriana Custódio, Andréa Schimit,César Petroli,
Ediene Golveia, Káren Vilarinho, Leandro Nogueira, Marco Aurélio Pessoa, Marco
Antônio Ferreira, Marilia Pappas, Márcio Moretzon, Natália Lhamas, Túlio Lins, Regisley
Durão, e Rodrigo Furtado pela grande parceria, amizade, momentos de descontração e
boas risadas, e por toda ajuda que me foi dada. Em especial às minhas amigas Bruna
Jaqueline, Carolina Sansaloni e Danielle Paiva pela maravilhosa amizade, grande carinho e
palavras que me deram nas horas mais dolorosas. Obrigada pelo grande incentivo, apoio,
ensino e ajuda. Amo Vocês .
Aos meus amigos: Carolina Evangelista, Ana Carolina Auler, Denise Lacerda,
Fabíola Pessoa, Gabriela Toscano, Gláucia Pimentel, Gisele Gontijo, Kalina Maurer, Kelen
Oliveira, Larissa Dias, Laura Prado, Lucas Marques, Mayra Braga, Marília Pimentel, Tiara
Fialho, Sophia Gontijo, Sumaia Sampaio e Rachel Costa pela força, torcida e compreensão
por minha ausência, ansiedade e impaciência durante o desenvolvimento e finalização
deste trabalho.
Em especial ao meu namorado e grande PARCEIRO Rodrigo Moura por todos os
dias, horas e minutos que passou ao meu lado. Seu amor, carinho, dedicação e
6
compreensão me engradeceu a cada momento que passamos juntos. Obrigado por sua
força, torcida, palavras, e encorajamento. Seu amor foi essencial por todas as dificuldades
que passei até a conclusão deste mestrado. Te Amo muito.
Agradeço a minha família: meus irmãos, minha vó, meu pai, e especialmente minha
mãe, a qual pude ter todo apoio em minha decisão, desde o auxílio financeiro, às
maravilhosas palavras e gestos de amor. Obrigada por sua compreensão e seu amor
incondicional. Sem você nada disso seria concluído, meu eterno amor e agradecimentos.
E a todos aqueles que, de alguma forma, contribuíram para a realização deste
trabalho, o meu MUITO OBRIGADA
7
LACERDA, Thaísa Sant´Anna. Desenvolvimento de painéis multiplex de marcadores microssatélites para
seleção assistida para qualidade de grãos de arroz (Oryza sativa L.”, 230 páginas. Dissertação de Mestrado
em Ciências Genômicas e Biotecnologia – Universidade Católica de Brasília, Brasília-DF, 2009.
O sucesso de uma variedade de arroz depende cada vez mais da qualidade dos seus
grãos. A culinária brasileira exige, em geral, variedades com grãos longos, finos e alta
qualidade de características físico-químicas, resultando em grãos mais soltos após a
cocção. Qualidade de grãos é uma característica complexa, controlada por vários genes. O
amido representa 90% do peso seco do grão beneficiado de arroz. A estrutura do amido é
composta por dois tipos de polissacarídeos: amilose e amilopectina. Portanto, a
composição de amilose e amilopectina no endosperma influencia diretamente a qualidade
do grão de arroz. As enzimas da via metabólica de amido são codificadas por genes
distribuídos em vários cromossomos, como os genes da ADP-glucose pirofosforilase, da
sintase de amido, e das enzimas de ramificação e de desramificação de amido. Variação
alélica nestes genes ou na região destes genes, em desequilíbrio de ligação com as
sequências codantes que afetam a produção de amido pode, em tese, ser usada para
selecionar indiretamente para o aumento da qualidade de grãos de arroz. Isto é importante
porque a avaliação de qualidade de grãos em etapas iniciais do programa de melhoramento
é, na prática, difícil de ser realizada. Os procedimentos de análise de qualidade de grãos
(teor de amilose aparente, temperatura de gelatinização; coesividade, textura, etc.)
demandam razoável quantidade de sementes, em geral não disponíveis nas primeiras
gerações do programa de melhoramento. E mesmo na etapa final, quando a quantidade de
sementes é suficiente, a fenotipagem para qualidade de grãos é complexa e intensiva em
mão-de-obra. Portanto, a seleção indireta baseada em marcadores moleculares pode ter
efeito significativo no melhoramento para qualidade de grãos se genótipos superiores
puderem ser selecionadas nas etapas iniciais do programa. Este trabalho teve por objetivo
desenvolver painéis de marcadores microssatélites situados na região de genes da via
metabólica de amido para uso em seleção assistida para qualidade de grãos. O objetivo foi
desenvolver painéis de marcadores microssatélites com as seguintes características: (1)
capacidade de amplificação simultânea de alelos em quatro ou mais locos microssatélites
ligados a genes da via metabólica de amido; (2) qualidade e repetibilidade dos produtos de
PCR em análise de polimorfismo em seqüenciadores de DNA; (3) alto conteúdo
informativo (PIC) e diversidade gênica esperada dos marcadores selecionados; (4) análise
combinada de pelo menos uma dezena de locos da via metabólica de amido, ou seja, o
conjunto de painéis multiplex deve possibilitar a análise indireta de polimorfismo de DNA
na região de vários genes selecionados. Para isto, foram identificadas milhares de
sequências microssatélites na região de 11 genes da via metabólica de amido. Nestas
regiões genômicas foram selecionados dois microssatélites acima e dois abaixo de cada
gene, a uma distância máxima 200 kpb da sequência codificante. Quarenta-e-quatro
microssatélites, sendo quatro na região de cada um dos 11 genes, distribuídos em seis
cromossomos, foram selecionados para análise. Iniciadores (primers) de PCR foram
desenhados, sintetizados e testados para cada marcador. Deste total, trinta e quatro
marcadores microssatélites foram selecionados para análise. Após testar diferentes
combinações de marcadores para amplificação alélica simultânea, foram desenvolvidos
três painéis multiplex (dois tetraplexes e um pentaplex), com capacidade de genotipagem
de 11 locos microssatélites ligados a genes da via metabólica de amido. Um painel
adicional com quatro marcadores, capaz de substituir na íntegra os marcadores de um dos
tetraplexes, também foi desenvolvido. Cada painel possui pelo menos um loco em comum
8
com os demais (SBE-IIa.H4), permitindo o controle de genotipagem entre painéis e
minimizando a possibilidade de erro humano durante os ensaios. O PIC médio estimado
dos locos selecionados foi 0,609, variando de 0,128 a 0,891, e a Probablilidade de
Exclusão combinada dos painéis multiplexes selecionados foi de 0,9965-Painel J; 0,993-
Painel K; 0,999 Painel L e 0,9992 Painel M. Os painéis multiplexes foram validados para
seleção para qualidade de grãos de arroz através de mapeamento de QTLs de componentes
de qualidade de grãos e através de testes independência entre fenótipo e genótipo em
amostras de acessos do Banco de Germoplasma de Arroz tomadas ao acaso. O
mapeamento de QTLs foi realizado em uma população de linhagens puras recombinantes
(RIL) derivada do cruzamento entre as cultivares Chorinho e Amaroo. Cinco (AGPS2.C4,
Waxy.F4,SBE-I.G3,SBE-IIb.I3, SSIIa.L2) dos 34 locos microssatélites desenvolvidos
apresentaram segregação alélica nesta população. A população foi fenotipada para sete
componentes de qualidade de grãos: Teor de Amilose (TA), Temperatura de Gelatinização
(TG), Centro Branco (CB), Largura do Grão (LG), Comprimento do Grão (CG),
Rendimento de Benefício (RB) e Rendimento de Grãos Inteiros (RI). Foram detectados
QTLs de qualidade de grãos na região dos microssatélites Waxy.F4 (Teor de Amilose e
Centro Branco) e SSIIa.L2 (Temperatura de Gelatinização) no cromossomo 6, e
AGPS2.C4 (Largura do Grão) no cromossomo 8. Outros QTLs de componentes de
qualidade de grãos foram detectados para Comprimento do Grão (cromossomo 7), Largura
do Grão (cromossomos 2, 7 e 9) e Centro Branco (cromossomos 1 e 11). Uma amostra de
23 acessos do Banco de Germoplasma foi caracterizada para os sete componentes de
qualidade de grãos já descritos e genotipada com os 34 marcadores microssatélites. Em
testes de independência entre genótipo e fenótipo, os marcadores AGPS1.A1, AGPS1.A2,
Dbe.Pul.E3, SBE-IIa.H2, SBE-IIa.H3 e SBE-IIb.I2 permitiram a identificação dos acessos
do Banco de Germoplasma com mais do que 22% de Teor de Amilose com grande
acurácia. Merece destaque o marcador SBE-IIb.I2, com uma eficiência de 82% na
identificação de acessos com alto e baixo Teor de Amilose no Banco de Germoplasma.
Todos os acessos com genótipo 154/154 no marcador AGPS1.A1 apresentaram Teor de
Amilose menor do que 22%. Para Largura do Grão, grande parte dos acessos testados com
o marcador Dbe.Pul.E3 possui um índice de Largura do Grão maior do que 5,0 (largo a
extra-largo). Já o marcador AGPS2.C4 permitiu a identificação da maioria dos acessos de
grãos finos e extra-finos, com índice Largura do Grão menor do que 5,0 (genótipo
184/184). Os dados de mapeamento de QTLs na população RIL Chorinho x Amaroo e de
avaliação genética de amostras do Banco de Germoplasma de arroz permitem concluir que
os marcadores microssatélites desenvolvidos na região dos genes AGPS1, AGPS2,DBE-
Pullulanase, Waxy, SBE-IIa e SSIIa da via metabólica de amido são informativos para
emprego em seleção assistida para qualidade de grãos de arroz.
Palavras-chave: microssatélite, qualidade de grãos, teor de amilose, seleção assistida, temperatura de
gelatinização.
Dissertação de Mestrado em Ciências Genômicas e Biotecnologia, Universidade Católica de Brasília,
Brasília, DF, Brasil, (282p.) Agosto, 2009
9
ABSTRACT
The success of a rice variety is increasingly dependent on the quality of its grain. The
Brazilian cuisine requires, in general, varieties with high physical-chemical properties,
with long and narrow grains, resulting in loose grains upon cooking. Grain quality is a
complex trait controlled by several genes. Starch represents 90% of the grain dry weight.
The structure of starch is composed by two types of polysaccharides: amylose and
amylopectin. Therefore, the composition of amylose and amylopectin in the endosperm
directly influences the quality of the rice grain. The enzymes of the starch pathwayare
encoded by genes located in several chromosomes, such as the genes coding for ADP-
glucose pyrophosphorylase, starch synthase and starch branching and debranching enzyme
. It is expected that allelic variation in these genes or in the region in linkage
disequilibrium with the coding sequences which affect the production of starch can, in
theory, be used to indirectly select for grain quality. This is important because the
assessment of grain quality in the initial stages of a breeding program is in practice
difficult to achieve. Grain quality analysis (apparent amylose content, gelatinization
temperature, cohesiveness, texture, etc.) requires a reasonable amount of seed, what
generally is not available in earlier generations of a breeding program. Even in the final
stage, when the amount of seed is higher, phenotyping for grain quality is a complex and
labor intensive endeavour. Therefore, indirect selection based on molecular markers might
have significant effect on breeding for grain quality if superior genotypes can be selected
in the initial stages of the breeding program. The present study aimed to develop panels of
microsatellite markers in the vicinity of starch pathway genes for use in assisted selection
for grain quality. The objective was to develop panels of microsatellite markers with the
following characteristics: (1) ability to simultaneous amplification of alleles at four or
more microsatellite loci linked to genes of the starch pathway, (2) quality and repeatability
of the PCR products for DNA polymorphism analysis, (3) high information content (PIC)
and gene diversity expected of selected markers, (4) combined analysis of at least ten loci
of the pathway of starch, which means that the set of multiplex panels should allow the
indirect analysis of DNA polymorphism in the region of several selected starch pathway
genes. For this, we identified thousands of microsatellite sequences in the vicinity of 11
genes of the starch pathway. Two microsatellite loci upstream and two downstream of a
starch pathway coding gene were then selected, at a maximum distance of 200 kpb on each
direction. Four microsatellites located in the flanking region of each of 11 starch patway
genes, distributed among six chromosomes, were selected for analysis. PCR primers were
designed, synthesized and tested for each of the 44 markers. Of this total, thirty-four
microsatellite markers were finally selected for analysis. After testing different
combinations of markers for simultaneous allele amplification, three multiplex panels (two
with four markers e one with five markers) were developed, which are capable of
genotyping 11 microsatellite loci linked to starch pathway genes. An additional panel with
four markers, which can fully replace the panels with four markers, was also developed.
All panels have at least one microsatellite marker (SBE-IIa.H4) in common, allowing for
10
genotyping control, minimizing the possibility of human error during the PCR assays. The
estimated average PIC value of the loci studied was 0.609, ranging from 0.128 to 0.891,
and the combined Probability of Exclusion of the selected panels were 0.9965(Panel J);
0.993(Panel K), 0.999 (Panel L) and 0.9992 (Panel M). The multiplex panels have been
validated for selection for grain quality of rice by QTL mapping of grain quality traits and
through genotype and phenotype independence tests based on random accessions of the
Rice Germplasm Bank. QTL mapping was performed in a population of recombinant
inbred lines (RIL) derived from the cross between the cultivars Chorinho and Amaroo.
Five (AGPS2.C4, Waxy.F4, SBE-I.G3, SBE-IIb.I3, SSIIa.L2) of 34 microsatellite loci
selected showed allelic segregation in this population. The population was phenotyped for
seven traits: Amylose Content (TA), Gelatinization Gemperature (TG), White Center (CB),
Grain Width (LG), Grain Length (CG), Grain Milling (RB), Whole Grain Milling and
Grain Yield (RI). QTLs were detected for grain quality in the region of the microsatellites
Waxy.F4 (Amylose Content and White Center) and SSIIa.L2 (Gelatinization Gemperature)
on chromosome 6, and AGPS2.C4 (Grain Width) on chromosome 8. QTLs for other traits
were detected in other genome regions, such as Grain Length (chromosome 7), Grain
Width (chromosomes 2, 7 and 9) and White Center (chromosomes 1 and 11). A sample of
23 accessions of of the Rice Germplasm Bank was analised for the seven traits described
above and genotyped with the 34 microsatellite markers. Independence tests using the
markers AGPS1.A1, AGPS1.A2, Dbe.Pul.E3, SBE-IIa.H2, SBE-SBE-IIa.H3 and IIb.I2
allowed the identification of accessions of the Germplasm Bank with more than 22% of
Amylose Content with great accuracy. Also noteworthy is the marker SBE-IIb.I2, with an
efficiency of 82% in the identification of accessions with high and low Amylose Content in
the gene bank. On locus AGPS1.A1, all accessions with the 154/154 marker genotype
presented less than 22% of amylose contente. Most of the accessions tested with the
marker Dbe.Pul.E3 had a Grain Width index greater than 5.0 (large to extra large grain).
Marker AGPS2.C4 allowed the identification of most narrow and extra-thin grain
accessions, with an index lower than 5.0 (genotype 184/184). The QTL mapping data of
the RIL population Chorinho x Amaroo and the genetic evaluation of samples of the Rice
Germplasm Bank suggest that the microsatellite markers developed in the region of the
starch pathway genes AGPS1, AGPS2, DBE-pullulanase, Waxy, SBE-IIa and SSIIa are
informative for use in assisted selection for grain quality of rice.
.
Keywords:
1. MICROSSATELITE, GRAIN QUALITY, AMYLOSE CONTENT , GELATINIZATION
TEMPERATURE, MARKER ASSISTED SELECTION, STARCH
Master Thesis on Genomics and Biotechnology, Catholic University of Brasilia, Brasília, DF, Brazil, (282p.)
August, 2009.
11
LISTA DE ILUSTRAÇÕES
Figura 1. (a) Estrutura do grão de arroz em corte transversal; (b) O beneficiamento do arroz
consiste em retirar a casca (20% do peso seco) e camadas superficiais de tecido (resultando
em farelo), para obter o grão polido. O amido representa cerca de 90% do peso seco do
grão polido. ................................................................................................................................ 21
Figura 2- (a) A amilose é um polímero com cadeia linear contendo ligações glicosil α-1,4;
(b) A amilopectina é um polímero ramificado, que consiste em cadeias lineares de resíduos
de glicose, contendo ligações α-1,4 e α-1,6. O conteúdo de amido e amilose na composição
do amido afeta a qualidade do grão de arroz. ............................................................................ 25
Figura 3 – (a) grãos não-glutinosos, rico em amilose, com aspecto translúcido; (b) grãos
glutinosos, ricos em amilopectina, com aspecto opaco. ............................................................ 26
Figura 4 - Via metabólica de síntese de amido. ......................................................................... 28
Figura 5. O gene waxy codifica a enzima UDP-glucosil transferase do grão de amido
(granule-bound starch synthase - GBSS), que atua na síntese de amilose no endosperma
(triplóide) e no grão de pólen (haplóide) de arroz. A região codificante do gene waxy é
interrompida por 13 íntrons. As barras verticais hachuradas representam regiões que
apresentam mutações detectadas que afetam o conteúdo de amilose na estrutura do amido
do endosperma de arroz. ............................................................................................................ 33
Figura 6- Fluxograma das atividades que foram realizadas no presente trabalho. .................... 48
Figura 7- Esquema de distribuição dos 11 genes selecionados no genoma de arroz. ............... 81
Figura 8- Ensaios de PCR com 34 marcadores microssatélites situados na região de genes
da via metabólica de amido. DNA extraído da cultivar Nipponbare, referência em estudos
genômicos de arroz, foi utilizado em reações com cada um dos marcadores
individualmente, confirmando o tamanho esperado do produto de PCR em cada loco. ........... 83
Figura 8- continuação ................................................................................................................ 84
Figura 8- continuação ................................................................................................................ 85
Figura 9 - (A) – Painel pentaplex com reação de PCR baseada em soluções preparadas no
laboratório (“caseira”) usado na genotipagem da cultivar padrão Nipponbare; (B) O
mesmo painel usado na genotipagem da cultivar padrão Nipponbare, mas com protocolo
baseado no kit QIAGEN® Multiplexer PCR. ........................................................................... 90
Legenda: C4 - AGPS2.C4, D1 - Dbe.Isa1.D1, G3- SBE-I.G3, H4- SBE-IIa.H4 e I3- SBE-
IIb.I3. ......................................................................................................................................... 90
Figura 10- Desenho esquemático da distribuição dos marcadores microssatélites que
compõem os quatro Painéis Multiplex (J, K, L e M) nos 12 cromossomos de arroz. ............... 92
12
Figura 10- Continuação. ............................................................................................................ 93
Figura 11 – Genotipagem da cultivar padrão Nipponbare com painéis multiplex de
microssatélites situados na região de genes da via metabólica de amido. ................................. 94
Legenda: A1- AGPS1.A1, B2- AGPL2.B2, C4 - AGPS2.C4, D1 - Dbe.Isa1.D1, E2-
Dbe.Pul.E2, F2 - Waxy.F2, F4 -Waxy.F4, G3- SBE-I.G3, H4- SBE-IIa.H4, I3- SBE-
IIb.I3, J2- SSIIb.J2, J4 -SSIIb.J4 e L1- SSIIa.L1. ................................................................... 94
Figura 12- Distribuição de freqüências da característica Centro Branco na população de
linhagens puras recombinantes do cruzamento entre Chorinho (C) e Amaroo (A). ................. 98
Figura 13- Distribuição de freqüências da característica Comprimento do Grão na
população de linhagens puras recombinantes do cruzamento Chorinho (C) e Amaroo (A). .... 99
Figura 14- Distribuição de freqüências da característica Largura do Grão na população de
linhagens puras recombinantes do cruzamento Chorinho (C) e Amaroo (A). ........................ 100
Figura 15- Distribuição de freqüências da característica Rendimento de Benefício na
população de linhagens puras recombinantes do cruzamento Chorinho (C) e Amaroo (A). .. 100
Figura 16- Distribuição de freqüências da característica Rendimento de Grãos Inteiros na
população de linhagens puras recombinantes do cruzamento Chorinho (C) e Amaroo (A). .. 101
Figura 17- Distribuição de freqüências da característica Teor de Amilose na população de
linhagens puras recombinantes do cruzamento Chorinho (C) e Amaroo (A). ........................ 102
Figura 18- Distribuição de freqüências da característica Temperatura de Gelatinização na
população de linhagens puras recombinantes do cruzamento Chorinho (C) e Amaroo (A) ... 103
Figura 19 – Coeficientes de correlação de Pearson entre as 7 características avaliadas nas
linhagens de Chorinho x Amaroo. Onde: CB= Centro Branco; CG= Comprimento do Grão;
LG= Largura do Grão; RB= Rendimento de Benefício; RI= Rendimento de Grãos Inteiros;
TA= Teor de Amilose; TG= Temperatura de Gelatinização. .................................................. 104
Figura 20– Mapa de ligação de marcadores microssatélites baseados na população RIL
Chorinho x Amaroo. O mapa inclui 141 locos agrupados em 12 grupos de ligação,
incluindo cinco dos 34 marcadores ligados a genes da via metabólica de amido
(AGPS2.C4, Waxy.F4, SBE-I.G3, SBE-IIb.I3 e SSIIa.L2). O tamanho total estimado do
mapa foi de 1.696,9 cM, com uma densidade média de um marcador a cada 13,69 cM. ....... 107
Figura 20– Continuação .......................................................................................................... 108
Figura 21 – QTLs identificado para Centro Branco do cruzamento de Chorinho e Amaroo,
nos grupos de ligação 1 (A); 6 (B) e 11(C) por mapeamento de Intervalo Composto (cof.
10). O valor de LOD crítico utilizado como ponto de corte foi de 2,7, e está representado
pela linha horizontal. A linha horizontal delimita o LOD crítico. ........................................... 111
Figura 21 –Continuação .......................................................................................................... 112
13
Figura 22 – QTLs identificados para Largura do grão, nas linhagens do cruzamento de
Chorinho e Amaroo, nos grupos de ligação 2 (A),7 (B), 8 (C), e 9 (D), por mapeamento de
Intervalo Composto (cof. 8). O valor de LOD crítico utilizado como ponto de corte foi de
2,8, e está representado pela linha horizontal. A linha horizontal delimita o LOD crítico. .... 115
Figura 22 – Continuação. ........................................................................................................ 117
Figura 23 – QTL identificado no cromossomo 7 para Comprimento do grão, nas linhagens
do cruzamento de Amaroo e Chorinho, por Mapeamento de Intervalo Composto (cof. 8). O
valor de LOD crítico utilizado como ponto de corte foi 6,2, e está representado pela linha
horizontal. ................................................................................................................................ 119
Figura 24 – QTL associado à característica Temperatura de Gelatinização no grupo de
ligação 6 através de mapeamento de Intervalo Composto (cof. 10) utilizando a população
RIL Chorinho x Amaroo. O valor de LOD crítico utilizado como ponto de corte foi de 6,6
e está representado pela linha horizontal. ................................................................................ 122
Figura 25 – QTL identificado para Teor de amilose, nas linhagens do cruzamento de
Chorinho e Amaroo, no grupo de ligação 6 por mapeamento de Intervalo Composto (cof.
8). O valor de LOD crítico utilizado como ponto de corte foi de 6,5, e está representado
pela linha horizontal. ............................................................................................................... 124
Figura 26– Representação da localização de QTLs nos cromossomos de arroz
significativamente associados a componentes de qualidade de grãos de arroz. Os QTLs
detectados por análise de intervalo composto incluem regiões associadas ao controle de
Centro Branco (CB), Teor de Amilose (TA), Largura do Grão (LG) e Comprimento do
Grão (CG). ............................................................................................................................... 127
Figura 27- Dendrograma resultante da análise baseada na distância genética calculada por
“Shared Allele Distance” de 28 acessos de arroz com 405 marcadores de arroz do estoque
do laboratorio, agrupados por UPGMA . ................................................................................ 134
Figura 28- Dendrograma resultante da análise baseada na distância genética calculada por
“Shared Allele Distance” de 28 acessos de arroz com os 34 marcadores de síntese amido
no grão, agrupados por UPGMA. ............................................................................................ 135
14
LISTA DE TABELAS
Tabela 1- Composição química e valores energéticos do grão de arroz classe longo finos
(por 100 gramas). ....................................................................................................................... 23
Tabela 2- Enzimas das via metabólica de amido e respectivos locos gênicos no genoma de
arroz utilizadas no desenvolvimento de marcadores microssatélites para seleção assistida
para qualidade de grãos. As letras abaixo do código de cada enzima (A-L) identificam cada
loco gênico e os respectivos microssatélites localizados na região destes genes. ..................... 49
Tabela 3-Acessos do Banco de Germoplasma de Arroz usados na avaliação dos
marcadores microssatélites selecionados na região de genes da via metabólica de amido. ...... 55
Tabela 4 – Descrição do gene “Oryza sativa soluble starch synthase II-2” e dos locos de
sequência microssatélite identificados na região de 200.000 pb acima e abaixo do gene. Os
microssatélites selecionados para estudos de qualidade de grãos de arroz são identificados
em negrito. Os dados dos outros 10 genes selecionados são apresentados no Anexo 1. .......... 70
Tabela 5- Relação dos 44 primers marcados de acordo com os marcadores microssatélites
ligados a genes da via metabólica de amido. Os marcadores marcados em negrito
apresentaram amplificação consistente e robusta de produtos de PCR em acessos de arroz e
foram selecionados para análise. ............................................................................................... 77
Tabela 6- Relação dos 44 microssatélites ligados a genes da via metabólica de amido. .......... 79
Tabela 7 – Estimativa de parâmetros genéticos de 34 locos de marcadores microssatélites
ligados a genes da via metabólica de amido em arroz. As estimativas são baseadas em uma
amostra de 26 acessos da espécie com diversidade genética e variabilidade fenotípica para
componentes de qualidade de grãos de arroz. ........................................................................... 87
Tabela 8 – Os painéis J, K, L e M combinam 13 locos microssatélites na região de genes da
via metabólica de amido, marcados com fluorocromos 6-FAM, HEX e NED, e distribuídos
em 6 cromossomos de arroz. ..................................................................................................... 91
Tabela 9- Informações de estatísticas descritivas, conteúdo polimórfico informativo (PIC)
e probabilidades de identidade (PI) e de exclusão (PE) dos painéis J,K,L e M. ....................... 95
Tabela 10- Valores médios de características relacionadas à qualidade de grãos de arroz
avaliada nas cultivares parentais e linhagens puras recombinantes derivadas do cruzamento
Chorinho x Amaroo. Onde: CB= Centro Branco; CG= Comprimento do Grão; LG=
Largura do Grão; RB= Rendimento de Benefício; RI= Rendimento de Grãos Inteiros; TA=
Teor de Amilose; TG= Temperatura de Gelatinização ............................................................. 98
Tabela 11 - ANOVA das características avaliadas na populaçao RILs do cruzamento de
Amaroo e Chorinho ................................................................................................................. 103
Tabela 12- Estimativas de parâmetros genéticos e fenotípicos de características avaliadas
na populaçao RILs do cruzamento de Chorinho x Amaroo. ................................................... 104
15
Tabela 13 – Locos microssatélites ligados a genes da via metabólica de amido com
evidência de associação à característica Centro Branco, com base em valores estimados de
χ
2
(com correção de Yates) e de testes exatos de Fisher. ........................................................ 109
Tabela 14- Marcadores associados à característica Centro Branco na população RIL
Chorinho x Amaroo por análise de marca simples. ................................................................. 110
Tabela 15 – Detecção de QTLs da característica Centro Branco na população RIL
Chorinho e Amaroo, através de Mapeamento de Intervalo Composto.................................... 111
Tabela 16 – Locos microssatélites ligados a genes da via metabólica de amido testados
para associação com Largura do Grão de arroz, com base em valores estimados de χ
2
(com
correção de Yates), de testes exatos de Fisher e regressão linear simples. ............................. 113
Tabela 17- Marcadores associados à característica Largura do Grão na população RIL
Chorinho x Amaroo por análise de marca simples .................................................................. 114
Tabela 18- Dados sobre QTL para as características da Largura do Grão em população RIL
Chorinho e Amaroo, detectados por Mapeamento de Intervalo Simples. ............................... 114
Tabela 19- Dados sobre QTLs para as características de Largura do grão em linhagens do
cruzamento entre Amaroo e Chorinho, detectados por Mapeamento de Intervalo Composto.114
Tabela 20- Marcadores associados à característica Comprimento do Grão na população
RIL Chorinho x Amaroo por análise de marca simples .......................................................... 118
Tabela 21- Dados sobre QTL para as características de comprimento do grão em linhagens
do cruzamento entre Amaroo e Chorinho, detectados por Mapeamento de Intervalo
Composto. ................................................................................................................................ 119
Tabela 22 – Locos microssatélites ligados a genes da via metabólica de amido testados
para associação com temperatura de gelatinização, com base em valores estimados de χ
2
(com correção de Yates), de testes exatos de Fisher e regressão linear simples. .................... 120
Tabela 23- Marcadores associados à característica Temperatura de Gelatinização na
população RIL Chorinho x Amaroo por análise de marca simples. ........................................ 120
Tabela 24- Dados sobre QTL para as características de temperatura de gelatinização em
linhagens do cruzamento entre Amaroo e Chorinho, detectados por Mapeamento de
Intervalo Simples. .................................................................................................................... 120
Tabela 25- Dados sobre QTL para as características de temperatura de gelatinização em
linhagens do cruzamento entre Chorinho e Amaroo detectados por Mapeamento de
Intervalo Composto. ................................................................................................................ 121
Tabela 26 – Locos microssatélites ligados a genes da via metabólica de amido testados
para associação com Teor de amilose de arroz, com base em valores estimados de χ
2
(com
correção de Yates), de testes exatos de Fisher e regressão linear simples. ............................. 123
16
Tabela 27- Marcadores associados à característica Teor de Amilose na população RIL
Chorinho x Amaroo por análise de marca simples. ................................................................. 123
Tabela 28- Mapeamento de QTLs associados à característica Teor de Amilose com base na
população de linhagens puras recombinantes do cuzamento entre Chorinho e Amaroo,
detectados por Mapeamento de Intervalo Simples. ................................................................. 123
Tabela 29- Dados sobre QTL para as características de teor de amilose em linhagens do
cruzamento entre Amaroo e Chorinho, detectados por Mapeamento de Intervalo Composto.124
Tabela 30- Marcadores associados à característica Rendimento de Benefício na população
RIL Chorinho x Amaroo por análise de marca simples .......................................................... 126
Tabela 31- Marcadores associados à característica Rendimento de grãos inteiros na
população RIL Chorinho x Amaroo por análise de marca simples ......................................... 126
Tabela 32- Avaliação fenotípica de componentes de qualidade de grãos de 23 acessos do
Banco de Germoplasma de Arroz. ........................................................................................... 129
Tabela 33 – Testes de associação entre fenótipo e genótipo em acessos do Banco de
Germoplasma de arroz para a característica Teor de Amilose. ............................................... 136
Tabela 34- Testes de associação entre fenótipo e genótipo em acessos de Banco de
Germoplasma de arroz para a característica Largura de Grão ................................................. 137
17
SUMÁRIO
1. INTRODUÇÃO ............................................................................................................. 20
1.1- Cultura do arroz ........................................................................................................ 20
1.2 – Qualidade de grãos ................................................................................................. 20
1.2.1-O amido na qualidade de grão ............................................................................ 23
1.2.3 Enzimas da via metabólica de amido ................................................................. 27
1.2.3.1 ADP-Glucose pirofosforilase ...................................................................... 28
1.2.3.2 Sintases de Amido ....................................................................................... 30
1.2.3.3 Enzima de ramificação do amido ................................................................ 36
1.2.3.4 Enzima de Desramificação do amido .......................................................... 36
1.3. Fenotipagem: Técnicas usadas na avaliação de qualidade de grãos de arroz ........... 37
1.3.1 Teor de amilose .................................................................................................. 37
1.3.2 Temperatura de Gelatinização ............................................................................ 39
1.3.3- Centro Branco ................................................................................................... 40
1.3.4-Rendimento de Beneficiamento (RB) ................................................................ 42
1.3.5 Rendimento de grãos inteiros (RI) ..................................................................... 42
1.3.6 Comprimento do Grão (CG) e Largura do Grão (LG) ....................................... 43
1.4- Melhoramento para qualidade de grãos e seleção assistida por marcadores
moleculares. ..................................................................................................................... 43
HIPÓTESES ...................................................................................................................... 46
OBJETIVO GERAL ......................................................................................................... 47
OBJETIVOS ESPECÍFICOS ........................................................................................... 47
2-MATERIAIS E MÉTODOS .......................................................................................... 48
2.1. Desenvolvimento de marcadores microssatélites ligados a genes da via metabólica
de amido .......................................................................................................................... 48
2.1.1 Busca de seqüências microssatélites na região de genes da via metabólica amido
em bases de dados genômicas ..................................................................................... 48
2.1.2- Identificação e seleção de microssatélites nas regiões de genes que codificam
enzimas da via metabólica de amido ........................................................................... 50
2.1.3-Desenho de iniciadores de PCR de marcadores microssatélites identificados na
região de genes da via metabólica de amido. .............................................................. 51
2.2 Extração, quantificação de DNA e Reação de Polimerase em Cadeia ...................... 51
18
2.2.1 Detecção de fragmentos amplificados via PCR ................................................. 52
2.3 Avaliação de polimorfismo em locos microssatélites situados na região de genes da
via metabólica de amido .................................................................................................. 53
2.2.1 Germoplasma de arroz utilizado na genotipagem com marcadores
microssatélites ............................................................................................................. 54
2.2.4. Estatísticas descritivas de locos de marcadores microssatélites ........................ 58
2.3. Desenvolvimento e validação de painéis multiplex de locos microssatélites .......... 58
2.3.1. Combinação de locos marcadores em painéis multiplex ................................... 58
2.3.2. Avaliação da qualidade dos painéis multiplex de marcadores microssatélites . 59
2.3.2 Validação genética de painéis multiplex para seleção para qualidade de grãos de
arroz. ............................................................................................................................ 60
2.3.2.1 Mapeamento de QTLs de qualidade de grãos utilizando uma população de
linhagens puras recombinantes (RIL) derivada do cruzamento entre Chorinho x
Amaroo. ................................................................................................................... 60
2.3.2.2. Fenotipagem de componentes de qualidade de grãos de arroz da população
RIL Chorinho x Amaroo. ........................................................................................ 61
2.3.2.1. Testes de independência entre genótipo e fenótipo em acessos de arroz
amostrados no Banco de Germoplasma................................................................... 66
3.-RESULTADOS E DISCUSSÃO. ................................................................................. 68
3.1. Desenvolvimento de marcadores microssatélites ligados a genes da via metabólica
de amido. ......................................................................................................................... 68
3.1.1. Identificação e seleção de microssatélites nas regiões gênicas do genoma de
arroz que codificam enzimas da via metabólica de amido. ......................................... 68
3.1.2. Detecção de fragmentos amplificados via PCR nos 44 locos microssatélites
ligados a genes da via metabólica de amido ................................................................ 82
3.1.3. Avaliação de polimorfismo e estatísticas descritivas de locos de marcadores
microssatélites situados na região de genes da via metabólica de amido. ................... 86
3.1.4. Desenvolvimento de painéis multiplex de locos microssatélites....................... 89
3.1.5. Avaliação do conteúdo informativo dos painéis multiplex de marcadores
microssatélites. ............................................................................................................ 95
3.2. Validação genética de locos e painéis multiplex para seleção para qualidade de
grãos de arroz. ................................................................................................................. 96
3.2.1. Mapeamento genético de QTLs associados à qualidade de grãos na população
de linhagens puras recombinantes (RILs) derivada do cruzamento entre Chorinho x
Amaroo. ....................................................................................................................... 97
3.2.1.1. Fenotipagem de qualidade de grãos na população RIL Chorinho x Amaroo.
................................................................................................................................. 97
3.2.1.2. Genotipagem e mapa genético da população RIL Chorinho x Amaroo. .. 105
3.2.1.3. Mapeamento de QTLs de componentes de qualidade de grãos na população
RIL Chorinho x Amaroo. ...................................................................................... 109
19
3.2.2- Teste de marcadores microssatélites situados na região de genes da via
metabólica de amido na identificação de componentes de qualidade de grãos em uma
amotra de acessos do Banco de Germoplasma de Arroz. .......................................... 128
.4-.SÍNTESE E CONCLUSÕES ..................................................................................... 138
5 - REFERÊNCIAS BIBLIOGRÁFICA: ...................................................................... 141
ANEXO 1 .......................................................................................................................... 161
ANEXO 2 .......................................................................................................................... 233
ANEXO 3 .......................................................................................................................... 237
20
1. Introdução
1.1- Cultura do arroz
O arroz (Oryza spp.) é uma planta da família das gramíneas que serve como alimento
para dois terços da população humana. O gênero Oryza é constituído por aproximadamente 23
espécies distribuídas em todos os continentes (Vaughan et. al., 2003). Apenas duas espécies
são cultivadas (O. sativa e O. glaberrima), embora introgressões de genes de importância
econômica venham sendo há muito realizadas, especialmente dos parentes silvestres para O.
sativa. O arroz cultivado (Oryza sativa L.) é dividido em duas subespécies (indica e
japonica), plantado em diferentes sistemas de cultivo. A área plantada com arroz no mundo
atinge cerca de 150 milhões de hectares a cada ano, produzindo 593 milhões de toneladas de
grãos. Deste total, mais de75% é procedente do sistema de cultivo irrigado. O Brasil ocupa o
décimo lugar em produção, com cerca de 12 milhões de toneladas e ocupa a nona maior área
de plantio (IBGE, 2008). Os sistemas de cultivo mais disseminados no país são os sistemas
irrigado, responsável por ~70% do arroz produzido, e de sequeiro (também conhecido como
cultivo de terras altas), responsável por cerca de 30%.
O arroz junto com o feijão são alimentos com alto balanceamento nutricional,
desempenhando um importante papel como componente da dieta básica em todas as classes
sociais e faixas etárias no Brasil. É uma cultura que se adapta a diferentes condições de solo e
clima, com grande demanda em todo o mundo e grande impacto econômico (FERREIRA et
al., 2005). A lavoura de arroz tem um importante papel na economia do Brasil. No ano 2000,
o valor da produção chegou a R$ 3,34 bilhões, representando 6,7% do valor bruto da
produção agrícola nacional (R$ 49,75 bilhões) (Embrapa Clima Temperado, 2005).
1.2 – Qualidade de grãos
Entre as características econômicas mais importantes da cultura do arroz incluiu a
qualidade de grãos. O fruto do arroz é um grão seco, denominado cariopse. O cariopse
caracteriza-se por ser monocarpelado, isto é, oriundo de um único carpelo, onde o pericarpo é
fundido na periderme (Figura 1). A casca do arroz representa aproximadamente 20% do peso
seco do grão, o endosperma amiláceo cerca de 72% e o restante (8%) divide-se entre o
embrião e camadas de tecidos que envolvem o endosperma (periderme, pericarpo, nucelo e
21
camada de aleurona) (Figura 1). A forma de grão de arroz mais consumida no mundo é o
arroz branco ou beneficiado. O beneficiamento do arroz consiste em retirar a casca e camadas
superficiais de tecido (farelo), para obter o grão polido (Figura 1). Aproximadamente 90% do
peso seco do grão polido é amido. A composição e estrutura do amido no grão, portanto, tem
forte impacto na qualidade do grão de arroz. O conhecimento da composição e estrutura, e do
seu controle genético, tem, pois, grande importância no melhoramento para qualidade de
grãos de arroz.
Figura 1. (a) Estrutura do grão de arroz em corte transversal; (b) O beneficiamento do arroz consiste em retirar a
casca (20% do peso seco) e camadas superficiais de tecido (resultando em farelo), para obter o grão polido. O
amido representa cerca de 90% do peso seco do grão polido. Fonte : www.colegiosaofrancisco.com.br/alfa/arroz/
Entre os parâmetros importantes para a qualidade de grãos incluem-se o rendimento de
grãos após o polimento, características nutritivas e qualidade culinária. O rendimento e o
valor nutritivo dos grãos são influenciados pela síntese e estocagem dos carboidratos,
proteínas e minerais, durante o enchimento do grão de arroz. Já a qualidade culinária é afetada
pela interação de várias enzimas durante o desenvolvimento do grão, que são responsáveis
22
pela estrutura final do amido no endosperma. A manipulação destas vias metabólicas pode
resultar em melhorias significativas no valor nutritivo do grão (Mazur et al., 1999; Ye et al.,
2000).
Outras características referentes à qualidade de grãos que constituem parâmetros
significativos na determinação do valor de comercialização são: (1) rendimento de benefício
(percentual de grãos inteiros e quebrados, resultante do beneficiamento do arroz em casca);
(2) rendimento de grãos inteiros (percentual de grãos inteiros no produto comercial); (3)
aspecto geral do grão e (4) dimensões do grão. As dimensões do grão consideradas para fins
de classificação comercial incluem o comprimento, espessura e relação comprimento/largura.
Estas medidas possibilitam a classificação do grão comercial de arroz em longo fino, longo,
médio, curto e misturado (Ferreira et al., 2005). O longo fino é a classe de grãos preferida
pelo consumidor brasileiro.
A qualidade de grãos é uma característica complexa, definida por diferentes variáveis e
controlada por vários genes em interação com o ambiente. O melhoramento convencional
para qualidade de grãos geralmente enfrenta dois grandes obstáculos. O primeiro obstáculo
refere-se ao estágio de desenvolvimento da planta em que é possível selecionar para qualidade
de grãos. Ao contrário de características da planta que podem ser selecionadas antes do
florescimento, favorecendo o ganho de seleção por ciclo, a seleção para qualidade de grãos só
pode ser realizada após a maturação, colheita e avaliação dos grãos. Portanto,
tradicionalmente, é tarefa difícil recombinar plantas selecionadas para uma maior qualidade
de grãos na mesma geração em que os grãos são avaliados, a não ser que as plantas
selecionadas possam ser mantidas em fase vegetativa e induzidas a um novo florescimento
após a análise dos dados de qualidade de grãos naquele ciclo. O segundo obstáculo é que a
avaliação de qualidade necessita de quantidade razoável de grãos. Nas fases iniciais de um
programa de melhoramento a quantidade de grãos obtida por linhagem é limitada. Em geral,
avaliações de qualidade de grãos só ocorrem na fase final do programa, quando maiores
quantidades de grãos são disponíveis. Métodos que facilitem e aumentem a eficiência de
seleção para qualidade de grãos, contornando estes obstáculos são, portanto, muito
importantes para os programas de melhoramento genético. Um maior conhecimento da
composição química, fisiologia e controle genético de qualidade de grãos é fundamental para
alcançar este objetivo.
23
1.2.1-O amido na qualidade de grão
O grão de arroz é composto por água, proteínas, fibras, lipídios, carboidratos e sais
minerais (Tabela 1). O amido representa a maior parte do carboidrato estocado no grão de
arroz. O conhecimento do controle genético do conteúdo e composição estrutural de amido no
grão tem, portanto, grande impacto na qualidade de grãos de arroz.
Tabela 1- Composição química e valores energéticos do grão de arroz classe longo finos (por 100 gramas).
Composição
INTEGRAL
POLIDO
PARBOILIZADO
Crú
Cozido
Crú
Cozido
Crú
Cozido
Água (g)
10.37
73,09
11.62
68,44
9,7
70,36
Energia alimentar (kcal)
370
111
365
130
374
123
Proteínas (g)
7,94
2,58
7,13
2,69
8,11
2,91
Lipídios (g)
2,92
0,9
0,66
0,28
1,04
0,37
Carboidratos (g)
77,24
22,96
79,95
28,17
80,43
26,05
Fibras (g)
3,5
1,8
1,3
0,4
2,2
0,9
Açúcar total (g)
0,85
0,35
0,12
0,05
0,33
0,11
Fonte: USDA National Nutrient Database for Standard Reference, Release 21 (2008)
O amido é fonte de energia em espécies de grande importância alimentícia como
cereais (arroz, milho, trigo), mandioca ou batata. As reservas de amido da planta são
compostas por dois tipos de polissacarídeos (homopolímeros): a amilopectina e a amilose.
Tanto a amilose quanto a amilopectina são importantes para determinar a qualidade do grão
de arroz (Asoaka et al., 1985; Reddy et al., 1993). A amilose, em menor concentração no
amido (<30%), consiste em cadeias lineares de ligação α-1,4 (Figura 2).
Com base no conteúdo de amilose nos grãos de amido do endosperma, o arroz pode
ser classificado como glutinoso (menor conteúdo de amilose) e não-glutinoso (maior conteúdo
de amilose). A amilose é uma macromolécula constituída de 250 a 300 resíduos de D-
glicopiranose ligadas por pontes glicosídicas α-1,4. As ligações α-1,4 promovem a formação
de uma estrutura helicoidal. Esta estrutura permite a detecção e quantificação de amilose em
24
testes simples de coloração com solução de iodo. As moléculas do iodo se ligam
ordenadamente dentro da estrutura helicoidal formada pela amilose. Na presença da amilose,
uma cor azul-escuro é observada em reação com o iodo.
A amilopectina é o polímero mais abundante do amido, caracterizado por cadeias
lineares de monômeros de glucosil com ligação α-1,4 e por cadeias ramificadas com ligações
α-1,6 (Figura 2). A amilopectina possui um alto grau de organização estrutural, onde regiões
sem ramificação alternam com regiões altamente ramificadas. O comprimento médio da
cadeia ramificada é de aproximadamente 12 a 14 unidades de glicose. A amilopectina compõe
aproximadamente 65% a 85% do amido de estocagem e esta estrutura é responsável pela
organização cristalina do amido granular (Gallant e al., 1997). O conteúdo da amilopectina no
amido é responsável pelas variações nas propriedades funcionais do amido entre espécies
(arroz vs batata vs milho), tecidos (pericarpo vs endosperma) e background genéticos (arroz
indica e japonica) (Nakamura et al., 2005). A amilopectina não apresenta estrutura helicoidal
e, devido à presença das ramificações, a interação com a solução de iodo é menor, resultando
em coloração em tons de azul menos intensos.
As cadeias de amilopectina são geralmente classificadas em três tipos A, B e C. O tipo A
é composto por uma cadeia não-redutora de glicoses unidas por ligações α-1,4 sem
ramificações, sendo unida a uma cadeia tipo B por meio de ligações α-1,6. As cadeias do tipo
B são compostas por glicoses ligadas em α-1,4 e α-1,6, contendo uma ou várias cadeias tipo A
e podem conter cadeias tipo B unidas por meio de um grupo hidroxila primário. A cadeia C é
única em uma molécula de amilopectina, sendo composta por ligações α-1,4 e α-1,6, com
grupamento terminal redutor (Eliasson, 1996; Vandeputte & Delcour, 2004; Lajolo &
Menezes, 2006).
O arroz glutinoso é, por definição, caracterizado por 0% amilose (ou 100%
amilopectina). As cultivares ou linhagens glutinosas são importantes para estudos genéticos e
para uso agronômico, como na fabricação de alimentos infantis, cereais matinais e doces. No
entanto, grande parte do arroz consumido no mundo é não-glutinoso, isto é, possui um
conteúdo variável de amilose. As cultivares com conteúdo intermediário e alto teor de
amilose, portanto com menor percentual de amilopectina, apresentam os grãos mais soltos,
mais apreciados, por exemplo, pela cozinha brasileira. As cultivares com conteúdo mais
baixo de amilose e maior conteúdo de amilopectina, geralmente produzem grãos que, após
25
cozimento, permanecem firmes e pegajosos, como convém à culinária do leste asiático, como
a japonesa.
Figura 2- (a) A amilose é um polímero com cadeia linear contendo ligações glicosil α-1,4; (b) A amilopectina é
um polímero ramificado, que consiste em cadeias lineares de resíduos de glicose, contendo ligações α-1,4 e α-
1,6. O conteúdo de amido e amilose na composição do amido afeta a qualidade do grão de arroz.
A variação do conteúdo e estrutura de amido vem sendo estudada em arroz e outras
gramíneas há bastante tempo. A facilidade de analisar o fenótipo visualmente estimulou os
estudos dos genes que controlam conteúdo de amilose no endosperma. O fenótipo é
caracterizado pelo aspecto opaco do grão de arroz glutinoso, rico em amilopectina, em relação
26
ao translúcido, não-glutinoso, das cultivares de arroz com maior conteúdo de amilose no grão
(Figura 3).
(a)
(b)
Figura 3 – (a) grãos não-glutinosos, rico em amilose, com aspecto translúcido; (b) grãos glutinosos, ricos em
amilopectina, com aspecto opaco.
A fenotipagem vem sendo feita classicamente também com tratamento de iodeto de
potássio no endosperma ou no grão de pólen para quantificar a presença de amido. Mais
recentemente, o conteúdo de amilose, amilolopectina, açúcares livres e de amido no
endosperma vem sendo mensurado por NIRS (near infrared reflectance spectroscopy, HPLC
e ensaios enzimáticos (Ebermann & Schwarz, 1975, Delwiche et al., 1995).
A síntese de amido é catalizada por enzimas presentes nos cloroplastos e amiloplastos
das plantas. As enzimas são expressas no endosperma, grãos de pólen e saco embrionário, e
não ocorrem em outros órgãos. As principais enzimas que participam do processo de síntese
de amido no endosperma são ADP-glucose pirofosforilase (catálise de substrato), sintase de
amido (elongamento da cadeia de glucose), enzima de ramificação do amido (ramificação da
cadeia de glucose) e enzima de desramificação de amido (linearização de cadeias de glucose)
27
(Figura 4). A identificação das enzimas que participam da via metabólica de amido vem sendo
feita ao longo da história da bioquímica de diferentes espécies de plantas. Recentes
experimentos de expressão gênica com microarranjos de DNA confirmam um padrão de
expressão específica de alguns genes da família do amido em tecido do endosperma de arroz
(Zhu et al., 2003).
1.2.3 Enzimas da via metabólica de amido
A biossíntese do amido em plantas superiores é catalisada por enzimas presentes nos
cloroplastos e amiloplastos, divididos em 4 classes: (1) ADP-Glucose pirofosforilase e
isomerase (catálise de substrato -AGPase), (2) sintase do amido (elongamento da cadeia de
glicose; SS – starch synthase), (3) enzima de ramificação do amido (ramificação da cadeia de
glicose – BE ou “branching enzyme”) e (4) enzima de desramificação do amido (linearização
da cadeia de glicose - DBE) (Smith et al., 1997; Myers et al., 2000; Nakamura, 2002). Essas
enzimas são divididas em algumas isoformas e codificadas por diferentes genes em
cromossomos distintos, como será visto a seguir.
Variações estruturais destas enzimas têm grande contribuição para as diferenças nas
propriedades físico-químicas entre amidos. Isto se deve às diferenças na composição e nas
atividades das isoenzimas de síntese, ramificação e desramificação do amido, embora a
função distinta de cada isoenzima não seja totalmente conhecida. Várias famílias gênicas
estão envolvidas no controle genético do conteúdo de amilose e amilopectina no endosperma
e possuem papel reconhecido no controle da qualidade de grãos de cereais de importância
econômica, como o arroz, o milho e o trigo. Um maior conhecimento do controle genético de
enzimas da via metabólica de amido é importante para definir estratégias de seleção para
qualidade de grãos. Uma descrição das classes de enzimas envolvidas na via metabólica de
amido é feita a seguir.
28
Figura 4 - Via metabólica de síntese de amido.
1.2.3.1 ADP-Glucose pirofosforilase
Adenosina 5' difosfato glucose pirofosforilase (Adenosine 5' diphosphate glucose
pyrophosphorylase ou AGPase, EC 2.7.7.27 ) catalisa uma etapa importante na biossíntese do
amido de plantas superiores. Esta enzima é responsável pela primeira reação que controla o
fluxo do carbono na via do amido nas plantas (Slattery et. al., 2000; Ballicora et al., 2004;
Kleczkowski et al., 2000) (Figura 4). É responsável pela síntese do precursor ADP-glucose
(ADP-D-glucose ou ADP-Glc) que age como um doador glicosil nas reações catalisadas pelas
sintases de amido (EC 2.4.1.21).
Geralmente, em células de plantas superiores, a ação da AGPase ocorre
exclusivamente nos plastídios. Entretanto, em endospermas de cereais e algumas gramíneas a
ação desta enzima é extra plastidial (provavelmente no citoplasma) (Beckles et al., 2001).
Resultados de estudos com mutantes indicam que a AGPase é a unica enzima que atua como
precussora na via metabólica do amido em tecidos fotossintéticos e não fotossintéticos de
29
planta superiores (Giroux et al., 1996; Stark et al., 1992). Além de catalisar a primeira etapa
da via do amido, as AGPases também participam do controle do metabolismo do carbono.
Em tecidos fotossintéticos como a folha, o controle da AGPase é um dos vários reguladores
das etapas que regem a divisão do carbono entre a sacarose e o amido (Heldt et al.,1977). A
maioria das AGPases são sujeitas a regulação alostérica pelo 3-fosfoglicerato
(phosphoglycerate-3 ou 3-PGA, um ativador) e pelo fosfato inorgânico (Pi, um inibidor)
(Preiss & Sivak.,1996).
A AGPase possui função similar em tecidos fotossintéticos e não fotossintéticos, tais
como sementes, tubérculos e frutas. Geralmente, em células de plantas superiores a ação da
AGPase ocorre exclusivamente nos plastídios.Nos tubérculos da batata (Kim et al., 1989) e
ervilha (Denyer & Smith,1988) a enzima é localizada no plastídeo. Em sementes de cevada e
de milho, a atividade predominante de AGPase é localizada no citoplasma (Denyer et. al.,
1996, Thorbjornsen et. al.,1996) ou na superfície do amiloplasto (Brangon et al., 1996).
Análises de atividades enzimáticas indicaram que a maioria das AGPases no endosperma do
arroz apresentaram propriedades de regulação alostérica semelhantes às observadas nos
plastídeos das folhas, porém está localizada em um outro compartimento célular, o citoplasma
(Sikka et al., 2001).
A forma heterotetrâmica da AGPase consiste em dois componentes: um par de
subunidades grandes (LS- large subunit) e um par de subunidades pequenas (SS- small
subunit) (Iglesias et al., 1993). Experimentos realizados com batata (Solanum tuberosum L.)
atribuíram funções distintas para as duas subunidades. O par de subunidades maior (LS)
possui função reguladora enquanto o menor (SS) possui função catalítica. Entretanto, estudos
recentes de mutagênesis sugerem que a SS-AGPase teria uma importância maior na regulação
enquanto a principal função do LS-AGPase seria modular as propriedades regulatórias da
subunidade menor (Ballicora et al., 1998; Frueauf et al., 2003). Aparentemente, portanto,
ambas as subunidades apresentam propriedades regulatórias da enzima (Cross et al., 2004).
Variação alélica nos genes AGPase-LS e AGPase-SS e o efeito deste polimorfismo no
conteúdo de amido do endosperma ainda não foram descritos.
As seqüências do par de subunidades menor são altamente conservadas entre espécies,
enquanto as sequências do par de subunidades maior são mais divergentes (Smith-White &
Preiss, 1992). Em plantas superiores, geralmente existem pequenas famílias multigênicas que
30
codificam uma ou as duas subunidades, e exibem diferentes padrões de expressão que são
consideravéis entre espécies. Em batata foram identificados quatro transcritos diferentes, três
que codificam a LS-AGPase (todos expressos no tubérculo e dois destes também com
expressão nas folhas), e um que codifica SS-AGPase (La Cognata et al., 1995). A expressão
de cada um destes genes é regulada diferentemente pela fase de desenvolvimento e por sinais
metabólicos (Müller-Röber et al.,1990; Nakata et al., 1996). No feijão, um gene da LS-
AGPase e dois genes de SS-AGPase são expressos no embrião (Weber et al., 1995). Estes
últimos mostram diferentes padrões de expressão temporal e espacial no desenvolvimento
embrionário (Weber et al., 1995).
No milho há evidência de três genes que codificam SS-AGPase e dois que codificam
LS-AGPase. Os transcritos de um gene SS-AGPase (BRITTLE2) foram detectados somente
no endosperma, porém os transcritos de um segundo gene (AGP1) foram localizados no
embrião e em baixos níveis nos plastídeos do endosperma (Denyer et al., 1996). A expressão
de um terceiro gene foi detectada somente na folha (Giroux & Hannah, 1994; Prioul et al.,
1994). Em cevada existem dois genes que codificam LS-AGPase (um expresso somente no
endosperma e outro principalmente na folha) e apenas um que codifica SS-AGPase
(Thorbjørnsen et al., 1996, Villand et al., 1992).
Em arroz, a família gênica de AGPase é composta por dois genes que codificam SS-
AGPase: OsAGPS1 no cromossomo 9 (Sasaki et al., 2007), e OsAGPS2, no cromossomo 8
(Kikuchi et al., 2003) e quatro genes para LS-AGPase: OsAGPL1, no cromossomo 5,
OsAGPL2 no cromossomo 1, OsAGPL3 no cromossomo 3 (Kavakli et al., 1996), e
OsAGPL4 no cromossomo 7 (Sasaki et al., 2001; Akihiro et al., 2005; Hirose et al., 2006).
1.2.3.2 Sintases de Amido
As sintases do amido são encontradas associadas aos grãos de amido nos plastídeos
(GBSS – granule bound starch synthase) ou no estroma dos plastídeos (SSS - soluble starch
synthase), starch synthase). Dados recentes indicam que a GBSS atua diretamente na
polimerização de amilose (alongamento), enquanto a SSS atua na formação de amilopectina
(Smith et al., 1997; Nakamura, 2002; Umemoto et al., 2002). Em arroz (Hirose & Terao,
2004), milho e trigo (Harn et al., 1998; Vriten & Nakamura, 2000) há clara evidência da
31
existência de uma família gênica de sintase de amido onde vários genes codificam diferentes
isoformas da enzima. As sintases do amido catalisam a etapa da reação de elongação da
cadeia α-1,4 na síntese do amido, transferindo uma unidade de glicose da ADP- glucose para
terminação não- redutora da cadeia α-1,4 (Figura 4).
GBSS - A enzima sintase granular de amido (GBSS ou granule bound starch
synthases) é a grande responsável pela síntese de amilose nas cultivares de arroz. O gene
GBSSI é mais conhecido como waxy (wx), ou “glutinoso”, localizado no cromossomo 6. O
gene waxy codifica a enzima UDP-glucosil transferase do grão de amido (granule-bound
starch synthase - GBSS), que atua na síntese de amilose no endosperma (triplóide) e no grão
de pólen (haplóide) de arroz (Figura 4).
Evidência genética de controle de síntese de amido em arroz por um gene maior e
vários genes modificadores foi claramente indicada há vários anos (Bollich & Webb, 1973).
Posteriormente, com base na análise do conteúdo de proteína Wx em arroz, foi proposta a
existência de dois alelos funcionais no gene waxy (Wx
a
e Wx
b
), responsáveis por alto e baixo
conteúdo de amilose, respectivamente, em arroz não glutinoso (Sano 1984). A análise
genética de conteúdo de amilose em sementes F1, F2 e RC1 (retrocruzamento 1) em
cruzamentos recíprocos de cultivares com baixo conteúdo de amilose (Kumar & Khush, 1988;
Villareal & Juliano; 1989) confirmou que as cultivares de arroz possuem dois tipos alelos:
Wx
a
, correlacionado com alto conteúdo de proteína Wx e de amilose no endosperma,
comumente encontrado em cultivares da subespécie indica e Wx
b
, correlacionado com baixo
conteúdo de proteína Wx e de amilose no endosperma, encontrado com mais frequência em
cultivares da subespécie japonica. Evidência indireta proveniente de estudos moleculares
comparando polimorfismo do gene waxy de milho e de arroz também corroboraram a
influência um gene maior na composição de amilose de endosperma de arroz. Em milho, a
região do gene waxy possui estrutura altamente variável: inserções e deleções espontâneas
foram identificadas (Wessler & Veragona, 1985), especialmente na região flanqueadora 3’. O
gene waxy em arroz é menos variável do ponto de vista estrutural do que em milho.
No germoplasma de arroz não glutinoso observa-se entre as cultivares uma grande
variação de conteúdo do produto do gene waxy, a proteína Wx, bem como do conteúdo de
amilose. O alelo Wx
a
é tipicamente encontrado em cultivares da subespécie indica, que
possuem um percentual de amilose geralmente superior a 18% do amido total. O alelo Wx
b
é
32
geralmente encontrado em cultivares da subespécie japonica, que possuem um percentual de
amilose geralmente inferior a 18% do amido total.
O gene waxy foi clonado em diferentes cultivares da espécie (Wang et al., 1990; Wang
et al., 1994). A sequência codificante do gene waxy em arroz é interrompida por 13 introns
(Figura 5), sendo que o intron 1 é o maior deles (1,1 kpb) (Hirano & Sano, 1991; Wang et al.,
1995). Análise molecular do loco waxy indicou que a diferença de expressão dos alelos Wx
a
e
Wx
b
é causada por uma substituição de base única, ou SNP (single nucleotide polymorphism),
que ocorre no sítio doador de processamento (splice donor site) do primeiro íntron do gene.
O alelo Wx
a
possui a sequência 5’-AGGTATA na junção do sítio de processamento do íntron
1, enquanto o alelo Wx
b
possui a sequência 5’-AGTTATA (Bligh et al., 1998; Cai et al., 1998;
Hirano et al., 1998; Isshiki et al., 1998). A substituição de uma base nitrogenada contribui
para o decréscimo da eficiência de processamento do pré-mRNA e diminui a quantidade de
amilose nas cultivares homozigotas Wx
b
(Cai et al., 1998; Hirano et al., 1998; Issiki et al.,
1998). A diminuição de amilose, portanto, afeta diretamente a qualidade do grão. Análise do
germoplasma de arroz indica que a mutação G para T no íntron 1 de waxy explica 79,7% da
variação de conteúdo de amilose em arroz não glutinoso (Ayres et al., 1997). A expressão do
alelo Wx
b
é ativada por baixas temperaturas durante o desenvolvimento do grão (Sano et al.,
1985;), causando um maior conteúdo de amilose nas cultivares homozigotas para Wx
b
nestas
condições (Larkin & Park, 1999). Com base nestes estudos, os cultivares comerciais de arroz
são classificados em três grupos, de acordo com o conteúdo de amilose no endosperma (Wang
et al., 1995):
(a) Grupo 1 – arroz não glutinoso, caracterizado pela presença do alelo Wx
a
. Possui alto
conteúdo de amilose (>18%), observando-se processamento (excisão) completa do íntron
1 (~1,1 kb) do transcrito pré-mRNA (3,34kb), formando mRNA maduro (2,3 kb) do gene
Wx. Detecta-se a presença de proteína Wx no endosperma do grão em desenvolvimento;
(b) Grupo 2 – arroz não glutinoso, caracterizado pela presença do alelo Wx
b
. Possui níveis
baixo a intermediário de amilose (2-18%) (Ayres et al., 1997), observando-se
processamento parcial do íntron 1 e, portanto, detecção de transcritos mRNA maduro
(2,3 kb) e pré-mRNA (3,4 kb) do gene waxy. Detecta-se a presença moderada de
proteína Wx (~10 vezes menos que em cultivares do grupo 1). Estima-se que 74% dos
transcritos Wx
b
são degradados nas cultivares do grupo 2 (Ishiki et al., 1998);
33
(c) Grupo 3 – arroz glutinoso, não produz amilose (endosperma glutinoso, 0% de amilose).
Possui apenas transcrito mRNA maduro (3,4 kb) do gene Wx, com íntron 1 intacto no
mRNA maduro. Não apresenta proteína Wx. Apesar do mRNA maduro ser
poliadelinado, a tradução não ocorre em cultivares de arroz deste grupo. Possui os dois
tipos de alelos (Wx
a
e Wx
b
) classificados de acordo com o SNP na junção do sítio de
processamento do intron 1. Portanto, existem cultivares glutinosos com Wx
b
e também
com Wx
a
(em menor percentual) (Yamanaka, 2004). Isto indica que nas cultivares
glutinosas o endosperma waxy não é regulado pelo SNP observado no intron 1. Um
mutante nulo para glutinoso (wxCI 9972) apresenta, por exemplo, um transcrito gênico
200 pb menor (Okagaki & Wessler, 1988). Isto poderia indicar a presença de deleção no
alelo glutinoso, afetando radicalmente a produção de amilose.
Portanto, os alelos Wx
a
e Wx
b
não explicam toda a variação de conteúdo de amilose no
arroz não glutinoso. Os dois alelos (Wx
a
e Wx
b
) também não são suficientes para classificação
dos cultivares nas subespécies indica (alelo Wx
a
) e japonica (alelo Wx
b
), visto que algumas
variedades indica possuem menor conteúdo de amilose do que variedades japonica. Além
disso, ao introduzir o alelo Wx
b
em uma cultivar indica, observa-se uma redução de conteúdo
de amilose a valores inferiores ao observado pelo mesmo alelo em background japonica, o
que indica a presença de modificadores na expressão gênica (Mikami et al., 2000). Já o
controle genético do fenótipo glutinoso não é conhecido.
Figura 5. O gene waxy codifica a enzima UDP-glucosil transferase do grão de amido (granule-bound starch
synthase - GBSS), que atua na síntese de amilose no endosperma (triplóide) e no grão de pólen (haplóide) de
arroz. A região codificante do gene waxy é interrompida por 13 íntrons. As barras verticais hachuradas
representam regiões que apresentam mutações detectadas que afetam o conteúdo de amilose na estrutura do
amido do endosperma de arroz.
O intron 1 do gene waxy possui um microssatélite (RM190=(CT)n), localizado 55 pb
acima do SNP observado na junção de processamento (Bligh et al., 1995). Variação alélica
neste microssatélite, em desequilíbrio de ligação com o SNP, explica cerca de 88% da
variação do conteúdo de amilose em arroz não glutinoso (Ayres et al., 1997 e Shu et al.,
1999). A variação alélica no loco RM190, portanto, está fortemente associada ao SNP da
34
junção de processamento do íntron 1, que explica parte das variação de conteúdo de amilose
no endosperma. Outro estudo confirma que a diversidade alélica no microssatélite RM190
explica cerca de 90% da variação de conteúdo de amilose em uma coleção de 198 cultivares e
linhagens de arroz cultivadas em diferentes locais dos EUA (Bergman et al., 2001). Este
microssatélite, portanto, pode ser usado como critério de seleção para desenvolver cultivares
de arroz com maior ou menor conteúdo de amilose.
Contudo, é importante mencionar que o desequilíbrio de ligação é extenso em arroz,
cobrindo regiões de até 200 kb (Mather et al., 2007). Portanto, é razoável supor que outras
variações da região do gene waxy associadas com variação alélica no loco RM190, poderiam
contribuir também para variações no conteúdo de amilose. É possível, pois, que a
identificação outros microssatélites na região do gene waxy, cobrindo extensões maiores,
possa facilitar o processo de seleção assistida nos programas de melhoramento.
Sintase de Amido - Estudos bioquímicos e genéticos indicam que são encontrados em
plantas quatro tipos de SS –soluble synthase (ou SSS - soluble starch synthase), SS, isto é,
SSI, SSII, SSIII, e SSIV- alguns tipos têm múltiplas isoformas que variam entre espécies
(Boyer &, Preiss ,1981; Martin & Smith, 1995). Em arroz, 10 isoenzimas de sintase de amido
foram descritas (Hirose and Terao, 2004): SSI (cromossomo 6), SSII-1ou SSIIc (cromossomo
10), SSII-2 ou SSIIb (cromossomo 2), SSII-3 ou SSIIa (cromossomo 6), SSIII-1 ou SSIIIb
(cromossomo 4), SSIII-2 ou SSIIIa (cromossomo 8), SSIV-1 ou SSIVa (cromossomo 1),
SSIV-2 ou SSIVb (cromossomo 5), GBSSI /waxy (cromossomo 6) e GBSSII (cromossomo
7).
A expressão de genes de sintase de amido tem regulação espaço-temporal. Os genes
SSIIb, SSIII-1 e GBSSII são expressos mais cedo no desenvolvimento do pericarpo do grão
(cariopses). Por outro lado, os genes SSIIa; SSIIb e waxy, responsáveis pelo acúmulo de
amido no endosperma, são expressos mais tarde. Outros genes de sintase do amido são
expressos durante todo o desenvolvimento (SSI, SSII-1, SSIV-1 e SSIV-2) (Hirose & Terao,
2004).
O papel de algumas destas enzimas na síntese de amido é conhecido. Trabalhos
recentes com mutantes afetando a atividade da enzima SSI resultaram em mudanças
35
estruturais na amilopectina, levando ao aumento de temperatura de gelatinização do amido no
endosperma. Tem sido sugerido, desta forma, que SSI está envolvida no controle da síntese de
cadeia longa de amilopectina (Nishi et al., 2001).
SSII tem um papel específico na síntese de cadeia de comprimento intermediário a
longo de amido (Fontaine et al., 1993; Craig et al., 1998; Edwards et al., 1999a; Morell et al.,
2003). Experimentos com mutantes de milho e batata demonstraram que a supressão da
atividade de SSII leva à redução da síntese da amilopectina e, conseqüentemente, à
diminuição do desenvolvimento de cadeias longas de amido. A enzima está provavelmente
envolvida na formação de cadeias mais longas de amilopectina (Gao et al., 1998; Edwards et
al., 1999b). Resultado de análises de mapeamento gênico em arroz sugeriram o gene SSIIa
(SSII) (localizados no loco alk no cromossomo 6), como responsável pelas diferenças na
estrutura da amilopectina entre duas variedades de arroz, Nipponbare (japonica) e Kasalath
(indica) (Umemoto et al., 2002). Foram encontrados alguns aminoácidos de SSII-a,
identificados pela análise de SNP, em diversas linhagens de arroz cultivado, como candidatos
responsáveis pelos diferentes níveis da atividade de SSII, mas nenhuma evidência foi
comprovada (Umemoto et al., 2004).
Estudos anteriores mostraram a existência de diferenças na sequência do gene da
enzima SSIIa, que são responsáveis pela diferença na estrutura da amilopectina entre indica e
japonica (Umemoto et al., 2002). A enzima é responsável pelo alongamento de cadeias curtas
da amilopectina. Diferentes alelos de SSIIa no arroz contribuem para a diferença na estrutura
da amilopectina, levando a diferentes temperaturas gelatinização do amido (Umemoto et al.,
2002). O gene OsSSIIa pode ser o responsável pelas diferenças entre as variedades
Nipponbare (japonica), e Kasalath (indica), em termos de distribuição do comprimento de
cadeia da amilopectina e de propriedades físico-químicas do amido (Umemoto et al., 2002).
A isoforma SSIII compreende a atividade total solúvel das sintases de amido (ou SSS -
soluble starch synthase), e é responsável pela síntese de amilopectina atual na fração solúvel
da síntese do amido. A redução na atividade de SSIII parece não afetar o conteúdo amido ou
amilose em relação à amilopectina e sim a forma granular do amido (Li et al., 2003).
36
1.2.3.3 Enzima de ramificação do amido
A enzima de ramificação de amido (Starch Branching Enzyme - SBE) gera ligações α-
1,6 na molécula de amido e possui funções essenciais na biossíntese da amilopectina (Smith et
al., 1997). Duas classes de SBE são reconhecidas: SBEI, responsável por ramificações mais
longas na cadeia de amido e SBEII, responsável por ramificações mais curtas. SBEII, por sua
vez, possui duas isoformas (SBEIIa e SBEIIb), também relacionadas com a adição de
ramificações relativamente mais curtas (SBEIIa) ou mais longas (SBEIIb) (Mizuno et al.,
2001; Gao et al., 1998). A isoforma SBEI tem função de síntese de ramificações mais longas,
teve seu gene mapeado no cromossomo 6 (Nakamura et al., 1994), porém posicionado
distante do locos alk citado anteriormente (Umemoto et al., 2002).
Estudos recentes com marcadores microssatelites no intron 2 do gene SBE-I
(Kawasaki et al., 1993) em acessos de indica e japonica resultaram em 3 alelos: SBE-A
(CTCTCGGGCGA...(CT)10); SBE-B (CTCTCGGGCGA...(CT)8); SBE-C ( (CT)8). Análise
do germoplasma de arroz na sequência do gene SBE-I sugere que o alelo SBE-A é exclusivo
do arroz indica, e os alelos SBE-B e SBE-C são exclusivos de japonica. Esta associação
alélica com as subespécies possibilita a diferenciação entre indica e japonica em linhagens
melhoradas (Bao et al., 2002).
O loco BEIIa (que codifica isoforma SBEIIa) de arroz (também designado como
QEIIb por Yamanouchi & Nakamura, 1992, e SBE4 por Mizuno et al., 1992) foi localizado
no cromossomo 4 (Umemoto et al., 2002). Já SBEIIb do arroz, designado também como
QEIIa (por Yamanouchi & Nakamura, 1992) ou SBE3 (Mizuno et al., 1992), foi mapeado no
cromossomo 2 (Harrington et al.,1997). SBEIIb é classicamente conhecido em arroz como ae
(amylose extender) devido ao alelo presente identificado neste loco que é responsável pelo
aumento da proporção de amilopectina no endosperma (Nishi et al., 2001). SBEII também
afeta a expressão da enzima SSI.
1.2.3.4 Enzima de Desramificação do amido
Experimentos com mutações em diferentes espécies de cereais indicam que além das
enzimas AGPase, SBE e sintases de amido, a enzimas de desramificação de amido (DBE)
37
também participam do metabolismo de amido. Há duas famílias de DBEs em plantas atuando
na hidrólise de ligações α-1,6: isoamilases e pululanases. Mutações no loco DBE-isolamilase
estão classicamente associadas ao loco sugary1 (ou su1), cujo fenótipo é caracterizado pelo
acúmulo de fitoglicogênio (polissacarídeo solúvel em água típico de milho doce) e redução de
conteúdo de amido. Em arroz, o loco DBE-isoamilase tem possivelmente o papel na síntese
de amilopectina, eliminando ramificações da cadeia de amido que são inadequadas
(Nakamura et al., 2002).
Yano et al.(1984), mapeou o gene sugary1 no cromossomo 8 de arroz. Trabalhos
posteriores localizaram o gene que codifica as DBE-isomilase em plantas de arroz no
cromossomo 8 (Fujita et al., 1999), enquanto o gene que codifica a DBE-pullulanase foi
localizado no cromossomo 4 (Nakamura et al., 1996). Estudos recentes indicam que em arroz
existe um único gene (OsPUL) que codifica a enzima DBE-Pullulanase (Nakamura et al.,
1996) e três genes (OsISA1, OsISA2 e OsISA3) que codificam três diferentes isoformas da
enzima DBE- isomilase (Kubo et al., 2005). Estes estudos também sugerem que os genes
OsISA1 e OsISA2 são altamente expressos no endosperma enquanto OsISA3 é expresso
principalmente na folha (Kubo et al.,2005). O perfil de expressão do gene OsPUL em
sementes foi altamente significativo em relação a folha em plantas de arroz. (Ohdan et al.,
2005, Li et al., 2009), principalmente em estágios de preenchimento e maturação do grão
(Duan & Sun, 2005).
1.3. Fenotipagem: Técnicas usadas na avaliação de qualidade de grãos de arroz
1.3.1 Teor de amilose
O teor de amilose está relacionado com o aspecto físico-químico do arroz na panela
depois da cocção. Em geral, o grão com alto teor de amilose apresenta-se mais solto, enquanto
o que apresenta baixo teor de amilose apresenta grãos mais pegajosos após a cocção.
Atualmente o teor de amilose é mensurado por métodos de ensaio de coloração com solução
de iodo (KI), baseado no teor aparente de amilose, comparado com uma escala de referência.
Trata-se de um método simples e objetivo, porém não muito preciso, visto que a solução de
Kl tem reação também com moléculas de amilopectina. Nishi et al. (2001) em medição de
teor de amilose usando este método (KI), revelou que o valor total da coloração azul não
38
estava relacionado a presença de amilose, mas sim com as cadeias longas da amilopetina,
produzida em conseqüência de uma alteração na enzima de ramificação BEIIb em mutantes
ae (amylose extender). Estudos recentes sugerem maior acurácia na mensuração do conteúdo
de amilose/amilopectina através de técnicas como NIRS (near infrared reflectance
spectroscopy), HPLC e ensaios enzimáticos.
A concentração de amilose que compõe o amido no endosperma está relacionada com a
viscosidade nos grãos de arroz, sendo este classificado como glutinoso (o amido do grão é
composto basicamente de amilopectina, 0% de amilose), e o não glutinoso, com
concentrações de amilose variando entre 8 a 37% do amido. As propriedades de textura do
grão incluindo maciez, coesão, cor, brilho e volume de expansão também estão
correlacionadas com o teor de amilose (Puri e Siddiq, 1980).
O arroz glutinoso apresenta um endosperma com aspecto opaco e, após cocção, brilhante
e pegajoso. O não glutinoso possui aspecto vítreo e brilhante e, após o cozimento, apresenta
comportamento variável em função de outras variáveis. Portanto, as mudanças que ocorrem
durante a cocção podem determinar a qualidade culinária do grão. O consumidor brasileiro
tem preferência pelo arroz com endosperma translúcido, apesar desta característica, por si só,
não afetar o aspecto do grão após o cozimento.
A concentração de amilose no amido é o critério de classificação entre cultivares de
arroz, apresentando um baixo teor (<21%), intermediário (21 a 25%) e alto teor (>25%);
resultando em: a) grãos secos e soltos (alto teor de amilose), podendo endurecer após o
resfriamento; b) grãos macios, aquosos e pegajosos no cozimento (baixo teor), mais apreciado
pela culinária japonesa; e c) grãos secos e soltos após o cozimento, mantendo-se macios no
reaquecimento (teor intermediário), preferido pelo consumidor brasileiro (Ferreira et al.,
2005). As cultivares glutinosas são importantes para estudos genéticos e para uso agronômico.
No entanto, grande parte do arroz consumido no mundo é não-glutinoso.
A classificação e medição do teor de amilose no endosperma do grão considerada por
alguns países, baseado em estudos do IRRI-Internacional Rice Research Institute nas Filipinas
divergem com aquelas analisadas no Brasil. O IRRI baseia-se no ponto de corte de 18% de
teor de amilose, classificados em grupo: 1 (>18%); 2 (de 2 a 18%) e 3 (0 a 2%). No Brasil,
39
segue-se os procedimentos sugeridos pelo CIAT- Centro Internacional de Agricultura
Tropical, que considera um ponto de corte a partir de 22% de teor de amilose, agrupando as
cultivares da seguinte forma: Grupo 1: > 28%; Grupo 2: de 23 a 27% e Grupo 3: < 22%. Estas
inconsistências na classificação e medição do teor de amilose trazem dificuldades em
discussões e comunicação entre especialistas em qualidade de grãos provenientes de
diferentes países.
1.3.2 Temperatura de Gelatinização
Na temperatura ambiente, a estrutura do amido nos grãos de arroz mantém-se
inalterada. Porém, quando os grãos são hidratados e submetidos a temperaturas elevadas, a
estrutura do amido é modificada. Com a ação da energia térmica, as ligações de hidrogênio
entre as moléculas de amilose e de amilopectina são enfraquecidas. Este procedimento
promove o relaxamento da estrutura granular, facilitando a entrada das moléculas de água no
interior dos grânulos. O aquecimento e hidratação do grão de arroz, portanto, causam a
modificação da estrutura dos glânulos de amido no endosperma e conferem um aspecto
“gelatinizado” ao grão polido de arroz. Parte da água permanece retida nos grânulos de
amido, dificultando cada vez mais o movimento da água, levando a um aumento na
viscosidade do grão. A Temperatura de Gelatinização (TG), também conhecida como “reação
alcalina” ou “digestão”, é a temperatura em que se observa o efeito deste processo no grão de
arroz. O conteúdo e estrutura do amido (relação amilose:amilopectina) no grão afeta a
temperatura em que a gelatinização é observada.
As propriedades de gelatinização estão relacionadas com a estrutura molecular da
amilopectina (comprimento de cadeia, extensão de ramificação, peso molecular), composição
do amido (proporção amilose/amilopectina) e arquitetura granular (proporção de regiões
cristalinas e amorfas). Por difração de raios-X pode se detectar a cristalinidade dos grânulos
de amido, que correspondem a duas poliformas (A ou B) ou a uma forma intermediária (C).
Essa classificação é baseada em variações no conteúdo de água e na configuração de
empacotamento de duplas hélices (Imberty et al., 1991). Normalmente, altas temperaturas têm
sido associadas a altos graus de cristalinidade, os quais fornecem a estabilidade estrutural e
tornam os grânulos mais resistentes à gelatinização (Singh et al., 2003).
40
Por definição, a TG é a temperatura alcançada por em média 90% dos grânulos de
amido quando atingem um aspecto de gelatinizados na presença de água aquecida (Guimarães
,1989). A Temperatura de Gelatinização dos grãos das cultivares comerciais de arroz em geral
varia entre 55º a 80º C. Considera-se a TG baixa se computada entre 63 a 68º C, enquanto
uma TG intermediária varia entre 69 a 73º C. Isto significa que variedades de arroz com TGs
baixos e intermediários necessitam de menos tempo/energia para o sua cocção (Kumar et al.,
1994). Entretanto, cultivares com alta Temperatura de Gelatinização, 74 a 80º C, estão
relacionadas com baixo teor de amilose, requerendo mais água e tempo para o cozimento.
Neste caso, o centro do grão permanece semi-duro após a cocção (Ferreira et al., 2005).
Considerando que já é conhecida uma significativa correlação entre desintegração em
alcalinos e a temperatura de gelatinização de arroz (Juliano et al., 1964), a temperatura de
gelatinização pode ser também medida pela reação do grão de arroz com uma solução
alcalina. Desta forma, as propriedades físico-químicas dos grãos de amido podem ser
avaliados por solução de 1,3% de KOH em temperatura ambiente ou em solução de uréia 4M
a 30°C, medindo o grau de dispersão do grão de arroz em mm e correlacionando este valor
com a temperatura de gelatinização. Neste caso, uma escala de notas variando de 1 (grão não
a afetado) a 9 (grão totalmente disperso, gelatinizado) é utilizada para mensurar a
Temperatura de Gelatinização.
O gene (gel(t)) que distingue o fenótipo de gelatinização do grão de amido entre as
subespécies japonica e indica foi mapeado recentemente (Umemoto et al., 2002). O gene
gel(t) foi localizado na mesma posição do gene alk no cromossomo 6 em todas as linhagens
de arroz analisadas (Umemoto et al., 2002). Outros trabalhos realizados com SNPs no gene
alk, mostraram dois polimorfismos no éxon 8, sendo alk3 (A/G) e alk4 (GC/TT) associados
com temperatura de gelatinização (Umemoto, 2005; Waters et al., 2006). Trabalhos recentes
usando esses SNPs resultaram em variedades com genótipos com combinação de alk3 (G) e
alk4 (GC) com temperatura de gelatinização alta e baixa desintegração alcalina, enquanto
variedades com genotipos alk3 (A) ou alk4 (TT) apresentaram temperatura de gelatinização
baixa (Masouleh et al., 2009).
1.3.3- Centro Branco
A aparência do grão é altamente determinada pelo nível de opacidade do grão, um dos
fatores primordiais para a comercialização do produto no mercado. Arroz com grãos
41
translúcidos são preferidos pelos consumidores, e isso faz com que haja uma redução nos
preços de variedades de arroz com grãos gessados. O gessamento é caracterizado pela
opacidade do grão, em parte ou em sua totalidade. As áreas opacas são chamadas de centro
branco, barriga branca ou mancha branca
O cozimento de grãos com áreas opacas é diferente de grãos com áreas translúcidas, já
que os grãos gessados desenvolvem fissuras rapidamente reduzindo a palatabilidade do
produto após cocção (Nagato & Ebata 1959; Cheng et al., 2005). A indústria arrozeira
também tem maior preferência por grãos tranlúcidos, pois os grãos gessados podem causar
maior percentual de grãos quebrados, desvalorizando o produto para comercialização. Essas
regiões tornam-se frágeis e estão sujeitas a rompimento, após beneficiamento (Del Rosario et
al., 1968). Por outro lado, as cultivares de arroz com grãos gessados ou opacos são de grande
interesse para a indústria japonesa para a produção de alimentos ou bebidas especiais, como o
saquê.
As medidas usadas atualmente para avaliar a opacidade do endosperma e as áreas opacas
do endosperma do arroz são: porcentagens de grãos gessados, a área do endosperma gessado
(na região dorsal, centro branco e barriga branca) e grau de opacidade do endosperma. O IRRI
segue uma avaliação de notas entre 0 a 9 para classificar por análise visual a porcentagem dos
grãos que apresentam presença de barriga branca, centro branco, opacidade na região dorsal e
o seu grau de translucidez. Assim, as amostras com nota zero de Centro Branco não
apresentam nenhum grão com qualquer tipo de opacidade; amostras com nota 1 apresentam
menos de 10% de grãos gessados; com nota 5 apresentam entre 10 a 20% de grãos gessados e
nota 9 mais de 20% de grãos com qualquer área atingida por opacidade do grão (IRRI, 2002).
A translucidez do endosperma está relacionada com o grau de cristalinidade do amido.
Esta característica pode ser influenciada por fatores ambientais como colheita dos grãos ainda
imaturos, assim como por altas temperaturas noturnas durante a fase de maturação do arroz
(Juliano & Gonzales, 1989). O grão translúcido é mais duro por apresentar maior densidade
de grânulos de amido comparados com os grãos gessados. Os grãos translúcidos apresentam
uma menor propensão à quebra durante o beneficiamento (Del Rosario et al.,1968).
As zonas opacas ou gessadas podem se localizar na região dorsal, ventral ou central dos
grãos, sendo genericamente denominadas de Centro Branco (Bangwaek et al., 1994 e
42
Guimarães, 1989). A opacidade nestas áreas do grão ocorre devido ao arranjo entre os
grânulos de amido (má formação dos grânulos com espaços de ar entre si) e proteína nas
células (Singh et al., 2006). A existência desses espaços de ar entre os grânulos gera
significativas alterações físico-químicas, morfológicas, na temperatura de gelatinização, na
cocção e nas propriedades estruturais comparado àqueles de grãos translúcidos (Singh et al.,
2003; Cheng et al., 2005). Grãos gessados podem apresentar aspecto de cor amarelada, isto
pode estar relacionado com grãos envelhecidos ou ao maior conteúdo protéico. O alto
conteúdo protéico também muda as propriedades de cozimento do arroz.
1.3.4-Rendimento de Beneficiamento (RB)
Contabilização do percentual de grãos inteiros mais o percentual de grãos quebrados existente
após beneficiamento do arroz em moinho. A quebra dos grãos durante o processamento é
conseqüência das propriedades físicas do grão, afetadas pela relação amilose:amilopectina no
endosperma.
1.3.5 Rendimento de grãos inteiros (RI)
Contabilização do percentual de grãos inteiros existente após beneficiamento do arroz
em moinho. Os grãos descascados e polidos para serem considerados “inteiros” devem
apresentar comprimento igual ou superior a três quartas partes do comprimento mínimo da
classe a que pertence. A presença de grãos quebrados em um lote de arroz é uma característica
indesejável, diminuindo a qualidade e o valor comercial do produto, além da diminuição da
quantidade total de grãos descascados, já que alguns grãos podem ser eliminados junto com as
cascas (Crusciol et al., 1999). Linhagens com Rendimento de Grãos Inteiros inferior a 50%
não são de interesse dos programas de melhoramento.
A porcentagem de grãos inteiros após o beneficiamento pode ser influenciada por
fatores genéticos e ambientais, especialmente no periodo de formação dos grãos. A
característica também é influenciada por práticas de manejo durante o desenvolvimento da
cultura. Fatores como o atraso na colheita, a alta temperatura e pouca umidade durante a fase
de maturação, e com os processos de pós-colheita, como secagem e armazenamento no
beneficiamento, afetam o Rendimento de Grãos Inteiros (Marchezan, 1991). Quanto maior for
a variação da umidade entre os grãos em uma lavoura, pior será o rendimento de grãos
inteiros no beneficiamento. Geralmente, a colheita deve ser realizada em média entre 30 dias
a 40 dias após o florescimento do arroz.
43
1.3.6 Comprimento do Grão (CG) e Largura do Grão (LG)
Outra característica de grande influência para a aparência do grão é a sua forma,
afetada diretamente pela proporção entre comprimento e largura. O tamanho e a forma do
grão estão entre os primeiros critérios da qualidade de arroz que os melhoristas avaliam para
desenvolver novas variedades comerciais (Adair et al., 1966). Estas características são
correlacionadas com o peso do grão, componente importante na avaliação da produtividade da
planta (Luo et al., 2004).
As classes comerciais de arroz são baseadas nas dimensões dos grãos inteiros após
beneficiamento. Porém as normas de avaliação dos grãos relacionados às suas dimensões
variam entre países e regiões de comercialização. Segundo o IRRI, o Comprimento de Grão
pode ser avaliado como: Extremamente Longo (Nota 1 - >7,5 milímetro); Longo ( Nota 3 -
6,61-7,50 milímetros); Médio ou Intermediário (Nota 5 - 5,51-6,60 milímetros), e Curto (Nota
7-<5,5 milímetro) (Khush et al., 1979). A forma do grão (relação comprimento-largura)
classificada como: Fino (Nota 1->3,0), Médio (Nota 5-2,01-3,0), e Largo (Nota 9-1,01-2,0).
Os grãos curtos são geralmente os mais largos, seguido por médio e em seguida por grãos
longos. A classe longo fino é classificada segundo a relação comprimento/largura do grão. A
caracteristica Comprimento do Grão em arroz apresenta herança quantitativa (McKenzie &
Rutger, 1983).
A preferência para dimensões dos grãos de arroz varia entre diferentes consumidores
de culturas, países, regiões. Assim, os consumidores que tem preferência por grãos curtos,
(geralmente representados por arroz japonica) são aqueles das regiões temperadas do Japão,
China e Coréia (Khush, 1995). No sudeste asiático, a preferência é por grãos médios a médio-
longo. No Brasil, EUA, e alguns países asiáticos a preferência tem sido pelo arroz de grãos
longos e finos (geralmente representados por arroz indica) (Unnevehr et al., 1992; Juliano &
Villareal, 1993). A demanda por essa classe tem sido cada vez maior no mercado
internacional.
1.4- Melhoramento para qualidade de grãos e seleção assistida por marcadores moleculares.
44
O melhoramento genético para qualidade de grãos é complexo. A fenotipagem requer
uma grande quantidade de sementes para que os diferentes testes de qualidade possam ser
realizados, o que retarda o programa de melhoramento. A seleção indireta com o uso de
marcadores moleculares, especialmente com o emprego metodologias que permitam a
detecção de polimorfismo nos genes que participam de vias metabólicas que afetam qualidade
de grãos, como a síntese de amido, apresenta-se como uma oportunidade para auxiliar o
programa de melhoramento para qualidade de grãos em arroz.
He et al. (1999) identificaram QTLs que afetam a porcentagem de grãos com Centro
Branco: qPGWC-8 no cromossomo 8, qPGWC-12 no cromossomo 12 e qSWC-3 no
cromossomo 3. Por outro lado, Tan et al. (2000) identificaram um QTL de maior efeito para
“Barriga Branca” e Centro Branco no cromossomo 5. Wan et al. (2005) também identificaram
outros QTLs no cromossomo 8, denominados qACE-8 para área do endosperma gessado,
qDEC-8 para grau de opacidade do endosperma e qPGWC-9 para porcentagem de grão
gessados. Outros três QTLs (qAC-8, qTD-8, e qIVOE-8) mapeados no mesmo intervalo dos
QTLs indentificados no cromossomo 8, porém relacionados com o teor de amilose, maciez do
grão e a palatibilidade do arroz cozido, respectivamente, foram mapeados por Wan et al.
(2004). Considerando que os genes SSIII e DBE-isoamilase foram também mapeados na
mesma região no cromossomo 8 (Jiang, 2002; Fujita et al., 1999), estes conjuntos de QTLs
parecem estar asssociados ao controle de síntese e a estrutura da amilose e amilopectina
(Smith et al., 1997 Nakamura 2002).
Dois genes OsPPDKB (a enzima PPDK contribui para o controle do fluxo do carbono
na biosíntese do amido e lipideos durante o preenchimento da grão) (Kang et al. 2005) e
Sintase de Amido IIIa (SSIIIa) (Fujita et al. 2007) apresentam efeito pleotrópico na
característica Centro Branco. Um QTL (qPGWC-7) mapeado na região no cromossomo 7 e
associado ao controle genético de Centro Branco (Zhou et al., 2009), compreende a mesma
região do genoma onde estão localizados os genes OsPPDKB e SSIIIa. Porém, mutantes
apresentando diferenças no grau de cristalinidade e na estrutura da amilopectina não
apresentam diferença alélica em relação às variedades normais na região do gene SSIIIa
(Zhou et al., 2009).
45
Diversos estudos genéticos em arroz identificaram QTL associados com o peso de
grão, e forma (comprimento/largura), ou o alongamento da semente após o cozimento. Um
QTL com efeito significativo no controle do peso e comprimento do grão foi localizado na
região do centrômero do cromossomo 3 de arroz em diferentes cruzamentos inter e intra-
específicos. (Huang et al. 1997; Redoña & Mackill 1998; Tan et al. 2000; Xing et al. 2001;
Aluko et al. 2004, Li et al.2004; Wan et al. 2005). Outros trabalhos de mapeamento também
mostraram que o comprimento, a largura e a relação comprimento/largura são controlados
principalmente por dois locos, um no cromossomo 3 e outro no cromossomo 7 (Redoña &
Mackill 1998). Posteriormente, Tan et al. (2000) identificaram QTLs para comprimento do
grão no cromossomo 3 e para largura do grão no cromossomo 5. O gene GW2 foi isolado por
clonagem posicional (Song et al., 2007) no cromossomo 2, com efeito no controle da largura e
peso do grão de arroz. O gene GS3, que controla o comprimento de grão no cromossomo 3
(Fan et al. 2006) foi clonado e as sequência codante comparada em seis genótipos. Um SNP
no segundo éxon foi identificando, permitindo a classificação das variedades que produzem
grãos curtos e grãos longos. A associação da mutação neste gene (C/A) com o comprimento
do grão em arroz foi confirmada recentemente (Fan et al., 2009). Com base na premissa de
que o grão mais longo é produto da seleção artificial no processo de domesticação da espécie,
o alelo mutante seria aquele relacionado com fenótipo de grãos longos. O marcador CAPS
(SF28) foi sugerido para ser empregado em seleção assistida para comprimento do grão em
arroz (Fan et al., 2009).
A qualidade do grão, sob diversos aspectos, é um conceito relativo, com forte
influência cultural. Este trabalho teve por objetivo desenvolver marcadores microssatélites
para emprego em seleção para qualidade de grãos arroz. As mensurações de componentes de
qualidade de grãos realizadas neste estudo levaram em consideração as demandas do mercado
brasileiro de grãos de arroz.
46
Hipóteses
1. Locos microssatélites, situados na região de genes da via metabólica de amido, estão
associados a QTLs de qualidade de grãos em arroz.
2. Marcadores microssatélites e sistemas multiplex de genotipagem de microssatélites
situados na região de genes da via metabólica de amido podem ser usados para a
seleção precoce para qualidade de grãos em arroz.
47
Objetivo Geral
Desenvolvimento de painéis multiplex de marcadores microssatélites para seleção
precoce para qualidade de grãos em programas de melhoramento genético de arroz.
Objetivos Específicos
• Seleção de regiões dos microssatélites dos genes de via metabólica do amido.
• Desenho, síntese e avaliação de iniciadores de PCR.
• Seleção de marcadores microssatélites informativos.
• Construção de painéis multiplex.
• Validação de marcadores e painéis multiplex:
• Mapeamento de QTLs de qualidade de grãos (RILs).
• Testes de independência entre genótipo e fenótipo em acessos.
48
2-Materiais e Métodos
A Figura 6 mostra o fluxograma das atividades desenvolvidas neste trabalho.
Figura 6- Fluxograma das atividades que foram realizadas no presente trabalho.
2.1. Desenvolvimento de marcadores microssatélites ligados a genes da via metabólica de
amido
2.1.1 Busca de seqüências microssatélites na região de genes da via metabólica amido em
bases de dados genômicas
Os genes que codificam enzimas da via metabólica de amido em arroz apresentam
expressão temporal e espacial diferenciada. Os experimentos desenvolvidos neste trabalho
foram baseados em genes com conhecida expressão no endosperma de arroz. Evitou-se,
dentro do conhecimento disponível na literatura atual, a seleção de genes com expressão
49
específica ou majoritária em outros tecidos da planta, como folhas. Inicialmente, onze
enzimas da via metabólica de amido foram selecionadas para fins experimentais, assim como
os respectivos genes que as codificam (Tabela 2).
Tabela 2- Enzimas das via metabólica de amido e respectivos locos gênicos no genoma de arroz utilizadas no
desenvolvimento de marcadores microssatélites para seleção assistida para qualidade de grãos. As letras abaixo
do código de cada enzima (A-L) identificam cada loco gênico e os respectivos microssatélites localizados na
região destes genes.
Enzima
Cromossomo
Gene
Descrição
AGPS1
(E.C.2.7.7.27)
(A)
9
OsAGPS1
Oryza sativa ADP-glucose
pyrophosphorylase small subunit1
mRNA.
AGPL2
(E.C.2.7.7.27)
(B)
1
OsAGPL2
Oryza sativa (japonica cultivar-group)
ADP-glucose pyrophosphorylase large
subunit 2 isoform.
AGPS2
(E.C.2.7.7.27
(C)
8
OsAGPS2
O.sativa ADPglucose pyrophosphorylase
gene, complete cds. glucose-1-
phosphate adenylyltransferase small
subunit 2, chloroplast precursor,
putative, expressed
DBE-Isomilase
(E.C.3.2.1.68
(D)
8
OsISA1
Oryza sativa Japonica Group gene for
isoamylase.
DBE-Pullulanase
(E.C.3.2.1.41)
(E)
4
OsPUL
Oryza sativa gene for starch debranching
enzyme.
GBSSI
(E.C.2.4.1.21)
(F)
6
OsGBSSI/Waxy
Oryza sativa cultivar Jofon granule-
bound starch synthase (waxy)gene.
SBE-I
(E.C.2.4.1.18)
(G)
6
OsBEI
Oryza sativa group genes for
hypothetical protein, 1,4-alpha-glucan
branching enzyme.
SBE-IIa /SBE-4
(E.C.2.4.1.18)
(H)
4
OsBEIIa
Oryza sativa mRNA for starch
branching enzyme rbe.
50
SBE-IIb/SBE-3
(E.C.2.4.1.18)
(I)
2
OsBEIIb
Oryza sativa mRna for branching
enzyme-3.
SSIIb/ SSII-2
(E.C.2.4.1.21)
(J)
2
OsSSIIb
Oryza sativa soluble starch synthase II-
2 mRNA.
SSIIa/SSII-3
(E.C.2.4.1.21)
(L)
6
OsSSIIIa
Oryza sativa soluble starch synthase II-
3 mRNA.
E.C (Enzyme Commission Numbers)- classificação numérica para as enzimas,baseado nas reações químicas que catalisam.
Uma vez selecionados os genes alvo expressos no endosperma de arroz, identificou-se a
sequência completa de cada gene, depositada no GenBank, banco de dados genômicos do
National Center for Biotechnology Information, National Institute of Health, EUA
(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Genbank/) (Tabela 2).
2.1.2- Identificação e seleção de microssatélites nas regiões de genes que codificam
enzimas da via metabólica de amido
O resultado do seqüenciamento completo do genoma de arroz (Nipponbare) (Goff et
al., 2002) possibilita a identificação e seleção de sequências microssatélites em todo o genoma
do arroz. Os dados atualizados de sequência do genoma estrutural de arroz disponível no
portal do TIGR Rice Genome Annotation - Release 5 (http://www.tigr.org/rice/) foram
utilizados para a detecção de seqüências repetidas em tandem (simple sequence repeats ou
microssatélites) usando o software Mreps http://www.loria.fr/mreps/; (Kolpakov et al., 2003).
Os critérios utilizados para a detecção de microssatélites na região dos 11 genes foram:
(a) priorização de microssatélites dentro da região do gene selecionado, para maximizar a
possibilidade de desequilíbrio de ligação entre o gene e a região microssatélite;
(b) localização de todos os microssatélites com distância máxima de 200 kpb acima ou
abaixo da sequência do gene selecionado, usando esta distância como critério de extensão
máxima de desequilíbrio de ligação em arroz (Mather et al., 2007);
(c) identificação de microssatélite de motifs perfeitos de di, tri ou tetranucleotídeos, nesta
ordem preferencial, visando a maximização de polimorfismo de sequência ;
51
(d) identificação de microssatélites com número mínimo de repetições ≥ 6.
2.1.3-Desenho de iniciadores de PCR de marcadores microssatélites identificados na
região de genes da via metabólica de amido.
Identificadas milhares de sequências microssatélites na região dos onze genes
selecionadas e selecionando os locos microssatélites mais promissores, o programa Primer 3
(Rozen & Skaletsky, 2000) foi utilizado para o desenho dos iniciadores (primers) para
amplificação de alelos em locos microssatélites. Os critérios utilizados para o desenho de
iniciadores incluíram:
(a) definição de produto de PCR com tamanho mínimo de 150 pb e máximo de 300 pb;
(b) Tm dos iniciadores igual a 60º C;
Antes de confirmar a síntese dos iniciadores de PCR foi realizado um teste in silico
com cada um dos iniciadores desenhados pelo programa Primer 3 para identificar, no genoma
de arroz, a possibilidade de amplificação de mais de uma sequência em diferentes locos. Este
teste foi realizado com o programa Primersearch (Val Curwen, 2000). Em seguida, foram
desenhados pares de primers para 44 marcadores microssatélites na região dos 11 genes
selecionados, ou seja, quatro marcadores para cada região gênica. Em geral, dois marcadores
microssatélites situavam-se na região de 200 kpb antes do gene, e outros dois marcadores na
região 200 kpb depois do gene. Os iniciadores selecionados foram sintetizados e marcados
com os fluorocromos 6-FAM (azul), HEX (verde) ou NED (amarelo).
2.2 Extração, quantificação de DNA e Reação de Polimerase em Cadeia
O DNA de cada acesso de arroz utilizado nos experimentos foi obtido de acordo com o
protocolo CTAB, com as modificações sugeridas por Ferreira & Grattapaglia (1998). Em
síntese, aproximadamente 150 mg de folhas tenras de cada acesso ou linhagem foram
macerados em tubos eppendorf de 2,0 ml com 700 µL de tampão de extração pré-aquecido
(2% acetyldimethyl tiethylammonium bromide – CTAB, 1.4 M NaCl, 20 mM EDTA, 100
mM Tris-HCL pH=8.0, 1% polyvinylpyrrolidone, 0.2% 2-mercaptoethanol), submetidos a
maceração com contas de porcelana em equipamento TyssueLyser Qiagen por 2x 30
segundos. Depois de incubada por 1h a 65°C, com agitação ocasional, em cada tubo foram
52
adicionados 600 uL de clorofórmio: álcool isoamílico (24:1), seguido de centrifugação a
12.000 rpm por 10 min. A parte aquosa foi isolada em novo tubo de 1,5 ml e adicionado
volume igual de isopropanol a 4 ºC (≈500 µL ). Depois de centrifugado a 12.000 rpm por 5
minutos, o isopropanol foi descartado e o pellet de DNA enxaguado duas vezes por agitação e
centrifugação com 500 uL de etanol 70%. O tubo contendo o pellet de DNA permaneceu
aberto até a evaporação completa do etanol. O pellet de DNA foi então diluído em 40 µL de
tampão TE (10mM Tris-HCl, ph=8.0, 1 mM EDTA) com RNAse (10 µg/mL) e incubado por
2hs a 37°C para digestão do RNA. A quantificação do DNA foi realizada por eletroforese de
gel de agarose na concentração 1% contendo brometo de etídeo (0,15 g/mL). Foram usados
2 µl de cada amostra com 1 µl de tampão 3X de corrida ( EDTA (pH 8,0) e Tris - borato
(TBE) mais Azul de Bromofenol) e 3 µl de ddH
2
0 para comparação com o DNA padrão (200
ng de λ DNA - GibcoBRL). Depois de quantificado o DNA foi diluído com ddH
2
0 para a
concentração final de 2ng/µl.
2.2.1 Detecção de fragmentos amplificados via PCR
A análise de produtos de PCR de cada marcador microssatélite foi realizada de duas
formas: (a) kit comercial – o Kit QIAGEN® Multiplexer PCR foi usado na análise de
marcadores microssatélites e no desenvolvimento de painéis de genotipagem múltipla (painéis
multiplex); Para isto, utilizou-se 3 µl de DNA genômico, 5 µl de PCR Master Mix, 1 µl de Q-
solution , 5uM de primers marcados (0,2 µl) e completou-se o volume de reação com ddH
2
0
até o volume final de 12 µl; (b) reação “caseira” ou não-comercial – também usada para testar
os marcadores microssatélites individualmente ou em painéis, utilizando 3 µl de DNA
genômico, 6 mM de dNTP (0,2 µl), 5uM de primers marcados (0,2 µl) com os fluorocromos
NED, FAM ou HEX, 3 mM de BSA (1,2 µl), e 2 U/µl Taq DNA Polimerase (0,4 µl)
(Phoneutria-Brazil), 30 X Tampão IB com MgCl2 (Phoneutria-Brazil) (3 µl) e volume
completado com ddH
2
0 até o volume final de 15 µl.
As reações foram realizadas em placas de PCR de 96 poços e conduzidas em
termocicladores de modelo 9700 GeneAmp (Perkin-Elmer/Applied Biosystems). O programa
de amplificação de produtos de PCR foi o seguinte: (1) 5 minutos a 94°C para a desnaturação
da fita dupla de DNA; (2) 30 ciclos de amplificação com 94°C para desnaturação (1 minuto),
53
seguido de anelamento a 60°C (1 minuto) e extensão a 72°C (2 minutos); (3) extensão final a
65°C durante 7 minutos.
A detecção dos fragmentos amplificados foi realizada em seqüenciadores automáticos
de DNA modelos ABI Prism 377 e ABI 3700. As condições de carregamento dos géis no
ABI Prism 377 utilizaram uma alíquota de 2 µl de produto de PCR misturada com 2 µl de mix
[1 ul de tampão de carregamento -98% formamida, 10 mM EDTA-blue dextran- e 1 µl de um
marcador padrão de tamanho conhecido produzido no próprio laboratório, (Brondani &
Grattapaglia, 2001)]. A reação foi desnaturada por 5 min em termociclador ABI 9700 e uma
alíquota de ≈ 3 µl de amostras carregada em géis de poliacrilamida “Long Ranger” a 4% em
tampão TBE 1X . No seqüenciador ABI 3700 os fragmentos de DNA foram detectados com
base em alíquotas de 1 ul de produto de PCR diluídas 5x, seguida da adição de um volume
total de 9 µl de mix (8 µl de HIDI com 0,35 µl de marcador padrão e 0,65 µl de ddH
2
0),
desnaturadas por 5 minutos. A eletroforeses foram realizadas a 3000 V por volta de 2h30
min. Os fragmentos amplificados foram analisados e genotipados nos programas da Applied
Biosystems - GeneScan (versão 3.1.2) e Genotyper (versão 2.5.2), respectivamente.
2.3 Avaliação de polimorfismo em locos microssatélites situados na região de genes da via
metabólica de amido
Para a seleção dos marcadores microssatélites usados no estudo, foram sintetizados
44 pares de iniciadores, conforme citado anteriormente. A avaliação da qualidade e do
polimorfismo dos 44 marcadores foi inicialmente realizada através da genotipagem de três
cultivares de arroz da subespécie japonica: Nipponbare, Curinga e Primavera. Nipponbare é a
cultivar referência de arroz, que teve o genoma completamente seqüenciado (Goff et al.,
2002; IRSC, 2004), e que serviu de base para a seleção de microssatélites e síntese de
iniciadores deste trabalho. Curinga é uma cultivar de arroz com dupla aptidão, produtiva em
sistema de produção de várzea úmida e sistema sequeiro. Primavera é uma cultivar de arroz
de sequeiro (terras altas), referência para qualidade de grãos neste sistema de produção.
Os dados de amplificação, qualidade de análise e polimorfismo inicial baseados nas
três cultivares de arroz (Nipponbare, Curinga e Primavera) possibilitaram a seleção dos
marcadores microssatélites com maior qualidade de produtos de PCR, mais robustos e
54
potencialmente mais informativos. Este marcadores foram então avaliados em detalhe com
um conjunto de acessos do Banco de Germoplasma de Arroz e os dados compilados para a
obtenção de estatísticas descritivas de cada marcador.
2.2.1 Germoplasma de arroz utilizado na genotipagem com marcadores microssatélites
Para a avaliação dos marcadores microssatélites selecionados entre os 44
inicialmente testados, uma amostra ao acaso de 28 acessos do Banco de Germoplasma de
Arroz, apresentando alta variabilidade para qualidade de grãos, foi selecionada (Tabela 3).
Os tamanhos dos alelos de cada acesso de arroz nos locos microssatélites testados
foram classificados em classes discretas representativas da variação alélica de cada loco
usando o algorítimo de minimização de quadrados mínimos descrito por Idury & Cardon
(1997), e implementado no software Allelobin (Indury & Cardon, 1997).
55
Tabela 3-Acessos do Banco de Germoplasma de Arroz usados na avaliação dos marcadores microssatélites selecionados na região de genes da via metabólica de amido.
Acessos
Característica de interesse
BRS Formoso
Cultivar de arroz irrigado, suscetível à brusone e moderadamente suscetível a mancha de grãos, recomendada para
plantio em sistema irrigado por inundação controlada ou em várzea úmida.
BRS Diamante
Cultivar de arroz irrigado oriunda de cruzamento triplo realizado no CIAT, Colômbia, e introduzida no Brasil por
pesquisadores da Embrapa Arroz e Feijão. A linhagem é moderadamente resistente à brusone e resistente a mancha
de grãos; recomendada especialmente para plantio em sistema irrigado por inundação controlada ou várzea úmida.
CNA8502
Linhagem de arroz irrigado, parental recorrente de programa de piramidização de genes de resistência à brusone do
arroz.
BRS Primavera
Cultivar de arroz de sequeiro, derivada do cruzamento entre as cultivares IRAT 10 e LS 85-158, lançada em 1987;
suscetível à brusone, apresenta resistência moderada à escaldadura foliar e à mancha-de-grãos; Apresenta
produtividade média e é exigente quanto ao ponto de colheita; a cultivar Primavera destaca-se como uma variedade
com alta qualidade de grãos.
CNAi9930
Linhagem de arroz irrigado desenvolvida por retrocruzamento avançado de QTLs (Advanced Backcross QTL
Analysis) a partir do cruzamento entre Oryza sativa (BG90-2) e Oryza glumaepatula (RS-16) (Brondani et al.,
2002); a linhagem apresenta alta produtividade e alta capacidade de perfilhamento; apresenta potencial de colheita
deduas safras, a segunda a partir de irrigação da soca da primeira colheita; suscetível a mancha de grãos e resistente
a brusone.
CNAi9022
Linhagem de arroz irrigado, fonte de resistência à brusone do arroz.
CNAi9029
Linhagem de arroz irrigado, fonte de resistência à brusone do arroz.
Oryzica Llanos4
Cultivar de arroz irrigado, originária da Colômbia, desenvolvida pelo Centro Internacional de Agricultura Tropical
(CIAT); resistente à brusone e à mancha de grãos
Oryzica Llanos5
Cultivar de arroz irrigado, originária da Colômbia, desenvolvida pelo Centro Internacional de Agricultura Tropical
(CIAT); resistência durável à brusone;
Oryzica 1
Cultivar de arroz irrigado, originária da Colômbia, desenvolvida pelo Centro Internacional de Agricultura Tropical
(CIAT); apresenta resistência à brusone e é moderadamente resistente a mancha de grãos;
5287
Linhagem de arroz irrigado, fonte de resistência à brusone.
Colombia 1
Cultivar de arroz irrigado, originária da Colômbia, desenvolvida pelo Centro Internacional de Agricultura Tropical
56
(CIAT);
CNA 8212
Linhagem de arroz de sequeiro; linhagem quase-isogenica (NIL) obtida do cruzamento entre IAC-25 e C46-15, pela
Embrapa arroz e Feijão, visando a introgressão de genes de cultivares exóticas provenientes de arroz indica,
apresentando moderado a alto grau de resistência à brusone;
CNA 8198
Linhagem de arroz de sequeiro; linhagem quase- Isogênica (Nils) obtida pelo cruzamento entre IAC-25 e Carreon,
pela Embrapa arroz e Feijão, visando a introgressão de genes de resistência à brusone. Essas linhagens apresentaram
moderado a alto grau de resistência à brusone;
C101-A51
Linhagem de arroz de sequeiro; linhagem quase-isogênica de arroz de sequeiro (NIL) (Mackill & Bonman 1992),
desenvolvida pelo Internacional Rice Research Institute (IRRI), com genes dominantes de resistência à brusone
Rantulasi
Cultivar de arroz irrigado (CNA0010681); originária das Filipinas, resistente a brusone e a mancha de grãos;
RS-16
Acesso da espécie silvestre Oryza glumaepatula, originária da região Amazônica.
BG 90-2
Linhagem de arroz irrigado (CNA00005860) - alta produtividade, suscetível à brusone e moderadamente resistente
a mancha de grãos;
Chorinho
Variedade tradicional de arroz de sequeiro; sub-espécie japonica tropical; cultivada em condição de várzea úmida
no sul do estado de Minas Gerais; tolerância moderada à seca.
Puteca
Variedade tradicional de arroz de sequeiro (CA780217); sub-espécie japonica tropical; variedade cultivada em
sistemas de terras altas, coletada no Estado de Goiás.
Bico Ganga
Variedade tradicional de arroz de sequeiro; coletada em Ouro Preto do Oeste-RO; resistente a brusone e a mancha
de grãos;
Zenith
Cultivar de arroz sequeiro e várzea úmida (japonica temperado); moderadamente resistente a brusone e
moderadamente suscetível à mancha de grãos
.
Farroupilha
Variedade tradicional de arroz irrigado (CA940007) (japonica temperado); variedade tradicional originária no Rio
Grande do Sul, moderadamente resistente a brusone e a mancha de grãos;
57
Amaroo
Cultivar comercial de arroz irrigado (japonica temperado), muito cultivada na Austrália (CNA13218); apresenta
tolerância moderada a baixas temperaturas
BRS Curinga
Cultivar de arroz de sequeiro e várzea úmida. Foi originada inicialmente de uma família selecionada na geração F3,
pelo Centro Internacional de Agricultura Tropical (CIAT), na Colômbia, depois melhorada pela Embrapa Arroz e
Feijão. Linhagem com dupla aptidão de plantio, indicada para cultivo em condições de terras altas (sequeiro) e
várzeas. A primeira cultivar agulhinha de alta qualidade de grãos recomendada para as condições de várzea úmida
ou drenada de Minas Gerais. Apresenta arquitetura com folhas eretas, semelhantes à de arroz irrigado por
submersão, com boa resistência à seca e a alumínio tóxico, moderadamente resistente a brusone e suscetível a
mancha de grãos, e alto potencial de produção, mesmo no cultivo de terras altas.
IRGA417
Cultivar de arroz irrigado. Originaria do cruzamento a F1 de New Rex/IR19743-25-2-2 com BR-IRGA 409,
realizada pelo IRGA-EEA. Possui grão agulhinha com alto teor de amilose, baixa temperatura de gelatinização e
rendimento industrial de 62% de grãos inteiros quando polidos. Possui sensibilidade média à toxicidade por ferro,
bem como ao frio na fase reprodutiva das plantas. Possui resistência moderada à brusone e à mancha dos grãos.
CNA10928
Linhagem de arroz irrigado, com arquitetura modificada de panícula (multiespigueta) e capacidade fotossintética
durante a maturação dos grãos (stay-green).
Nipponbare
Cultivar de arroz irrigado (japonica temperado); originária do Japão; cultivar padrão utilizada no seqüenciamento do
genoma estrutural do arroz (Goff et al., 2002; IRGSC, 2003).
58
2.2.4. Estatísticas descritivas de locos de marcadores microssatélites
As estatítiscas descritivas de cada marcador foram estimadas pelo programa PowerMarker
(v.3.25) (LIU, K.; MUSE, 2005). Dois acessos foram excluídos das análises: BG90-2, por
ser quase-isogênico a CNAi9930), e RS-16, por ser um acesso de O. Glumaepatula. Para
cada marcador microssatélite testado foram estimados, com base nos 26 dos 28 acessos de
arroz selecionados (Tabela 3), os seguintes parâmetros: número de alelos observados em cada
loco (No); a heterozigosidade observada (Ho); a diversidade gênica (DG), segundo a fórmula
[GDe]=(1-Σ
i
p
i
2
)(2n)/(2n-1), onde p
i
é a freqüência do iésimo alelo para cada loco e n o
número de amostras analisadas (Nei,1987); o conteúdo informativo de polimorfismo (PIC),
que estima como o grau de polimorfismo em um loco marcador influencia a probabilidade de
detecção de ligação com um loco referência, ou a probabilidade de uma progênie de uma
linhagem parental que possui um alelo raro permitir a dedução do genótipo da linhagem
parental no loco marcador (Botstein et al., 1980).
Para testar o poder dos painéis em relação à capacidade de discriminação genética, a
Probabilidade de Identidade (PI), definida como PI= Σ p
i
4
+ Σ (2p
i
p
j
)
2
(Sefc et al., 1999), foi
estimada nos marcadores selecionados. Este parâmetro define a probabilidade de dois
indivíduos ao acaso de uma mesma população apresentarem genótipos idênticos com os
mesmos marcadores testados. Foi ainda calculado o Poder de Exclusão (PE) combinado de
um painel multiplex, que estima a probabilidade de excluir um indivíduo selecionado
casualmente numa população de ser um dos parentais de um indivíduo analisado, segundo a
fórmula PE=
Σ pi (1-pi)
2
-1/2 Σ pi
2
pj
2
(Weir 1996).
2.3. Desenvolvimento e validação de painéis multiplex de locos microssatélites
2.3.1. Combinação de locos marcadores em painéis multiplex
A construção do painéis multiplex foi dividida em quatro passos:
(1) a genotipagem inicial dos três acessos de arroz (Curinga, Primavera, Nipponbare)
com 44 marcadores microssatélites testou o funcionamento dos iniciadores de PCR
(primers), confirmou a faixa de variação de tamanho de alelos de cada loco prevista
teoricamente, e testou a qualidade, repetibilidade e robustez de cada marcador;
59
(2) para a construção dos painéis multiplex foi necessário o conhecimento da
variabilidade alélica dos locos em diferentes acessos de arroz. Para isto foram
selecionados 28 acessos de Oryza sativa com grande variabilidade fenotípica para
qualidade de grãos de arroz (Tabela 3). O programa Multiplexer (Alexandre Coelho -
comunicação pessoal) foi então usado para montar 10 triplex (painéis com três
marcadores) para testes iniciais. As reações foram feitas com kit QIAGEN®
Multiplexer PCR.
(3) Os genótipos dos 28 acessos de arroz foram compilados, os tamanhos de alelos
ajustados com o emprego do programa Allelobin (Indury & Cardon, 1997) e usados para
estimar a amplitude de variação de tamanho de alelos em cada marcador testado. As
estatítiscas descritivas de cada marcador foram estimadas pelo programa PowerMarker
(v.3.25) (LIU, K.; MUSE, 2005). Estes dados foram então usados para selecionar os
marcadores candidatos a compor cada painel multiplex, e estimar a distância genética
par-a-par entre os acessos;
(4) Em cada painel multiplex testado buscou-se a inclusão de pelo menos um marcador
para cada gene. Foram testadas varias combinações dos marcadores, sempre tentando
maximizar o maior número de marcadores por painel. Os painéis foram montados de
acordo com a variação alélica em cada loco e do fluorocromo de cada marcador usado.
Buscou-se a inclusão de um mesmo marcador (controle) em cada painel, repetido nos
demais, para garantir a eficiência e evitar erro humano.
2.3.2. Avaliação da qualidade dos painéis multiplex de marcadores microssatélites
Após a seleção de marcadores para compor os painéis e da otimização das condições
de PCR, cada painel soi submetido a testes com os 28 acessos do Banco de Germoplasma e
com 10 linhagens puras recombinantes (RILs) de duas populações de mapa (Chorinho x
Amaroo; Chorinho x Puteca). Os testes foram realizados para identificar o desempenho da
amplicação conjunta de alelos nos diferentes locos microssatélites que compõem cada painel.
Avaliou-se a consistência e qualidade das amplificações, além do poder de discriminação
genética de cada painel desenvolvido.
60
2.3.2 Validação genética de painéis multiplex para seleção para qualidade de grãos de
arroz.
2.3.2.1 Mapeamento de QTLs de qualidade de grãos utilizando uma população de linhagens
puras recombinantes (RIL) derivada do cruzamento entre Chorinho x Amaroo.
População de Mapeamento - A validação genética dos painéis multiplex para
demonstrar o seu potencial na seleção para qualidade de grãos de arroz em programas de
melhoramento genético foi realizada através do emprego dos painéis desenvolvidos no
mapeamento de QTLs de componentes de qualidade de grãos. Para o mapeamento genético de
componentes de qualidade de grãos de arroz foi usada uma população de linhagens puras
recombinantes (RILs – recombinant inbred lines) de arroz na geração F
7.
Esta população foi
gerada por SSD (single seed descent) a partir de plantas F2 obtidas por autofecundação de
uma única planta F1, na EMBRAPA Arroz e Feijão (Santo Antônio de Goiás – GO). A
população é constituída por 161 RILs obtidas do cruzamento entre as variedades Chorinho e
Amaroo.
Construção do Mapa Genético de Ligação - Este cruzamento é derivado de cultivares
de arroz japonica que contrastam para qualidade de grãos. Para a detecção de locos
polimórficos para a construção de mapas genéticos foi analisado inicialmente um total de 450
marcadoeres microssatélites marcados com fluorescência, incluindo os 44 marcadores
microssatélites ligados a genes da via metabólica de amido. Os ensaios incluíram as
linhagens parentais Chorinho e Amaroo. Os testes de polimorfismo foram realizados
empregando painéis multiplex (variando entre 2 a 6 locos por painel) para genotipagem dos
parentais e seleção dos marcadores polimórficos.
Para a construção da mapa genético baseado na população RIL Chorinho x Amaroo, os
locos eventualmente polimórficos foram avaliados quanto ao seu modo de segregação e
detecção de desvios da proporção esperada de 1:1 em uma população F7 de linhagens puras
recombinantes. Os testes de distorção de segregação foram realizados utilizando o programa
GQMOL (Cruz & Schuster, 2005). O teste de FDR, ou razão de falsas descobertas, foi
utilizado como critério de ajuste para correção de erro do tipo I (Benjamini & Hochberg,
1995), e o nível de significância para os testes de distorção de segregação foi de 1%.
61
O mapa de ligação foi construído com o programa MAPMAKER/MacIntosh versão 2.0
e complementados com o MAPMAKER/EXP 3.0 para PC (Lander et al., 1987). Foram
considerados para análise de ligação apenas os marcadores com menos de 20% de dados
faltantes. Um valor de LOD mínimo de 4,0 e uma fração de recombinação (θ) máxima de 0,35
foram utilizados como parâmetros iniciais no estabelecimento dos grupos de ligação pelo
comando group. A ordem mais provável dos marcadores dentro de cada grupo de ligação foi
estimada através dos comandos three point, compare e/ou ripple. As ordens finais dos locos
em cada grupo de ligação foram confirmadas com a ordem de sua posição no mapa físico do
genoma de arroz buscados no banco de dados Gramene (Jaiswal et al., 2006). Os grupos de
ligação detectados foram nomeados de acordo com os cromossomos do genoma do arroz, a
partir da sua co-localização com o mapa físico.
2.3.2.2. Fenotipagem de componentes de qualidade de grãos de arroz da população RIL
Chorinho x Amaroo.
A avaliação fenotípica para qualidade de grãos foi realizada pelo Laboratório de
Tecnologia de Alimentos da Embrapa Arroz e Feijão. As características físico-químicas
foram analisadas na população de Linhagens Puras Recombinantes derivadas dos
cruzamentos entre Chorinho e Amaroo. As seguintes características físico-químicas foram
analisadas, conforme os protocolos descritos a seguir:
Teor de Amilose (TA) – Foram triturados e pesados 100 mg de farelo de arroz a partir de 5g
de grão de arroz. Em um balão de 100 ml foram adicionados ao farelo de arroz 1 ml de EtOH
95%, 9 ml de 1-N NaOH e incubados por 15 a 24h em temperatura ambiente. Em seguida foi
retirada uma alíquota de 5 ml da amostra (amido) e adicionadas 50 ml de ddH
2
0 e 1 ml de 1-
N ácido acético e agitados. Depois foi adicionado 2 ml de solução de iodo (0.2% I
2
em 2 %
KI), e completou-se para 100 ml com ddH
2
0. Foram agitados por 20 minutos e logo depois
uma alíquota foi observada em espectrofotômetro a 620 Nm, e o controle foi representado por
5 ml de 0,09 N NaOH. Para e teste foram usados duas repetições, dois blocos e para avaliação
foi usada a média das duas repetições. Em seguida foram avaliadas pela porcentagem de teor
de amilose existente no grão (Juliano,1985), seguindo as seguintes avaliação :
62
TA
% de Teor de Amilose
BAIXO
11 a 22%
INTERMEDIARIO
23 a 27%
ALTO
28 a 32%
Escala CIAT (1989)
Centro Branco (CB) - Amostras de 100 grãos de arroz beneficiado foram contados os grãos
com CB por análise visual. Foram selecionadas e examinadas em uma placa de vidro com a
focalização de luz de lâmpada a quantidade de grãos opacos ou com variações de opacidade
existente em cada acesso. A avaliação para Centro branco foi de acordo com as notas
classicamente utilizadas para este fenótipo, sendo: (1) Excelente, (2) Bom, (3) Regular, (4)
Ruim (5) Péssimo.
Temperatura de gelatinização (TG) - A temperatura de gelatinização foi avaliada pelo valor
de dispersão do grão tratado com solução alcalina. A desintegração e gelatinização dos
grânulos de amido foram detectadas pelos testes realizados nos grãos pela adição de solução
alcalina. Para cada amostra, 10 ml de 1.7% w/v solução de KOH foram adicionados a seis
grãos de arroz beneficiado. Os grãos foram então incubados em temperatura ambiente por
aproximadamente 23hs. Em seguida foi feita a avaliação da transparência da pasta dissolvida
fora dos grãos, utilizando uma escala de 7 pontos, conforme descrito por Little et al. (1958) e
Sowbhagya & Bhattacharya (1979). Para este teste foram usadas duas repetições, dois blocos
e para avaliação foi usada a média das duas repetições. As notas seguiram a escala descrita
abaixo:
TG
Temperatura
Classificação dos grãos
Notas (1 a 7)
BAIXO
(< 70 °C)
(6) partes do grão separadas e dispersas,
misturando-se ao gargalo;
(7) grãos totalmente dispersos e misturados.
INTERMEDIARIA
(70-74 °C)
(4) grão entumescido, gargalo completo e largo;
(5) grão partido ou segmentado, gargalo
completo e largo;
ALTA
(74.5 a 80 °C)
(1) grão não afetado;
(2) grão entumescido
(3) grão entumescido, gargalo incompleto e
estreito;
63
Rendimento de Beneficiamento (RB) - Em amostras de 100 gramas de grão de arroz
beneficiado foram quantificados o percentual de grãos inteiros e quebrados.
Rendimento de grãos inteiros (RI) – Em amostras de 100 gramas de grãos de arroz
beneficiado foram quantificados apenas o percentual de grãos inteiros.
Classificação Visual de Comprimento (CG) e Largura do Grão (LG) - Em amostras de 100
grãos de arroz beneficiado de cada linhagem e acesso foram dadas notas visual para
comprimento e largura dos grãos de acordo com as escalas de notas desenvolvidas pelo
CNPAF, considerando-se os padrões definidos pelo Diário da República, 19 Abril 2000 (núm.
93), do Ministério da Agricultura.
Notas para Comprimento
Avaliação
Nota
Mm
Extra longo
1
>7,5 mm
Longo a Extra longo
3
7,0-7,5 mm
Longo
5
6,61- 7,0 mm
Médio
7
5,51-6,60
Curto
9
<5,5
Notas para Largura
Avaliação
Nota
Mm
Extra fino
1
<2,50
Fino
3
2,51-3,00
Largo
5
3,00-3,51
Extra largo
7
>3,50
Análises de variância dos valores absolutos de Teor de Amilose (TA) e Temperatura
de Gelatinização (TG) foram realizadas com o programa GENES (Cruz, 2006), tratando-se os
dados como um modelo de Blocos ao Acaso sem parcelas perdidas (101 linhagens de Amaroo
x Chorinho, 2 repetições). Estimou-se os componentes de variância e covariância (fenotípico e
ambiental), herdabilidade, coeficientes de variação (genético e experimental) e correlações
(fenotípica, genotípica e de ambiente) entre todos os pares de caracteres estudados.
64
Também foram estimadas a diferença mínima significativa de médias segundo o teste
de Tukey. Cada característica foi tratada de forma independente na análise de variância.
Foram realizadas estimativas descritivas (GENES- Cruz, 2006) nos valores médios das
sete características, com a finalidade de estimar as médias, variâncias, desvios-padrão,
coeficientes de variação, máximo e mínimo da linhagem de cada característica analisada. Também
foram obtidas as estimativas de coeficiente de correlações simples de Pearson. A normalidade das
distribuições fenotípicas foram testadas pelo Teste de Normalidade de Lilliefors, medidas de
curtose e teste de Qui-Quadrado (2), com base nos valores médios das setes características.
Mapeamento de QTLs de componentes de qualidade de grãos – Nas análises visando a
detecção de QTLs associados aos componentes de qualidade de grãos com base na população
RIL Chorinho x Amaroo, os dados categóricos das características baseadas em escala de
índices (Centro Branco, Comprimento do Grão, Largura do Grão, Temperatura de
Gelatinização), foram submetidos a testes de independência genótipo/fenótipo empregando
tabelas de contingência 2x2. Os valores de significância foram estimados com base em testes
qui-quadrado (corrigidos para continuidade pela fórmula de Yates) e testes exatos de Fisher.
Os pontos de corte para definição das duas classes fenotípicas para as características
analisadas com escala de índices foram os seguintes:
(a) Centro Branco (≤ 2,5 = bom a excelente; > 2,5 = regular a péssimo);
(b) Comprimento do Grão (≤ 5,0 = longo a extra longo; > 5,0= médio a curto);
(c) Largura do Grão (≤4,0 = fino; > 4,0 = largo a extra largo);
(d) Temperatura de Gelatinização (≤ 3,0 = bom a excelente; > 3,0 = intermediária a
baixa);
(e) Teor de Amilose (≤ 18,0 = baixo; > 18,0 = intermediária a alto).
O teste de qui-quadrado com a correção de continuidade de Yates (Overall, 1990) é
adequado quando uma ou mais classes em uma tabela de contingência 2x2 possui um número
pequeno de amostras. Nesta situação, o experimento fere a premissa de que a probabilidade
das freqüências observadas dos dados discretos tem uma distribuição qui-quadrado, que é
contínua. O qui-quadrado (Yates) ajusta a continuidade da distribuição com a seguinte
equação:
65
Onde,
N = número de eventos
O
i
=freqüência observada de eventos
E
i
=freqüência esperada de eventos
O teste exato de Fisher, indicado para análise de dados categóricos quando o tamanho
das amostras em diferentes classes é pequeno, também foi utilizado na análise de associação
entre marcadores microssatélites e componentes de qualidade de grãos. O teste é exato e não-
paramétrico. A equação é a seguinte:
Onde a, b, c e d representam os valores distribuídos em cada um dos quadrantes da
tabela de contingência 2x2. Estas análises foram realizadas com os marcadores microssatélites
cujos alelos segregam na população RIL do cruzamento Chorinho x Amaroo, com o objetivo
de avaliar diretamente a associação destes locos com a qualidade de grãos de arroz nas
condições experimentais descritas, utilizando o software Excel.
Após a análise de testes de independência de dados categóricos, todas as sete
características analisadas (Centro Branco, Comprimento do Grão, Largura do Grão,
Rendimento de Engenho, Rendimento de Grãos Inteiros, Teor de Amilose e Temperatura de
Gelatinização) foram consideradas para a detecção de associação com marcadores
moleculares através da análise de marca simples pelo método de regressão linear simples,
utilizando o programa WinQTLCartographer (Wang et al., 2005). Em seguida, análises de
Mapeamento de Intervalo (Lander & Botstein, 1989) e Mapeamento de Intervalo Composto
(Jansen, 1993; Zeng, 1993), também foram realizadas com o programa WinQTLCartographer.
Para determinar a significância estatística na detecção de QTLs foi estimado o valor de LOD
mínimo de cada característica analisada através de testes de permutação (1.000 permutações;
66
nível de significância de 0,05) (Churchill & Doerge, 1994; Doerge & Churchill, 1996). Os
parâmetros de análise de Mapeamento de Intervalo Composto foram os referentes ao Modelo
6 no programa (forward regression method, três, cinco, oito e dez marcadores controle, janela
de 10 cM).
2.3.2.1. Testes de independência entre genótipo e fenótipo em acessos de arroz amostrados no
Banco de Germoplasma.
A validação dos marcadores microssatélites situados na região de genes da via
metabólica de amido para seleção para qualidade de grãos de arroz também foi realizada
utilizando acessos do Banco de Germoplasma de Arroz. Para isto, uma amostra de 23 acessos
de arroz com variabilidade para qualidade de grãos foi genotipada com os marcadores
microssatélites e avaliada para componentes de qualidade de grãos (Centro Branco,
Comprimento do Grão, Largura do Grão, Teor de Amilose, Temperatura de Gelatinização,
Rendimento de Benefício, Rendimento de Grãos Inteiros).
A genotipagem foi realizada com dois grupos de marcadores microssatélites: (a)
marcadores selecionados na região de genes da via metabólica de amido; (b) uma bateria de
417 marcadores aleatórios, distribuídos por todo o genoma de arroz. Para a definição dos
genótipos em cada loco marcador, os dados de tamanho de alelos foram analisados com o
algorítimo de minimização de quadrados mínimos descrito por Idury & Cardon (1997), e
implementado no software Allelobin (Indury & Cardon, 1997). Valores de distância genética
em comparações par-a-par entre os 23 acessos de arroz foram estimados com base na razão
entre a soma das proporções de alelos em comum entre dois acessos (Ps) para todos os locos e
duas vezes o número de locos testados (Bowcock et al., 1994; Goldstein et al., 1995),
seguidos do emprego do parâmetro [(-ln (Ps)] na aplicação web Genetic Distance Calculator
(Brzustowski, 2003). A matriz diagonal de distâncias genéticas foi submetida a análise de
agrupamento pelo método de Neighbor-Joining, e dois dendrograma de distâncias genéticas
foram construído com o programa NTSYSpc versão 2.10z (Rohlf, 1998). O primeiro utilizou
apenas os marcadores microssatélites da região de genes da via metabólica de amido. O
segundo dendrograma empregou todos os 405 marcadores microssatélites utilizados na
genotipagem. O background genético (indica ou japonica) e as relações de vínculo genético
dos 23 acessos de arroz foram estabelecidos com base nesta análise.
67
A metodologia de fenotipagem das sete características foi a mesma descrita
anteriormente, assim como os pontos de corte para a classificação dos fenótipos. Os testes de
independência entre fenótipo e genótipo foram baseados em tabelas de contingência 2x2
estimando-se valores de significância de testes qui-quadrado (corrigidos para continuidade
pela fórmula de Yates) e testes exatos de Fisher para testar a independência entre variação
alélica observada em locos microssatélites e fenótipos de componentes de qualidade de grãos
em amostras de acessos do Banco de Germoplasma. As estimativas de valores de
significância do teste de qui-quadrado (Yates) e teste exato de Fisher foram obtidas conforme
descrito anteriormente.
68
3.-Resultados e Discussão.
O amido é o principal componente do endosperma de arroz. Alterações de estrutura e
composição da molécula de amido têm forte efeito na qualidade do grão deste cereal. Neste
trabalho foram selecionados 11 genes que codificam enzimas da via metabólica de amido.
Com base na localização e análise da sequência da região de localização destes genes em cada
cromossomo, foram identificados marcadores microssatélites situados próximos aos genes,
com o objetivo de desenvolver painéis de genotipagem para avaliar o potencial de uso destes
marcadores na seleção para qualidade de grãos de arroz em programas de melhoramento
genético. Marcadores moleculares dentro de genes funcionais ou em desequilíbrio de ligação
com estes genes podem ser potencialmente usados em programas de melhoramento se o
polimorfismo observado nos marcadores alvo e a variação fenotípica forem correlacionados.
3.1. Desenvolvimento de marcadores microssatélites ligados a genes da via metabólica de
amido.
Foram selecionados onze genes alvo da via metabólica de amido, expressos no
endosperma de arroz. A sequência completa de cada gene foi identificada no GenBank, banco
de dados genômicos do National Center for Biotechnology Information, National Institute of
Health, EUA (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/). Foram identificadas duas isoformas de ADP-
glucose pirofosforilase SS (AGPS1 e AGPS2) e uma ADP-glucose pirofosforilase LS
(AGPL2), três isoformas de sintase de amido (SSIIa; SSIIb e waxy), três enzimas de
ramificação de amido (SBE-I, SBE-IIa e SBE-IIb) e duas enzimas de desramificação de
amido (DBE-isoamilase e DBE-Pullulanase).
3.1.1. Identificação e seleção de microssatélites nas regiões gênicas do genoma de arroz
que codificam enzimas da via metabólica de amido.
Foram identificadas as seqüências de mRNA, sequência codificante (cds) de DNA e
seus respectivos códigos dos genes: AGPS1 e AGPS2 (AY028315, M31616.); AGPL2
(AY028314.); SSIIb (AF395537.); SSIIa (AF419099); Waxy/GBSS (AF515483, AF141955,
AF031162, AF141954); DBE-Isomilase (AB012915, AB093426); SBE-I (D10838.); SBE-IIa
D10839); SBE-IIb/SBE- 3 (D16201.); SSIIb (AF395537) e DBE-Pullulanase (AB012915)
69
(Tabela 2). Para identificar a posição cromossomal e a localização no mapa físico em pares de
bases (pb), as sequências de cada gene foram localizadas no banco de dados genômicos
Gramene (Jaiswal et al., 2006). Para identificar sequências microssatélites na região de cada
gene empregou-se o software Mreps na análise dos dados atualizados de sequência do genoma
estrutural de arroz disponível no TIGR Rice Genome Annotation - Release 5. Os resultados da
análise permitiram a identificação de sequências micrssatélites descritas abaixo (Tabela 4;
Anexo 1).
70
Tabela 4 – Descrição do gene “Oryza sativa soluble starch synthase II-2” e dos locos de sequência microssatélite identificados na região de 200.000 pb acima e abaixo do
gene. Os microssatélites selecionados para estudos de qualidade de grãos de arroz são identificados em negrito. Os dados dos outros 10 genes selecionados são
apresentados no Anexo 1.
1.Gene SSII-2/SSIIb (Oryza sativa soluble starch synthase II-2 (SSIIb), código Genbank AF395537, cromossomo 2, início 31.228.994 pb, fim
31.233.373 pb
Início
Fim
tamanho
da
repetição
tipo de
repetição
(pb)
número
de
repetições
Sequência
Posição
início
do gene
(pb)
31.034.050
31.034.061
12
3
4
CCGCCGCCGCCG
-194.944
31.035.471
31.035.485
15
4
3,75
GCGAGCGAGCGAGCG
-193.523
31.035.856
31.035.873
18
3
6
CTACTACTACTACTACTA
-193.138
31.037.809
31.037.821
13
3
4,33
CTGCTGCTGCTGC
-191.185
31.045.250
31.045.261
12
3
4
ACCACCACCACC
-183.744
31.045.577
31.045.591
15
5
3
CACAGCACAGCACAG
-183.417
31.045.610
31.045.629
20
5
4
CGAGACGAGACGAGACGAGA
-183.384
31.045.650
31.045.667
18
5
3,6
GAGTGGAGTGGAGTGGAG
-183.344
31.046.039
31.046.056
18
2
9
TCTCTCTCTCTCTCTCTC
-182.955
31.053.290
31.053.302
13
3
4,33
CGCCGCCGCCGCC
-175.704
31.057.078
31.057.089
12
2
6
TATATATATATA
-171.916
31.059.445
31.059.464
20
3
6,67
ATAATAATAATAATAATAAT
-169.549
31.066.148
31.066.166
19
5
3,8
CACGGCACGGCACGGCACG
-162.846
31.066.230
31.066.242
13
3
4,33
GTGGTGGTGGTGG
-162.764
31.069.205
31.069.216
12
2
6
ATATATATATAT
-159.789
31.070.589
31.070.603
15
2
7,5
CTCTCTCTCTCTCTC
-158.405
31.070.642
31.070.661
20
2
10
TCTCTCTCTCTCTCTCTCTC
-158.352
31.070.688
31.070.706
19
2
9,5
CTCTCTCTCTCTCTCTCTC
-158.306
31.079.609
31.079.623
15
3
5
CACCACCACCACCAC
-149.385
31.085.626
31.085.639
14
4
3,5
AATAAATAAATAAA
-143.368
31.090.473
31.090.487
15
5
3
TAATGTAATGTAATG
-138.521
31.095.338
31.095.349
12
3
4
GAGGAGGAGGAG
-133.656
31.110.672
31.110.686
15
4
3,75
GATCGATCGATCGAT
-118.322
31.112.191
31.112.204
14
4
3,5
AGCCAGCCAGCCAG
-116.803
31.119.049
31.119.067
19
6
3,17
ACATATACATATACATATA
-109.945
31.123.629
31.123.640
12
2
6
GAGAGAGAGAGA
-105.365
31.130.319
31.130.334
16
3
5,33
AGAAGAAGAAGAAGAA
-98.675
71
31.134.741
31.134.756
16
5
3,2
CAACACAACACAACAC
-94.253
31.134.887
31.134.899
13
4
3,25
TCCCTCCCTCCCT
-94.107
31.135.329
31.135.343
15
3
5
CCGCCGCCGCCGCCG
-93.665
31.139.951
31.139.981
31
3
10,33
CCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGC
-89.043
31.140.201
31.140.217
17
3
5,67
CGCCGCCGCCGCCGCCG
-88.793
31.142.075
31.142.086
12
2
6
ATATATATATAT
-86.919
31.142.553
31.142.569
17
4
4,25
TAAATAAATAAATAAAT
-86.441
31.146.789
31.146.808
20
5
4
GAGGTGAGGTGAGGTGAGGT
-82.205
31.147.065
31.147.076
12
3
4
GAGGAGGAGGAG
-81.929
31.148.235
31.148.250
16
5
3,2
TGGCGTGGCGTGGCGT
-80.759
31.148.343
31.148.358
16
5
3,2
TCAGATCAGATCAGAT
-80.651
31.148.555
31.148.583
29
5
5,8
CGTGGCGTGGCGTGGCGTGGCGTGGCGTG
-80.439
31.148.990
31.149.004
15
5
3
GGCTAGGCTAGGCTA
-80.004
31.153.392
31.153.407
16
5
3,2
AGAAAAGAAAAGAAAA
-75.602
31.153.745
31.153.757
13
4
3,25
GTTCGTTCGTTCG
-75.249
31.154.642
31.154.658
17
3
5,67
CCGCCGCCGCCGCCGCC
-74.352
31.155.998
31.156.010
13
3
4,33
CCTCCTCCTCCTC
-72.996
31.156.063
31.156.081
19
5
3,8
CAGCTCAGCTCAGCTCAGC
-72.931
31.159.317
31.159.331
15
4
3,75
GCTCGCTCGCTCGCT
-69.677
31.159.383
31.159.402
20
5
4
TACTGTACTGTACTGTACTG
-69.611
31.160.697
31.160.708
12
3
4
ACGACGACGACG
-68.297
31.163.884
31.163.895
12
3
4
TTCTTCTTCTTC
-65.110
31.164.042
31.164.054
13
3
4,33
CACCACCACCACC
-64.952
31.164.161
31.164.172
12
3
4
GGCGGCGGCGGC
-64.833
31.164.376
31.164.390
15
3
5
CCGCCGCCGCCGCCG
-64.618
31.164.395
31.164.407
13
4
3,25
CGCCCGCCCGCCC
-64.599
31.164.410
31.164.421
12
3
4
CCGCCGCCGCCG
-64.584
31.164.595
31.164.606
12
3
4
CGCCGCCGCCGC
-64.399
31.164.669
31.164.681
13
2
6,5
GAGAGAGAGAGAG
-64.325
31.166.170
31.166.182
13
4
3,25
CCACCCACCCACC
-62.824
31.166.233
31.166.253
21
3
7
CGGCGGCGGCGGCGGCGGCGG
-62.761
31.167.083
31.167.097
15
5
3
TACATTACATTACAT
-61.911
31.175.493
31.175.505
13
4
3,25
GGGAGGGAGGGAG
-53.501
31.178.974
31.178.990
17
4
4,25
AGCCAGCCAGCCAGCCA
-50.020
31.179.153
31.179.171
19
3
6,33
CCTCCTCCTCCTCCTCCTC
-49.841
31.179.519
31.179.536
18
3
6
ACGACGACGACGACGACG
-49.475
31.179.565
31.179.583
19
3
6,33
CGACGACGACGACGACGAC
-49.429
31.182.076
31.182.086
11
2
5,5
TATATATATAT
-46.918
31.182.104
31.182.120
17
2
8,5
ATATATATATATATATA
-46.890
72
31.184.989
31.185.004
16
5
3,2
CCTCTCCTCTCCTCTC
-44.005
31.185.016
31.185.066
51
2
25,5
CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC
-43.978
31.188.322
31.188.333
12
3
4
CTACTACTACTA
-40.672
31.191.560
31.191.574
15
3
5
CGCCGCCGCCGCCGC
-37.434
31.191.674
31.191.692
19
3
6,33
CGCCGCCGCCGCCGCCGCC
-37.320
31.191.817
31.191.831
15
5
3
TTGGATTGGATTGGA
-37.177
31.192.715
31.192.728
14
2
7
TATATATATATATA
-36.279
31.194.069
31.194.150
82
2
41
ATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAT
-34.925
31.194.756
31.194.774
19
4
4,75
TGCATGCATGCATGCATGC
-34.238
31.196.927
31.196.940
14
3
4,67
GTCGTCGTCGTCGT
-32.067
31.201.051
31.201.061
11
2
5,5
CACACACACAC
-27.943
31.202.767
31.202.779
13
2
6,5
GAGAGAGAGAGAG
-26.227
31.202.781
31.202.793
13
2
6,5
GAGAGAGAGAGAG
-26.213
31.207.221
31.207.232
12
3
4
TGTTGTTGTTGT
-21.773
31.207.485
31.207.496
12
3
4
AGTAGTAGTAGT
-21.509
31.208.976
31.208.989
14
2
7
CTCTCTCTCTCTCT
-20.018
31.214.953
31.214.964
12
3
4
CGGCGGCGGCGG
-14.041
31.215.239
31.215.250
12
3
4
CGGCGGCGGCGG
-13.755
31.219.252
31.219.263
12
3
4
TGGTGGTGGTGG
-9.742
31.220.080
31.220.091
12
3
4
GTCGTCGTCGTC
-8.914
31.221.434
31.221.461
28
7
4
GAGAGAGGAGAGAGGAGAGAGGAGAGAG
-7.560
31.221.963
31.221.978
16
3
5,33
GCGGCGGCGGCGGCGG
-7.031
31.223.381
31.223.391
11
2
5,5
ACACACACACA
-5.613
31.225.216
31.225.230
15
4
3,75
AAACAAACAAACAAA
-3.778
31.226.424
31.226.436
13
3
4,33
TGCTGCTGCTGCT
-2.570
31.227.030
31.227.041
12
2
6
ATATATATATAT
-1.964
31.227.546
31.227.558
13
2
6,5
ACACACACACACA
-1.448
31.231.990
31.232.001
12
3
4
GAGGAGGAGGAG
2.996
31.232.057
31.232.072
16
3
5,33
CCGCCGCCGCCGCCGC
3.063
31.232.072
31.232.085
14
3
4,67
CTCCTCCTCCTCCT
3.078
31.232.084
31.232.098
15
3
5
CTACTACTACTACTA
3.090
31.232.110
31.232.123
14
4
3,5
AGCTAGCTAGCTAG
3.116
31.236.022
31.236.045
24
2
12
TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC
7.028
31.237.583
31.237.593
11
2
5,5
CTCTCTCTCTC
8.589
31.237.718
31.237.743
26
5
5,2
TCTTTTCTTTTCTTTTCTTTTCTTTT
8.724
31.249.939
31.249.955
17
3
5,67
CGCCGCCGCCGCCGCCG
20.945
31.254.632
31.254.704
73
2
36,5
TATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAT
25.638
31.254.851
31.254.864
14
2
7
ATATATATATATAT
25.857
31.255.970
31.255.980
11
2
5,5
CACACACACAC
26.976
73
31.262.204
31.262.217
14
3
4,67
CTGCTGCTGCTGCT
33.210
31.268.599
31.268.613
15
4
3,75
GCACGCACGCACGCA
39.605
31.269.740
31.269.752
13
4
3,25
TGGCTGGCTGGCT
40.746
31.271.097
31.271.108
12
3
4
GTGGTGGTGGTG
42.103
31.277.100
31.277.113
14
3
4,67
CAGCAGCAGCAGCA
48.106
31.278.933
31.278.950
18
3
6
GGCGGCGGCGGCGGCGGC
49.939
31.283.295
31.283.309
15
3
5
AATAATAATAATAAT
54.301
31.283.997
31.284.012
16
4
4
ATGAATGAATGAATGA
55.003
31.293.881
31.293.896
16
3
5,33
CTCCTCCTCCTCCTCC
64.887
31.293.895
31.293.906
12
3
4
CCGCCGCCGCCG
64.901
31.302.732
31.302.743
12
3
4
GCTGCTGCTGCT
73.738
31.306.986
31.306.996
11
2
5,5
TCTCTCTCTCT
77.992
31.308.955
31.308.967
13
3
4,33
CGCCGCCGCCGCC
79.961
31.310.883
31.310.903
21
5
4,2
GAGACGAGACGAGACGAGACG
81.889
31.310.907
31.310.918
12
2
6
CGCGCGCGCGCG
81.913
31.311.263
31.311.275
13
4
3,25
GCATGCATGCATG
82.269
31.311.591
31.311.605
15
3
5
GTAGTAGTAGTAGTA
82.597
31.315.467
31.315.485
19
4
4,75
TGCATGCATGCATGCATGC
86.473
31.315.639
31.315.653
15
4
3,75
AGCTAGCTAGCTAGC
86.645
31.315.651
31.315.663
13
4
3,25
AGCGAGCGAGCGA
86.657
31.316.576
31.316.591
16
4
4
GATCGATCGATCGATC
87.582
31.318.021
31.318.037
17
2
8,5
GAGAGAGAGAGAGAGAG
89.027
31.321.888
31.321.903
16
3
5,33
GCTGCTGCTGCTGCTG
92.894
31.325.974
31.325.985
12
3
4
TCGTCGTCGTCG
96.980
31.327.278
31.327.290
13
3
4,33
GTCGTCGTCGTCG
98.284
31.328.915
31.328.925
11
2
5,5
CTCTCTCTCTC
99.921
31.332.279
31.332.290
12
3
4
GCGGCGGCGGCG
103.285
31.337.450
31.337.460
11
2
5,5
TATATATATAT
108.456
31.338.166
31.338.177
12
3
4
GCCGCCGCCGCC
109.172
31.338.255
31.338.266
12
3
4
ACGACGACGACG
109.261
31.338.271
31.338.282
12
3
4
ACGACGACGACG
109.277
31.338.300
31.338.311
12
3
4
CGCCGCCGCCGC
109.306
31.338.324
31.338.337
14
3
4,67
CGCCGCCGCCGCCG
109.330
31.338.344
31.338.357
14
3
4,67
CGCCGCCGCCGCCG
109.350
31.338.364
31.338.376
13
3
4,33
CGCCGCCGCCGCC
109.370
31.338.397
31.338.408
12
3
4
GCCGCCGCCGCC
109.403
31.338.415
31.338.427
13
3
4,33
CGCCGCCGCCGCC
109.421
31.338.448
31.338.459
12
3
4
GCCGCCGCCGCC
109.454
31.338.508
31.338.525
18
6
3
GAACGAGAACGAGAACGA
109.514
74
31.338.580
31.338.597
18
6
3
GAACGAGAACGAGAACGA
109.586
31.338.772
31.338.829
58
2
29
ATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAT
109.778
31.340.161
31.340.172
12
3
4
AGGAGGAGGAGG
111.167
31.343.882
31.343.942
61
2
30,5
ATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATA
114.888
31.344.352
31.344.364
13
4
3,25
TGCATGCATGCAT
115.358
31.348.217
31.348.237
21
4
5,25
GTCCGTCCGTCCGTCCGTCCG
119.223
31.348.641
31.348.652
12
2
6
GCGCGCGCGCGC
119.647
31.350.731
31.350.746
16
5
3,2
CTCCGCTCCGCTCCGC
121.737
31.350.888
31.350.898
11
2
5,5
CGCGCGCGCGC
121.894
31.351.763
31.351.774
12
3
4
GCCGCCGCCGCC
122.769
31.352.435
31.352.445
11
2
5,5
CTCTCTCTCTC
123.441
31.352.454
31.352.467
14
2
7
CGCGCGCGCGCGCG
123.460
31.356.680
31.356.691
12
3
4
GGAGGAGGAGGA
127.686
31.358.521
31.358.534
14
2
7
AGAGAGAGAGAGAG
129.527
31.359.463
31.359.476
14
2
7
TATATATATATATA
130.469
31.359.550
31.359.562
13
3
4,33
GCCGCCGCCGCCG
130.556
31.359.772
31.359.783
12
2
6
AGAGAGAGAGAG
130.778
31.359.799
31.359.814
16
5
3,2
GAGAGGAGAGGAGAGG
130.805
31.359.824
31.359.834
11
2
5,5
GAGAGAGAGAG
130.830
31.361.352
31.361.365
14
4
3,5
AGCAAGCAAGCAAG
132.358
31.362.057
31.362.075
19
4
4,75
AAATAAATAAATAAATAAA
133.063
31.362.139
31.362.152
14
4
3,5
ATCTATCTATCTAT
133.145
31.362.364
31.362.378
15
5
3
AAAATAAAATAAAAT
133.370
31.363.136
31.363.148
13
3
4,33
CGCCGCCGCCGCC
134.142
31.365.707
31.365.721
15
5
3
AAAATAAAATAAAAT
136.713
31.370.654
31.370.665
12
2
6
TATATATATATA
141.660
31.370.685
31.370.704
20
2
10
TATATATATATATATATATA
141.691
31.371.102
31.371.120
19
5
3,8
CCTCTCCTCTCCTCTCCTC
142.108
31.378.130
31.378.140
11
2
5,5
AGAGAGAGAGA
149.136
31.380.931
31.380.953
23
7
3,29
AAAATATAAAATATAAAATATAA
151.937
31.380.957
31.380.970
14
4
3,5
AAATAAATAAATAA
151.963
31.381.828
31.381.840
13
3
4,33
CTTCTTCTTCTTC
152.834
31.381.895
31.381.911
17
3
5,67
AGAAGAAGAAGAAGAAG
152.901
31.383.306
31.383.323
18
4
4,5
AATAAATAAATAAATAAA
154.312
31.385.207
31.385.220
14
4
3,5
CTAGCTAGCTAGCT
156.213
31.390.506
31.390.528
23
2
11,5
GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG
161.512
31.390.764
31.390.776
13
2
6,5
CTCTCTCTCTCTC
161.770
31.390.844
31.390.856
13
2
6,5
CTCTCTCTCTCTC
161.850
31.390.919
31.390.931
13
3
4,33
CTCCTCCTCCTCC
161.925
75
31.391.269
31.391.282
14
4
3,5
CTTTCTTTCTTTCT
162.275
31.391.280
31.391.290
11
2
5,5
TCTCTCTCTCT
162.286
31.391.981
31.391.994
14
3
4,67
CCGCCGCCGCCGCC
162.987
31.392.151
31.392.163
13
3
4,33
GCCGCCGCCGCCG
163.157
31.392.198
31.392.209
12
3
4
GCAGCAGCAGCA
163.204
31.392.220
31.392.245
26
3
8,67
CAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCA
163.226
31.392.673
31.392.691
19
3
6,33
GGCGGCGGCGGCGGCGGCG
163.679
31.393.588
31.393.598
11
2
5,5
AGAGAGAGAGA
164.594
31.393.606
31.393.618
13
2
6,5
AGAGAGAGAGAGA
164.612
31.393.942
31.393.967
26
3
8,67
AGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAG
164.948
31.395.188
31.395.211
24
2
12
TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC
166.194
31.397.292
31.397.303
12
2
6
ATATATATATAT
168.298
31.399.269
31.399.282
14
4
3,5
CGATCGATCGATCG
170.275
31.399.304
31.399.317
14
4
3,5
AATCAATCAATCAA
170.310
31.399.887
31.399.899
13
4
3,25
GCATGCATGCATG
170.893
31.408.022
31.408.035
14
3
4,67
AAGAAGAAGAAGAA
179.028
31.409.080
31.409.090
11
2
5,5
CTCTCTCTCTC
180.086
31.409.685
31.409.698
14
3
4,67
CCTCCTCCTCCTCC
180.691
31.409.820
31.409.831
12
3
4
CCGCCGCCGCCG
180.826
31.410.901
31.410.913
13
2
6,5
CTCTCTCTCTCTC
181.907
31.414.391
31.414.405
15
5
3
AGTATAGTATAGTAT
185.397
31.414.621
31.414.638
18
4
4,5
GCTAGCTAGCTAGCTAGC
185.627
31.414.903
31.414.918
16
4
4
GATCGATCGATCGATC
185.909
31.415.146
31.415.161
16
4
4
CGATCGATCGATCGAT
186.152
31.417.316
31.417.328
13
4
3,25
TATTTATTTATTT
188.322
31.418.359
31.418.369
11
2
5,5
AGAGAGAGAGA
189.365
31.418.574
31.418.591
18
4
4,5
GGCCGGCCGGCCGGCCGG
189.580
31.418.599
31.418.611
13
3
4,33
TGCTGCTGCTGCT
189.605
31.419.266
31.419.292
27
2
13,5
GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG
190.272
31.421.000
31.421.015
16
4
4
TCGATCGATCGATCGA
192.006
31.421.603
31.421.618
16
4
4
GATCGATCGATCGATC
192.609
31.422.919
31.422.929
11
2
5,5
GAGAGAGAGAG
193.925
31.423.482
31.423.495
14
4
3,5
TCCATCCATCCATC
194.488
31.425.915
31.425.928
14
3
4,67
GGTGGTGGTGGTGG
196.921
76
Entre as 2.378 sequências microssatélites encontradas na região dos 11 genes da via
metabólicad de amido (Tabela 35; Anexo 1), foram selecionadas quatro sequências
microssatélites próximas a cada gene, duas antes do início do gene e duas após o término do
gene. Foram desenhados, portanto, 44 pares de iniciadores de PCR na região de genes de
síntese de amido (Tabela 5; Anexo 1). Os 11 genes selecionados estão localizados em apenas
seis cromossomos (1; 2; 4; 6; 8 e 9). Sete dos 44 microssatélites foram selecionados dentro da
sequência gênica. São eles: AGPL2.B3, AGPS2.C3, Waxy.F3, SBE-I.G3, SBE-IIa.H2, SBE-
IIa.H3 e SBE-IIb.I3 (Tabela 6).
O desenho esquemático dos quatro microssatélites na região dos 11 genes da via
metabólica de amido é apresentado na Figura 7
77
Tabela 5- Relação dos 44 primers marcados de acordo com os marcadores microssatélites ligados a genes da via metabólica de amido. Os marcadores marcados em negrito apresentaram
amplificação consistente e robusta de produtos de PCR em acessos de arroz e foram selecionados para análise.
Marcador
Primer_left (forward) 5’-3’
Local
primer
left (pb)
Primer right (Reverse) 5’-3’
Local
primer
right (pb)
Fragmento
esperado
(pb)
Motif /N
o
de
repetição
Tm (
o
C)
Fluorocromo
AGPS1.A1
TTTCTTGTTGATGGAAGGCA
7202861
GGGCAGTTTCCAGTTTTACG
7203041
154
(TG)13,5
60
Hex
AGPS1.A2
GCGAGGATCCTTACCATCAA
7242426
AGCCATGTAACCATTCAGCC
7242703
247
(AC) 15,5
60
Ned
AGPS1.A3
ATTGCGTCTCCTCACCTCAG
7281156
TCCCATGGAGTACAAAAGGC
7281420
247
(CT) 9
60
Fam
AGPS1.A4
GTTGGGTGGGTTAGGGTTTC
7299516
TGTCCAGTGATAAGCCATGC
7299704
169
(CT)10
60
Ned
AGPL2.B1
GCGATCAGTGCCAGAGAAA
25626837
AATCCATGCAAGTGAAAGGG
25627398
493
(TG)34,5
60
Fam
AGPL2.B2
CCGGCAAAAACATCTTCAAT
25674458
TCTCATGATTCTCTCTCGTCACTC
25674706
216
(AT)16,5
60
Hex
AGPL2.B3
TCGGTAGCACAATGTTTCCA
25681306
GATCCTTTTCAGCAAACACCA
25681527
195
(AT)13,5
60
Ned
AGPL2.B4
TGGCATATTAATGATTTTGTGTTTT
25692954
TCGCGTTTTTAGCAATAGGC
25693214
234
(AC) 13,5
60
Hex
AGPS2.C1
ACGTAGTTGACATACGCGGC
15377805
TACGTGATCCTCGACCCCTA
15378068
238
(CGC) 8,67
60
Fam
AGPS2.C2
GATCACGATGAAGATCCGGT
15493887
ATGTACGACGACGACCTGG
15494065
164
(GA)7,5
60
Hex
AGPS2.C3
TTAAATTATCCCATCGCCCTC
15537789
CATCCACATCGTGCGACTC
15538046
236
(GAG)7,33
60
Ned
AGPS2.C4
AAATCGCCCCTCTCATTTTT
15609700
GACGAGGTGTGGGAGAGAAG
15609904
185
(TC) 10
60
Fam
Dbe.Isa1.D1
TTTGCTTCTCCAAACCCTTG
25704096
TATCTCCTCCGAACCTGCTC
25704340
221
(CT) 12
60
Ned
Dbe.Isa1.D2
GGTGTAAAGAGGCGGAACAA
25758454
CTCTGTCTCGGCCTCAGC
25758715
240
(GGC) 7,33
60
Ned
Dbe.Isa1.D3
TCCGGAGAGGAAAAGTAGGA
25801102
GACGCCCCATCTCTCTCTCT
25801271
156
(CGC) 7
60
Fam
Dbe.Isa1.D4
AAAGTAGGAGAGATCGCGGG
25801130
AGTTAGGCAGCAACAGCAAC
25801401
204
(GA) 34
60
Hex
Dbe.Pul.E1
TAGAACACCATGTCCACCCA
4346167
TGGCGAGTTTCTCCAAGAAT
4346434
247
(CCG) 7
60
Ned
Dbe.Pul.E2
GCCATCTCCTCTACTGCTGG
4356499
GCACCTATAAAACGAGCCGA
4356750
234
(CT) 9
60
Hex
Dbe.Pul.E3
CGCTCGATGATCCATGTGTA
4408019
CCTGCAGGGTGCAGATTATT
4408209
167
(AAT) 8
60
Ned
Dbe.Pul.E4
ACCCAACCCATTTTAGAGGC
4433177
TGGGAATTTCAAGAAGCCAA
4433443
228
(AG) 19,5
60
Fam
Waxy.F1
CAATTTGGACGTGGAAGAAGA
1716310
TCTGCTACCGTCAACACGTC
1716653
297
(AC) 23,5
60
Hex
Waxy.F2
ACAAAAACATCCTCGAACCG
1760206
CCCAGTTGCCCAAAGAAGAT
1760452
230
(CT) 8,5
60
Ned
Waxy.F3
GGACCGGGTAAAATGTGTTG
1764567
CTTGCAGATGTTCTTCCTGATG
1764846
243
(TC) 18,5
60
Hex
78
Waxy.F4
ATGCAGGGCTGATGTGTTTT
1801768
GGCCAGGGAGGTTTTTACAT
1802020
235
(AC) 9
60
Fam
SBE-I.G1
ATGGTGCCCCATATGAGTGT
30831713
GAGATAATTTTCCCGCTAGGC
30832049
231
(TATG)16,5
60
Hex
SBE-I.G2
GACCTTCCCCATTCAAATAACA
30883786
TGCCTCTACGTACATCCAACC
30884064
246
(TA) 16,5
60
Hex
SBE-I.G3
ACAGCCTCCCCTAGTTCCAT
30904130
TCCTTCTCCTAGCCTCCCTC
30904295
149
(GA) 8,5
60
Hex
SBE-I.G4
S CGCAAGAAGGAGCCTTACAC
30917746
CCTTTGTCTCCCCTCTCCTC
30917957
191
(CT) 10,5
60
Hex
SBE-IIa.H1
GTCTTGGGCCTCTGCCTC
19957966
CCATCGCTGTGTTTGTTGAC
19958234
241
(CCG) 9,33
60
Hex
SBE-IIa-H2
CAGGAGACCTTCTCTTCCCA
20055637
GTGCTCTTCAGGAGGAAGGA
20055855
193
(AG) 13
60
Fam
SBE-IIa-H3
CATCGAAATCTGTCACGGAA
20055681
TGCTCTTCAGGAGGAAGGAC
20055890
193
(GA) 8,5
60
Ned
SBE-IIa-H4
CACATCACGAGGAGCAAAGA
20075054
AGCGTAAAATCCTTGGGAGG
20075285
216
(CA) 8
60
Fam
SBE-IIb.I1
TGCTCCGTTTTTGACTTGTG
19336062
CGGATTTTTCCCAATGAGTG
19336332
239
(TCT)10,67
60
Ned
SBE-IIb.I2
CCTTCTCCTTGAACAGCGAC
19348788
TAGCAGCAGAGAAGCACCTG
19349011
190
(CGC)11,33
60
Ned
SBE-IIb.I3
CTCCTTCTCCTTGAACAGCG
19348796
GCGGTAAGGTTAGCATTGGT
19349065
247
(CT) 11,5
60
Hex
SBE-IIb.I4
CGGATGAAGGGAATAAGCAG
19420037
AAACGTTGGACACGGATTTC
19420295
240
(TG) 9,5
60
Hex
SSIIb.J1
GAGCCTCTCCCTCTCCTCTC
31185035
AGAAGCCTGGGGAGGTACAC
31185329
244
(CT) 25,5
60
Fam
SSIIb.J2
GACGGTGGATATGGAGCTTG
31208884
TAGGCAACTAGCGTGGTCCT
31209131
234
(CT) 7
60
Fam
SSIIb.J3
CAGCCAATCCAGAAAGGAAG
31235978
ATGTGTTTTCCCCGTTGCTA
31236228
249
(TC) 12
60
Ned
SSIIb.J4
CACCACCAGTTAATCCTCCG
31315955
GCTAGCAGCTAATCCCATGC
31316136
227
(GA)8,5
60
Ned
SSIIa.L1
GGCTCCTGTAAAACAGGGGTA
6629014
CGAAATTTAGAATCCCTATAGCAAA
6629211
165
(GA) 16,5
60
Fam
SSIIa.L2
TGTGCTCAATATAATCTAGTCTCCA
6742095
TATACTTGGACATCGCGTGG
6742526
246
(AAT) 62
60
Fam
SSIIa.L3
AAATTAGTCGCACGCCTCAC
6810438
ATGCTCACCGGTATATTCGC
6810655
199
(GA) 9,5
60
Fam
SSIIa.L4
GGCTTGAGAGCGTTTGTAGG
6861244
TTTTTGTGTAATAGCGCCCA
6861480
195
(ATAG)10,5
60
Ned
79
Tabela 6- Relação dos 44 microssatélites ligados a genes da via metabólica de amido.
Enzima
Genes
Abr
eviat
ura
Descrição
Código
Genbank
Cr
Posição do
gene (pb)
Posição SSRs (pb)
Distância dos
SSRs
antes/depois do
gene (pb)
Código
SSR
Gramene
AGPS1
(E.C.2.7.7.27)
(A)
OsAGPS1
A1
A2
A3
A4
Oryza sativa ADP-glucose
pyrophosphorylase small
subunit1 mRNA,complete cds.
AY028315
9
7244359-
7248813 pb
7202867-7202893
7242498-7242528
7281223- 7281240
7299530- 7299549
4166 (Antes)
1831 (Antes)
32427 (Depois)
50736 (Depois)
RM23911
-
-
RM23916
AGPL2
(E.C.2.7.7.27)
(B)
OsAGPL2
B1
B2
B3
B4
Oryza sativa (japonica cultivar-
group) ADP-glucose
pyrophosphorylase large
subunit 2 isoform mRNA,
complete cds.
AY028314
1
25680653-
2588790 pb
25626955-25627023
25674529 -25674561
25681339- 25681365
25693113- 25693139
53630 (Antes)
6092 (Antes)
Dentro do gene
4349 (Depois)
-
-
RM11392
RM11393
AGPS2
(E.C.2.7.7.27)
(C)
OsAGPS2
C1
C2
C3
C4
O.sativa ADPglucose
pyrophosphorylase gene,
complete cds. glucose-1-
phosphate adenylyltransferase
small subunit 2, chloroplast
precursor, putative, expressed
M31616
8
15533366-
15539740 pb
15377867- 15377892
15491956 -15491970
15537928 - 15537949
15609722- 15609741
155474 (Antes)
41396 (Antes)
Dentro do gene
70001 (Depois)
RM22916
-
RM22920
RM22923
DBE-Isomilase
(E.C.3.2.1.68)
(D)
OsISA1
D1
D2
D3
D4
Oryza sativa Japonica Group
gene for isoamylase, complete
cds.
AB093426
8
25760725-
25767733 pb
2574069-2570492
25758428-25758449
25801163- 25801176
25801180- 25801247
56633 (Antes)
2276 (Antes)
33443 (Depois)
33514 (Depois)
RM23455
RM23459
-
-
DBE-Pullulanase
(E.C.3.2.1.41)
(E)
OsPUL
E1
E2
E3
E4
Oryza sativa gene for starch
debranching enzyme, complete
cds.
AB012915
4
10.10 -
10.70cM
4393170-
4406037 pb
4346267- 4346287
4356687-4356704
4408067-440890
4433281-4433319
46883 (Antes)
36466 (Antes)
2030 (Depois)
27244 (Depois)
RM16426
-
RM16428
RM627
GBSSI
(E.C.2.4.1.21)
(F)
OsGBSSI/
Waxy
F1
F2
F3
F4
Oryza sativa cultivar Jofon
granule-bound starch synthase
(waxy)gene,complete cds.
AF141955
6
89.30-
91.30 cM
1763741-
1770128 pb
1716476-1716522
1760374-1760390
1764670-1764706
1801882- 1801899
47219 (Antes)
3351 (Antes)
Dentro do gene
31771 (Depois)
RM19335
-
RM190
-
80
Fonte: Gramene Database e National Center for Biotechnology Information (NCBI)
SBE-I
(E.C.2.4.1.18)
(G)
OsBEI
G1
G2
G3
G4
Oryza sativa group genes for
hypothetical protein, 1,4-alpha-
glucan branching enzyme,
complete cds.
D10838
6
123.30-
123.90 cM
30896380-
30904805 pb
30831740-30831845
30883959-30883991
30904202-30904218
30917771-30917791
65535 (Antes)
1239 (Antes)
Dentro do gene
12986 (Depois)
-
RM20741
-
RM20743
SBE-IIa /SBE-4
(E.C.2.4.1.18)
(H)
OsBEIIa
H1
H2
H3
H4
Oryza sativa mRNA for starch
branching enzyme rbe,
complete cds.
AB023498
4
20052404-
20055936 pb
19958035-19958062
20055686- 20055711
20055730-20055746
20075137- 20075152
94342 (Antes)
Dentro do gene
Dentro do gene
19216 (Depois)
RM16934
RM16937
-
-
SBE-IIb/SBE-3
(E.C.2.4.1.18)
(I)
OsBEIIb
I1
I2
I3
I4
Oryza sativa mRna for
branching enzyme-3, complete
cds.
D16201
2
19349894-
19361259 pb
19336199-19336230
19348809-19348842
19348939-19348961
19420024- 19420042
13664 (Antes)
1052 (Antes)
Dentro do gene
58783 (Depois)
RM13345
RM6165
RM13348
-
SSIIb/ SSII-2
(E.C.2.4.1.21)
(J)
OsSSIIb
J1
J2
J3
J4
Oryza sativa soluble starch
synthase II-2 mRNA,
complete cds.
AF395537
2
31228994-
31233373 pb
31185016- 31185066
31208976-31208989
31236022-31236045
31318021-31318037
43928 (Antes)
20005 (Antes)
2672 (Depois)
84664 (Depois)
RM3857
-
-
-
SSIIa / SSII-3
(E.C.2.4.1.21)
(L)
OsSSIIIa
L1
L2
L3
L4
Oryza sativa soluble starch
synthase II-3 mRNA,
complete cds.
AF419099
6
6746019-
6750597 pb
6629080-6629112
6742085-6742270
6810572-6810590
6861275-6861316
116907 (Antes)
3749 (Antes)
59993 (Depois)
110719
(Depois)
RM3370
-
-
-
81
Figura 7- Esquema de distribuição dos 11 genes selecionados no genoma de arroz.
82
Dos 44 locos selecionados, 33 são baseados em sequência de dinucleotideos, nove de
trinucleotidios e dois tetranucleotídeo (Tabela 5). A busca por microssatélites de
dinucleotideos foi priorizada, já que marcadores baseados nestas sequências têm
provavelmente uma maior probabilidade de detectar polimorfismo (Hall et al., 1996; Pessoa
Filho, 2004).
Entre os 44 locos selecionados, 19 já haviam sido relatados no banco de dados
genômicos Gramene (www.gramene.org ) (Tabela 6, marcadores com inicial RM). Contudo,
apenas uma pequena fração deste total foi usada em estudos de mapeamento genético de
arroz, como o SSR (CT)
n
, localizado no íntron 1 do gene waxy, conhecido como RM190.
3.1.2. Detecção de fragmentos amplificados via PCR nos 44 locos microssatélites ligados
a genes da via metabólica de amido
Testes iniciais dos marcadores moleculares foram feitos com as cultivares Curinga,
Primavera e Nipponbare. Cada um dos 44 marcadores microssatélites foi testado
individualmente com as três cultivares para observação dos produtos de PCR, da qualidade
dos ensaios e de evidência de polimorfismo. Dos 44 marcadores testados, 34 foram
selecionados por amplificarem alelo na cultivar referência (Nipponbare) com o tamanho
esperado, e por apresentarem produto de PCR, qualidade e evidência de polimorfismo na
comparação de genótipos das cultivares Curinga, Primavera e Nipponbare. A Figura 8 ilustra
o genótipo da cultivar Nipponbare, referência em estudos genômicos de arroz, nos 34 locos
microssatélites selecionados, confirmando o tamanho esperado dos alelos em cada um dos
locos.
83
Figura 8- Ensaios de PCR com 34 marcadores microssatélites situados na região de genes da via metabólica de amido. DNA extraído da cultivar Nipponbare, referência em
estudos genômicos de arroz, foi utilizado em reações com cada um dos marcadores individualmente, confirmando o tamanho esperado do produto de PCR em cada loco.
84
Figura 8- continuação
85
Figura 8- continuação
86
3.1.3. Avaliação de polimorfismo e estatísticas descritivas de locos de marcadores
microssatélites situados na região de genes da via metabólica de amido.
As variedades Curinga, Primavera e Nipponbare foram inicialmente utilizadas para
identificar os marcadores com maior potencial para identificar polimorfismo entre acessos de
arroz. Em seguida, outros 23 acessos de arroz (Tabela 3), com ampla diversidade genética e
variabilidade para componentes de qualidade de grãos de arroz, foram utilizados para avaliar
o polimorfismo e estimar parâmetros genéticos para os 34 locos microssatélites selecionados.
Os dados permitiram estimar o número de alelos cada loco (NA), a variação alélica (VA), a
freqüência alélica (FA), a diversidade gênica (DG), a heterozigosidade observada (Ho), o
conteúdo informativo de polimorfismo (PIC), a Probabilidade de Identidade (PI) e a
Probabilidade de Exclusão (PE) de cada loco (Tabela 7).
87
Tabela 7 – Estimativa de parâmetros genéticos de 34 locos de marcadores microssatélites ligados a genes da via metabólica de amido em arroz. As estimativas são baseadas
em uma amostra de 26 acessos da espécie com diversidade genética e variabilidade fenotípica para componentes de qualidade de grãos de arroz.
Loco
Código Gramene
Alelo de maior
frequência
N alelos
Variação Alélica
DG
Ho
PIC
PI
PE
AGPS1.A1
RM23911
0,50
7
136-170
0,636
0,115
0,578
0,199
0,408
AGPS1.A2
-
0,25
12
183- 257
0,872
-
0,860
0,028
0,757
AGPS1.A3
-
0,42
4
235-250
0,624
0,038
0,546
0,219
0,369
AGPL2.B2
-
0,20
13
218-293
0,897
0,040
0,888
0,019
0,800
AGPL2.B3
RM11392
0,25
13
221-307
0,885
-
0,876
0,022
0,782
AGPL2.B4
RM11393
0,21
8
155-239
0,857
-
0,841
0,036
0,724
AGPS2.C2
-
0,93
2
156-164
0,127
0,045
0,119
0,770
0,061
AGPS2.C4
RM22923
0,44
5
184-190
0,671
0,115
0,611
0,168
0,435
Dbe.Isa1.D1
RM23455
0,42
5
203-230
0,647
0,038
0,581
0,190
0,409
Dbe.Isa1.D3
-
0,38
8
143-165
0,763
0,520
0,732
0,087
0,580
Dbe.Pul.E1
RM16426
0,85
2
243-247
0,260
-
0,226
0,580
0,121
Dbe.Pul.E2
-
0,46
7
222-249
0,709
0,333
0,673
0,121
0,512
Dbe.Pul.E3
RM16428
0,44
8
155-184
0,732
0,231
0,701
0,102
0,545
Dbe.Pul.E4
RM627
0,25
11
175-230
0,851
0,077
0,835
0,038
0,718
Waxy.F2
-
0,96
2
228-232
0,074
-
0,071
0,860
0,036
Waxy.F3
RM190
0,35
7
223-247
0,763
-
0,727
0,091
0,571
Waxy.F4
-
0,54
6
232-238
0,631
0,385
0,582
0,184
0,411
SBE-I.G2
RM20741
0,62
7
206-210
0,587
0,038
0,559
0,198
0,396
SBE-I.G3
-
0,44
4
147-153
0,616
0,038
0,539
0,224
0,366
SBE-I.G4
RM20743
0,28
6
184-198
0,789
0,348
0,757
0,077
0,605
SBE-IIa.H2
RM16937
0,52
6
183-195
0,647
0,200
0,601
0,171
0,432
SBE-IIa.H3
-
0,54
4
163-173
0,627
-
0,576
0,190
0,402
88
SBE-IIa.H4
-
0,65
2
210-214
0,453
-
0,350
0,402
0,200
SBE-IIb.I2
RM6165
0,69
4
157-167
0,464
0,077
0,410
0,340
0,255
SBE-IIb.I3
RM13348
0,62
3
218-240
0,536
-
0,469
0,282
0,300
SBE-IIb.I4
-
0,46
5
230-249
0,690
0,115
0,643
0,142
0,472
SSIIb.J1
RM3857
0,31
9
241-250
0,832
0,500
0,814
0,046
0,689
SSIIb.J2
-
0,54
2
231-236
0,497
-
0,374
0,376
0,217
SSIIb.J3
-
0,38
7
247-255
0,729
0,269
0,685
0,117
0,520
SSIIb.J4
-
0,38
5
223-233
0,713
-
0,663
0,132
0,492
SSIIa.L1
RM3370
0,44
6
153-175
0,672
0,538
0,618
0,173
0,449
SSIIa.L2
-
0,23
15
148-245
0,878
0,269
0,867
0,025
0,769
SSIIa.L3
-
0,48
7
189-212
0,638
0,962
0,575
0,193
0,404
SSIIa.L4
-
0,46
7
195-228
0,709
0,160
0,671
0,122
0,378
Média
0,47
6,44
0,649
0,160
0,606
0,203
0,458
89
O número médio de alelos por loco foi 6,71, com alguns locos apresentando apenas
dois alelos (exemplo, Dbe.Pul.E1, SBE-IIa.H4, Waxy.F2 e SSIIb.J2), até o máximo de 15
alelos (SSIIa.L2, motivo trinucletídeo). Os locos AGPS2.C2 (três alelos), Dbe.Pul.E1 (dois
alelos) e Waxy.F2 (2 alelos) apresentaram um alelo com freqüência acima de 86%, com
valores baixos de PIC (0,183; 0,215; 0,128, respectivamente) e de Diversidade Gênica (0,192;
0,245 e 0,137, respectivamente). Estes foram os marcadores menos informativos de toda a
bateria. Contudo, outros marcadores na mesma região de cada gene apresentaram um alto
conteúdo de informação de polimorfismo (PIC) e de Diversidade Gênica (ex., loco waxy.F3 –
Tabela 7). Os locos com maior Diversidade Gênica e PIC foram AGPL2.B2, AGPL2.B3 e
AGPL2.B4. Aparentemente, os microssatélites na região do gene AGPL2 apresentam um
maior polimorfismo do que aqueles selecionados nas outras regiões testadas. Com exceção
dos marcadores SBE-I.G3 e SBEIIb.I3, todos os demais microssatélites localizados dentro dos
genes selecionados apresentam PIC acima de 0,6 e são, portanto, altamente polimórficos, o
que justifica a estratégica empregada na busca de sequências com alto polimorfismo na região
de genes da via metabólica de amido.
O número de alelos raros por loco não foi correlacionado significativamente com o
tamanho do motivo de cada loco, porém quando correlacionado com o tamanho do
microssatélite apresentou um resultado significativo (r = 0,122, P < 0,001). O loco SSIIa.L2,
com repetições trinucleotideos (AAT)
62
apresentou a maior frequência de alelos raros (8
alelos), e possui também o maior número de alelos por loco.
3.1.4. Desenvolvimento de painéis multiplex de locos microssatélites.
Os 34 marcadores microssatélites que apresentaram amplificação consistente e robusta
(em negrito, Tabelas 5 e 6) foram usados para a construção de painéis multiplex e validação
para emprego em seleção assistida para qualidade de grãos em arroz. Os painéis foram
montados levando-se em consideração a amplitude de variação alélica de cada marcador e o
fluorocromo utilizado para a marcação dos iniciadores de PCR.
Os testes de construção de painéis multiplex procuraram maximizar a quantidade de
marcadores por painel e manter pelo menos um marcador em comum entre diferentes painéis.
Foram testadas várias combinações de marcadores por painel. Os testes foram realizados
comparando a performance de cada painel utilizando o kit QIAGEN® Multiplexer PCR e
90
ensaios “caseiros” (soluções preparadas no laboratório). Os resultados com o kit Qiagen
foram considerados superiores em qualidade, além de apresentar menor tempo preparação da
PCR, eletroferogramas mais claros e com menor freqüência de sttutering e, principalmente,
menor índice de falha de amplificação de alelos em locos de marcadores, especialmente
quando o multiplex apresentava um maior número de marcadores microssatélites (Figura 9).
Figura 9 - (A) – Painel pentaplex com reação de PCR baseada em soluções preparadas no laboratório (“caseira”)
usado na genotipagem da cultivar padrão Nipponbare; (B) O mesmo painel usado na genotipagem da cultivar
padrão Nipponbare, mas com protocolo baseado no kit QIAGEN® Multiplexer PCR.
Legenda: C4 - AGPS2.C4, D1 - Dbe.Isa1.D1, G3- SBE-I.G3, H4- SBE-IIa.H4 e I3- SBE-IIb.I3.
Os marcadores mais informativos na região de cada um dos 11 genes da via
metabólica de amido foram selecionados para compor os primeiros painéis multiplex. Entre
estes destacam-se: AGPS1.A1 ou AGPS1.A3, AGPL2.B2, AGPS2.C4, Dbe.Isa1.D1,
Dbe.Pul.E3,Waxy.F3 ou Waxy.F4, SBE-I.G3 ou SBE-I.G4, SBE-IIa.H3 ou SBE-IIa.SBE-
IIa.H4, SBE-IIb.I2 ou SBE-IIb.I4; SSIIb.J1/SSIIb.J2/ SSIIb.J3/ SSIIb.J4; SSIIa.L1ou
SSIIa.L3.
Entre as diversas combinações de marcadores para a formação de painéis multiplex,
quatro apresentaram consistência, robustez e grau de informatividade adequado para avaliação
de polimorfismo na região dos 11 genes da via metabólica de amido. Estes quatro painéis
foram denominados Painel J, Painel K, Painel L e Painel M (Tabela 8 e Figura 10 e 11).
91
Tabela 8 – Os painéis J, K, L e M combinam 13 locos microssatélites na região de genes da via metabólica de
amido, marcados com fluorocromos 6-FAM, HEX e NED, e distribuídos em 6 cromossomos de arroz.
Painel
Loco
Fluorocromo
Cromossomo
Variação
alélica
Motivo
J
SSIIa.L1
6-fam
6
153-175
GA
J
AGPS1.A1
Hex
9
140-170
TG
J
Dbe.Pul.E2
Hex
4
224-248
CT
J
SBE-IIa.H4
6-fam
4
210-214
CA
K
AGPL2.B2
Hex
8
218-350
AT
K
SSIIb.J4
Ned
2
224-233
GA
K
Waxy.F4
6-fam
6
231-239
AC
K
SBE-IIa.H4
6-fam
4
210-214
CA
L
AGPL2.B2
Hex
8
218-350
AT
L
SSIIb.J2
6-fam
2
231-235
GA
L
Waxy.F2
Ned
6
228-232
AC
L
SBE-IIa.H4
6-fam
4
210-214
CA
M
AGPS2.C4
6-fam
1
184-191
TC
M
Dbe.Isa1.D1
Ned
8
203-230
CT
M
SBE-I.G3
Hex
6
148-153
GA
M
SBE-IIb.I3
Hex
2
218-245
CT
M
SBE-IIa.H4
6-fam
4
210-214
CA
92
Figura 10- Desenho esquemático da distribuição dos marcadores microssatélites que compõem os quatro Painéis
Multiplex (J, K, L e M) nos 12 cromossomos de arroz.
93
Figura 10- Continuação.
94
Os painéis J, K e L são tetraplexes, enquanto o Painel M é um pentaplex. Todos os
painéis possuem um marcador em comum (SBE-IIa.H4), para controle de erro de
genotipagem e minimização de erro humano. Os painéis K e L são intercambiáveis, isto é, os
4 marcadores selecionados em cada um estão na região dos genes waxy, SBE-IIa, AGPL2 e
SSIIb, e têm em comum os marcadores AGPL2.B2 e SBE-IIa.H4). A Figura 11 ilustra a
genotipagem da cultivar padrão Nipponbare com os painéis J, K, L e M.
Figura 11 – Genotipagem da cultivar padrão Nipponbare com painéis multiplex de microssatélites situados na
região de genes da via metabólica de amido.
Legenda: A1- AGPS1.A1, B2- AGPL2.B2, C4 - AGPS2.C4, D1 - Dbe.Isa1.D1, E2-Dbe.Pul.E2, F2 - Waxy.F2,
F4 -Waxy.F4, G3- SBE-I.G3, H4- SBE-IIa.H4, I3- SBE-IIb.I3, J2- SSIIb.J2, J4 -SSIIb.J4 e L1- SSIIa.L1.
95
3.1.5. Avaliação do conteúdo informativo dos painéis multiplex de marcadores
microssatélites.
Estimativas de parâmetros genéticos para cada um dos painéis multiplex
desenvolvidos são apresentadas na Tabela 9. A Probabilidade de Exclusão combinada de cada
painel foi estimada em: Painel J (0,996564873680749); Painel K (0,993205742359476);
Painel L (0,999520468992886) e Painel M (0,999283795932918). As estimativas de
Probabilidade de Exclusão combinada para cada painel foram acima de 99% em todos os
quatro painéis para qualidade de grão. A Probabilidade de Identidade combinada de cada
painel foi estimada em 1,78
-3
para o painel J; 1,78
-4
para o painel K; 2,06
-3
para o painel L; e
9,71
-4
para o painel M. Já a Probabilidade de Identidade estimada para os Painéis J, K e M foi
de 3,09682700399806E-78
-10
A Probabilidade de Identidade estimada para os Painéis J, L e
M foi de 3,59345874159396E-09. Estes dados indicam que os quatro painéis multiplex
podem ser usados com acurácia para diferenciar individuos e acessos de arroz.
Tabela 9- Informações de estatísticas descritivas, conteúdo polimórfico informativo
(PIC) e probabilidades de identidade (PI) e de exclusão (PE) dos painéis J,K,L e M.
PAINEL J - PE combinado = 0,996564873680749
PI total =0,001787632
Loco
Freq
alelo
N alelos
DG
PIC
PI
PE
SSIIa.L1
0,464
6
0,659
0,602
0,173
0,433
AGPS1.A1
0,500
7
0,629
0,567
0,200
0,398
Dbe.Pul.E2
0,500
7
0,681
0,645
0,130
0,483
SBE-IIa.H4
0,643
2
0,459
0,354
0,398
0,203
Média
0,53
6
0,607
0,542
0,225
0,379
PAINEL K - PE combinado =0,993205742359476
PI total =0,000178298145570241
Loco
Freq
alelo
N alelos
DG
PIC
PI
PE
AGPL2.B2
0,192
13
0,899
0,891
0,018
0,805
SSIIb.J4
0,429
5
0,696
0,646
0,143
0,475
Waxy.F4
0,536
6
0,642
0,599
0,171
0,431
SBE-IIa.H4
0,643
2
0,459
0,354
0,398
0,203
Média
0,45
7
0,674
0,622
0,183
0,478
PAINEL L - PE combinado =0,999520468992886
PI total =0,0020689145017859
96
Loco
Freq
alelo
N alelos
DG
PIC
PI
PE
AGPL2.B2
0,192
13
0,899
0,891
0,018
0,805
SSIIb.J2
0,536
2
0,497
0,374
0,376
0,218
Waxy.F2
0,926
2
0,14
0,128
0,754
0,066
SBE-IIa.H4
0,643
2
0,459
0,354
0,398
0,203
Média
0,57
5
0,498
0,437
0,387
0,323
PAINEL M - PE combinado = 0,999283795932918
PI total =0,000971609925658102
Loco
Freq
alelo
N alelos
DG
PIC
PI
PE
AGPS2.C4
0,482
5
0,652
0,593
0,180
0,418
Dbe.Isa1.D1
0,429
5
0,64
0,570
0,199
0,398
SBE-I.G3
0,482
4
0,61
0,527
0,234
0,355
SBE-IIb.I3
0,630
3
0,52
0,459
0,291
0,293
SBE-IIa.H4
0,643
2
0,459
0,354
0,398
0,203
Média
0,53
4
0,576
0,501
0,260
0,334
Análises de Correlações de Pearson (Cruz & Schuster, 2005) foram feitas entre os
valores de PIC e o tamanho do microssatelite, e entre PIC e o número de repetições dos
microssatelites dos 34 locos analisados. Os resultados mostraram-se significativos a 5%
(3,1631) para o tamanho do microssatelite x PIC e 1% (0,8723) para número de repetições x
PIC em análises de probabilidade pelo teste T.
3.2. Validação genética de locos e painéis multiplex para seleção para qualidade de grãos de
arroz.
A validação da potencial utilidade dos marcadores microssatélites ligados a genes da
via metabólica de amido na seleção para qualidade de grãos de arroz foi realizada de duas
formas: (a) mapeamento genético de QTLs de qualidade de grãos e associação com locos de
microssatélites situados na região de genes da via metabólica de amido baseado em uma
população segregante de linhagens puras recombinantes RILs derivada do cruzamento
Chorinho x Amaroo; (b) testes de independência da variação fenotípica de componentes de
qualidade de grãos e variação alélica em locos de microssatélites na região de genes da via
metabólica de amido em uma amostra de cultivares do Banco de Germoplasma de Arroz. O
teste direto de seleção assistida para qualidade de grãos não foi ainda possível devido a
limitações de tempo no desenvolvimento da tese de mestrado. Este teste será realizado
oportunamente.
97
3.2.1. Mapeamento genético de QTLs associados à qualidade de grãos na população de
linhagens puras recombinantes (RILs) derivada do cruzamento entre Chorinho x
Amaroo.
Os locos de microssatélites situados na região de genes da via metabólica de amido
foram testados em uma população de linhagens puras recombinantes derivada do cruzamento
entre as cultivares Chorinho e Amaroo. Chorinho é uma cultivar tradicional de arroz do
Brasil pertencente à sub-espécie japonica tropical, que possui grãos longos e largos, com teor
de amilose baixo e temperatura de gelatinização intermediária, além de classificação regular
para centro branco. Amaroo é uma variedade comercial muito cultivada na Austrália,
pertencente à sub-espécie japonica temperada, com grãos longos e finos, com teor de amilose
e temperatura de gelatinização baixos, além de classificação excelente para centro branco. O
cruzamento entre as duas cultivares, portanto, favorece a análise da segregação de algumas
características importantes na avaliação da qualidade de grãos de arroz.
3.2.1.1. Fenotipagem de qualidade de grãos na população RIL Chorinho x Amaroo.
Valores fenotípicos para as caracteristicas Centro Branco (CB), Comprimento do Grão
(CG), Largura do Grão (LG), Rendimento de Grãos Inteiros (RI), Rendimento de Benefício
(RB), Teor de Amilose (TA) e Temperatura de Gelatinização (TG) foram obtidos para os
parentais e para a população de linhagens puras recombinantes (RILs) do cruzamento
Chorinho x Amaroo (Tabela 10). A população RIL Chorinho x Amaroo apresenta segregação
para todas as sete características. Contudo, não foi observada diferença significativa nas
características Comprimento do Grão (CG) e Teor de Amilose (TA) entre as linhagens
parentais Chorinho e Amaroo.
98
Tabela 10- Valores médios de características relacionadas à qualidade de grãos de arroz avaliada nas
cultivares parentais e linhagens puras recombinantes derivadas do cruzamento Chorinho x Amaroo. Onde:
CB= Centro Branco; CG= Comprimento do Grão; LG= Largura do Grão; RB= Rendimento de Benefício;
RI= Rendimento de Grãos Inteiros; TA= Teor de Amilose; TG= Temperatura de Gelatinização
Linhagens
Característica
Chorinho
Amaroo
Média
Mínimo/Máximo
Variância
CV
DP
NumObs
CB
3
1
3,13
1
5
0,6
24,76
0,77
98
CG
3
3
5,77
3
9
4,22
35,58
2,05
101
LG.
5
3
6,08
3
9
2,33
25,13
1,53
101
RB
74,62
67,91
70,55
57,04
84,92
15,91
5,65
3,99
101
RI
68,96
64,5
65,01
50,96
74,36
27,97
8,13
5,28
101
TA
21
21
18,53
13
24
8,21
15,46
2,87
101
TG
4,8
7
4,39
2,5
7
1,47
27,57
1,21
101
CV= coeficiente de variação
NumObs=linhagens observadas
DP= Desvio Padrão
Centro Branco (CB) - As cultivares Chorinho e Amaroo diferem para a característica
Centro Branco (CB), com Chorinho apresentando grãos classificados como regulares (nota 3)
para esta característica, enquanto Amaroo apresenta grãos classificados como excelentes (nota
1), ou seja, ausência de centro branco. A população de linhagens puras recombinantes
(n=101) apresentou linhagens com grãos variando entre péssimo (nota 5) e excelente (nota
1), com média de 3,13 e coeficiente de variação em torno de 24%. A distribução de notas para
Centro Branco da população segregante foi ajustada em cinco classes (Figura 12). Os valores
dos testes de normalidade da distribuição fenotípica da característica na população RIL
Chorinho x Amaroo foram: Lilliefors = 0,124 (p<0,01); curtose = 3,55 (p= 0,24) e simetria = -
0,642 (p<0,01).
Figura 12- Distribuição de freqüências da característica Centro Branco na população de linhagens puras
recombinantes do cruzamento entre Chorinho (C) e Amaroo (A).
99
Comprimento do Grão (CG) –As cultivares Chorinho e Amaroo não diferem para a
característica Comprimento do Grão, com ambas as cultivares apresentando grãos
classificados como longo a extra longo (nota 3) para esta característica. A população de
linhagens puras recombinantes apresentou linhagens com grãos variando entre extra longo
(nota 1) a curto (nota 9), com média de 5,77 (longo) e coeficiente de variação em torno de
35,58%. A distribução de notas para Comprimento de Grão da população segregante foi
ajustada em cinco classes (Figura 13). Os valores dos testes de normalidade da distribuição
fenotípica da característica na população RIL Chorinho x Amaroo foram: Lilliefors = 0,146
(p<0,01); curtose = 1,78 (p <0,05) e simetria = 0,271 (p=0,26).
Figura 13- Distribuição de freqüências da característica Comprimento do Grão na população de linhagens puras
recombinantes do cruzamento Chorinho (C) e Amaroo (A).
Largura do Grão (LG) – As cultivares Chorinho e Amaroo diferem para a
característica Largura do Grão, com Chorinho apresentando grãos classificados como largo
(nota 5) e Amaroo apresentando grãos finos (nota 3) para esta característica. A população de
linhagens puras recombinantes apresentou linhagens com grãos variando entre fino (nota 3) a
extra largo (nota 7), com média de 6,08 (largo a extra largo) e coeficiente de variação em
torno de 25,13%. A distribução de notas para Largura de Grão da população segregante foi
ajustada em quatro classes (Figura 14). Os valores dos testes de normalidade da distribuição
fenotípica da característica na população RIL Chorinho x Amaroo foram: Lilliefors = 0,089
(p<0,05); curtose = 2,84 (p=0,73) e simetria = -0,067 (p=0,76).
100
Figura 14- Distribuição de freqüências da característica Largura do Grão na população de linhagens puras
recombinantes do cruzamento Chorinho (C) e Amaroo (A).
Rendimento de Benefício (RB) – As cultivares Chorinho e Amaroo diferem para a
característica Rendimento no Benefício, com Chorinho apresentando melhor rendimento
(74,62%) do que Amaroo (67,61%) para esta característica. A população de linhagens puras
recombinantes apresentou linhagens com grãos variando entre 57,04 a 84,92% de rendimento,
com média de 70,55% e coeficiente de variação em torno de 5,65%. A distribução de
estimativas de Rendimento de Benefício da população segregante é apresentada na Figura 15
Os valores dos testes de normalidade da distribuição fenotípica da característica na população
RIL Chorinho x Amaroo foram: Lilliefors = 0,098 (p<0,05); curtose = 5,78 (p=0,99) e
simetria = -0,55 (p<0,05).
Figura 15- Distribuição de freqüências da característica Rendimento de Benefício na população de linhagens
puras recombinantes do cruzamento Chorinho (C) e Amaroo (A).
101
Rendimento de Grãos Inteiros (RI) – As cultivares Chorinho e Amaroo diferem para a
característica Rendimento no Grãos Inteiros, com Chorinho apresentando melhor rendimento
(68,96%) do que Amaroo (64,5%) para esta característica. A população de linhagens puras
recombinantes apresentou linhagens com grãos variando entre 50,96 a 74,36% de rendimento,
com média de 65,01% e coeficiente de variação em torno de 8,13%. A distribução de
estimativas de Rendimento de Grãos Inteiros da população segregante é apresentada na Figura
16. Os valores dos testes de normalidade da distribuição fenotípica da característica na
população RIL Chorinho x Amaroo foram: Liliefors = 0,059 (p>0,20); curtose = 3,19
(p=0,68) e simetria = -0,70 (p=0,36).
Figura 16- Distribuição de freqüências da característica Rendimento de Grãos Inteiros na população de linhagens
puras recombinantes do cruzamento Chorinho (C) e Amaroo (A).
Teor de Amilose (TA) - As cultivares Chorinho e Amaroo não diferem para a
característica Teor de Amilose, com ambas as cultivares apresentando valores baixos de TA
(21%). A população de linhagens puras recombinantes apresentou linhagens com TA dos
grãos variando entre 13 e 24% (TA baixo a médio), com média de 18,53% (TA baixo) e
coeficiente de variação em torno de 15,46%. A distribução de estimativas de Teor de Amilose
da população segregante é apresentada na Figura 17. Os valores dos testes de normalidade da
distribuição fenotípica da característica na população RIL Chorinho x Amaroo foram:
Liliefors = 0,055 (p>0,20); curtose = 1,74 (p<0,01) e simetria = -0,036 (p=0,87).
102
Figura 17- Distribuição de freqüências da característica Teor de Amilose na população de linhagens puras
recombinantes do cruzamento Chorinho (C) e Amaroo (A).
Temperatura de Gelatinização (TG) - As cultivares Chorinho e Amaroo diferem para a
característica Temperatura de Gelatinização, com Chorinho apresentando TG intermediário
(índice 4,8= grão partido ou segmentado, gargalo completo e largo) do que Amaroo (índice
7= grãos totalmente dispersos e misturados) para esta característica. A população de linhagens
puras recombinantes apresentou linhagens com TG dos grãos variando entre os índices 2,5 a 7
(TG alto a baixo), com média de 4,39 (intermediário) e coeficiente de variação em torno de
27,57%. A distribução de estimativas de Temperatura de Gelatinização da população
segregante é apresentada na Figura 18. Os valores dos testes de normalidade da distribuição
fenotípica da característica na população RIL Chorinho x Amaroo foram: Liliefors = 0,17
(p<0,01); curtose = 1,92 (p<0,05) e simetria = 0,054 (p=0,81).
103
Figura 18- Distribuição de freqüências da característica Temperatura de Gelatinização na população de linhagens
puras recombinantes do cruzamento Chorinho (C) e Amaroo (A)
As Tabelas 11 e 12 apresentam o resumo da análise de variância em blocos ao acaso
sem parcelas perdidas (Cruz & Schuster, 2005) para Teor de Amilose e Temperatura de
Gelatinização avaliadas na populaçao RILs do cruzamento Chorinho x Amaroo. A variação
causada por diferenças entre blocos e resíduos não foi significativa. Já a variação causada por
diferenças entre as linhagens RILs da população segregante foram significativas a 1% de
probabilidade (teste F).
Tabela 11 - ANOVA das características avaliadas na populaçao RILs do
cruzamento de Amaroo e Chorinho
Quadrados Médios
F.V.
GL
TA
TG
Blocos
1
0,0198
0,0097
Linhagens RILs
100
16,25**
2,868**
Resíduo
100
0,17
0,028
Média
18,51
4,40
CV(%)
2,23
3,84
** significativos a 1% de probabilidade, respectivamente, pelo teste F
F.V – Fonte de Variação; GL – graus de liberdade.
Estimativas de parâmetros genéticos e fenotípicos para as duas características foram
obtidas para as linhagens puras recombinantes. Valores de herdabilidade (h
2
) foram de 98,92
para TA e 98,9% e 99,0 para TG.
104
Tabela 12- Estimativas de parâmetros genéticos e fenotípicos de
características avaliadas na populaçao RILs do cruzamento de
Chorinho x Amaroo.
Descrição
TA
TG
Mínimo
12
2,5
Máximo
24
7
DMS-Tukey(5%)
1,84
0,76
DMS-Tukey (1%)
2,03
0,83
CVg(%)
15,32
27,06
CVg/CVe
6,88
7,05
Var.genética
8,042
1,4201
Var.ambiental
0,1698
0,0286
Herdabilidade(%)
98,96
99,0
Análises de Correlação por coeficiente de Pearson (Figura 19) demonstraram
correlação altamente significativa (p<0.01) pelo teste t e positiva entre as características
Rendimento de Beneficio (RB) e Rendimento de Grãos Inteiros (RI) (R
2
=0,7252), Teor de
Amilose e Temperatura de Gelatinização (R
2
= 0,3089), e Comprimento (CG) e Largura do
Grão (LG) (R
2
=0,4266), Centro Branco (CB) e Teor de Amilose (TA) (R
2
=-0,4051) e
negativa entre Rendimento de Beneficiamento (RB) e Comprimento do Grão (CG) (R
2
=-
0,2027).
Figura 19 – Coeficientes de correlação de Pearson entre as 7 características avaliadas nas linhagens de Chorinho
x Amaroo. Onde: CB= Centro Branco; CG= Comprimento do Grão; LG= Largura do Grão; RB= Rendimento de
Benefício; RI= Rendimento de Grãos Inteiros; TA= Teor de Amilose; TG= Temperatura de Gelatinização.
CB
CG
LG
RB
RI
TA
CG
-0,0615
LG
0,0808
0,4266 **
RB
-0,0511
-0,2027 *
-0,0497
RI
-0,0988
-0,046
-0,0311
0,7252**
TA
0,4051 **
-0,059
0,0062
0,1194
-0,0139
TG
-0,0363
0,1484
0,1004
0,0841
0,1453
0,3089 **
**,* Significativo a 1 e 5% de probabilidade, pelo teste t.
A correlação altamente significativa entre as caracteristicas Centro branco e Teor de
Amilose era esperada visto que o Centro Branco depende da composição do amido no grão
(grau de cristalinidade do amido ou do arranjo entre os grânulos de amido, caracterizado por
arranjo anômalo de grânulos com espaços de ar entre si). A existência de espaços de ar entre
os grânulos gera significativas alterações nas características físico-químicas, morfológicas,
105
temperatura de gelatinização, cocção e propriedades estruturais do grão (Singh et al. 2003;
Cheng et al. 2005).
A correlação significativa (0,7252**) entre Rendimento de Grãos Inteiros (RI) e
Rendimento no Benefício (RB) também já era esperado, afinal o Rendimento de Grãos no
Beneficiamento é determinado pelo número de grãos inteiros (RI) mais o número de grãos
quebrados.
3.2.1.2. Genotipagem e mapa genético da população RIL Chorinho x Amaroo.
Para a construção do mapa genético foram testados 437 locos microssatélites
distribuídos no genoma de arroz (Andréa Branco Schmidt, 2009- comunicação Pessoal) para
detecção de polimorfismo de DNA entre as cultivares Chorinho e Amaroo. A distribuição
destes locos por todos os 12 cromossomos da espécie foi previamente confirmada através da
localização in silico da sequência dos iniciadores destes marcadores no genoma de arroz,
utilizando o banco de dados disponibilizado pelo portal Gramene (http://www.gramene.org/).
Dos 437 marcadores microssatélites utilizados na genotipagem de Chorinho e Amaroo,
171 marcadores mostraram-se polimórficos entre os parentais da população de linhagens
puras recombinantes. Entre os 34 marcadores microssatélites ligados a genes da via
metabólica de amido, cinco apresentaram polimorfismo entre Chorinho e Amaroo (SBE-
IIb.I3, Waxy.F4, SSIIa.L2, SBE-I.G3 e AGPS2.C4). Após a eliminação da análise de
linhagens com número excessivo de dados faltantes, 167 linhagens puras recombinantes
foram genotipadas com 165 locos marcadores microssatélites, incluindo cinco ligados a genes
da via metabólica de amido. Sete locos apresentaram distorção da proporção de segregação
(1:1), a 1% de significância, incluindo RM19, RM5599, RM7226, RM7391 e RM7283, (com
excesso de alelos da cultivar parental Chorinho) e RM7309 e RM7453 (com excesso de alelos
da cultivar parental Amaroo), mas foram mantidos na análise.
Testes de ligação entre marcadores foram realizados pelo comando agrupar do
programa Mapmaker MacIntosh versão 2.0, com um valor de LOD maior do que 4,0 e fração
de recombinação máxima de 0,35, com exceção para o grupo de ligação 5, em que foi
utilizada fração de recombinação máxima de 0,45. Apesar da distância ajustada entre os locos
106
no grupo de ligação 5 ser maior que a dos demais grupos, os locos OG32, RM7446, RM6822
e RM31 de fato pertencem ao cromossomo 5, conforme verificado no mapa físico da espécie
no Banco de dados Gramene (Jaiswal et al., 2006).
Os locos RM412, RM755, RM7423z, RM7423c e RM103 (cromossomo 6), RM7161
e RM7074 (cromossomo 7), RM7580 e RM38 (cromossomo 8), RM5349 (cromossomo 11),
foram agrupados no cromossomo correspondente, porém apresentaram freqüência de
recombinação ajustada (Kosambi) muito alta, dividindo o cromossomo em dois grupos. Estes
locos foram considerados para mapeamento de QTLs de qualidade de grãos pela análise de
marca simples, mas eliminados da análise de mapeamento de intervalo simples e composto.
Os locos RM349 (cromossomo 4), RM437 (cromossomo 5), RM473 (cromossomo 7), por
inconsistências na análise de ligação, foram eliminados da análise. Outros oito marcadores
(RM5919, RM7501, RM7210, RM592, RM510, OSR18, RM7309 e OSR30) também foram
excluídos da análise de QTLs por intervalo simples e composto, mas usados na análise de
marca simples, por não agruparem em nenhum conjunto de marcadores. Os locos OSR34 e
RM7364z1 foram excluídos das análise pois amplificavam os mesmo microssatelites que os
locos RM152 e RM7364z2 respectivamente, ou seja, são os mesmos marcadores com
nomenclatura distinta. Já o loco RM7453 apresentou valor de distorção de segregação muito
alto (150: 2; qui-quadrado =144,105, p-value= 0,00* abaixo do nível crítico especificado-
5%) e não foi considerado na construção do mapa genético e no mapeamento de QTLs de
qualidade de grãos. Os locos OSR22 e RM3404 (cromossomo 7), apesar de mapearem na
mesma região do cromossomo (distância de 0,03 cM), são locos distintos, conforme corrobora
análise da sequência dos marcadores no mapa físico de arroz.
O mapa genético baseado na população RIL Chorinho x Amaroo é composto de 141
locos agrupados em 12 grupos de ligação referentes aos 12 cromossomos do genoma de arroz,
incluindo cinco dos 34 marcadores ligados a genes da via metabólica de amido (AGPS2.C4,
Waxy.F4, SBE-I.G3, SBE-IIb.I3 e SSIIa.L2). O tamanho total estimado do mapa foi de
1.696,9 cM, com uma densidade média de um marcador a cada 13,69 cM (Figura 20). Os
cromossomos 5 e 12 são os menos densos, com cinco locos cada e com distância média entre
os marcadores de 38,8 cM e 16,28 cM, respectivamente. Já o cromossomo 7 é o mais denso
(22 locos),com distância média entre os marcadores de 7,26 cM.
107
Figura 20– Mapa de ligação de marcadores microssatélites baseados na população RIL Chorinho x Amaroo. O mapa inclui 141 locos agrupados em 12 grupos de ligação,
incluindo cinco dos 34 marcadores ligados a genes da via metabólica de amido (AGPS2.C4, Waxy.F4, SBE-I.G3, SBE-IIb.I3 e SSIIa.L2). O tamanho total estimado do mapa
foi de 1.696,9 cM, com uma densidade média de um marcador a cada 13,69 cM.
Rm7340
0,0
RM220
3,4
RM1
4,1
RM283
4,4
RM5359
20,2
RM3412
48,2
OG43
54,5
RM5638
65,9
RM9
78,8
RM5
82,3
RM7124
87,4
RM7202
100,8
RM246
121,2
OG79
139,2
RM315
155,2
RM431
170,7
RM7600
175,3
OG81
220,0
CB1ac
Cr1
OSR14
0,0
RM154
3,4
RM7033
7,0
RM7652
12,6
RM7581
17,7
RM7215
19,4
RM300
57,3
I3
70,5
RM341
72,6
RM7205
94,5
RM7511
104,2
RM7286
130,6
RM207
151,6
Larg2ac
Cr2
RM55
0,0
RM22
41,1
RM569
43,4
RM231
47,1
RM489
70,8
OG66
75,9
RM3461
90,1
RM338
110,8
RM1164
117,8
RM411
132,0
RM422
168,3
RM7076
168,9
RM7389
185,4
Cr3
RM335
0,0
RM5414
4,9
RM7200
8,1
RM7504
16,9
RM307
17,8
RM7279
20,1
RM6314
35,1
RM252
71,9
RM7208
93,1
RM348
109,9
Cr4
RM574
0,0
OG32
80,4
RM7446
135,8
RM6822
187,0
RM31
194,0
Cr5
Rm7340
0,0
RM220
3,4
RM1
4,1
RM283
4,4
RM5359
20,2
RM3412
48,2
OG43
54,5
RM5638
65,9
RM9
78,8
RM5
82,3
RM7124
87,4
RM7202
100,8
RM246
121,2
OG79
139,2
RM315
155,2
RM431
170,7
RM7600
175,3
OG81
220,0
CB1ac
Cr1
OSR14
0,0
RM154
3,4
RM7033
7,0
RM7652
12,6
RM7581
17,7
RM7215
19,4
RM300
57,3
I3
70,5
RM341
72,6
RM7205
94,5
RM7511
104,2
RM7286
130,6
RM207
151,6
Larg2ac
Cr2
RM55
0,0
RM22
41,1
RM569
43,4
RM231
47,1
RM489
70,8
OG66
75,9
RM3461
90,1
RM338
110,8
RM1164
117,8
RM411
132,0
RM422
168,3
RM7076
168,9
RM7389
185,4
Cr3
RM335
0,0
RM5414
4,9
RM7200
8,1
RM7504
16,9
RM307
17,8
RM7279
20,1
RM6314
35,1
RM252
71,9
RM7208
93,1
RM348
109,9
Cr4
RM574
0,0
OG32
80,4
RM7446
135,8
RM6822
187,0
RM31
194,0
Cr5
Rm7340
0,0
RM220
3,4
RM1
4,1
RM283
4,4
RM5359
20,2
RM3412
48,2
OG43
54,5
RM5638
65,9
RM9
78,8
RM5
82,3
RM7124
87,4
RM7202
100,8
RM246
121,2
OG79
139,2
RM315
155,2
RM431
170,7
RM7600
175,3
OG81
220,0
CB1ac
Cr1
OSR14
0,0
RM154
3,4
RM7033
7,0
RM7652
12,6
RM7581
17,7
RM7215
19,4
RM300
57,3
I3
70,5
RM341
72,6
RM7205
94,5
RM7511
104,2
RM7286
130,6
RM207
151,6
Larg2ac
Cr2
RM55
0,0
RM22
41,1
RM569
43,4
RM231
47,1
RM489
70,8
OG66
75,9
RM3461
90,1
RM338
110,8
RM1164
117,8
RM411
132,0
RM422
168,3
RM7076
168,9
RM7389
185,4
Cr3
RM335
0,0
RM5414
4,9
RM7200
8,1
RM7504
16,9
RM307
17,8
RM7279
20,1
RM6314
35,1
RM252
71,9
RM7208
93,1
RM348
109,9
Cr4
RM574
0,0
OG32
80,4
RM7446
135,8
RM6822
187,0
RM31
194,0
Cr5
OSR19
0,0
F4
1,5
RM204
10,7
RM225
11,1
RM217
16,4
RM3370
30,9
L2
31,5
RM7213
47,0
RM7269
89,0
RM345
143,7
G3
144,7
TA6ac
CB6ac
TG6ac
Cr6
RM445
0,0
RM481
51,3
RM1243
51,9
RM214
80,8
RM7338
84,6
RM500
87,1
RM7110
87,4
RM533
95,6
RM418
100,7
RM11
102,1
RM560
104,2
OSR22 RM3404
105,6
RM182
109,7
RM336
113,6
RM10
115,3
RM505
123,8
RM234
128,0
RM7441
132,8
RM3555
151,0
RM248
158,1
RM420
159,7
Larg7ac
Comp7ac
Cr7
RM408
0,0
RM6925
2,4
RM152
2,5
RM7080
32,7
C4
51,0
RM7285
57,4
RM3153
59,9
RM7049
72,6
RM284
74,8
RM80
92,2
RM210
126,5
Larg8ac
Cr8
RM316
0,0
OG10
0,4
RM7364z2
20,0
RM7390
22,3
OG74
38,2
RM242
55,0
OSR28
57,3
RM201
58,9
RM7306
72,2
Larg9ac
Cr9
108
RM7492
0,0
RM474
2,5
RM222
2,6
RM184
36,7
RM1937
47,8
RM7300
62,5
RM484
68,8
OG26
75,2
Cr10
RM254
0,0
RM5599
34,5
RM7283
55,4
RM7391
57,3
RM7463
58,1
RM3428
60,2
RM7226
61,1
RM7275
71,4
RM209
78,4
RM229
83,7
OG7
86,1
RM21
104,6
RM206
146,7
RM144
159,4
RM224
174,0
CB11ac
Cr11
RM19
0,0
RM3455
19,3
RM1261
42,5
RM235
99,6
RM270
103,8
Cr12
Figura 20– Continuação
.
RM7492
0,0
RM474
2,5
RM222
2,6
RM184
36,7
RM1937
47,8
RM7300
62,5
RM484
68,8
OG26
75,2
Cr10
RM254
0,0
RM5599
34,5
RM7283
55,4
RM7391
57,3
RM7463
58,1
RM3428
60,2
RM7226
61,1
RM7275
71,4
RM209
78,4
RM229
83,7
OG7
86,1
RM21
104,6
RM206
146,7
RM144
159,4
RM224
174,0
CB11ac
Cr11
RM19
0,0
RM3455
19,3
RM1261
42,5
RM235
99,6
RM270
103,8
Cr12
RM7492
0,0
RM474
2,5
RM222
2,6
RM184
36,7
RM1937
47,8
RM7300
62,5
RM484
68,8
OG26
75,2
Cr10
RM254
0,0
RM5599
34,5
RM7283
55,4
RM7391
57,3
RM7463
58,1
RM3428
60,2
RM7226
61,1
RM7275
71,4
RM209
78,4
RM229
83,7
OG7
86,1
RM21
104,6
RM206
146,7
RM144
159,4
RM224
174,0
CB11ac
Cr11
RM19
0,0
RM3455
19,3
RM1261
42,5
RM235
99,6
RM270
103,8
Cr12
OSR19
0,0
F4
1,5
RM204
10,7
RM225
11,1
RM217
16,4
RM3370
30,9
L2
31,5
RM7213
47,0
RM7269
89,0
RM345
143,7
G3
144,7
TA6ac
CB6ac
TG6ac
Cr6
RM445
0,0
RM481
51,3
RM1243
51,9
RM214
80,8
RM7338
84,6
RM500
87,1
RM7110
87,4
RM533
95,6
RM418
100,7
RM11
102,1
RM560
104,2
OSR22 RM3404
105,6
RM182
109,7
RM336
113,6
RM10
115,3
RM505
123,8
RM234
128,0
RM7441
132,8
RM3555
151,0
RM248
158,1
RM420
159,7
Larg7ac
Comp7ac
Cr7
RM408
0,0
RM6925
2,4
RM152
2,5
RM7080
32,7
C4
51,0
RM7285
57,4
RM3153
59,9
RM7049
72,6
RM284
74,8
RM80
92,2
RM210
126,5
Larg8ac
Cr8
RM316
0,0
OG10
0,4
RM7364z2
20,0
RM7390
22,3
OG74
38,2
RM242
55,0
OSR28
57,3
RM201
58,9
RM7306
72,2
Larg9ac
Cr9
OSR19
0,0
F4
1,5
RM204
10,7
RM225
11,1
RM217
16,4
RM3370
30,9
L2
31,5
RM7213
47,0
RM7269
89,0
RM345
143,7
G3
144,7
TA6ac
CB6ac
TG6ac
Cr6
RM445
0,0
RM481
51,3
RM1243
51,9
RM214
80,8
RM7338
84,6
RM500
87,1
RM7110
87,4
RM533
95,6
RM418
100,7
RM11
102,1
RM560
104,2
OSR22 RM3404
105,6
RM182
109,7
RM336
113,6
RM10
115,3
RM505
123,8
RM234
128,0
RM7441
132,8
RM3555
151,0
RM248
158,1
RM420
159,7
Larg7ac
Comp7ac
Cr7
RM408
0,0
RM6925
2,4
RM152
2,5
RM7080
32,7
C4
51,0
RM7285
57,4
RM3153
59,9
RM7049
72,6
RM284
74,8
RM80
92,2
RM210
126,5
Larg8ac
Cr8
RM316
0,0
OG10
0,4
RM7364z2
20,0
RM7390
22,3
OG74
38,2
RM242
55,0
OSR28
57,3
RM201
58,9
RM7306
72,2
Larg9ac
Cr9
OSR19
0,0
F4
1,5
RM204
10,7
RM225
11,1
RM217
16,4
RM3370
30,9
L2
31,5
RM7213
47,0
RM7269
89,0
RM345
143,7
G3
144,7
TA6ac
CB6ac
TG6ac
Cr6
RM445
0,0
RM481
51,3
RM1243
51,9
RM214
80,8
RM7338
84,6
RM500
87,1
RM7110
87,4
RM533
95,6
RM418
100,7
RM11
102,1
RM560
104,2
OSR22 RM3404
105,6
RM182
109,7
RM336
113,6
RM10
115,3
RM505
123,8
RM234
128,0
RM7441
132,8
RM3555
151,0
RM248
158,1
RM420
159,7
Larg7ac
Comp7ac
Cr7
RM408
0,0
RM6925
2,4
RM152
2,5
RM7080
32,7
C4
51,0
RM7285
57,4
RM3153
59,9
RM7049
72,6
RM284
74,8
RM80
92,2
RM210
126,5
Larg8ac
Cr8
RM316
0,0
OG10
0,4
RM7364z2
20,0
RM7390
22,3
OG74
38,2
RM242
55,0
OSR28
57,3
RM201
58,9
RM7306
72,2
Larg9ac
Cr9
109
3.2.1.3. Mapeamento de QTLs de componentes de qualidade de grãos na população RIL
Chorinho x Amaroo.
Centro Branco
A característica Centro Branco foi inicialmente considerada para a análise de ligação
com os cinco marcadores microssatélites selecionados que segregam nesta população (SBE-
IIb.I3, SBE-I.G3, Waxy.F4, SSIIa.L2, AGPS2.C4). Para isto, utilizou-se de tabelas de
contingência 2x2 estimando-se valores de significância de testes qui-quadrado (corrigidos
para continuidade pela fórmula de Yates) e testes exatos de Fisher.
O teste exato de Fisher é um teste mais rigoroso que o qui-quadrado (Yates) quando
uma ou mais classes em uma tabela de contingência 2x2 possui um número pequeno de
amostras, o que ocorreu em algumas combinações genótipo (alelo Chorinho e alelo Amaroo)
versus fenótipo de qualidade de grãos. Quando os dois testes foram significativos, isto é, o
valor de qui-quadrado (Yates) foi maior ou próximo de 6,64 (p<0,01) e um teste exato de
Fisher foi <0,001, considerou-se associação significativa entre o loco marcador e o controle
da característica estudada. Desta forma, entre os cinco marcadores moleculares ligados a
genes da via metabólica de amido que segregam na população RIL Chorinho x Amaroo (SBE-
IIb.I3, SBE-I.G3, Waxy.F4, SSIIa.L2, AGPS2.C4), dois locos (Waxy.F4 - cromossomo 6 e
SSIIa.L2 – cromossomo 6) apresentaram-se associados à característica Centro Branco (Fisher
p-exato= 0,0028 e 0,0438, respectivamente) (Tabela 13).
Tabela 13 – Locos microssatélites ligados a genes da via metabólica de amido com evidência de associação à
característica Centro Branco, com base em valores estimados de χ
2
(com correção de Yates) e de testes exatos de
Fisher.
Loco
Cromossomo
valor χ
2
(valor p)
Fisher P-exato
SBE-IIb.I3
2
0,058 (0,8104)
1,0000
SBE-I.G3
6
1,251 (0,2634)
0,2107
Waxy.F4
6
8,252 (0,0041)
0,0028
SSIIa.L2
6
3,38 (0,0660)
0,0438
AGPS2.C4
8
0,001 (0,9753)
0,8063
*significativo a 5%; **significativo a 1%
As análises de marcas simples, intervalo simples e intervalo composto identificaram
outras três regiões do genoma associadas ao controle da característica Centro Branco, e
110
corroboraram a associação da região do marcador Waxy.F4 no cromossomo 6 com esta
característica.
A análise de marca simples detectou associação dos marcadores RM5638
(cromossomo 1), RM7033 e RM7652 (cromossomo 2), RM231 e RM489 (cromossomo 3),
OSR19, Waxy.F4 e RM204 (cromossomo 6), e RM7283, RM7391, RM3428 e RM7226
(cromossomo 11) com a característica Centro Branco (Tabela 14). Merece destaque,
inicialmente, a corroboração da associação do marcador Waxy.F4 com a característica Centro
Branco independentemente do método estatístico utilizado (qui-quadrado com correção de
Yates, teste exato de Fisher, marca simples e intervalo composto).
Tabela 14- Marcadores associados à característica Centro Branco na população RIL Chorinho x Amaroo por
análise de marca simples.
Marcador
Cromossomo
b0
b1
-2ln(L0/L1)
F(1,n-2)
pr(F)
RM5638
1
2,856
0,199
6,537
6,587
0,011 *
RM7033
2
2,867
0,223
8,141
8,243
0,005 **
RM7652
2
2,867
0,208
7,21
7,28
0,008 **
RM231
3
2,884
0,194
6,078
6,115
0,014*
RM489
3
2,851
-0,257
11,019
11,255
0,001 ***
OG32
5
2,893
-0,243
8,748
8,873
0,003 **
OSR19
6
2,865
0,263
11,945
12,234
0,001 ***
Waxy.F4
6
2,868
0,26
11,674
11,947
0,001 ***
RM204
6
2,869
0,237
9,368
9,52
0,002 **
RM7283
11
2,922
-0,218
6,524
6,573
0,011 *
RM7391
11
2,928
-0,243
8,202
8,306
0,004 **
RM3428
11
2,94
-0,276
10,365
10,565
0,001 **
RM7226
11
2,932
-0,271
10,433
10,637
0,001 **
*significativo a 5%; **significativo a 1%; ***significativo a 0,1%
Três QTLs foram detectados por Mapeamento de Intervalo Composto: CB1ac (no
intervalo RM7202-OG79 do cromossomo 1), CB6ac (no intervalo OSR19-RM225 do
cromossomo 6) e CB11ac (no intervalo RM7283-RM7275 do cromossomo 11) (Figura 21 e
26). Os intervalos CB1ac, CB6ac e CB11ac explicam 9, 17 e 15% da variação fenotípica,
respectivamente (Tabela 15). O alelo detectado com efeito positivo para os QTLs CB1ac e
CB6ac é proveniente do parental Chorinho, enquanto no QTL CB11ac o alelo do parental
Amaroo tem o efeito aditivo no fenótipo, cultivar parental com características de grãos
avaliados como excelente para Centro Branco.
111
Tabela 15 – Detecção de QTLs da característica Centro Branco na população RIL Chorinho e Amaroo,
através de Mapeamento de Intervalo Composto.
QTL
Intervalo
Grupo de
ligação
Posição cM
LOD
Efeito aditivo
R
2
(%)
CB1ac
RM7202-OG79
1
100,8-139,2
3,2
0,27
9
CB6ac
OSR19-RM225
6
0-11,1
6,0
0,33
17
CB11ac
RM7283-RM7275
11
55,4-71,4
5,4
-0,33
15
Efeito aditivo refere-se à substituição de um alelo do parental Chorinho por um alelo do parental Amaroo. O valor do LOD crítico
utilizado como ponto de corte foi de 2,7.
Figura 21 – QTLs identificado para Centro Branco do cruzamento de Chorinho e Amaroo, nos grupos de ligação
1 (A); 6 (B) e 11(C) por mapeamento de Intervalo Composto (cof. 10). O valor de LOD crítico utilizado como
ponto de corte foi de 2,7, e está representado pela linha horizontal. A linha horizontal delimita o LOD crítico.
(A)
112
o
Figura 21 –Continuação
(B)
(C)
113
É importante observar que o QTL CB6ac abrange o intervalo entre OSR19 (marcador
também chamado de RM190, que também pode ser substituído por F3) e F4. Estes locos estão
flanqueando o gene Sintase de Amido (waxy). O marcador OSR19 (ou RM190) foi localizado
na região de QTLs associados a Teor de Amilose em diferentes estudos: QTL amy6 (Aluko et
al., 2004), ac6a e ac6b (Fan et al., 2005). A análise da distribuição dos marcadores em
comum no mapa físico de arroz indica que o intervalo de QTL mapeado no presente estudo
(CB6a) situa-se na mesma região do genoma. O marcador RM225 também foi co-localizado
no QTL ac6b. Um QTL para porcentagem de Centro Branco (CQAL22-ID) também foi
mapeado no cromosomo 6 (Xu et al., 2000), na mesma região do mapa físico que inclui o
QTL CB6ac.).
Largura do grão
Entre os cinco marcadores moleculares ligados a genes da via metabólica de amido
que segregam na população RIL Chorinho x Amaroo (SBE-IIb.I3, SBE-I.G3, Waxy.F4,
SSIIa.L2, AGPS2.C4), nenhum loco apresentou-se significativamente associado à
característica Largura do Grão (Tabela 16) na análise baseada em tabelas de contigência 2x2,
assumindo uma distribuição qui-quadrado e através de testes exatos de Fisher.
Tabela 16 – Locos microssatélites ligados a genes da via metabólica de amido testados para associação com
Largura do Grão de arroz, com base em valores estimados de χ
2
(com correção de Yates), de testes exatos de
Fisher e regressão linear simples.
Loco
Cromossomo
valor χ
2
(valor p)
Fisher P-exato
SBE-IIb.I3
2
1,549 (0,2133)
0,1991
SBE-I.G3
6
0,007 (0,9341)
1,0000
Waxy.F4
6
0,403 (0,5256)
0,4870
SSIIa.L2
6
0,001 (0,9770)
1,0000
AGPS2.C4
8
1,606 (0,2051)
0,1777
*significativo a 5%; **significativo a 1%
Já a análise de marca simples para Largura do Grão em linhagens do cruzamento entre
Amaroo e Chorinho resultou na detecção de onze marcadores associados à característica
Largura do Grão, distribuídos em três cromossomos (7, 8 e 9) (Tabela 17). No Mapeamento
de Intervalo Simples foram detectados dois intervalos (Larg7ac e Larg9ac) nos cromossomos
7 e 9, respectivamente, associados a Largura do Grão (Tabela 18).
114
Tabela 17- Marcadores associados à característica Largura do Grão na população RIL Chorinho x Amaroo por
análise de marca simples
Marcador
Cromossomo
b0
b1
-2ln(L0/L1)
F(1,n-2)
pr(F)
RM560
7
6,116
-0,37
5,81
5,842
0,017*
OSR22
7
6,097
-0,402
6,885
6,945
0,009**
RM3404
7
6,097
-0,402
6,885
6,945
0,009**
RM182
7
6,134
-0,327
4,422
4,427
0,037*
RM336
7
6,099
-0,522
12,077
12,374
0,001***
RM10
7
6,106
-0,544
13,2
13,572
0,000***
RM505
7
6,065
-0,662
20,128
21,135
0,000****
RM234
7
6,093
-0,54
12,984
13,341
0,000***
RM7441
7
6,139
-0,5
10,488
10,695
0,001**
RM7080
8
6,079
0,446
7,67
7,755
0,006**
RM7306
9
6,088
0,595
15,459
16,003
0,000****
*significativo a 5%; **significativo a 1%; ***significativo a 0,1%
Tabela 18- Dados sobre QTL para as características da Largura do Grão em população RIL Chorinho e
Amaroo, detectados por Mapeamento de Intervalo Simples.
QTL
Intervalo
Grupo de
ligação
Posição cM
LOD
Efeito
aditivo
R
2
(%)
Larg7ac
RM336-RM234
7
113,63-132,83
4,3
-0,71
20
Larg9ac
RM201-RM7306
9
58,9-72,2
3,3
0,65
17
Efeito aditivo refere-se à substituição de um alelo do parental Chorinho por um alelo do parental Amaroo . O valor do LOD crítico
utilizado como ponto de corte foi de 2,8.
No Mapeamento de Intervalo Composto (cof. 3, 5, 8 e 10) foram detectados
quatro QTLs (Larg2ac, Larg7ac, Larg8ac e Larg9ac), localizados nos cromossomos 1,
7, 8 e 9, respectivamente (Tabela 19 e Figura 22 e 26). No cromossomo 7 o QTL
Larg7ac no intervalo entre RM182- RM3555 (Figura 22) explica 21% da variação
fenotípica para Largura do Grão. Neste caso, o efeito da substituição de um alelo de
Chorinho por outro proveniente de Amaroo diminui a Largura do Grão de arroz.
Tabela 19- Dados sobre QTLs para as características de Largura do grão em linhagens do cruzamento
entre Amaroo e Chorinho, detectados por Mapeamento de Intervalo Composto.
QTL
Intervalo
Grupo de
ligação
Posição cM
LOD
Efeito
aditivo
R
2
(%)
Larg2ac
RM7205- RM7286
2
94,5-130,6
3,9
0,56
12
Larg7ac
RM182- RM3555
7
109,73-151,0
7,8
-0,74
Larg8ac
RM7080-AGPS2.C4
8
32,7-51
3,1
0,51
10
Larg9ac
RM201-RM7306
9
58,9-72,2
4,4
0,57
12
Efeito aditivo refere-se à substituição de um alelo do parental Chorinho por um alelo do parental Amaroo. O valor do LOD crítico
utilizado como ponto de corte foi de 2,8.
Outro QTL no cromossomo 8, Larg8ac (intervalo entre RM7080-AGPS2.C4) inclui o
marcador AGPS2.C4, na região do gene AGPS2 (Figura 22). A percentagem de variação
115
fenotípica demonstrada pelo loco foi de 10%. O alelo com efeito aditivo para o QTL
detectado é proveniente do parental Chorinho (Tabela 19).
Figura 22 – QTLs identificados para Largura do grão, nas linhagens do cruzamento de Chorinho e Amaroo, nos
grupos de ligação 2 (A),7 (B), 8 (C), e 9 (D), por mapeamento de Intervalo Composto (cof. 8). O valor de LOD
crítico utilizado como ponto de corte foi de 2,8, e está representado pela linha horizontal. A linha horizontal
delimita o LOD crítico.
(A)
116
Figura 22 – Continuação.
(B)
(C)
117
Figura 22 – Continuação.
QTLs para Largura do Grão mapeados no grupo de ligação 7 foram descritos por Ge et
al. (2005) e por Redona & Mackill (1998), mas não há como afirmar que trata-se da mesma
região do genoma associada ao controle de Largura do Grão mapeada no presente trabalho.
No entanto, o marcador RM201 foi localizado próximo ao QTL AQFU045, associado à
Largura do Grão (Aluko et al., 2004).
Comprimento do Grão
Entre os cinco marcadores moleculares ligados a genes da via metabólica de amido
que segregam na população RIL Chorinho x Amaroo (SBE-IIb.I3, SBE-I.G3, Waxy.F4,
SSIIa.L2, AGPS2.C4), nenhum loco apresentou-se significativamente associado à
característica Comprimento do Grão com base na análise de tabelas de contigência 2x2,
assumindo uma distribuição qui-quadrado e através de testes exatos de Fisher.
(D)
118
A análise de marca simples para Comprimento do Grão (Tabela 20) em linhagens do
cruzamento entre Amaroo e Chorinho resultou na detecção de 18 marcadores distribuídos em
dois cromossomos (3, e 7).
Tabela 20- Marcadores associados à característica Comprimento do Grão na população RIL Chorinho x Amaroo
por análise de marca simples
Marcador
Cromossomo
b0
b1
-2ln(L0/L1)
F(1,n-2)
pr(F)
RM338
3
6,02
-0,704
10,662
10,877
0,001**
RM1164
3
5,989
-0,875
18,754
19,609
0,000****
RM411
3
5,897
-0,782
15,421
15,962
0,000***
RM445
7
5,912
-0,591
7,195
7,264
0,008**
RM418
7
5,873
-0,67
11,991
12,283
0,001***
RM11
7
5,889
-0,667
11,829
12,111
0,001***
RM560
7
5,874
-0,729
14,443
14,905
0,000***
OSR22
7
5,837
-0,801
17,767
18,522
0,000***
RM3404
7
5,837
-0,801
17,767
18,522
0,000***
RM182
7
5,916
-0,707
13,275
13,651
0,000***
RM336
7
5,845
-0,896
22,995
24,358
0,000***
RM10
7
5,856
-0,853
20,539
21,594
0,000***
RM505
7
5,795
-0,998
29,208
31,536
0,000***
RM234
7
5,834
-0,92
24,427
25,989
0,000***
RM7441
7
5,905
-0,726
13,676
14,081
0,000***
RM3555
7
5,877
-0,655
11,198
11,444
0,001***
RM248
7
5,889
-0,531
7,22
7,29
0,008**
RM420
7
5,919
-0,571
8,253
8,359
0,004**
Um QTL para Comprimento de Grão também foi detectado por Mapeamento de
Intervalo Composto (Comp7ac- no intervalo RM182-RM7441) na população Amaroo x
Chorinho (Figura 23 e 26), explicando 25% da variação fenotípica (Tabela 21). Para este
QTL, o alelo com efeito aditivo e positivo no fenótipo foi o do parental Amaroo.
119
Figura 23 – QTL identificado no cromossomo 7 para Comprimento do grão, nas linhagens do cruzamento de
Amaroo e Chorinho, por Mapeamento de Intervalo Composto (cof. 8). O valor de LOD crítico utilizado como
ponto de corte foi 6,2, e está representado pela linha horizontal.
Tabela 21- Dados sobre QTL para as características de comprimento do grão em linhagens do cruzamento entre
Amaroo e Chorinho, detectados por Mapeamento de Intervalo Composto.
QTL
Intervalo
Grupo de
ligação
Posição cM
LOD
Efeito
aditivo
R
2
(%)
Comp7ac
RM182-RM7441
7
109,73-132,83
9,4
-1,04
25
Efeito aditivo refere-se à substituição de um alelo do parental Chorinho por um alelo do parental Amaroo. O valor do LOD crítico utilizado
como ponto de corte foi de 6,2.
O marcador RM10, localizado no cromossomo 7, está associado a dois QTLs para
qualidade de grãos, mapeados em estudos independentes: (1) CQAF4, controlando Teor de
Amilose no grão e (2) CQAF7, controlando consitência do gel (Lanceras et al., 2000).
120
Temperatura de Gelatinização
Entre os cinco marcadores moleculares ligados a genes da via metabólica de amido
que segregam na população RIL Chorinho x Amaroo (SBE-IIb.I3, SBE-I.G3, Waxy.F4,
SSIIa.L2, AGPS2.C4), um loco apresentou-se significativamente associado à característica
Temperatura de Gelatinização (SSIIa.L2 – Cromossomo 6) (Tabela 22) na análise de tabelas
de contigência 2x2, assumindo uma distribuição qui-quadrado e através de testes exatos de
Fisher.
Tabela 22 – Locos microssatélites ligados a genes da via metabólica de amido testados para associação com
temperatura de gelatinização, com base em valores estimados de χ
2
(com correção de Yates), de testes exatos de
Fisher e regressão linear simples.
Loco
Cromossomo
valor χ
2
(valor p)
Fisher P-exato
SBE-IIb.I3
2
1,081 (0,2986)
0,2257
SBE-I.G3
6
0,037 (0,8483)
0,8002
Waxy.F4
6
1,217 (0,2700)
0,2271
SSIIa.L2
6
25,891 (0,0001)
0,0001
AGPS2.C4
8
0,024 (0,8780)
1,0000
*significativo a 5%; **significativo a 1%
A análise de marca simples para Temperatura de Gelatinização em linhagens do
cruzamento entre Chorinho e Amaroo identificou quatro marcadores associados a esta
característica , sendo três localizados no cromossomo 6 e um no cromossomo 7 (Tabela 23).
Tabela 23- Marcadores associados à característica Temperatura de Gelatinização na população RIL Chorinho x
Amaroo por análise de marca simples.
Marcador
Cromossomo
b0
b1
-2ln(L0/L1)
F(1,n-2)
pr(F)
RM3370
6
4,054
-0,954
86,597
112,131
0,000****
SSIIa.L2
6
4,037
-1,038
116,087
165,656
0,000****
RM7213
6
4,107
-0,686
30,682
33,278
0,000****
RM1243
7
4,083
0,352
7,606
7,688
0,006**
*significativo a 5%; **significativo a 1%
A análise de mapeamento de intervalo simples possibilitou a detecção de um QTL (TG6ac) no
cromossomo 6 associado à característica Temperatura de Gelatinização, no intervalo entre os
marcadores RM217 e RM7213 (Tabela 24)
Tabela 24- Dados sobre QTL para as características de temperatura de gelatinização em linhagens do
121
cruzamento entre Amaroo e Chorinho, detectados por Mapeamento de Intervalo Simples.
QTL
Intervalo
Grupo de
ligação
Posição
cM
LOD
Efeito aditivo
R
2
(%)
TG6ac
RM217-RM7213
6
16,4- 47
22,6
-1,14
76
Efeito aditivo refere-se à substituição de um alelo do parental Chorinho por um alelo do parental Amaroo. O valor do LOD crítico
utilizado como ponto de corte foi de 6,6.
Foi detectado um QTL no cromossomo 6 (TG6ac- intervalo entre RM217-RM7213)
através de mapeamento de intervalo composto (Figura 24 e 26), explicando uma proporção da
variação fenotípica de 63% (Tabela 25). O parental que contribui com o alelo com efeito
aditivo sobre o fenótipo foi o Amaroo, parental com características de grãos avaliados com
Temperatura de Gelatinização baixa.
Tabela 25- Dados sobre QTL para as características de temperatura de gelatinização em linhagens do
cruzamento entre Chorinho e Amaroo detectados por Mapeamento de Intervalo Composto.
QTL
Intervalo
Grupo de
ligação
Posição
cM
LOD
Efeito aditivo
R
2
(%)
TG6ac
RM217-RM7213
6
16,4- 47
31,2
-1,07
63
Efeito aditivo refere-se à substituição de um alelo do parental Chorinho por um alelo do parental Amaroo. O valor do LOD crítico
utilizado como ponto de corte foi de 6,6.
O intervalo do QTL entre RM217-RM7213 consiste na mesma região identificada na
análise de marca simples e intervalo simples, porém o marcador RM217 não foi significativo
na análise de marca simples.
QTL TG6ac abrange o intervalo entre RM3370 (marcador que amplifica o mesmo
microssatélite que SSIIa.L1) e SSIIa.L2. Estes locos estão flanqueando o gene Sintase de
Amido (SSIIa) responsáveis pela síntese de amilose. Trabalhos recentes com mutantes
afetando a atividade da enzima SSI resultaram em mudanças estruturais na amilopectina,
aumentando a temperatura de gelatinização do amido no endosperma.
Entre os marcadores associados a Temperatura de Gelatinização no presente trabalho,
somente o marcador RM217 apresentou-se associado a esta característica em outros estudos.
O marcador está localizado próximo a dois QTLs para a característica “digestão alcalina”
qASV6-1 (Yan et al., 2001), no intervalo 5.096.744 – 5.096.867 pb do mapa físico, e qASS-6
(Fan et al., 2005) no intervalo 3.168.374 – 4.160.798 pb do mapa físico (He et al., 1999). O
marcador RM217 também foi localizado em outro QTL associado à consistência do gel
CQAF5 (Lanceras et al., 2000).
122
Figura 24 – QTL associado à característica Temperatura de Gelatinização no grupo de ligação 6 através de
mapeamento de Intervalo Composto (cof. 10) utilizando a população RIL Chorinho x Amaroo. O valor de LOD
crítico utilizado como ponto de corte foi de 6,6 e está representado pela linha horizontal.
O gene SSIIa (SSII-3) (localizados no loco alk no cromossomo 6) tem sido apontado
como responsável pelas diferenças na estrutura da amilopectina entre duas variedades de
arroz, Nipponbare (japonica) e Kasalath (indica) (Umemoto et al., 2002). O loco waxy
também parece estar significativamente associado à digestão alcalina (Tan et al., 1999). Os
genes alk, gel (t), acl (t) e SSIIa, mapeados no cromossomo 6, são responsáveis pela diferença
na composição e estrutura de amilopectina no amido, alterando as propriedades físico-
químicas do amido (Umemoto et al., 2002). O gene gel(t), que permite a distinção do fenótipo
de gelatinização do grão em acessos da subespécie indica e japonica, foi localizado na mesma
posição do gene alk no cromossomo 6 (Umemoto et al., 2002).
Teor de Amilose
123
Entre os cinco marcadores moleculares ligados a genes da via metabólica de amido
que segregam na população RIL Chorinho x Amaroo (SBE-IIb.I3, SBE-I.G3, Waxy.F4,
SSIIa.L2, AGPS2.C4), um loco (Waxy.F4 – cromossomo 6) apresentou-se significativamente
associado à característica Teor de Amilose (Tabela 26) com base na análise de tabelas de
contigência 2x2, assumindo uma distribuição qui-quadrado e através de testes exatos de
Fisher.
Tabela 26 – Locos microssatélites ligados a genes da via metabólica de amido testados para associação com Teor
de amilose de arroz, com base em valores estimados de χ
2
(com correção de Yates), de testes exatos de Fisher e
regressão linear simples.
Loco
Cromossomo
valor χ
2
(valor p)
Fisher P-exato
SBE-IIb.I3
2
0,010 (0,9216)
0,8400
SBE-I.G3
6
0,045 (0,8325)
1,0000
Waxy.F4
6
89,200 (0,0001)
0,0001
SSIIa.L2
6
2,711 (0,0996)
0,0781
AGPS2.C4
8
0,851 (0,3563)
0,2968
*significativo a 5%; **significativo a 1%
Seis marcadores (Tabela 27) de Chorinho e Amaroo foram associados de forma
significativa nos grupos de ligação 5 e 6 à essa característica.
Tabela 27- Marcadores associados à característica Teor de Amilose na população RIL Chorinho x Amaroo por
análise de marca simples.
Marcador
Cromossomo
b0
b1
-2ln(L0/L1)
F(1,n-2)
pr(F)
OG32
5
18,762
-1,98
61,475
73,426
0,000****
OSR19
6
18,538
2,437
167,983
286,166
0,000****
Waxy.F4
6
18,568
2,47
179,224
317,577
0,000****
RM204
6
18,565
1,981
74,289
92,441
0,000****
RM225
6
18,584
1,853
60,59
72,165
0,000****
RM217
6
18,533
1,454
30,473
33,03
0,000****
A análise de intervalo simples para Teor de Amilose em linhagens do cruzamento
entre Chorinho e Amaroo possibilitou a detecção de dois QTLs (TA5ac e TA6ac), localizadas
nos cromossomos 5 e 6 respectivamente (Tabela 28)
Tabela 28- Mapeamento de QTLs associados à característica Teor de Amilose com base na população de
linhagens puras recombinantes do cuzamento entre Chorinho e Amaroo, detectados por Mapeamento de
Intervalo Simples.
124
QTL
Intervalo
Grupo de
ligação
Posição
cM
LOD
Efeito
aditivo
R
2
(%)
TA5ac
RM574- RM7446
5
0-135,8
15,2
-2,46
76
TA6ac
OSR19-RM217
6
0-16,4
31,1
2,48
77
Efeito aditivo refere-se à substituição de um alelo do parental Chorinho por um alelo do parental Amaroo . O valor do LOD crítico utilizado
como ponto de corte foi de 6,5.
Um QTL (TA6ac-OSR19-RM217) relacionado com Teor de amilose foi identificado
pelas metodologias de mapeamento de intervalo composto no cromossomo 6 (Tabela 29,
Figura 25). O alelo com efeito aditivo para o QTL detectado é proveniente do parental
Chorinho. Os dois parentais possuem teor de amilose intermediário.
Tabela 29- Dados sobre QTL para as características de teor de amilose em linhagens do cruzamento entre
Amaroo e Chorinho, detectados por Mapeamento de Intervalo Composto.
QTL
Intervalo
Grupo de
ligação
Posição cM
LOD
Efeito
aditivo
R
2
(%)
TA6ac
OSR19-RM217
6
0-16,4
25,7
2,13
77
Efeito aditivo refere-se à substituição de um alelo do parental Chorinho por um alelo do parental Amaroo. O valor do
LOD crítico utilizado como ponto de corte foi de 6,5.
Figura 25 – QTL identificado para Teor de amilose, nas linhagens do cruzamento de Chorinho e Amaroo, no
grupo de ligação 6 por mapeamento de Intervalo Composto (cof. 8). O valor de LOD crítico utilizado como
ponto de corte foi de 6,5, e está representado pela linha horizontal.
125
Entre os marcadores microssatélites localizados na região dos QTLs de Teor de
Amilose detectados neste trabalho, observou-se que o marcador RM217 foi localizado na
região do QTL CQAF3, associado à mesma característica (Lanceras et al., 2000). O marcador
OSR19 (marcador também chamado de RM190 ou F3) e F4, na região do QTL TA6ac,
flanqueiam o gene sintase de amido (waxy), envolvido no controle da síntese de amilopectina.
Outros estudos detectaram os marcadores RM225 e OSR19 (ou RM190) na região de QTLs
associados a Teor de amilose: amy6 (Aluko et al., 2004) ac6a e ac6b (Fan et al., 2005). O
marcador RM225 foi localizado no QTL ac6b e também foi associados a QTL de digestão
alcalina (qASS-6) (He et al., 1999) e a um QTL de consistência do gel (gc6c- AQGA022 ID
(Fan et al., 2005).
O QTL TA6ac (Teor de Amilose) localiza-se na mesma região do QTL TG6ac
(Temperatura de Gelatinização) relatado no presente trabalho. Nesta região do genoma
localizam-se os genes waxy e alk. O papel destes genes na determinação da qualidade da
cocção, aparência e textura do grão de arroz tem sido corroborado em diferentes estudos (He
et al. 1999; Umemoto et al. 2002; Wan et al. 2004, Fan et al. 2005; Bao et al. 2006, Wang et
al. 2007). O gene waxy codifica para a enzima GBSSI, responsável pela produção de amilose
em grãos de arroz não glutinosos (Sano 1984), além de afetar a estrutura da amilopectina. Já o
gene alk codifica enzima sintase de amido (SSIIa) , responsável pelo controle da digestão
alcalina.
Rendimento de Benefício
Entre os cinco marcadores moleculares ligados a genes da via metabólica de amido
que segregam na população RIL Chorinho x Amaroo (SBE-IIb.I3, SBE-I.G3, Waxy.F4,
SSIIa.L2, AGPS2.C4), nenhum loco apresentou-se significativamente associado à
característica Rendimento de Benefício com base na análise de tabelas de contigência 2x2,
assumindo uma distribuição qui-quadrado e através de testes exatos de Fisher.
A análise de marca simples para Rendimento de Benefício em linhagens do
cruzamento entre Chorinho e Amaroo possibilitou a identificação de um marcador associado à
característica (RM7600) (Tabela 30).
126
Tabela 30- Marcadores associados à característica Rendimento de Benefício na população RIL Chorinho x
Amaroo por análise de marca simples
Marcador
Cromossomo
b0
b1
-2ln(L0/L1)
F(1,n-2)
pr(F)
RM7600
1
70,378
-1,032
6,463
6,511
0,012*
*significativo a 5%; **significativo a 1%
Nenhum QTL para Rendimento de Benefício foi identficado por Mapeamento de
Intervalo e Mapeamento de Intervalo composto.
Rendimento de grãos inteiros
Entre os cinco marcadores moleculares ligados a genes da via metabólica de amido
que segregam na população RIL Chorinho x Amaroo (SBE-IIb.I3, SBE-I.G3, Waxy.F4,
SSIIa.L2, AGPS2.C4), nenhum apresentou-se significativamente associado à característica
Rendimento de Grãos Inteiros com base na análise de tabelas de contigência 2x2, assumindo
uma distribuição qui-quadrado e através de teste exatos de Fisher.
A análise de marca simples para Rendimento de grãos inteiros em linhagens do
cruzamento entre Amaroo e Chorinho possibilitou a identificação de um marcador associado à
característica (RM7600) (Tabela 31).
Tabela 31- Marcadores associados à característica Rendimento de grãos inteiros na população RIL Chorinho x
Amaroo por análise de marca simples
Marcador
Cromossomo
b0
b1
-2ln(L0/L1)
F(1,n-2)
pr(F)
RM7600
1
64,383
-2,246
7,090
7,156
0,008*
*significativo a 5%; **significativo a 1%
Nenhum QTL para Rendimento de grãos inteiros foi identficado por Mapeamento de
Intervalo e Mapeamento de Intervalo composto.
127
Figura 26– Representação da localização de QTLs nos cromossomos de arroz significativamente associados a componentes de qualidade de grãos de arroz. Os QTLs
detectados por análise de intervalo composto incluem regiões associadas ao controle de Centro Branco (CB), Teor de Amilose (TA), Largura do Grão (LG) e Comprimento do
Grão (CG).
OSR19
0,0
F4
1,5
RM204
10,7
RM225
11,1
RM217
16,4
RM3370
30,9
L2
31,5
RM7213
47,0
RM7269
89,0
RM345
143,7
G3
144,7
TA6ac
CB6ac
TG6ac
Cr6
RM445
0,0
RM481
51,3
RM1243
51,9
RM214
80,8
RM7338
84,6
RM500
87,1
RM7110
87,4
RM533
95,6
RM418
100,7
RM11
102,1
RM560
104,2
OSR22 RM3404
105,6
RM182
109,7
RM336
113,6
RM10
115,3
RM505
123,8
RM234
128,0
RM7441
132,8
RM3555
151,0
RM248
158,1
RM420
159,7
Larg7ac
Comp7ac
Cr7
RM408
0,0
RM6925
2,4
RM152
2,5
RM7080
32,7
C4
51,0
RM7285
57,4
RM3153
59,9
RM7049
72,6
RM284
74,8
RM80
92,2
RM210
126,5
Larg8ac
Cr8
RM316
0,0
OG10
0,4
RM7364z2
20,0
RM7390
22,3
OG74
38,2
RM242
55,0
OSR28
57,3
RM201
58,9
RM7306
72,2
Larg9ac
Cr9
RM7492
0,0
RM474
2,5
RM222
2,6
RM184
36,7
RM1937
47,8
RM7300
62,5
RM484
68,8
OG26
75,2
Cr10
RM254
0,0
RM5599
34,5
RM7283
55,4
RM7391
57,3
RM7463
58,1
RM3428
60,2
RM7226
61,1
RM7275
71,4
RM209
78,4
RM229
83,7
OG7
86,1
RM21
104,6
RM206
146,7
RM144
159,4
RM224
174,0
CB11ac
Cr11
RM19
0,0
RM3455
19,3
RM1261
42,5
RM235
99,6
RM270
103,8
Cr12
Rm7340
0,0
RM220
3,4
RM1
4,1
RM283
4,4
RM5359
20,2
RM3412
48,2
OG43
54,5
RM5638
65,9
RM9
78,8
RM5
82,3
RM7124
87,4
RM7202
100,8
RM246
121,2
OG79
139,2
RM315
155,2
RM431
170,7
RM7600
175,3
OG81
220,0
CB1ac
Cr1
OSR14
0,0
RM154
3,4
RM7033
7,0
RM7652
12,6
RM7581
17,7
RM7215
19,4
RM300
57,3
I3
70,5
RM341
72,6
RM7205
94,5
RM7511
104,2
RM7286
130,6
RM207
151,6
Larg2ac
Cr2
RM55
0,0
RM22
41,1
RM569
43,4
RM231
47,1
RM489
70,8
OG66
75,9
RM3461
90,1
RM338
110,8
RM1164
117,8
RM411
132,0
RM422
168,3
RM7076
168,9
RM7389
185,4
Cr3
RM335
0,0
RM5414
4,9
RM7200
8,1
RM7504
16,9
RM307
17,8
RM7279
20,1
RM6314
35,1
RM252
71,9
RM7208
93,1
RM348
109,9
Cr4
RM574
0,0
OG32
80,4
RM7446
135,8
RM6822
187,0
RM31
194,0
Cr5
128
3.2.2- Teste de marcadores microssatélites situados na região de genes da via metabólica
de amido na identificação de componentes de qualidade de grãos em uma amotra de
acessos do Banco de Germoplasma de Arroz.
Os 34 marcadores microssatélites selecionados na região de genes da via metabólica
de amido foram testados na identificação de acessos do Banco de Germoplasma de Arroz com
o objetivo de detectar marcadores úteis na seleção de acessos com componentes de qualidade
de grãos de interesse dos programas de melhoramento. Este procedimento representa um teste
indireto do potencial emprego destes marcadores na seleção de acessos do Banco de
Germoplasma com atributos desejáveis de qualidade de grãos. É, portanto, um procedimento
de validação de alguns deste marcadores na seleção para qualidade de grãos de arroz. Para
isto, utilizou-se de tabelas de contingência 2x2 estimando-se valores de significância de testes
qui-quadrado (corrigidos para continuidade pela fórmula de Yates) e testes exatos de Fisher
para testar a independência entre variação alélica observada em locos microssatélites e
fenótipos de componentes de qualidade de grãos em amostras de acessos do Banco de
Germoplasma.
Uma amostra de 23 acessos de arroz com variabilidade para qualidade de grãos foi
genotipada com os 34 marcadores microssatélites situados na região de genes da via
metabólica de amido. Os 23 acessos foram também fenotipados para componentes de
qualidade de grãos de arroz (Centro Branco, Comprimento do Grão, Largura do Grão, Teor de
Amilose, Temperatura de Gelatinização, Rendimento de Grãos, Rendimento de Grãos
Inteiros). Os dados de fenotipagem para componentes de qualidade de grãos são apresentados
na Tabela 32. Entre os acessos com melhor qualidade de grãos, exibindo valores positivos na
avaliação de diferentes componentes de qualidade incluem-se as variedades Primavera, IRGA
417 e Amaroo. Entre os acessos com atributos medianos a negativos de qualidade de grãos
incluem-se as linhagens BG90-2, C101/A51 e Colombia1.
129
Tabela 32- Avaliação fenotípica de componentes de qualidade de grãos de 23 acessos do Banco de Germoplasma de Arroz.
Acessos
Comprimento do grão
Largura do grão
Rendimento de
Benefício (%)
Rendimento
de grão
inteiro(%)
Centro Branco
Teor de Amilose
Temperatura de gelatinização
Avaliação (Nota)
Amaroo
Longo a Extra longo (3)
Fino (1)
67,91
64,5
Excelente (1)
Baixo (21)
Baixa (7)
BG 90/2
Longo (5)
Extra largo (7)
69,28
56,28
Ruim(4,5)
Intermediário (25)
Alta (3,6)
Bico Ganga
Longo (5)
Extra largo (8)
71,76
63,01
Regular (3,5)
Baixo (21)
Intermediária (5)
C101/A51
Curto (9)
Extra largo (7)
70,91
56,37
Ruim(4,0)
Intermediário (24)
Alta (3,7)
Chorinho
Longo a Extra longo (3)
Largo (5)
73,29
68,96
Regular (3)
Baixo (21)
Intermediária (4,8)
CNA8198
Longo a Extra longo (2)
Extra largo (7)
82,73
73,79
Regular (3,5)
Baixo (21)
Intermediária (4,0)
CNA8212
Longo a Extra longo (2)
Largo (6)
77,71
65,33
Ruim(4,0)
Baixo (21)
Baixa (7)
CNA8502
Longo a Extra longo (3)
Fino (3)
71,18
64,32
Regular (3)
Baixo (19)
Intermediária (5,2)
CNAi9022
Longo a Extra longo (3)
Fino (3)
71,85
66,24
Regular (3)
Intermediário (23)
Intermediária (5,0)
CNAi9930
Longo a Extra longo (3)
Fino (3)
68,88
46,53
Regular (3)
Baixo (18)
Intermediária (5,6)
Colombia1
Longo a Extra longo (3)
Extra largo (7)
70,58
64,47
Excelente (1)
Baixo (18)
Alta (3,0)
Curinga
Longo a Extra longo (3)
Fino (3)
73,43
66,17
Regular (3,5)
Baixo (21)
Intermediária (4,6)
Diamante
Longo a Extra longo (3)
Fino (3)
63,20
41,43
Regular (3,5)
Intermediário (24)
Baixa (7)
Formoso
Longo a Extra longo (3)
Fino (3)
64,48
49,53
Regular (3)
Intermediário (26)
Intermediária (4,5)
Farroupilha
Longo a Extra longo (3)
Extra largo (7)
74,02
71,03
Regular (3)
Baixo (18)
Intermediária (5,4)
IRGA417
Longo a Extra longo (3)
Fino (3)
70,75
66,50
Excelente (1)
Intermediário (25)
Baixa (7)
130
Oryzica Llanos4
Longo a Extra longo (4)
Fino (3)
74,87
67,79
Regular (3,5)
Intermediário (27)
Baixa (7)
Oryzica Lanos5
Longo a Extra longo (3)
Fino (2)
69,44
59,08
Excelente (1)
Intermediário (25)
Baixa (7)
Oryzica1
Longo a Extra longo (3)
Fino (3)
74,32
70,33
Regular (3)
Intermediário (25)
Baixa (7)
Primavera
Longo a Extra longo (3)
Extra fino (1)
66,06
37,47
Regular (3,5)
Baixo (19)
Intermediária (4,8)
Puteca
Longo (5)
Extra largo (7)
72,94
67,44
Regular (3,5)
Baixo (21)
Intermediária (5,0)
Rantulasi
Longo a Extra longo (3)
Largo (5)
73,95
69,58
Excelente (1)
Baixo (21)
Intermediária (5,0)
Zenith
Curto (8)
Extra largo (7)
71,10
56,55
Ruim(4,0)
Intermediário (24)
Intermediária (4,8)
131
A classificação em subespécie destes 23 acessos do Banco de Germoplasma foi levada
em consideração para a análise de associação dos marcadores microssatélites na região de
genes da via metabólica de amido com o fenótipo de qualidade de grãos de acessos do Banco
de Germoplasma. Como as subespécies indica e japonica possuem um histórico de
domesticação independente, procurou-se evidenciar exemplos de freqüência alélica
significativamente distinta entre acessos indica e japonica em microssatélites da região de
genes da via metabólica de amido. A premissa é que devido ao histórico de domesticação
independente das subespécies indica e japonica, diferentes alelos poderiam ser detectados em
alta freqüência ou próximos à fixação em acessos de arroz classificados em diferentes
subespécies. Testes de independência empregando tabelas de contingência 2x2 poderiam
evidenciar estas diferenças.
Uma bateria de 405 marcadores microssatélites distribuídos por todo o genoma de
arroz foi usada para genotipar os 23 acessos do Banco de Germplasma. Outros cinco acessos
foram incluídos na genotipagem como controle (RS -16, 5287, Nipponbare, CNAi9029,
CNA10928). Os dados compilados foram utilizados para estimar distâncias genéticas par-a-
par entre os acessos e os resultados, após análise de agrupamento por UPGMA, foram
dispostos em um dendrograma utilizando o programa NTSYs (Rohlf, 1998). Observou-se que
dos 23 acessos analisados, 12 (Bico Ganga, Puteca, Chorinho, CNA8198, CNA8212,
Primavera, Zenith, Curinga, Colombia1, Amaroo, Farroupilha e Ramtulasi) apresentam
“background” genético da subespécie japonica, enquando 11 acessos (BG90-2, Formoso,
CNA8502, Oryzica1, IRGA417, Diamante, C101_A51, CNAi9022, Oryzica Llanos 4,
Oryzica Llanos 5 e CNAi9930) são classificados na subespécie “indica” (Figura 27). A
análise dos mesmos 23 acessos com a bateria de 34 marcadores microssatélites situados na
região de genes da via metabólica de amido (Figura 28) resultou em uma classificação de
background genético dos acessos idêntica à classificação obtida com o plantel de 405
marcadores. Este resultado sugere que genes ligados à via metabólica de amido foram
submetidos a processo de seleção para qualidade de grãos característico de cada subespécie,
durante o processo de domesticação.
Os testes realizados com 23 acessos do Banco de Germoplasma, 34 locos
microssatélites e sete características fenotípicas relacionadas à qualidade de grãos permitiram
validar o uso de alguns marcadores para a seleção de acessos do Banco de Germoplasma para
132
componentes de qualidade de grãos de arroz. Destacam-se, nesta análise, os marcadores que
permitem identificar acessos com alto ou baixo Teor de Amilose e que apresentam grãos
largos ou finos (característica Largura do Grão).
Para Teor de Amilose, os marcadores AGPS1.A1, AGPS1.A3, Dbe.Pul.E3, SBE-
IIa.H2, SBE-IIa.H3 e SBE-IIb.I2 permitem classificar os acessos com grande acurácia nos
grupos indica e japonica (Tabela 33). Todos os acessos testados com mais do que 22% de
Teor de Amilose com o marcador SSIIb.J2, por exemplo, são homozigotos 232/232. Entre
todos os 23 acessos, apenas três (CNAi9930 - indica; CNA8502 - indica e CNA8212 -
japonica) são homozigotos 232/232 e apresentam teor de amilose < 22%, o que representa
uma eficiência de 82% na identificação de acessos com alto e baixo teor de amilose no Banco
de Germoplasma. Todos os acessos com teor de amilose > 22% apresentam o genótipo
232/232 e background genético indica, com exceção de Zenith (background japonica). No
loco AGPS1.A1, todos os acessos com genótipo 154/154 apresentam teor de amilose <22%.
Para Largura do Grão (Tabela 34), grande parte dos acessos testados com o marcador
Dbe.Pul.E3, por exemplo, são homozigotos 179/179 e possuem um índice de Largura do Grão
maior do que 5,0 (largo a extra-largo). Todos os acessos testados com Largura do Grão com
índice > 5,0 (largo a extra-largo) são homozigotos 179/179, com exceção de dois acessos
(C101-A51 e BG90-2), que possuem o background genético indica e genótipo distinto. Neste
mesmo loco, todos os acessos japonica são homozigotos 179/179, com exceção da cultivar
Curinga, o que sugere a utilização deste marcador na recuperação de linhagens com grãos
mais largos (ou mais finos) no Banco de Germoplasma e nos programas de melhoramento. No
loco AGPS2.C4, a maioria dos acessos com genótipo 184/184 apresenta grãos finos e extra-
finos (índice menor do que 5,0) (Tabela 34).
Há evidência de que entre os acessos com background genético indica alguns alelos
estejam praticamente fixados e correlacionados com algum componente de qualidade de
grãos. Por exemplo, observou-se que grande parte das amostras testadas com o marcador
SSIIa.L2 são homozigotos 149/149 e possuem um índice de Temperatura de Gelatinização
maior do que 7,0 (baixa). Não foi possível, no entanto, a detecção de associação significativa
entre este marcador e TG em acessos da subespécie indica (p-exato de Fisher = 0,081;
χ2(Yates)= 2,227; p=0,1356). O número de amostras dentro de cada subespécie para este tipo
133
de análise parece ter sido insuficiente. Análise com amostragem mais detalhada dentro de
cada subespécie poderá aumentar o poder de detecção de outros marcadores para uso em
seleção para qualidade de grãos de arroz.
134
Figura 27- Dendrograma resultante da análise baseada na distância genética calculada por “Shared Allele Distance” de 28 acessos de arroz com 405 marcadores de arroz do
estoque do laboratorio, agrupados por UPGMA.
Coefficient
0.17 0.38 0.58 0.79 1.00
Oryzica_Llanos5MW
5287
Bico Ganga
Puteca
Chorinho
CNA8198
CNA8212
Primavera
Zenith
Curinga
Colombia1
Amaroo
Farroupilha
Nipponbare
Ramtulasi
BG 90/2
CNAi9930
Formoso
CNA8502
CNAi9029
Oryzica1
IRGA417
Diamante
C101 A51
CNAi9022
Mutante
Oryzica Llanos5
Oryzica Llanos4
RS/16
CNAI10928
135
Figura 28- Dendrograma resultante da análise baseada na distância genética calculada por “Shared Allele Distance” de 28 acessos de arroz com os 34 marcadores de síntese
amido no grão, agrupados por UPGMA.
Coefficient
0.10 0.33 0.55 0.78 1.00
Oryzica_Llanos5MW
5287
Colombia1
Primavera
Bico Ganga
Puteca
Chorinho
CNA8212
CNA8198
Amaroo
Nipponbare
Farroupilha
Zenith
Ramtulasi
Curinga
BG 90/2
Formoso
CNAi9930
CNA8502
C101 A51
Diamante
Mutante
CNAi9022
CNAi9029
Oryzica1
Oryzica Llanos5
Oryzica Llanos4
IRGA417
RS/16
CNAI10928
136
Tabela 33 – Testes de associação entre fenótipo e genótipo em acessos do Banco de Germoplasma de arroz para a característica Teor de Amilose.
Acesso
ADP-glucose-
SS
(AGPS1.A1)
ADP-glucose-
SS
(AGPS1.A3)
DBE-
Pullulanase
(Dbe.Pul.E3)
SBE-IIa
(SBE-IIa.H2)
SBE-IIa
(SBE-IIa.H3)
SBE-IIb
(SBE-IIb.I2)
SSIIb
(SSIIb.J2)
Teor de
Amilose
% (TA)
Background
Genético
CNAi9930
140/140
245/245
170/170
183/183
163/163
161/161
232/232
18
Indica
Colombia1
154/154
249/249
179/179
185/191
173/173
165/165
234/234
18
Japonica
Farroupilha
154/154
247/247
179/179
183/189
171/171
165/165
234/234
18
Japonica
CNA8502
140/140
245/245
170/170
181/181
163/163
189/189
232/232
19
Indica
Primavera
154/154
249/249
179/179
191/191
173/173
158/165
234/234
19
Japonica
Puteca
154/154
249/249
179/179
191/191
173/173
189/189
234/234
21
Japonica
CNA8212
154/154
249/249
179/179
?/?
173/173
158/165
232/232
21
Japonica
Rantulasi
154/154
237/247
179/179
191/191
163/163
165/165
234/234
21
Japonica
CNA8198
154/154
249/249
179/179
191/191
173/173
189/189
234/234
21
Japonica
Chorinho
154/154
249/249
179/179
191/191
173/173
189/189
234/234
21
Japonica
Bico Ganga
154/154
249/249
179/179
191/191
173/173
189/189
234/234
21
Japonica
Curinga
154/154
249/249
167/167
191/191
173/173
165/165
234/234
21
Japonica
Amaroo
154/154
249/249
179/179
191/191
173/173
165/165
234/234
21
Japonica
CNAi9022
140/140
245/245
161/161
183/183
165/165
189/189
232/232
23
Indica
C101/A51
140/140
245/245
182/182
183/183
165/165
165/165
232/232
24
Indica
Diamante
140/140
245/245
170/170
183/183
165/165
165/165
232/232
24
Indica
Zenith
136/154
249/249
179/179
189/189
171/171
165/165
232/232
24
Japonica
Oryzica Lanos5
140/140
245/245
161/167
191/191
173/173
165/165
232/232
25
Indica
BG90-2
140/140
237/245
170/170
175/181
163/163
165/165
232/232
25
Indica
Oryzica1
160/160
245/245
164/170
191/191
173/173
165/165
232/232
25
Indica
IRGA417
150/150
247/247
170/170
181/181
163/163
165/165
232/232
25
Indica
Formoso
140/140
245/245
182/182
183/183
165/165
165/165
232/232
26
Indica
Oryzica Llanos4
170/170
245/245
161/167
191/191
165/165
165/165
232/232
27
Indica
χ2 (Yates)
0,0001
0,0097
0,0028
0,0027
0,0016
0,0288
0,0004
0,0006
Fisher exato
13,004
(0,0003 )
5,839
(0,0157)
7,640 (0,0057 )
6,918 (0,0085 )
8,653 (0,0033 )
4,325 (0,0376 )
10,659
(0,0011 )
9,798
(0,0017 )
137
Tabela 34- Testes de associação entre fenótipo e genótipo em acessos de Banco de Germoplasma de arroz para a característica Largura de Grão
Acesso
AGPS2.C4
Dbe.Pul.E3
Largura do Grão (LG)
Background Genético
Primavera
186/186
179/179
1
Japonica
Oryzica Lanos 5
184/184
161/167
2
Indica
Formoso
184/184
182/182
3
Indica
Diamante
184/184
170/170
3
Indica
CNA8502
184/184
170/170
3
Indica
CNAi9930
184/184
170/170
3
Indica
CNAi9022
184/184
161/161
3
Indica
Oryzica Llanos 4
184/184
161/167
3
Indica
Oryzica1
186/186
164/170
3
Indica
Amaroo
184/184
179/179
3
Japonica
Curinga
186/186
167/167
3
japonica
IRGA417
184/190
170/170
3
indica
Rantulasi
190/190
179/179
5
japonica
Chorinho
190/190
179/179
5
japonica
CNA8212
184/184
179/179
6
japonica
Colombia1
192/192
179/179
7
japonica
CNA8198
190/190
179/179
7
japonica
C101/A51
186/186
182/182
7
indica
BG90-2
184/184
170/170
7
indica
Puteca
186/186
179/179
7
japonica
Zenith
184/190
179/179
7
japonica
Farroupilha
190/190
179/179
7
japonica
Bico Ganga
190/190
179/179
8
japonica
Fisher exato
0,0361
0,0089
0,0123
χ2(Yates)
3,694(0,0546)
6,545(0,0105)
5,323(0,0211)
138
.4-.SÍNTESE E CONCLUSÕES
A busca de sequências hipervariáveis na região de genes da via metabólica de amido
resultou na detecção de 2.378 sequências de microssatélites ± 200 kpb acima ou
abaixo de 11 genes selecionados em seis cromosomos de arroz: AGPS1, AGPL2,
AGPS2, DBE- Isoamylase1, DBE- Pullulanase, Waxy, SBE-I , SBE-IIa, SBE-IIb,
SSIIb e SSIIa.
A abundância de sequências microssatélites possibilitou a escolha de 44 sequências
potencialmente úteis na seleção indireta para qualidade de grãos de arroz. Entre os 44
locos hipervariáveis selecionados para o desenvolvimento de marcadores
microssatélites (quatro na região de cada um de 11 genes da via metabólica de amido),
34 apresentaram alta qualidade, robustez e polimorfismo em testes com acessos do
Banco de Germoplasma de Arroz.
Boa parte dos marcadores apresentaram PIC acima de 6,0. Isto indica que a estratégia
empregada na busca de sequências com alto polimorfismo na região de genes da via
metabólica de amido é uma alternativa para compensar o baixo polimorfismo de
sequência de DNA na região codificante dos genes selecionados.
Os ensaios realizados com o kit Qiagen
®
Multiplexer foram superiores aos testes com
reações preparadas no laboratório, especialmente no que tange à qualidade, sttutering
e amplificação de alelos em multiplexes com maior número de locos.
Entre as várias combinações de multiplex testadas, dois tetraplexes (Painel J e Painel
K) e um pentaplex (Painel M), possibilitando a genotipagem de 13 locos na região de
11 genes da via metabólica de amido, foram desenvolvidos. Todos os painéis
possuem um marcador em comum (SBE-IIa.H4) para controle de genotipagem e
minimização de erro humano. Um tetraplex alternativo também foi obtido (Painel L),
capaz de substituir o Painel K. A Probabilidade de Exclusão combinada dos Painéis J,
K e M foi 3,09
-10
, e dos Painéis J, L e M foi 3,59
-9
, o que permite uma eficiente
discriminação genética de acessos de arroz.
Foram realizados testes de validação dos marcadores microssatélites (e dos Painéis
Multiplex) para emprego em seleção assistida para qualidade de grãos de arroz. Os
testes foram realizados pelo mapeamento de QTLs de qualidade de grãos (sete
características) com a população RIL Chorinho x Amaroo, e com testes de
139
independência genótipo:fenótipo com acessos do Banco de Germoplasma
selecionados ao acaso.
A população RIL Chorinho x Amaroo apresentou segregação para as características
Centro Branco, Comprimento de Grão, Largura de Grão, Teor de Amilose,
Temperatura de Gelatinização, Rendimento de Beneficiamento; Rendimento de Grãos
Inteiros.Foi construído um mapa genético composto de 141 marcadores agrupados em
12 cromossomos do genoma de arroz, incluindo cinco dos 34 marcadores ligados a
genes da via metabólica de amido (AGPS2.C4, Waxy.F4, SBE-I.G3, SBE-IIb. I3 e
SSIIa.L2). O tamanho total estimado do mapa foi de 1.696,9 cM, com uma densidade
média de um marcador a cada 13,69 cM.
Foram detectados QTLs de qualidade de grãos na região dos microssatélites Waxy.F4
(Teor de Amilose e Centro Branco) e SSIIa.L2 (Temperatura de Gelatinização) no
cromossomo 6, e AGPS2.C4 (Largura do Grão) no cromossomo 8.
Outros QTLs de componentes de qualidade de grãos foram detectados para
Comprimento do Grão (cromossomo 7), Largura do Grão (cromossomos 2, 7 e 9) e
Centro Branco (cromossomos 1 e 11).
Em testes de independência entre genótipo e fenótipo realizados com 23 acessos do
Banco de Germoplasma, os marcadores AGPS1.A1, AGPS1.A2, Dbe.Pul.E3, SBE-
IIa.H2, SBE-IIa.H3 e SBE-IIb. I2 permitiram a identificação dos acessos com mais do
que 22% de Teor de Amilose com grande acurácia. O marcador SBE-IIb. I2
possibilitou uma eficiência de 82% na identificação de acessos com alto e baixo Teor
de Amilose.
Todos os acessos com genótipo 154/154 no marcador AGPS1.A1 apresentaram Teor
de Amilose menor do que 22%.
Para Largura do Grão, grande parte dos acessos testados com o marcador Dbe.Pul.E3
possui um índice de Largura do Grão maior do que 5,0 (largo a extra-largo). Já o
marcador AGPS2.C4 permitiu a identificação da maioria dos acessos de grãos finos e
extra-finos, com índice Largura do Grão menor do que 5,0 (genótipo 184/184).
Os dados de mapeamento de QTLs na população RIL Chorinho x Amaroo e de
avaliação genética de amostras do Banco de Germoplasma de arroz permitem concluir
que os marcadores microssatélites (e Painéis Multiplex) desenvolvidos na região dos
genes AGPS1, AGPS2, DBE- Pullulanase,Waxy, SBE-IIa e SSIIa da via metabólica
140
de amido são informativos para emprego em seleção assistida para qualidade de grãos
de arroz.
141
5 - Referências Bibliográfica:
ADAIR, C. R.; BEACHELL, H. M.; JODON, N. E.; JOHNSTON, T. H.; THYSELL, J. R.;
GREEN, V. E. J.; WEBB, B. D. & ATKINS, J. G. Rice breeding and testing methods in the
U.S. In: (Ed.). Rice in the United States: varieties and production: USDA Agricultural
Research Services Handbook U.S. Dept. of Agriculture v.289, 1966. Rice breeding and
testing methods in the U.S, p.19-64
AKIHIRO, T.; MIZUNO, K. & FUJIMURA, T. Gene expression of ADP-glucose
pyrophosphorylase and starch contents in rice cultured cells are cooperatively regulated
by sucrose and ABA. Plant and Cell Physiology, v.46, n.6, p.937-946, Jun, 2005.
ALUKO, G.; MARTINEZ, C.; TOHME, J.; CASTANO, C.; BERGMAN, C. & OARD, J. H.
QTL mapping of grain quality traits from the interspecific cross Oryza sativa x O-
glaberrima. Theoretical and applied genetics, v.109, n.3, p.630-639, Aug, 2004.
AYRES, N. M.; MCCLUNG, A. M.; LARKIN, P. D.; BLIGH, H. F. J.; JONES, C. A. &
PARK, W. D. Microsatellites and a single nucleotide polymorphism differentiate
apparent amylose classes in an extended pedigree of US rice germplasm. Theorical
Applied Genetics v.94, p. 773–781, 1997.
BALLICORA, M. A.; FU, Y.; NESBITT, N. M. & PREISS, J. ADP-Glucose
pyrophosphorylase from potato tubers. Site-directed mutagenesis studies of the
regulatory sites. Plant Physiol, v.118, n.1, p.265-74, Sep, 1998.
BALLICORA, M. A.; IGLESIAS, A. A. & PREISS, J. ADP-Glucose Pyrophosphorylase:
A Regulatory Enzyme for Plant Starch Synthesis. Photosynth Res, v.79, n.1, p.1-24, 2004.
BANGWAEK, C.; VERGARA, B. S. & ROBLES, R. P. Effect of temperature regime on
grain chalkiness in rice. International Rice Research Newsletter. Manila. 19: 8 p. 1994
BAO, J. S.; CORKE, H. & SUM, M. Microsatellites in starch-synthesizing genes in
relationto starch physicochemical properties in waxy rice (Oryza sativa L.). Theoretical
and Applied Genetics, v.105, n.6 -7, p.898–905, 2002.
BECKLES, D. M.; SMITH, A. M. & AP REES, T. A cytosolic ADP-glucose
pyrophosphorylase is a feature of graminaceous endosperms, but not of other starch-
storing organs. Plant Physiol, v.125, n.2, p.818-27, Feb, 2001.
142
BENJAMINI, Y. HOCHBERG, Y. Controlling the false discovery rate - A practical
approach to multiple testing. Journal of the Royal Statistical Society Series B-
Methodological, v.57, n.1, p.289 - 300, 1995.
BERGMAN, C. J.; DELGADO, J. T.; MCCLUNG, A. M. & FJELLSTROM, R. G. An
improved method for using a microsatellite in the rice waxy gene to determine amylose
class. Cereal chemistry, v.78, p.257–260, 2001.
BLIGH, H. F. J.; LARKIN, P. D.; ROACH, P. S.; JONES, C. A.; FU, H. Y. & PARK, W. D.
Use of alternate splice sites in granule-bound starch synthase mRNA from low-amylose
rice varieties. PLANT MOLECULAR BIOLOGY, v.38, n.3, p.407-415, Oct, 1998.
BLIGH, H. F. J.; TILL, R. I. & JONES, C. A. A microsatellite sequence closely linked to
the waxy gene of Oryza sativa. Euphytica, v.86, p.83 – 85, 1995.
BOLLICH, C. N. & WEBB, B. D. INHERITANCE OF AMYLOSE IN 2 HYBRID
POPULATIONS OF RICE. Cereal Chemistry, v.50, n.6, p.631-636, 1973.
BOTSTEIN, D.; WHITE, R. L.; SKOLNICK, M. & DAVIS, R. W. Construction of a
genetic linkage map in man using restriction fragment length polymorphisms. American
journal of human genetics, v.32, n.3, p.314 – 331, 1980.
BOWCOCK, A. M.; RUIZ-LINARES, A.; TOMFOHRDE, J.; MINCH, E.; KIDD, J. R. &
CAVALLI-SFORZA, L. L. High resolution of human evolutionary trees with
polymorphic microsatellites. Nature v.368, p.455 - 457, 1994.
BOYER, C. D. & PREISS, J. EVIDENCE FOR INDEPENDENT GENETIC-CONTROL
OF THE MULTIPLE FORMS OF MAIZE ENDOSPERM BRANCHING ENZYMES
AND STARCH SYNTHASES. Plant Physiology, v.67, n.6, p.1141-1145, 1981.
BRANGON, J.; REYSS, A. & PRIOUL, J.-L. In situ detection of ADP-glucose
pyrophosphorylase expression during maize endosperm development. Plant Physiol.
Biochem., v.35, p. 847–858, 1997.
BRASIL. Serie I - Ministério da Agricultura desenvolvimento Rural e Pescas: Diário da
República. Decreto-Lei n.º 62/2000 19 Abril 2000
BRONDANI, C.; RANGEL, P. H. N.; BRONDANI, R. P. V. & FERREIRA, M. E. QTL
mapping and introgression of yield-related traits from Oryza glumaepatula to cultivated
143
rice (Oryza sativa) using microsatellite markers. Theoretical and applied genetics, v.104,
n.6-7, p.1192-1203, May, 2002.
BRONDANI, R. P. & GRATTAPAGLIA, D. Cost-effective method to synthesize a
fluorescent internal DNA standard for automated fragment sizing. Biotechniques, v.793,
n.5, p.798 - 800 2001.
CAI, X. L.; WANG, Z. Y.; XING, Y.; ZHANG, J. L. & HONG, M. M. Aberrant splicing of
intron 1 leads to the heterogeneous 5′ UTR and decreased expression of the waxy gene in
rice cultivars of intermediate amylose content. Plant Journal v.14, p.459 – 465, 1998.
CHEN, M. S.; PRESTING, G.; BARBAZUK, W. B.; GOICOECHEA, J. L.; BLACKMON,
B.; FANG, F. C.; KIM, H.; FRISCH, D.; YU, Y. S.; SUN, S. H.; HIGINGBOTTOM, S.;
PHIMPHILAI, J.; PHIMPHILAI, D.; THURMOND, S.; GAUDETTE, B.; LI, P.; LIU, J. D.;
HATFIELD, J.; MAIN, D.; FARRAR, K.; HENDERSON, C.; BARNETT, L.; COSTA, R.;
WILLIAMS, B.; WALSER, S.; ATKINS, M.; HALL, C.; BUDIMAN, M. A.; TOMKINS, J.
P.; LUO, M. Z.; BANCROFT, I.; SALSE, J.; REGAD, F.; MOHAPATRA, T.; SINGH, N.
K.; TYAGI, A. K.; SODERLUND, C.; DEAN, R. A. & WING, R. A. An integrated
physical and genetic map of the rice genome. Plant Cell, v.14, n.3, p.537-545, Mar, 2002.
CHENG, F. M.; ZHONG, L. J.; WANG, F. & ZHANG, G. P. Differences in cooking and
eating properties between chalky and translucent parts in rice grains. Food Chem v.90,
p.39–46, 2005.
CHURCHILL, G. A. & DOERGE, R. W. Empirical threshold values for quantitative trait
mapping. Genetics v.138, n.3, p.963-971, 1994.
CIAT. Evaluacion de la calidad del arroz. Cali: CIAT. 1980. 22 p. (CENTRO
NTERNACIONAL DE AGRICULTURA TROPICAL)
COBURN, J. R.; TEMNYKH, S. V.; PAUL, E. M. & MCCOUCH, S. M. Design and
application of microsatellite marker panels for semiautomated genotyping of rice (Oryza
sativa L.). Crop Science v.42, p.2092-2099, 2002.
COELHO, A. Programa multiplexer 2007
CRAIG, J.; LLOYD, J. R.; TOMLINSON, K.; BARBER, L.; EDWARDS, A.; WANG, T. L.;
MARTIN, C.; HEDLEY, C. L. & SMITH, A. M. Mutations in the gene encoding starch
synthase II profoundly alter amylopectin structure in pea embryos. Plant Cell v.10, p.
413–426, 1998.
144
CROSS, J. M.; CLANCY, M.; SHAW, J. R.; GREENE, T. W.; SCHMIDT, R. R.; OKITA, T.
W. & HANNAH, L. C. Both subunits of ADP-glucose pyrophosphorylase are regulatory.
Plant physiology, v.135, p. 137–144, 2004.
CRUSCIOL, C. A. C.; MACHADO, J. R.; ARF, O. & RODRIGUES, R. A. F. Rendimento
de benefício e de grãos inteiros em função do espaçamento e da densidade de semeadura
do arroz de sequeiro. Scientia Agricola, v.56, p.47-52, 1999.
CRUZ, C. D. Programa GENES: Aplicativo Computacional em Estatística Aplicada à
Genética (GENES - Software for Experimental Statistics in Genetics). . Genetics and
Molecular Biology, v.21, n.1998, 1998.
Cultivo do arroz irrigado no Brasil: Sistemas de Produção. 2005.
<http://www.cpact.embrapa.br/sistemas/arroz/autores.htm>; março
DEL ROSARIO, A. R.; BRIONES, V. P.; VIDAL, A. J. & JULIANO, B. O. Composition
and endosperm structure of developing and mature rice kernel. Cereal Chem., v.45,
p.225-235, 1968.
DELWICHE, S. R.; BEAN, M. M.; MILLER, R. E.; WEBB, B. D. & WILLIAMS, P. C.
Apparent amylose content of milled rice by near-infrared reflectance
spectrophotometry. Cereal Chem., v.72, p.82-188, 1995.
DENYER, K.; DUNLAP, F.; THORBJORNSEN, T.; KEELING, P. & SMITH, A. M. The
major form of ADP-glucose pyrophosphorylase in maize endosperm is extra-plastidial.
Plant Physiol, v.112, n.2, p.779-85, Oct, 1996.
DENYER, K. & SMITH, A. M. The capacity of plastids from developing pea cotyledons
to synthesize acetylCoA. Planta v.173, 1988.
DOERGE, R. W. & CHURCHILL, G. A. Permutation tests for multiple loci affecting a
quantitative character. Genetics, v.142, n.1, p.285-294, 1996.
DUAN, M. & SUN, S. S. Profiling the expression of genes controlling rice grain quality.
Plant Mol Biol, v.59, n.1, p.165-78, Sep, 2005.
EBERMANN, R. & SCHWARZ, R. Fractionation of starch by gel filtration on agarose
beads. Stärke, v.27, 1975.
145
EDWARDS, A.; BORTHAKUR, A.; BORNEMANN, S.; VENAIL, J.; DENYER, K.;
WAITE, D.; FULTON, D.; SMITH, A. & MARTIN, C. Specificity of starch synthase
isoforms from potato. European Journal of Biochemistry, v.266, p.724 – 736, 1999a.
EDWARDS, A.; FULTON, D. C.; HYLTON, C. M.; JOBLING, S. A.; GIDLEY, M.;
ROSSNER, U.; MARTIN, C. & SMITH, A. M. A combined reduction in activity of starch
synthases II and III of potato has novel effects on the starch of tubers. Plant Journal v.17,
p.251–261, 1999b.
ELIASSON, A. C. Carbohydrates in food. New York: Marcel Dekker. 1996
FAN, C.; YU, S.; WANG, C. & XING, Y. A causal C–A mutation in the second exon of
GS3 highly associated with rice grain length and validated as a functional marker. Theor
Appl Genet v.118, p.465–472, 2009.
FAN, C. C.; YU, X. Q.; XING, Y. Z.; XU, C. G.; LUO, L. J. & ZHANG, Q. The main
effects, epistatic effects and environmental interactions of QTLs on the cooking and
eating quality of rice in a doubled-haploid line population. Theor Appl Genet v. 110,
p.1445-1452, 2005.
FAN, C. H.; XING, Y. Z.; MAO, H. L.; LU, T. T.; HAN, B.; XU, C. G.; LI, X. H. &
ZHANG, Q. F. GS3, a major QTL for grain length and weight and minor QTL for grain
width and thickness in rice, encodes a putative transmembrane protein. THEORETICAL
AND APPLIED GENETICS, v.112, n.6, p.1164-1171, Apr, 2006.
FAO. (Food, Agriculture Organization of The United Nations)
Amino acid content of foods and biological proteins. Roma: FAO 2007http://www.fao.org
FERREIRA, C. M.; PINHEIRO, B. S.; DE SOUSA, I. S. F. & MORAIS, O. P. Qualidade
do arroz no Brasil:Evolução e Padronização. Santo Antônio de Goiás: Embrapa Arroz e
Feijão. 2005. 61 p.
FERREIRA, M. E. & GRATTAPAGLIA, D. Introdução ao uso de marcadores
moleculares em análise genética. Brasília: Embrapa-Cenargen. 1998
FONTAINE, T.; D’HULST, C.; MADDELEIN, M. L.; ROUTIER, F.; PEPIN, T. M.; DECQ,
A.; WIERUSZESKI, J. M.; DELRUE, B.; VAN DEN KOORNHUYSE, N.; BOSSU, J. P.;
FOURNER, B. & BALL, S. Towards the understanding of the biogenesis of the starch
granule: evidence that Chlamydomonas soluble starch synthase II controls the synthesis
146
of intermediate size glutans of amylopectin The Journal of biological chemistry, v.268,
n.16223– 16230, 1993.
FRUEAUF, J. B.; BALLICORA, M. A. & PREISS, J. ADP-glucose pyrophosphorylase
from potato tuber: site-directed mutagenesis of homologous aspartic acid residues in the
small and large subunits. The Plant Journal, v.33, p.503–511 2003.
FUJITA, N.; KUBO, A.; FRANCISCO, P. B.; NAKAKITA, M.; HARADA, K.; MINAKA,
N. & NAKAMURA, Y. Purification, characterization, and cDNA structure of
isoamylase from developing endosperm of rice. Planta, v.208, n.2, p.283-293, Apr, 1999.
FUJITA, N.; YOSHIDA, M.; KONDO, T.; SAITO, K.; UTSUMI, Y.; TOKUNAGA, T.;
NISHI, A.; SATOH, H.; PARK, J. H.; JANE, J. L.; MIYAO, A.; HIROCHIKA, H. &
NAKAMURA, Y. Characterization of SSIIIa-deficient mutants of rice: the function of
SSIIIa and pleiotropic effects by SSIIIa deficiency in the rice endosperm. Plant Physiol,
v.144, n.4, p.2009-23, Aug, 2007.
GALLANT, D. J.; BOUCHET, B. & BALDWIN, P. M. Microscopy of starch: evidence of
a new level of granule organization. Carbohydrate polymers, v.32, p.177–191, 1997.
GAO, M.; WANAT, J.; STINARD, P. S.; JAMES, M. G. & MYERS, A. M.
Characterization of dull1, a maize gene coding for a novel starch synthase The Plant Cell,
v.10, p.399–412, 1998.
GE, X. J.; XING, Y. Z.; XU, C. G. & HE, Y. Q. QTL analysis of cooked rice grain
elongation, volume expansion, and water absorption using a recombinant inbred
population. Plant Breeding, v.24, n.2, p.121-126, 2005.
GIROUX, M. J. & HANNAH, L. C. ADP-glucose pyrophosphorylase in shrunken-2 and
brittle-2 mutants of maize. Mol Gen Genet, v.243, n.4, p.400-8, May 25, 1994.
GIROUX, M. J.; SHAW, J.; BARRY, G.; COBB, B. G.; GREENE, T.; OKITA, T. &
HANNAH, L. C. A single gene mutation that increases maize seed weight. Proceedings of
the National Academy of Sciences of the United States of America, v.93, n.12, p.5824-5829,
Jun, 1996.
GOFF, S. A.; RICKE, D.; LAN, T. H.; PRESTING, G.; WANG, R.; DUNN, M.;
GLAZEBROOK, J.; SESSIONS, A.; OELLER, P.; VARMA, H.; HADLEY, D.;
HUTCHISON, D.; MARTIN, C.; KATAGIRI, F.; LANGE, B. M.; MOUGHAMER, T.; XIA,
Y.; BUDWORTH, P.; ZHONG, J.; MIGUEL, T.; PASZKOWSKI, U.; ZHANG, S.;
COLBERT, M.; SUN W, L.; CHEN, L.; COOPER, B.; PARK, S.; WOOD, T. C.; MAO, L.;
147
QUAIL, P.; WING, R.; DEAN, R.; YU, Y.; ZHARKIKH, A.; SHEN, R.;
SAHASRABUDHE, S.; THOMAS, A.; CANNINGS, R.; GUTIN, A.; PRUSS, D.; REID, J.;
TAVTIGIAN, S.; MITCHELL, J.; ELDREDGE, G.; SCHOLL, T.; MILLER, R. M.;
BHATNAGAR, S.; ADEY, N.; RUBANO, T.; TUSNEEM, N.; ROBINSON, R.;
FELDHAUS, J.; MACALMA, T.; OLIPHANT, A. & BRIGGS, S. A draft sequence of the
rice genome (Oryza sativa L. ssp. japonica) Science v.296, n.5, p.92-100, 2002.
GU, X. Y.; KIANIAN, S. F.; HARELAND, G. A.; HOFFER, B. L. & FOLEY, M. E.
Genetic analysis of adaptive syndromes interrelated with seed dormancy in weedy rice
(Oryza sativa). Theoretical and Applied Genetics, v.110, p.1108 -1118, 2005.
GUIMARÃES, E. P. Qualidade de grão em arroz. Reunião da Comissão Técnica de Arroz
da Região II - Campinas. Gôiania: EMBRAPA-CNPAF: 14 p. 1989
HALL, J. M.; LEDUC, C. A.; WATSON, A. R. & ROTER, A. H. An approach to high-
throughput genotyping. Genome Research, v.6, n.9, p.781-790, Sep, 1996.
HARRINGTON, S. E.; BLIGH, H. F. J.; PARK, W. D.; JONES, C. A. & MCCOUCH, S. R.
Linkage mapping of starch branching enzyme III in rice (Oryza sativa L.) and
prediction of location of orthologous genes in other grasses Theoretical and Applied
Genetics, v.94, p. 564–568, 1997.
HE, P.; LI, S. G.; QIAN, Q.; MA, Y. Q.; LI, J. Z.; WANG, W. M.; CHEN, Y. & ZHU, L. H.
Genetic analysis of rice grain quality. Theoretical and applied genetics v.98, p.502-508,
1999.
HELDT, H. W.; CHON, C. J. & MARONDE, D. Role of Orthophosphate and Other
Factors in the Regulation of Starch Formation in Leaves and Isolated Chloroplasts.
Plant Physiol, v.59, n.6, p.1146-1155, Jun, 1977.
HIRANO, H. Y. & SANO, Y. MOLECULAR CHARACTERIZATION OF THE WAXY
LOCUS OF RICE (ORYZA-SATIVA). Plant and Cell Physiology, v.32, n.7, p.989-997,
Oct, 1991.
HIRANO, H. Y. & SANO, Y. Enhancement of Wx gene expression and the accumulation
of amylose in response to cool temperature during seed development in rice. Plant & cell
physiology, v.39, p.807–812, 1998.
HIROSE, T.; OHDAN, T.; NAKAMURA, Y. & TERAO, T. Expression profiling of genes
related to starch synthesis in rice leaf sheaths during the heading period. Physiologia
Plantarum, v.128, n.3, p.425-435, Nov, 2006.
148
HIROSE, T. & TERAO, T. A comprehensive expression analysis of the starch synthase
gene family in rice (Oryza sativa L.). Planta v.220, p. 9–16, 2004.
HUANG, N.; PARCO, A.; MEW, T.; MAGPANTAY, G.; MCCOUCH, S.; GUIDERDONI,
E.; XU, J. C.; SUBUDHI, P.; ANGELES, E. R. & KHUSH, G. S. RFLP mapping of
isozymes, RAPD, and QTLs for grain shape, brown planthopper resistance in a
doubled-haploid rice population. Mol Breed., v.3, p.105–113, 1997.
IBGE. Anuário Estatístico do Brasil. 2008.
IGLESIAS, A. A.; BARRY, G. F.; MEYER, C.; BLOKSBERG, L.; NAKATA, P. A.;
GREENE, T.; LAUGHLIN, M. J.; OKITA, T. W.; KISHORE, G. M. & PREISS, J.
Expression of the potato tuber ADP-glucose pyrophosphorylase in Escherichia coli. The
Journal of biological chemistry, v.268, n.2, p.1081–1086, 1993.
IMBERTY, A.; BULÉON, A.; TRAN, V. & PÉEREZ, S. Recent Advances in Knowledge
of Starch Structure. Starch - Stärke, v.43, n.10, p.375 - 384, 1991.
INDURY, R. M. & CARDON, L. R. A simple method for automated allele binning in
microsatellite markers. Genome Research, v.7, p.1104-1109, 1997.
IRRI. Reference Guide - Standard Evaluation System for Rice 2002.
ISSHIKI, M.; MORINO, K.; NAKAJIMA, M.; OKAGAKI, R. O.; WESSLER, S. R.;
IZAWA, T. & SHIMAMOTO, K. A naturally occurring functional allele of the waxy
locus has a GT to TT mutation at the 5′splice site of the first intron. The Plant Journal,
v.15, p.133–138, 1998.
JAISWAL, P.; NI, J.; YAP, I.; WARE, D.; SPOONER, W.; YOUENS-CLARK, K.; REN, L.;
LIANG, C.; ZHAO, W.; RATNAPU, K.; FAGA, B.; CANARAN, P.; FOGLEMAN, M.;
HEBBARD, C.; AVRAHAM, S.; SCHMIDT, S.; CASSTEVENS, T. M.; BUCKLER, E. S.;
STEIN, L. & MCCOUCH, S. Gramene: a bird's eye view of cereal genomes. Nucleic
Acids Research, v.34, n.Database issue, p.D717-D723 2006.
JANSEN, R. C. INTERVAL MAPPING OF MULTIPLE QUANTITATIVE TRAIT
LOCI. Genetics, v.135, n.1, p.205-211, Sep, 1993.
149
JIANG, H. W. The cloning and characterization of the gene for starch synthesis in rice
endosperms and studies on the molecular physiological effects of high temperature on
rice grain quality forming. f. Tese de doutorado, Zhejiang University, Hangzhou, China,
2002.
JULIANO, B. O., Ed. Criteria and tests for rice grain qualities. Chemistry and Technology
of Rice. St. Paul, MN: American Association of Cereal Chemists, p.443−513, Chemistry and
Technology of Rice, 2 ed. 1985.
JULIANO, B. O.; BAUTISTA, G. M.; LUGAY, J. C. & REYES, A. C. Studies on the
physicochemical properties of rice. Journal of agricultural and food chemistry, v.12, p.131–
138, 1964.
JULIANO, B. O. & DUFF, B. Rice grain quality as an emerging priority in national rice
breeding programs. In: (Ed.). Rice grain marketing and quality issues. Manila: IRRI:
INTERNATIONAL RICE RESEARCH INSTITUTE, 1991. Rice grain quality as an
emerging priority in national rice breeding programs, p.55-64
JULIANO, B. O. & GONZALES, L. A. Physicochemical and economic aspects of rice grain
quality. In: (Ed.). INTERNATIONAL RICE RESEARCH INSTITUTE. Progress in
irrigated rice research. Manila: IRRI, 1989. Physicochemical and economic aspects of rice
grain quality, p.275-290
JULIANO, B. O. & VILLAREAL, C. P. Grain quality evaluation of world rices. Manila,
Philippines: International Rice Research Institute (IRRI). 1993. 205 p.
KANG, H. G.; PARK, S. H.; MATSUOKA, M. & AN, G. H. White-core endosperm floury
endosperm-4 in rice is generated by knockout mutations in the C4-type pyruvate
orthophosphate dikinase gene (OsPPDKB). Plant Journal
v.42, p.901–911, 2005.
KAVAKLI, I. H.; WU, Y. & OKITA, T. W. DNA Sequence of a Near-Full Length cDNA
Encoding the ADPglucose Pyrophosphorylase Large Subunit from Rice (Oryza sativa L)
Endosperm Plant Physiol., v.112, n.1399, 1996.
KAWASAKI, T.; MIZUNO, K.; BABA, T. & SHIMADA, H. Molecular analysis of the
gene encoding a rice starch branching enzyme. Mol Gen Genet, v.237, n.1-2, p.10-6, Feb,
1993.
KHUSH, G. S. Modern varieties – their real contribution to food suply and equity.
Geojournal, Dordrechti, v.35, n.3, p.275-284, 1995.
150
KHUSH, G. S.; PAULE, C. M. & DE LA CRUZ, N. M. Rice grain quality evaluation and
improvement at IRRI. In: (Ed.). Proceedings of Workshop on Chemical Aspects of Rice
Grain Quality. Los Baños (Philippines): International Rice Research Institute, 1979. Rice
grain quality evaluation and improvement at IRRI
KIKUCHI, S.; SATOH, K.; NAGATA, T.; KAWAGASHIRA, N.; DOI, K.; KISHIMOTO,
N.; YAZAKI, J.; ISHIKAWA, M.; YAMADA, H.; OOKA, H.; HOTTA, I.; KOJIMA, K.;
NAMIKI, T.; OHNEDA, E.; YAHAGI, W.; SUZUKI, K.; LI, C. J.; OHTSUKI, K.;
SHISHIKI, T.; OTOMO, Y.; MURAKAMI, K.; IIDA, Y.; SUGANO, S.; FUJIMURA, T.;
SUZUKI, Y.; TSUNODA, Y.; KUROSAKI, T.; KODAMA, T.; MASUDA, H.;
KOBAYASHI, M.; XIE, Q. H.; LU, M.; NARIKAWA, R.; SUGIYAMA, A.; MIZUNO, K.;
YOKOMIZO, S.; NIIKURA, J.; IKEDA, R.; ISHIBIKI, J.; KAWAMATA, M.;
YOSHIMURA, A.; MIURA, J.; KUSUMEGI, T.; OKA, M.; RYU, R.; UEDA, M.;
MATSUBARA, K.; KAWAI, J.; CARNINCI, P.; ADACHI, J.; AIZAWA, K.; ARAKAWA,
T.; FUKUDA, S.; HARA, A.; HASHIZUME, W.; HAYATSU, N.; IMOTANI, K.; ISHII, Y.;
ITOH, M.; KAGAWA, I.; KONDO, S.; KONNO, H.; MIYAZAKI, A.; OSATO, N.; OTA,
Y.; SAITO, R.; SASAKI, D.; SATO, K.; SHIBATA, K.; SHINAGAWA, A.; SHIRAKI, T.;
YOSHINO, M.; HAYASHIZAKI, Y. & YASUNISHI, A. Collection, mapping, and
annotation of over 28,000 cDNA clones from japonica rice. Science, v.301, n.5631, p.376-
379, Jul, 2003.
KIM, W. T.; FRANCESCHI, V. R.; OKITA, T. W.; ROBINSON, N. L.; MORELL, M. &
PREISS, J. IMMUNOCYTOCHEMICAL LOCALIZATION OF ADPGLUCOSE
PYROPHOSPHORYLASE IN DEVELOPING POTATO-TUBER CELLS. Plant
Physiology, v.91, n.1, p.217-220, Sep, 1989.
KLECZKOWSKI, L. A. Is leaf ADP-glucose pyrophosphorylase an allosteric enzyme?
Biochimica Et Biophysica Acta-Protein Structure and Molecular Enzymology, v.1476, n.1,
p.103-108, Jan, 2000.
KOLPAKOV, R.; BANA, G. & KUCHEROV, G. mreps: efficient and flexible detection of
tandem repeats in DNA. Nucleic Acids Research, v.31, n.13, p.3672–3678, 2003.
KUBO, A.; RAHMAN, S.; UTSUMI, Y.; LI, Z. Y.; MUKAI, Y.; YAMAMOTO, M.;
UGAKI, M.; HARADA, K.; SATOH, H.; KONIK-ROSE, C.; MORELL, M. &
NAKAMURA, Y. Complementation of sugary-1 phenotype in rice endosperm with the
wheat isoamylase1 gene in supports a direct role for isoamylase1 amylopectin
biosynthesis. Plant Physiology, v.137, n.1, p.43-56, Jan, 2005.
KUMAR, I. & KHUSH, G. S. INHERITANCE OF AMYLOSE CONTENT IN RICE
(ORYZA-SATIVA-L). Euphytica, v.38, n.3, p.261-269, 1988.
151
KUMAR, I.; MARUYAMA, K. & MOON, H. P. Grain quality consideration in hybrid rice.
In: VIRMANI, S. S. (Ed.). Hybrid rice technology: new developments and future
prospects. Manila: IRRI, 1994. Grain quality consideration in hybrid rice, p.123-130.
LA COGNATA, U.; WILLMITZER, L. & MÜLLER-RÖBER, B. Molecular cloning and
characterization of novel isoforms of potato ADPglucose pyrophosphorylase. Mol.
Gen.Genet. , v.246, p.538–548, 1995.
LAJOLO, F. M. & MENEZES, E. W. Carbohidratos en alimentos regionales
Iberoamericanos. f. 648. Universidade de São Paulo, São Paulo, 2006.
LANCERAS, J. C.; HUANG, Z. L.; NAIVIKUL, O.; VANAVICHIT, A.; RUANJAICHON,
V. & TRAGOONRUNG, S. Mapping of genes for cooking and eating qualities in Thai
jasmine rice (KDML105). DNA Research, v.7, n.2, p.93-101, Apr, 2000.
LANDER, E. S. & BOTSTEIN, D. MAPPING MENDELIAN FACTORS UNDERLYING
QUANTITATIVE TRAITS USING RFLP LINKAGE MAPS. Genetics, v.121, n.1, p.185-
199, 1989.
LANDER, E. S.; GREEN, P.; ABRAHAMSON, J.; BARLOW, A.; DALY, M. J.; LINCOLN,
S. E. & NEWBERG, L. A. MAPMAKER: An interactive computer package for
constructing primary genetic linkage maps of experimental and natural populations (vol
1 pg 174, 1987). Genomics, v.93, n.4, p.398-398, Apr, 2009.
LARKIN, P. D. & PARK, W. D. Transcript accumulation and utilization of alternate and
non-consensus splice sites in rice granule-bound starch synthase are temperature-
sensitive and controlled by a single-nucleotide polymorphism. Plant Mol Biol, v.40, n.4,
p.719-27, Jul, 1999.
LI, J. M.; XIAO, J. H.; GRANDILLO, S.; JIANG, L. Y.; WAN, Y. Z.; DENG, Q. Y.; YUAN,
L. P. & MCCOUCH, S. R. QTL detection for rice grain quality traits using an
interspecific backcross population derived from cultivated Asian (O-sativa L.) and
African (O-glaberrima S.) rice. Genome, v.47, n.4, p.697-704, 2004.
LI, Q. F.; ZHANG, G. Y.; DONG, Z. W.; YU, H. X.; GU, M. H.; SUN, S. S. M. & LIU, Q.
Q. Characterization of expression of the OsPUL gene encoding a pullulanase-type
debranching enzyme during seed development and germination in rice. Plant Physiology
and Biochemistry, v.47, n.5, p.351-358, May, 2009.
152
LI, Z. Y.; MOUILLE, G.; KOSAR-HASHEMI, B.; RAHMAN, S.; CLARKE, B.; GALE, K.
R.; APPELS, R. & MORELL, M. K. The structure and expression of the wheat starch
synthase III gene. Motifs in the expressed gene define the lineage of the starch synthase
III gene family. Plant Physiology, v.123, n.2, p.613-624, Jun, 2000.
LITTLE, R. R.; HILDER, G. B. & DAWSON, E. H. DIFFERENTIAL EFFECT OF
DILUTE ALKALI ON 25 VARIETIES OF MILLED WHITE RICE. Cereal chemistry,
v.35, n.2, p.111-126, 1958.
LIU, K. & MUSE, S. V. PowerMarker: an integrated analysis environment for genetic
marker analysis. Bioinformatics, v.9, n.21, p.2128 - 2129, 2005.
LUO, Y. K.; ZHU, Z. W.; CHEN, N.; DUAN, B. W. & ZHANG, L. P. Grain types and
related quality characteristics of rice in China. Chinese J Rice Science, v. 18, p.135–139,
2004.
MACKILL, D. J. & BONMAN, J. M. INHERITANCE OF BLAST RESISTANCE IN
NEAR-ISOGENIC LINES OF RICE. Phytopathology, v.82, n.7, p.746-749, 1992.
MARCHEZAN, E.; COSTA, J. A. & TEIXEIRA, M. C. C. RATE AND DURATION OF
DRY-MATTER ACCUMULATION IN THE SOYBEAN SEED AND ITS RELATION
TO GRAIN-YIELD. Pesquisa Agropecuaria Brasileira, v.26, n.9, p.1577-1582, Sep, 1991.
MARTIN, C. & SMITH, A. M. Starch biosynthesis. Plant Cell, v.7, n.7, p.971-85, Jul,
1995.
MASOULEH, A. K.; WATERS, D. L. E.; REINKE, R. F. & HENRY, R. J. A high-
throughput assay for rapid and simultaneous analysis of perfect markers for important
quality and agronomic traits in rice using multiplexed MALDI-TOF mass spectrometry.
Plant Biotechnology Journal, v.7, n.4, p.355-363, 2009.
MATHER, K. A.; CAICEDO, A. L.; POLATO, N. R.; OLSEN, K. M.; MCCOUCH, S. &
PURUGGANAN, M. D. The extent of linkage disequilibrium in rice (Oryza sativa L.).
Genetics, v.177, n.4, p.2223-2232, Dec, 2007.
MAZUR, B.; KREBBERS, E. & TINGEY, S. Gene discovery and product development
for grain quality traits. Science, v.285, n.5426, p.372-375, 1999.
MCKENZIE, K. S. & RUTGER, J. N. Genetic analysis of amylose content, alkali
spreading score, and grain dimensions in rice. Crop Science, v.23, p.306–313, 1983.
153
MIKAMI, I.; DUNG, L. V.; HIRANO, H. Y. & SANO, Y. Effects of the two most common
Wx alleles on different genetic background. Plant Breeding, v.119, p.505-508., 2000.
MIZUNO, K.; KIMURA, K.; ARAI, Y.; KAWASAKI, T.; SHIMADA, H. & BABA, T.
STARCH BRANCHING ENZYMES FROM IMMATURE RICE SEEDS. Journal of
Biochemistry, v.112, n.5, p.643-651, 1992.
MIZUNO, K.; KOBAYASHI, E.; TACHIBANA, M.; KAWASAKI, T.; FUJIMURA, T.;
FUNANE, K.; KOBAYASHI, M.& BABA, T. Characterization of an isoform of rice
starch branching enzyme, RBE4, in developing seeds. Plant and Cell Physiology,
v.42, n.4, p.349-357, 2001.
MORELL, M. K.; KOSAR-HASHEMI, B.; CMIEL, M.; SAMUEL, M. S.; CHANDLER, P.;
RAHMAN, S.; BULEON, A.; BATEY, I. L. & LI, Z. Y. Barley sex6 mutants lack starch
synthase IIa activity and contain a starch with novel properties. Plant Journal, v.34, n.2,
p.172-184, 2003.
MYERS, A. M.; MORELL, M. K.; JAMES, M. G. & BALL, S. G. Recent progress toward
understanding biosynthesis of the amylopectin crystal. Plant Physiology, v.122, n.4,
p.989-997, Apr, 2000.
NAGATO, K. & EBATA, M. Studies on white-core rice kernel II on the physical
properties of the kernel. Proc. Crop. Sci. Soc. Jpn. , v.28, p.46–50, 1959.
NAKAMURA, Y. Some properties of starch debranching enzymes and their possible
role in amylopectin biosynthesis. Plant Science, v.121, n.1, p.1-18, 1996.
NAKAMURA, Y. Towards a better understanding of the metabolic system for
amylopectin biosynthesis in plants: rice endosperm as a model tissue. Plant Cell Physiol,
v.43, n.7, p.718-25, Jul, 2002.
NAKAMURA, Y.; FRANCISCO JR , P. B.; HOSAKA, Y.; SATO, A.; SAWADA, T.;
KUBO, A. & FUJITA, N. Essential amino acids of starch synthase IIa differentiate
amylopectin structure and starch quality between japonica and indica rice varieties.
Plant Molecular Biology, v.58, p.213–227, 2005.
NAKAMURA, Y.; KUBO, A.; FUJITA, N.; NISHI, A.; HARADA, K. & SATOH, H. Roles
of starch debranching enzymes and branching enzymes in amylopectin biosynthesis in
154
rice endosperm. In:Agricultural biotechnology: laboratory, field and market. Proc 4th
Asian-Pacific Conference on Agric Biotech Darwin, Australia. 1998. 385–387 p,
NAKAMURA, Y.; NAGAMURA, Y.; KURATA, N. & NINOBE, Y. Linkage localization
of the starch branching enzyme I (Q-enzyme I) gene in rice. Theoretical and Applied
Genetics, v.89, n.7-8, p.859–860, 1994.
NAKAMURA, Y.; UMEMOTO, T.; OGATA, N.; KUBOKI, Y.; YANO, M. & SASAKI, T.
Starch debranching enzyme (R-enzyme or pullulanase) from developing rice
endosperm: Purification, cDNA and chromosomal localization of the gene. Planta, v.199,
n.2, p.209-218, Jun, 1996.
NAKATA, P. A. & OKITA, T. W. Cis-elements important for the expression of the ADP-
glucose pyrophosphorylase small-subunit are located both upstream and downstream
from its structural gene. Mol Gen Genet, v.250, n.5, p.581-92, Mar 20, 1996.
NEI, M. Molecular Evolutionary Genetics. Columbia University Press., 1987.
NISHI, A.; NAKAMURA, Y.; TANAKA, N. & SATOH, H. Biochemical and genetic
analysis of the effects of amylose-extender mutation in rice endosperm. Plant Physiol,
v.127, n.2, p.459-72, Oct, 2001.
OHDAN, T.; FRANCISCO, P. B.; SAWADA, T.; HIROSE, T.; TERAO, T.; SATOH, H. &
NAKAMURA, Y. Expression profiling of genes involved in starch synthesis in sink and
source organs of rice. Journal of Experimental Botany, v.56, n.422, p.3229-3244, Dec,
2005.
OKAGAKI, R. J. & WESSLER, S. R. Comparison of non-mutant and mutant waxy genes
in rice and maize. Genetics, v.120, n.4, p.1137-43, Dec, 1988.
OVERALL, J. E. YATES CORRECTION FOR CONTINUITY AND THE ANALYSIS
OF 2X2 CONTINGENCY-TABLES - COMMENT. Statistics in Medicine, v.9, n.4, p.379-
382, Apr, 1990.
PESSOA FILHO, M. A. C. P. Analise Genética de Variedades Tradicionais do Banco de
Germoplasma de Arroz (Oryza sativa L.) com Marcadores Moleculares. f. Dissertação de
Mestrado Departamento de Biologia Molecular, Universidade de Brasilia, Brasília, 2004.
155
PREISS, J. & SIVAK, M. Starch synthesis in sinks and sources. In: ZAMSKI, E. &
SCHAFFER, A. A. (Ed.). Photoassimilate Distribution in Plants and Crops. Nova Iorque:
Dekker, 1996. Starch synthesis in sinks and sources, p.63–94
PRIOUL, J. L.; JEANNETTE, E.; REYSS, A.; GREGORY, N.; GIROUX, M.; HANNAH, L.
C. & CAUSSE, M. Expression of ADP-glucose pyrophosphorylase in maize (Zea mays
L.) grain and source leaf during grain filling. Plant Physiol, v.104, n.1, p.179-87, Jan,
1994.
PURI, R. P. & SIDDIQ, E. A. Q. G. C. O. A. C. R. Studies on cooking and nutritive
qualities of cultivated rice Oryza sativa L. Genetics Agraria, v.34, n. 1/2, p.1-14, 1980.
RANGEL, P. H. N.; GUIMARÃES, E. P. & NEVES, P. C. F. BASE GENÉTICA DAS
CULTIVARES DE ARROZ (ORYZA SATIVA L.) IRRIGADO DO BRASIL. Revista
PAB Pesquisa Agropecuária Brasileira v.31, n.5, 1996.
REDDY, K. R.; ALI, S. Z. & BHATTACHARYA, K. R. The fine structure of rice starch
amylopectin and its relation to the texture of cooked rice. Carbohydr. Polym., v.22, p.267–
275, 1993.
REDONA, E. D. & MACKILL, D. J. Quantitative trait locus analysis for rice panicle and
grain characteristics. Theoretical and applied genetics, v.96, n.6-7, p.957-963, May, 1998.
ROHLF, F. J. NTSYS-pc (Numerical Taxonomy and Multivariate performance
Proceedings of the Analysis System) Version 1.70. International Crop Science Congress,.
Setauket, NY: Exeter. 1998. 621–628 p, july.
ROZEN, S. & SKALETSKY, H. J. Primer3 on the WWW for general users and for
biologist programmers. Bioinformatics Methods and Protocols: Methods in Molecular
Biology Totowa - NJ: Humana Press 2000
SANO, Y. Diferential regulation of waxy gene expression in rice endosperm. Theorical
Applied Genetics, v.68, p. 467-473, 1984.
SANO, Y.; MAEKAWA, M. & KIKUCHI, H. Temperature effects on the Wx protein
level and amylose content in the endosperm of rice. J. Hered., v.76, 1985.
SASAKI, T., MATSUMOTO,T. AND YAMAMOTO,K. Oryza sativa nipponbare(GA3)
genomic DNA, chromosome 9, BAC clone:OJ1381_H04. 2001. http://rgp.dna.affrc.go.jp/;
setembro de 2007
156
SEFC, K. M.; REGNER, F.; TURETSCHEK, E.; GLOSSL, J. & STEINKELLNER, H.
Identification of microsatellite sequences in Vitis riparia and their applicability for
genotyping of different Vitis species. Genome, v.42, n.3, p.367-373, Jun, 1999.
SIKKA, V. K.; CHOI, S. B.; KAVAKLI, I. H.; SAKULSINGHAROJ, C.; GUPTA, S.; ITO,
H. & OKITA, T. W. Subcellular compartmentation and allosteric regulation of the rice
endosperm ADPglucose pyrophosphorylase. Plant Science, v.161, n.3, p.461-468, Aug,
2001.
SINGH, N.; KAUR, L.; SHANDHU, K. S.; KAUR, J. & NISHINARI, K. Relationships
between physicochemical, morphological, thermal, rheological properties of rice
starches. . Food Hydrocolloids, v.20, p.532–542, 2006.
SINGH, N.; SODHI, N. S.; KAUR, M. & SAXENDA, S. K. Physicochemical,
morphological, thermal, cooking and textural properties of chalky and translucent rice
kernels. . Food Chem, v. 82, p.433–439, 2003.
SLATTERY, C. J.; KAVAKLI, I. H. & OKITA, T. W. Engineering starch for increased
quantity and quality. Trends Plant Sci., v.5, 2000.
SMITH-WHITE, B. J. & PREISS, J. Comparison of proteins of ADP-glucose
pyrophosphorylase from diverse sources. J. Mol. Evol. , v.34, p.449–64, 1992.
SMITH, A. M.; DENYER, K. & MARTIN, C. The synthesis of the starch granule. Annu.
Rev. Plant Physiol. Plant Mol. Biol., v.48, n.48, p.67–87, 1997.
SONG, X. J.; HUANG, W.; SHI, M.; ZHU, M. Z. & LIN, H. X. A QTL for rice grain
width and weight encodes a previously unknown RING-type E3 ubiquitin ligase. Nature
Genetics, v.39, n.5, p.623-630, May, 2007.
SOWBHAGYA, C. M. & BHATTACHARYA, K. R. Simplified determination of amylose
in milled rice. Starch/Staerke, Weinheim, v.31, n.5, p.159-163, 1979.
STARK, D. M.; TIMMERMAN, K. P.; BARRY, G. F.; PREISS, J. & KISHORE, G. M.
REGULATION OF THE AMOUNT OF STARCH IN PLANT-TISSUES BY ADP
GLUCOSE PYROPHOSPHORYLASE. Science, v.258, n.5080, p.287-292, Oct, 1992.
157
STINARD, P. S.; ROBERTSON, D. S. & SCHNABLE, P. S. Genetic isolation, cloning,
and analysis of a Mutator-induced, dominant antimorph of the maize amylose extender1
locus. Plant Cell v.5, p.1555–1566, 1993.
TAN, Y. F.; LI, J. X.; YU, S. B.; XING, Y. Z.; XU, C. G. & ZHANG, Q. The three
important traits for cooking and eating quality of rice grains are controlled by a single
locus in an elite rice hybrid, Shanyou 63. Theoretical and applied genetics, v.99, n.3-4,
p.642-648, 1999.
TAN, Y. F.; XING, Y. Z.; LI, J. X.; YU, S. B.; XU, C. G. & ZHANG, Q. F. Genetic bases of
appearance quality of rice grains in Shanyou 63, an elite rice hybrid. THEORETICAL
AND APPLIED GENETICS, v.101, n.5-6, p.823-829, 2000.
THORBJORNSEN, T.; VILLAND, P.; KLECZKOWSKI, L. A. & OLSEN, O. A. A single
gene encodes two different transcripts for the ADP-glucose pyrophosphorylase small
subunit from barley (Hordeum vulgare). Biochem J, v.313 ( Pt 1), p.149-54, Jan 1, 1996.
UMEMOTO, T. & AOKI, N. Single-nucleotide polymorphisms in rice starch synthase IIa
that alter starch gelatinization and starch association of the enzyme. Funct. Plant Biol.,
v.32, p.763–768, 2005.
UMEMOTO, T.; AOKI, N.; LIN, H. X.; NAKAMURA, Y.; INOUCHI, N.; SATO, Y.;
YANO, M.; HIRABAYASHI, H. & MARUYAMA, S. Natural variation in rice starch
synthase IIa affects enzyme and starch properties. Functional Plant Biology, v.31, n.7,
p.671-684, 2004.
UMEMOTO, T.; YANO, M.; SATOH, H.; SHOMURA, A. & NAKAMURA, Y. Mapping
of a gene responsible for the difference in amylopectin structure between japonica-type
and indica-type rice varieties. Theoretical and Applied Genetics, v.104, n.1, p.1-8, Jan,
2002.
USDA. National Nutrient Database for Standard Reference. 2008.
VAL CURWEN. Primersearch. Human Genome Mapping Project. Cambridge, UK
2000disponivel em
http://emboss.sourceforge.net/apps/release/5.0/emboss/apps/primersearch.htm
VANDEPUTTE, G. E. & DELCOUR, J. A. From sucrose to starch granule to starch
physical behavior: a focus on rice starch. Carbohydrate Polymers, v.58, p.245-266, 2004.
158
VAUGHAN, D. A.; MORISHIMA, H. & KADOWAKI, K. Diversity in the Oryza genus.
Current Opinion in Plant Biology, v.6, n.2, p.139 -146, 2003.
VILLAND, P.; AALEN, R.; OLSEN, O. A.; LUTHI, E.; LONNEBORG, A. &
KLECZKOWSKI, L. A. PCR amplification and sequences of cDNA clones for the small
and large subunits of ADP-glucose pyrophosphorylase from barley tissues. Plant Mol
Biol, v.19, n.3, p.381-9, Jun, 1992.
VILLAREAL, C. P. & JULIANO, B. O. Variability in contents of thiamine and riboflavin
in brown rice, crude oil in brown rice and bran-polish, and silicon in hull of IR rices.
Plant Foods Hum Nutr, v.39, n.3, p.287-97, Sep, 1989.
WAN, X. Y.; WAN, J. M.; SU, C. C.; WANG, C. M.; SHEN, W. B.; LI, J. M.; WANG, H.
L.; JIANG, L.; LIU, S. J.; CHEN, L. M.; YASUI, H. & YOSHIMURA, A. QTL detection
for eating quality of cooked rice in a population of chromosome segment substitution
lines. Theor Appl Genet, v.110, p.71–79, 2004.
WAN, X. Y.; WAN, J. M.; WENG, J. F.; JIANG, L.; BI, J. C.; WANG, C. M. & ZHAI, H.
Q. Stability of QTLs for rice grain dimension and endosperm chalkiness characteristics
across eight environments. Theor Appl Genet, v.110, n.7, p.1334-46, May, 2005.
WANG, H. G.; ZHANG, H. L. & LI, Z. C. Analysis of gene expression profile induced by
water stress in upland rice (Oryza sativa L. var. IRAT109) seedlings using subtractive
expressed sequence tags library. Journal of Integrative Plant Biology, v.49, n.10, p.1455-
1463, 2007.
WANG, Z. Y.; ZHENG, F. Q.; SHEN, G. Z.; GAO, J. P.; SNUSTAD, D. P.; LI, M. G.;
ZHANG, J. L. & HONG, M. M. THE AMYLOSE CONTENT IN RICE ENDOSPERM
IS RELATED TO THE POSTTRANSCRIPTIONAL REGULATION OF THE WAXY
GENE. Plant Journal, v.7, n.4, p.613-622, 1995.
WATERS, D. L. E.; HENRY, R. J.; REINKE, R. F. & FITZGERALD, M. A. Gelatinization
temperature of rice explained by polymorphisms in starch synthase. Plant Biotechnology
Journal, v.4, n.1, p.115-122, Jan, 2006.
WEBER, H.; HEIM, U.; BORISJUK, L. & WOBUS, U. Cell-type specific, coordinate
expression of two ADP-glucose pyrophosphorylase genes in relation to starch
biosynthesis during seed development of Vicia faba L. Planta, v.195, n.3, p.352-61, 1995.
WEIR, J. L. Genetic Data Analysis. Sinauer Associates, 1996.
159
WESSLER, S. R. & VARAGONA, M. J. Molecular basis of mutations at the waxy locus
of maize: correlation with the fine structure genetic map. Proc Natl Acad Sci U S A, v.82,
n.12, p.4177-81, Jun, 1985.
XING, Y. Z.; TAN, Y. F.; XU, C. G.; HUA, J. P. & SUN, X. L. Mapping quantitative trait
loci for grain appearance traits of rice using a recombinant inbred line population. Acta
Bot Sin, v.43, p.840–845, 2001.
YAMANAKA, S.; NAKAMURA, I.; WATANABE, K. N. & SATO, Y. I. Identification of
SNPs in the waxy gene among glutinous rice cultivars and their evolutionary
significance during the domestication process of rice. THEORETICAL AND APPLIED
GENETICS, v.108, n.7, p.1200-1204, May, 2004.
YAMANOUCHI, H. & NAKAMURA, Y. ORGAN SPECIFICITY OF ISOFORMS OF
STARCH BRANCHING ENZYME (Q-ENZYME) IN RICE. Plant and Cell Physiology,
v.33, n.7, p.985-991, 1992.
YAN, C. J.; XU, C. W.; YI, C. D.; LIANG, G. H.; ZHU, L. H. & GU, M. H. Genetic
analysis of gelatinization temperature in rice via microsatellite (SSR) markers. Acta
genetica Sinica, v.28, n.11, p.1006-1011, 2001.
YANO, M.; ISONO, Y.; SATOH, H. & OMURA, T. Gene analysis of sugary and
shrunken mutants of rice, Oryza sativa L. Jpn J. Breed., v.34, p. 43–49., 1984.
YE, X.; AL-BABILI, S.; KLOTI, A.; ZHANG, J.; LUCCA, P.; BEYER, P. & POTRYKUS,
I. Engineering the provitamin A (beta-carotene) biosynthetic pathway into (carotenoid-
free) rice endosperm. . Science, v. 287, p.303 - 305, 2000.
ZENG, Z. B. THEORETICAL BASIS FOR SEPARATION OF MULTIPLE LINKED
GENE EFFECTS IN MAPPING QUANTITATIVE TRAIT LOCI. Proceedings of the
National Academy of Sciences of the United States of America, v.90, n.23, p.10972-10976,
Dec, 1993.
ZHOU, L. J.; CHEN, L. M.; JIANG, L.; ZHANG, W. W.; LIU, L. L.; LIU, X.; ZHAO, Z. G.;
LIU, S. J.; ZHANG, L. J.; WANG, J. K. & WAN, J. M. Fine mapping of the grain
chalkiness QTL qPGWC-7 in rice (Oryza sativa L.). Theoretical and Applied Genetics,
v.118, n.3, p.581-590, 2009.
160
ZHU, T.; BUDWORTH, P.; CHEN, W. Q.; PROVART, N.; CHANG, H. S.; GUIMIL, S.;
SU, W. P.; ESTES, B.; ZOU, G. Z. & WANG, X. Transcriptional control of nutrient
partitioning during rice grain filling. Plant Biotechnology Journal, v.1, n.1, p.59-70, 2003
161
ANEXO 1
162
Anexo 1.1 – Descrição dos genes selecionados e dos locos de sequência microssatélite identificados na região de 200.000 pb acima e abaixo de cada
gene. Os microssatélites selecionados são identificados em negrito.
1.Gene AGPS1 (Oryza sativa ADP-glucose pyrophosphorylase small subunit), código Genbank AY028315, cromossomo 9, início7244359 pb,
fim 7248813 pb
Início
Fim
tamanho
da
repetição
tipo de
repetiç
ão (pb)
número de
repetições
Sequência
Posição
início do
gene (pb)
7.044.507
7.044.518
12
3
4
GCGGCGGCGGCG
-199841
7.044.618
7.044.633
16
3
5,33
GACGACGACGACGACG
-199726
7.051.329
7.051.342
14
3
4,67
GATGATGATGATGA
-193017
7.053.647
7.053.661
15
4
3,75
TATCTATCTATCTAT
-190698
7.053.921
7.053.938
18
6
3
TTTTTCTTTTTCTTTTTC
-190421
7.056.512
7.056.595
84
24
3,5
TATTTTTAAAATAAAAACATGTAGTATTTTTAAAATAAAAACATGTAGTATTTTTAAAATAAAAACATGTA
GTATTTTTAAAAT
-187764
7.058.162
7.058.173
12
2
6
AGAGAGAGAGAG
-186186
7.058.861
7.058.873
13
4
3,25
GTACGTACGTACG
-185486
7.060.316
7.060.345
30
7
4,29
ATCATATATCATATATCATATATCATATAT
-184014
7.060.617
7.060.627
11
2
5,5
ACACACACACA
-183732
7.064.090
7.064.102
13
2
6,5
CTCTCTCTCTCTC
-180257
7.065.203
7.065.218
16
3
5,33
GTCGTCGTCGTCGTCG
-179141
7.067.965
7.067.986
22
2
11
TATATATATATATATATATATA
-176373
7.067.986
7.068.002
17
2
8,5
ACACACACACACACACA
-176357
7.068.018
7.068.030
13
2
6,5
ATATATATATATA
-176329
7.068.032
7.068.048
17
2
8,5
ATATATATATATATATA
-176311
7.068.145
7.068.161
17
2
8,5
TGTGTGTGTGTGTGTGT
-176198
7.068.161
7.068.173
13
2
6,5
TATATATATATAT
-176186
7.068.198
7.068.213
16
2
8
ATATATATATATATAT
-176146
7.071.760
7.071.772
13
3
4,33
CCTCCTCCTCCTC
-172587
7.076.519
7.076.533
15
3
5
TCGTCGTCGTCGTCG
-167826
7.076.565
7.076.581
17
3
5,67
CTGCTGCTGCTGCTGCT
-167778
7.076.602
7.076.613
12
3
4
TCCTCCTCCTCC
-167746
7.076.705
7.076.717
13
3
4,33
TCGTCGTCGTCGT
-167642
7.076.974
7.076.987
14
3
4,67
TCGTCGTCGTCGTC
-167372
7.077.683
7.077.694
12
3
4
CGGCGGCGGCGG
-166665
7.077.787
7.077.806
20
6
3,33
GCGTCGGCGTCGGCGTCGGC
-166553
7.079.875
7.079.893
19
3
6,33
ATGATGATGATGATGATGA
-164466
7.080.063
7.080.075
13
4
3,25
CCAGCCAGCCAGC
-164284
7.082.418
7.082.437
20
3
6,67
CGCCGCCGCCGCCGCCGCCG
-161922
7.082.838
7.082.859
22
2
11
CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT
-161500
163
7.083.043
7.083.064
22
7
3,14
AAGAAGAAAGAAGAAAGAAGAA
-161295
7.083.262
7.083.272
11
2
5,5
TCTCTCTCTCT
-161087
7.084.377
7.084.391
15
5
3
ATTTTATTTTATTTT
-159968
7.085.984
7.086.001
18
6
3
CAACCACAACCACAACCA
-158358
7.087.191
7.087.257
67
2
33,5
ATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATA
-157102
7.088.795
7.088.809
15
5
3
TTAAATTAAATTAAA
-155550
7.090.423
7.090.513
91
2
45,5
TATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAT
ATATATATATATATATAT
-153846
7.091.697
7.091.788
92
2
46
ATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATA
TATATATATATATATATAT
-152571
7.092.111
7.092.121
11
2
5,5
ATATATATATA
-152238
7.094.008
7.094.019
12
2
6
ATATATATATAT
-150340
7.094.021
7.094.035
15
2
7,5
TATATATATATATAT
-150324
7.094.056
7.094.074
19
2
9,5
ATATATATATATATATATA
-150285
7.094.076
7.094.100
25
2
12,5
ATATATATATATATATATATATATA
-150259
7.094.108
7.094.124
17
2
8,5
ATATATATATATATATA
-150235
7.099.731
7.099.757
27
2
13,5
ATATATATATATATATATATATATATA
-144602
7.099.759
7.099.774
16
4
4
ATGTATGTATGTATGT
-144585
7.102.397
7.102.407
11
2
5,5
ACACACACACA
-141952
7.106.661
7.106.673
13
4
3,25
TAAATAAATAAAT
-137686
7.111.162
7.111.174
13
4
3,25
ACAAACAAACAAA
-133185
7.118.861
7.118.876
16
5
3,2
AATGAAATGAAATGAA
-125483
7.120.029
7.120.041
13
2
6,5
GAGAGAGAGAGAG
-124318
7.123.550
7.123.567
18
3
6
GTCGTCGTCGTCGTCGTC
-120792
7.134.328
7.134.341
14
4
3,5
ATCTATCTATCTAT
-110018
7.134.894
7.134.926
33
6
5,5
TATCCTTATCCTTATCCTTATCCTTATCCTTAT
-109433
7.139.734
7.139.745
12
3
4
TTGTTGTTGTTG
-104614
7.142.498
7.142.514
17
3
5,67
TATTATTATTATTATTA
-101845
7.143.838
7.143.849
12
2
6
TATATATATATA
-100510
7.146.906
7.146.930
25
2
12,5
ACACACACACACACACACACACACA
-97429
7.163.982
7.163.994
13
4
3,25
ATAAATAAATAAA
-80365
7.165.626
7.165.642
17
3
5,67
CCGCCGCCGCCGCCGCC
-78717
7.167.982
7.167.996
15
5
3
TTTTATTTTATTTTA
-76363
7.171.601
7.171.613
13
3
4,33
CGCCGCCGCCGCC
-72746
7.171.613
7.171.625
13
3
4,33
CCTCCTCCTCCTC
-72734
7.172.687
7.172.697
11
2
5,5
GAGAGAGAGAG
-71662
7.179.098
7.179.114
17
3
5,67
CCTCCTCCTCCTCCTCC
-65245
7.179.170
7.179.183
14
3
4,67
CCGCCGCCGCCGCC
-65176
7.179.205
7.179.224
20
6
3,33
TCGCCGTCGCCGTCGCCGTC
-65135
164
7.184.291
7.184.307
17
3
5,67
CGGCGGCGGCGGCGGCG
-60052
7.184.453
7.184.468
16
3
5,33
GCCGCCGCCGCCGCCG
-59891
7.187.851
7.187.862
12
3
4
CAACAACAACAA
-56497
7.188.093
7.188.107
15
5
3
ATTTTATTTTATTTT
-56252
7.188.503
7.188.514
12
3
4
TTATTATTATTA
-55845
7.197.867
7.197.884
18
5
3,6
TGATTTGATTTGATTTGA
-46475
7.202.867
7.202.893
27
2
13,5
TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT
-41466
7.207.115
7.207.127
13
3
4,33
GAGGAGGAGGAGG
-37232
7.208.135
7.208.148
14
4
3,5
ATCCATCCATCCAT
-36211
7.215.583
7.215.597
15
4
3,75
ATTTATTTATTTATT
-28762
7.219.325
7.219.338
14
3
4,67
TCTTCTTCTTCTTC
-25021
7.219.458
7.219.477
20
6
3,33
CGACGGCGACGGCGACGGCG
-24882
7.224.272
7.224.284
13
3
4,33
CCGCCGCCGCCGC
-20075
7.224.619
7.224.641
23
3
7,67
GGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGG
-19718
7.225.889
7.225.901
13
3
4,33
CTCCTCCTCCTCC
-18458
7.227.288
7.227.302
15
5
3
GCTCGGCTCGGCTCG
-17057
7.227.936
7.227.949
14
2
7
ACACACACACACAC
-16410
7.228.362
7.228.374
13
3
4,33
CGGCGGCGGCGGC
-15985
7.228.761
7.228.775
15
5
3
CGAGCCGAGCCGAGC
-15584
7.229.156
7.229.175
20
5
4
TTAGATTAGATTAGATTAGA
-15184
7.229.853
7.229.876
24
6
4
TAGAGATAGAGATAGAGATAGAGA
-14483
7.229.901
7.229.985
85
2
42,5
ATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATA
TATATATATATA
-14374
7.230.791
7.230.809
19
4
4,75
TTAATTAATTAATTAATTA
-13550
7.231.563
7.231.581
19
3
6,33
GACGACGACGACGACGACG
-12778
7.231.610
7.231.624
15
3
5
CGGCGGCGGCGGCGG
-12735
7.231.713
7.231.725
13
3
4,33
GCGGCGGCGGCGG
-12634
7.234.036
7.234.046
11
2
5,5
CTCTCTCTCTC
-10313
7.235.032
7.235.046
15
5
3
AAAATAAAATAAAAT
-9313
7.239.196
7.239.210
15
3
5
TTCTTCTTCTTCTTC
-5149
7.240.173
7.240.183
11
2
5,5
TATATATATAT
-4176
7.242.452
7.242.498
47
2
23,5
ATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATA
-1861
7.242.498
7.242.528
31
2
15,5
ACACACACACACACACACACACACACACACA
-1831
7.243.741
7.243.755
15
5
3
CTGTTCTGTTCTGTT
-618
7.250.173
7.250.184
12
3
4
TATTATTATTAT
1360
7.254.110
7.254.122
13
3
4,33
CAGCAGCAGCAGC
5297
7.254.186
7.254.200
15
5
3
CTTCACTTCACTTCA
5373
7.254.224
7.254.234
11
2
5,5
TATATATATAT
5411
7.257.492
7.257.502
11
2
5,5
GAGAGAGAGAG
8679
7.257.774
7.257.786
13
4
3,25
ATAGATAGATAGA
8961
7.260.643
7.260.655
13
3
4,33
GGAGGAGGAGGAG
11830
7.262.164
7.262.179
16
3
5,33
CACCACCACCACCACC
13351
7.262.433
7.262.450
18
6
3
TCGGCGTCGGCGTCGGCG
13620
165
7.263.804
7.263.817
14
3
4,67
AACAACAACAACAA
14991
7.270.349
7.270.362
14
3
4,67
CCGCCGCCGCCGCC
21536
7.270.370
7.270.383
14
3
4,67
CCGCCGCCGCCGCC
21557
7.279.919
7.279.937
19
3
6,33
ACTACTACTACTACTACTA
31106
7.280.944
7.280.959
16
5
3,2
AGAAAAGAAAAGAAAA
32131
7.281.223
7.281.240
18
2
9
CTCTCTCTCTCTCTCTCT
32410
7.281.273
7.281.289
17
4
4,25
AGCTAGCTAGCTAGCTA
32460
7.281.324
7.281.337
14
3
4,67
TGGTGGTGGTGGTG
32511
7.281.414
7.281.427
14
2
7
CTCTCTCTCTCTCT
32601
7.283.077
7.283.089
13
4
3,25
CAGTCAGTCAGTC
34264
7.289.129
7.289.147
19
6
3,17
ATCTTCATCTTCATCTTCA
40316
7.289.378
7.289.390
13
3
4,33
CTCCTCCTCCTCC
40565
7.289.621
7.289.635
15
2
7,5
CTCTCTCTCTCTCTC
40808
7.291.202
7.291.216
15
4
3,75
AAATAAATAAATAAA
42389
7.292.632
7.292.642
11
2
5,5
ATATATATATA
43819
7.299.268
7.299.279
12
3
4
CCGCCGCCGCCG
50455
7.299.292
7.299.308
17
3
5,67
CCTCCTCCTCCTCCTCC
50479
7.299.530
7.299.549
20
2
10
CTCTCTCTCTCTCTCTCTCT
50717
7.302.459
7.302.470
12
2
6
ATATATATATAT
53646
7.304.415
7.304.427
13
3
4,33
GCCGCCGCCGCCG
55602
7.308.357
7.308.371
15
5
3
AAAAGAAAAGAAAAG
59544
7.308.390
7.308.403
14
4
3,5
AAGAAAGAAAGAAA
59577
7.313.135
7.313.158
24
2
12
CACACACACACACACACACACACA
64322
7.314.893
7.314.907
15
4
3,75
GGGAGGGAGGGAGGG
66080
7.315.210
7.315.223
14
3
4,67
AGCAGCAGCAGCAG
66397
7.315.673
7.315.687
15
4
3,75
GGTGGGTGGGTGGGT
66860
7.315.702
7.315.720
19
3
6,33
TGGTGGTGGTGGTGGTGGT
66889
7.322.299
7.322.309
11
2
5,5
CTCTCTCTCTC
73486
7.322.434
7.322.446
13
3
4,33
CGCCGCCGCCGCC
73621
7.323.785
7.323.798
14
4
3,5
TTAATTAATTAATT
74972
7.329.265
7.329.277
13
4
3,25
AAATAAATAAATA
80452
7.333.115
7.333.133
19
6
3,17
TTCGCCTTCGCCTTCGCCT
84302
7.333.313
7.333.325
13
3
4,33
CGCCGCCGCCGCC
84500
7.334.028
7.334.045
18
3
6
TGCTGCTGCTGCTGCTGC
85215
7.339.127
7.339.158
32
3
10,67
GGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGG
90314
7.349.491
7.349.502
12
3
4
ACCACCACCACC
100678
7.350.802
7.350.815
14
3
4,67
GGCGGCGGCGGCGG
101989
7.350.827
7.350.843
17
5
3,4
AGAGGAGAGGAGAGGAG
102014
7.360.163
7.360.175
13
4
3,25
GCCGGCCGGCCGG
111350
7.360.232
7.360.246
15
3
5
GGCGGCGGCGGCGGC
111419
7.360.662
7.360.674
13
3
4,33
GCGGCGGCGGCGG
111849
7.360.890
7.360.900
11
2
5,5
GAGAGAGAGAG
112077
7.361.098
7.361.112
15
5
3
GGAGGGGAGGGGAGG
112285
7.369.037
7.369.055
19
5
3,8
AAATAAAATAAAATAAAAT
120224
166
7.371.245
7.371.255
11
2
5,5
CTCTCTCTCTC
122432
7.371.288
7.371.298
11
2
5,5
CGCGCGCGCGC
122475
7.371.395
7.371.409
15
3
5
CGCCGCCGCCGCCGC
122582
7.371.705
7.371.715
11
2
5,5
CTCTCTCTCTC
122892
7.378.350
7.378.361
12
3
4
CGACGACGACGA
129537
7.380.695
7.380.707
13
4
3,25
TTTATTTATTTAT
131882
7.385.179
7.385.193
15
5
3
AAGAGAAGAGAAGAG
136366
7.391.904
7.391.926
23
6
3,83
AAGATGAAGATGAAGATGAAGAT
143091
7.394.784
7.394.807
24
2
12
ATATATATATATATATATATATAT
145971
7.394.817
7.394.869
53
2
26,5
TATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAT
146004
7.395.762
7.395.774
13
4
3,25
ATTAATTAATTAA
146949
7.396.292
7.396.305
14
4
3,5
TATCTATCTATCTA
147479
7.407.551
7.407.565
15
5
3
CGAGCCGAGCCGAGC
158738
7.408.356
7.408.367
12
2
6
TATATATATATA
159543
7.409.331
7.409.346
16
3
5,33
CGGCGGCGGCGGCGGC
160518
7.409.387
7.409.400
14
3
4,67
GCGGCGGCGGCGGC
160574
7.411.309
7.411.321
13
3
4,33
CGCCGCCGCCGCC
162496
7.411.640
7.411.654
15
3
5
CGCCGCCGCCGCCGC
162827
7.411.706
7.411.742
37
6
6,17
TAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTT
162893
7.415.844
7.415.855
12
3
4
GCGGCGGCGGCG
167031
7.416.165
7.416.178
14
4
3,5
GGCCGGCCGGCCGG
167352
7.417.157
7.417.168
12
3
4
GCGGCGGCGGCG
168344
7.417.197
7.417.211
15
3
5
GGCGGCGGCGGCGGC
168384
7.417.396
7.417.408
13
3
4,33
GCGGCGGCGGCGG
168583
7.417.474
7.417.486
13
3
4,33
GCCGCCGCCGCCG
168661
7.417.507
7.417.520
14
3
4,67
GGCGGCGGCGGCGG
168694
7.417.573
7.417.592
20
6
3,33
CGACGGCGACGGCGACGGCG
168760
7.422.648
7.422.670
23
6
3,83
CTTCCACTTCCACTTCCACTTCC
173835
7.423.862
7.423.874
13
2
6,5
TATATATATATAT
175049
7.425.542
7.425.559
18
3
6
GCGGCGGCGGCGGCGGCG
176729
7.425.610
7.425.620
11
2
5,5
GCGCGCGCGCG
176797
7.426.445
7.426.458
14
4
3,5
GGCCGGCCGGCCGG
177632
7.427.123
7.427.158
36
2
18
ATATATATATATATATATATATATATATATATATAT
178310
7.427.158
7.427.186
29
2
14,5
TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT
178345
7.429.376
7.429.397
22
2
11
ATATATATATATATATATATAT
180563
7.429.439
7.429.498
60
2
30
ATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAT
180626
7.431.170
7.431.191
22
2
11
ATATATATATATATATATATAT
182357
7.431.193
7.431.209
17
2
8,5
TATATATATATATATAT
182380
7.431.217
7.431.227
11
2
5,5
TATATATATAT
182404
7.431.229
7.431.245
17
2
8,5
TATATATATATATATAT
182416
7.431.253
7.431.269
17
2
8,5
TATATATATATATATAT
182440
7.431.265
7.431.287
23
6
3,83
TATATGTATATGTATATGTATAT
182452
7.431.283
7.431.303
21
2
10,5
TATATATATATATATATATAT
182470
167
7.431.311
7.431.325
15
2
7,5
TATATATATATATAT
182498
7.431.333
7.431.345
13
2
6,5
TATATATATATAT
182520
7.431.357
7.431.367
11
2
5,5
TATATATATAT
182544
7.431.373
7.431.384
12
2
6
TATATATATATA
182560
7.431.394
7.431.406
13
2
6,5
ATATATATATATA
182581
7.431.432
7.431.454
23
4
5,75
ATACATACATACATACATACATA
182619
7.431.444
7.431.558
115
28
4,11
ATACATACATATATACATATATACATATATACATACATATATACATATATACATATATACATACATATATAC
ATATATACATATATACATACATATATACATATATACATATATA
182631
7.431.448
7.431.478
31
8
3,88
ATACATATATACATATATACATATATACATA
182635
7.431.476
7.431.506
31
8
3,88
ATACATATATACATATATACATATATACATA
182663
7.431.504
7.431.534
31
8
3,88
ATACATATATACATATATACATATATACATA
182691
7.431.532
7.431.558
27
8
3,38
ATACATATATACATATATACATATATA
182719
7.431.552
7.431.568
17
2
8,5
ATATATATATATATATA
182739
7.443.587
7.443.599
13
3
4,33
GGCGGCGGCGGCG
194774
7.445.991
7.446.002
12
3
4
AAGAAGAAGAAG
197178
7.446.893
7.446.907
15
3
5
ATTATTATTATTATT
198080
7.448.584
7.448.600
17
3
5,67
CGGCGGCGGCGGCGGCG
199771
7.448.675
7.448.685
11
2
5,5
AGAGAGAGAGA
199862
2. Gene AGPL2 (Oryza sativa ADP-glucose pyrophosphorylase large subunit), código Genbank AY028314, cromossomo 1, início 25680653 pb, fim
25688790 pb
Início
Fim
tamanho
da
repetição
tipo de
repetição
(pb)
número
de
repetiçõe
s
Sequência
Posição
início do
gene (pb)
25.484.725
25.484.735
11
2
5,5
AGAGAGAGAGA
-195918
25.484.941
25.484.958
18
5
3,6
CGCGCCGCGCCGCGCCGC
-195695
25.485.011
25.485.024
14
4
3,5
GGAAGGAAGGAAGG
-195629
25.485.140
25.485.157
18
2
9
AGAGAGAGAGAGAGAGAG
-195496
25.485.182
25.485.196
15
2
7,5
GAGAGAGAGAGAGAG
-203594
25.485.397
25.485.410
14
4
3,5
TTAATTAATTAATT
-203380
25.485.619
25.485.630
12
3
4
GTAGTAGTAGTA
-203160
25.486.258
25.486.269
12
3
4
CGCCGCCGCCGC
-202521
25.486.938
25.486.950
13
4
3,25
TGCATGCATGCAT
-193703
25.489.708
25.489.738
31
3
10,33
TCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTT
-190915
25.490.704
25.490.715
12
2
6
ATATATATATAT
-189938
168
25.490.774
25.490.788
15
3
5
AACAACAACAACAAC
-189865
25.491.606
25.491.617
12
3
4
CCGCCGCCGCCG
-189036
25.493.463
25.493.481
19
5
3,8
TTTTCTTTTCTTTTCTTTT
-187172
25.494.116
25.494.129
14
4
3,5
TACATACATACATA
-186524
25.494.140
25.494.154
15
4
3,75
TATGTATGTATGTAT
-186499
25.494.211
25.494.232
22
4
5,5
TACATACATACATACATACATA
-186421
25.494.230
25.494.246
17
2
8,5
ATATATATATATATATA
-186407
25.494.246
25.494.262
17
2
8,5
ACACACACACACACACA
-186391
25.494.262
25.494.278
17
2
8,5
ATATATATATATATATA
-186375
25.494.412
25.494.424
13
4
3,25
CTAGCTAGCTAGC
-186229
25.494.750
25.494.763
14
2
7
TGTGTGTGTGTGTG
-185890
25.497.515
25.497.533
19
6
3,17
CTTTTTCTTTTTCTTTTTC
-183120
25.497.700
25.497.711
12
3
4
CGCCGCCGCCGC
-182942
25.497.844
25.497.854
11
2
5,5
CTCTCTCTCTC
-182799
25.498.490
25.498.505
16
5
3,2
GAGCCGAGCCGAGCCG
-182148
25.512.317
25.512.327
11
2
5,5
TATATATATAT
-168326
25.512.648
25.512.662
15
2
7,5
TATATATATATATAT
-167991
25.517.560
25.517.573
14
4
3,5
GCATGCATGCATGC
-163080
25.518.192
25.518.212
21
3
7
CCTCCTCCTCCTCCTCCTCCT
-162441
25.518.440
25.518.460
21
6
3,5
CGCTGCCGCTGCCGCTGCCGC
-162193
25.519.187
25.519.198
12
3
4
CTACTACTACTA
-161455
25.520.223
25.520.234
12
3
4
CCACCACCACCA
-160419
25.522.443
25.522.454
12
3
4
ACCACCACCACC
-158199
25.542.303
25.542.314
12
3
4
CGCCGCCGCCGC
-138339
25.542.365
25.542.376
12
3
4
CCGCCGCCGCCG
-138277
25.542.491
25.542.506
16
5
3,2
AAAAGAAAAGAAAAGA
-138147
25.542.521
25.542.536
16
5
3,2
AAAAGAAAAGAAAAGA
-138117
25.542.551
25.542.566
16
5
3,2
AAAAGAAAAGAAAAGA
-138087
25.545.823
25.545.835
13
2
6,5
GAGAGAGAGAGAG
-134818
25.546.078
25.546.090
13
2
6,5
GAGAGAGAGAGAG
-134563
25.550.095
25.550.106
12
3
4
CGCCGCCGCCGC
-130547
25.553.893
25.553.906
14
4
3,5
CCTCCCTCCCTCCC
-126747
25.554.012
25.554.033
22
4
5,5
CCCTCCCTCCCTCCCTCCCTCC
-126620
25.554.567
25.554.580
14
4
3,5
TGGTTGGTTGGTTG
-126073
25.556.680
25.556.698
19
2
9,5
TGTGTGTGTGTGTGTGTGT
-123955
25.561.665
25.561.681
17
3
5,67
CTCCTCCTCCTCCTCCT
-118972
25.561.957
25.561.970
14
3
4,67
TCGTCGTCGTCGTC
-118683
169
25.562.098
25.562.111
14
3
4,67
GGCGGCGGCGGCGG
-118542
25.570.536
25.570.546
11
2
5,5
TCTCTCTCTCT
-110107
25.573.146
25.573.168
23
6
3,83
AAAAATAAAAATAAAAATAAAAA
-107485
25.573.196
25.573.212
17
5
3,4
GAGAGGAGAGGAGAGGA
-107441
25.573.306
25.573.318
13
4
3,25
GGGAGGGAGGGAG
-107335
25.574.005
25.574.026
22
6
3,67
AAATTTAAATTTAAATTTAAAT
-106627
25.574.901
25.574.913
13
4
3,25
GAGCGAGCGAGCG
-105740
25.582.106
25.582.119
14
4
3,5
CCCTCCCTCCCTCC
-98534
25.583.469
25.583.486
18
5
3,6
TGCAATGCAATGCAATGC
-97167
25.585.716
25.585.728
13
2
6,5
CGCGCGCGCGCGC
-94925
25.589.612
25.589.623
12
3
4
TAATAATAATAA
-91030
25.598.455
25.598.467
13
2
6,5
CTCTCTCTCTCTC
-82186
25.599.189
25.599.202
14
3
4,67
GGCGGCGGCGGCGG
-81451
25.602.668
25.602.683
16
5
3,2
CACCACACCACACCAC
-77970
25.602.684
25.602.704
21
4
5,25
GCCAGCCAGCCAGCCAGCCAG
-77949
25.603.027
25.603.056
30
2
15
TATATATATATATATATATATATATATATA
-77597
25.603.602
25.603.618
17
5
3,4
TATCCTATCCTATCCTA
-77035
25.605.969
25.605.980
12
3
4
GCCGCCGCCGCC
-74673
25.606.386
25.606.397
12
3
4
GCCGCCGCCGCC
-74256
25.607.724
25.607.742
19
6
3,17
GCGGCTGCGGCTGCGGCTG
-72911
25.608.360
25.608.376
17
2
8,5
GAGAGAGAGAGAGAGAG
-72277
25.608.721
25.608.738
18
3
6
GCAGCAGCAGCAGCAGCA
-71915
25.608.883
25.608.907
25
2
12,5
CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC
-71746
25.612.983
25.612.998
16
3
5,33
TCATCATCATCATCAT
-67655
25.615.231
25.615.246
16
3
5,33
GAGGAGGAGGAGGAGG
-65407
25.615.254
25.615.266
13
4
3,25
CGTACGTACGTAC
-65387
25.615.567
25.615.578
12
3
4
TCGTCGTCGTCG
-65075
25.619.296
25.619.308
13
3
4,33
TTATTATTATTAT
-61345
25.619.756
25.619.768
13
4
3,25
TGTTTGTTTGTTT
-60885
25.620.830
25.620.845
16
5
3,2
TTTTATTTTATTTTAT
-59808
25.621.684
25.621.698
15
4
3,75
TCTTTCTTTCTTTCT
-58955
25.622.342
25.622.355
14
3
4,67
AACAACAACAACAA
-58298
25.622.497
25.622.511
15
5
3
TCTAATCTAATCTAA
-58142
25.626.851
25.626.955
105
2
52,5
TATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATA
TATATATATATATATATATATATATATATATATATAT
-53698
25.626.955
25.627.023
69
2
34,5
TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT
-53630
170
GTGTGT
25.627.027
25.627.039
13
2
6,5
TATATATATATAT
-53614
25.627.058
25.627.068
11
2
5,5
ATATATATATA
-53585
25.627.115
25.627.133
19
2
9,5
ATATATATATATATATATA
-53520
25.627.127
25.627.155
29
8
3,62
ATATATACATATATACATATATACATATA
-53498
25.627.149
25.627.181
33
8
4,12
ACATATACACATATACACATATACACATATACA
-53472
25.627.173
25.627.191
19
6
3,17
ACATATACATATACATATA
-53462
25.627.201
25.627.213
13
2
6,5
ATATATATATATA
-53440
25.627.221
25.627.233
13
2
6,5
ATATATATATATA
-53420
25.627.257
25.627.276
20
2
10
ATATATATATATATATATAT
-53377
25.627.600
25.627.613
14
3
4,67
TAGTAGTAGTAGTA
-53040
25.628.543
25.628.559
17
3
5,67
CAGCAGCAGCAGCAGCA
-52094
25.628.572
25.628.589
18
6
3
CCGGCGCCGGCGCCGGCG
-52064
25.628.664
25.628.677
14
3
4,67
CTCCTCCTCCTCCT
-51976
25.628.725
25.628.736
12
3
4
GACGACGACGAC
-51917
25.628.742
25.628.758
17
3
5,67
GCGGCGGCGGCGGCGGC
-51895
25.629.034
25.629.049
16
3
5,33
GAGGAGGAGGAGGAGG
-51604
25.629.296
25.629.314
19
3
6,33
CTGCTGCTGCTGCTGCTGC
-51339
25.629.362
25.629.378
17
5
3,4
CGCTGCGCTGCGCTGCG
-51275
25.641.992
25.642.005
14
4
3,5
GGCTGGCTGGCTGG
-38648
25.642.236
25.642.252
17
3
5,67
TATTATTATTATTATTA
-38401
25.642.433
25.642.443
11
2
5,5
GAGAGAGAGAG
-38210
25.642.603
25.642.627
25
6
4,17
GTGCCAGTGCCAGTGCCAGTGCCAG
-38026
25.653.449
25.653.460
12
3
4
CGGCGGCGGCGG
-27193
25.655.425
25.655.435
11
2
5,5
ACACACACACA
-25218
25.656.231
25.656.246
16
5
3,2
AAAAGAAAAGAAAAGA
-24407
25.656.659
25.656.674
16
5
3,2
AAAAGAAAAGAAAAGA
-23979
25.658.012
25.658.034
23
6
3,83
CCACGACCACGACCACGACCACG
-22619
25.661.243
25.661.256
14
2
7
TCTCTCTCTCTCTC
-19397
25.661.306
25.661.316
11
2
5,5
CTCTCTCTCTC
-19337
25.661.398
25.661.409
12
3
4
GCCGCCGCCGCC
-19244
25.661.767
25.661.779
13
3
4,33
GTCGTCGTCGTCG
-18874
25.667.457
25.667.479
23
2
11,5
ATATATATATATATATATATATA
-13174
25.668.546
25.668.576
31
2
15,5
ATATATATATATATATATATATATATATATA
-12077
25.669.643
25.669.671
29
2
14,5
ATATATATATATATATATATATATATATA
-10982
25.674.529
25.674.561
33
2
16,5
ATATATATATATATATATATATATATATATATA
-6092
25.675.278
25.675.319
42
2
21
ATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAT
-5334
25.680.742
25.680.759
18
6
3
CCGGCGCCGGCGCCGGCG
DENTRO
171
DO GENE
25.681.339
25.681.365
27
2
13,5
ATATATATATATATATATATATATATA
DENTRO
DO GENE
25.690.049
25.690.062
14
2
7
CGCGCGCGCGCGCG
1259
25.690.141
25.690.151
11
2
5,5
CGCGCGCGCGC
1351
25.692.989
25.693.071
83
2
41,5
ATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAT
ATATATATATATATA
4199
25.693.071
25.693.113
43
2
21,5
AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA
4281
25.693.113
25.693.139
27
2
13,5
ACACACACACACACACACACACACACA
4323
25.694.229
25.694.246
18
6
3
TCCATCTCCATCTCCATC
5439
25.694.770
25.694.782
13
4
3,25
GCCCGCCCGCCCG
5980
25.695.410
25.695.430
21
3
7
CGGCGGCGGCGGCGGCGGCGG
6620
25.699.679
25.699.691
13
4
3,25
ATCTATCTATCTA
10889
25.700.056
25.700.074
19
6
3,17
AATAAAAATAAAAATAAAA
11266
25.700.292
25.700.313
22
7
3,14
AAAAAATAAAAAATAAAAAATA
11502
25.701.803
25.701.815
13
4
3,25
AAACAAACAAACA
13013
25.707.906
25.707.924
19
3
6,33
TATTATTATTATTATTATT
19116
25.709.878
25.709.893
16
3
5,33
TGTTGTTGTTGTTGTT
21088
25.711.791
25.711.801
11
2
5,5
AGAGAGAGAGA
23001
25.712.746
25.712.756
11
2
5,5
CGCGCGCGCGC
23956
25.713.532
25.713.543
12
3
4
CGCCGCCGCCGC
24742
25.716.169
25.716.181
13
3
4,33
GCTGCTGCTGCTG
27379
25.717.386
25.717.398
13
4
3,25
ATTTATTTATTTA
28596
25.720.088
25.720.098
11
2
5,5
CACACACACAC
31298
25.728.772
25.728.787
16
5
3,2
TAAAATAAAATAAAAT
39982
25.740.748
25.740.761
14
4
3,5
GGGCGGGCGGGCGG
51958
25.742.524
25.742.542
19
5
3,8
CTCCTCTCCTCTCCTCTCC
53734
25.749.881
25.749.898
18
3
6
AGCAGCAGCAGCAGCAGC
61091
25.752.479
25.752.490
12
3
4
CGCCGCCGCCGC
63689
25.752.545
25.752.559
15
3
5
CGCCGCCGCCGCCGC
63755
25.754.823
25.754.834
12
3
4
CCGCCGCCGCCG
66033
25.755.266
25.755.277
12
3
4
GCGGCGGCGGCG
66476
25.755.292
25.755.305
14
3
4,67
GGCGGCGGCGGCGG
66502
25.755.336
25.755.347
12
3
4
GAGGAGGAGGAG
66546
25.760.179
25.760.197
19
2
9,5
CTCTCTCTCTCTCTCTCTC
71389
25.761.411
25.761.433
23
7
3,29
CCCTAAACCCTAAACCCTAAACC
72621
25.761.487
25.761.501
15
4
3,75
TTTCTTTCTTTCTTT
72697
25.765.194
25.765.209
16
2
8
TATATATATATATATA
76404
172
25.765.605
25.765.619
15
3
5
TACTACTACTACTAC
76815
25.768.076
25.768.088
13
4
3,25
GATCGATCGATCG
79286
25.770.365
25.770.383
19
4
4,75
ACGCACGCACGCACGCACG
81575
25.772.227
25.772.240
14
2
7
TCTCTCTCTCTCTC
83437
25.788.467
25.788.480
14
4
3,5
ATCGATCGATCGAT
99677
25.792.579
25.792.590
12
3
4
GCGGCGGCGGCG
103789
25.793.325
25.793.338
14
3
4,67
CGGCGGCGGCGGCG
104535
25.793.385
25.793.396
12
2
6
CGCGCGCGCGCG
104595
25.808.160
25.808.178
19
6
3,17
TTTGCATTTGCATTTGCAT
119370
25.811.402
25.811.412
11
2
5,5
TATATATATAT
122612
25.811.464
25.811.478
15
4
3,75
CACCCACCCACCCAC
122674
25.812.663
25.812.674
12
2
6
ACACACACACAC
123873
25.817.236
25.817.247
12
3
4
CCTCCTCCTCCT
128446
25.817.408
25.817.436
29
3
9,67
GCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGC
128618
25.821.906
25.821.923
18
6
3
CCCTTCCCCTTCCCCTTC
133116
25.822.607
25.822.624
18
5
3,6
GAGAAGAGAAGAGAAGAG
133817
25.822.628
25.822.638
11
2
5,5
GAGAGAGAGAG
133838
25.830.825
25.830.842
18
5
3,6
GACGTGACGTGACGTGAC
142035
25.831.237
25.831.255
19
2
9,5
TGTGTGTGTGTGTGTGTGT
142447
25.834.953
25.834.965
13
4
3,25
TTCCTTCCTTCCT
146163
25.836.880
25.836.894
15
4
3,75
TTTCTTTCTTTCTTT
148090
25.837.440
25.837.457
18
6
3
GACCGAGACCGAGACCGA
148650
25.837.919
25.837.931
13
4
3,25
GACAGACAGACAG
149129
25.838.234
25.838.248
15
3
5
AGCAGCAGCAGCAGC
149444
25.838.921
25.838.935
15
5
3
AGCTAAGCTAAGCTA
150131
25.839.207
25.839.225
19
2
9,5
GTGTGTGTGTGTGTGTGTG
150417
25.845.860
25.845.873
14
2
7
GAGAGAGAGAGAGA
157070
25.853.169
25.853.181
13
4
3,25
AAATAAATAAATA
164379
25.858.410
25.858.421
12
2
6
AGAGAGAGAGAG
169620
25.861.703
25.861.716
14
2
7
GAGAGAGAGAGAGA
172913
25.861.755
25.861.766
12
2
6
CGCGCGCGCGCG
172965
25.865.187
25.865.198
12
3
4
ACGACGACGACG
176397
25.874.014
25.874.027
14
4
3,5
CGCCCGCCCGCCCG
185224
173
3.Gene AGPS2 (Oryza sativa ADP-glucose pyrophosphorylase small subunit, código Genbank M31616, cromossomo 8, início 15533366 pb,
fim 15539740 pb
Início
Fim
tamanho
da
repetição
tipo de
repetição
(pb)
número de
repetições
Sequência
Posição início
do gene (pb)
15.335.695
15.335.710
16
2
8
CTCTCTCTCTCTCTCT
-197.656
15.335.713
15.335.725
13
2
6,5
CTCTCTCTCTCTC
-197.641
15.335.742
15.335.756
15
3
5
GCGGCGGCGGCGGCG
-197.610
15.341.109
15.341.134
26
6
4,33
CAGCTCCAGCTCCAGCTCCAGCTCCA
-192.232
15.341.580
15.341.598
19
6
3,17
GACGCAGACGCAGACGCAG
-191.768
15.345.573
15.345.589
17
4
4,25
TATTTATTTATTTATTT
-187.777
15.354.484
15.354.496
13
2
6,5
CTCTCTCTCTCTC
-178.870
15.358.708
15.358.719
12
3
4
GCCGCCGCCGCC
-174.647
15.360.409
15.360.422
14
3
4,67
CTGCTGCTGCTGCT
-172.944
15.361.479
15.361.495
17
3
5,67
CGGCGGCGGCGGCGGCG
-171.871
15.361.575
15.361.594
20
3
6,67
CCTCCTCCTCCTCCTCCTCC
-171.772
15.361.748
15.361.764
17
3
5,67
TGATGATGATGATGATG
-171.602
15.364.063
15.364.080
18
5
3,6
ATAACATAACATAACATA
-169.286
15.368.218
15.368.230
13
4
3,25
TGGGTGGGTGGGT
-165.136
15.371.369
15.371.383
15
3
5
CCACCACCACCACCA
-161.983
15.377.867
15.377.892
26
3
8,67
CGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCG
-155.474
15.378.516
15.378.535
20
3
6,67
GCCGCCGCCGCCGCCGCCGC
-154.831
15.378.727
15.378.739
13
3
4,33
GACGACGACGACG
-154.627
15.393.604
15.393.616
13
2
6,5
GAGAGAGAGAGAG
-139.750
15.393.705
15.393.719
15
3
5
GCGGCGGCGGCGGCG
-139.647
15.393.817
15.393.827
11
2
5,5
GCGCGCGCGCG
-139.539
15.393.855
15.393.868
14
2
7
AGAGAGAGAGAGAG
-139.498
15.401.087
15.401.097
11
2
5,5
GAGAGAGAGAG
-132.269
15.401.186
15.401.200
15
3
5
GCGGCGGCGGCGGCG
-132.166
15.401.298
15.401.308
11
2
5,5
GCGCGCGCGCG
-132.058
15.401.336
15.401.349
14
2
7
AGAGAGAGAGAGAG
-132.017
15.404.607
15.404.617
11
2
5,5
GAGAGAGAGAG
-128.749
15.404.643
15.404.653
11
2
5,5
GAGAGAGAGAG
-128.713
15.404.814
15.404.824
11
2
5,5
GAGAGAGAGAG
-128.542
15.404.913
15.404.927
15
3
5
GCGGCGGCGGCGGCG
-128.439
15.412.104
15.412.118
15
5
3
CGGCTCGGCTCGGCT
-121.248
15.412.248
15.412.259
12
3
4
CGGCGGCGGCGG
-121.107
15.412.594
15.412.605
12
3
4
CGGCGGCGGCGG
-120.761
15.412.822
15.412.833
12
2
6
GAGAGAGAGAGA
-120.533
15.413.154
15.413.168
15
5
3
GAAAAGAAAAGAAAA
-120.198
174
15.421.423
15.421.436
14
3
4,67
GGCGGCGGCGGCGG
-111.930
15.421.971
15.421.984
14
3
4,67
GGAGGAGGAGGAGG
-111.382
15.437.567
15.437.582
16
4
4
TCCTTCCTTCCTTCCT
-95.784
15.438.519
15.438.540
22
5
4,4
CCCTCCCCTCCCCTCCCCTCCC
-94.826
15.446.145
15.446.166
22
2
11
ATATATATATATATATATATAT
-87.200
15.452.618
15.452.629
12
2
6
AGAGAGAGAGAG
-80.737
15.453.595
15.453.607
13
2
6,5
GAGAGAGAGAGAG
-79.759
15.455.634
15.455.721
88
2
44
ATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAT
ATATATATATATATATATATAT
-77.645
15.459.452
15.459.465
14
3
4,67
CCTCCTCCTCCTCC
-73.901
15.459.730
15.459.743
14
3
4,67
GCTGCTGCTGCTGC
-73.623
15.459.742
15.459.757
16
3
5,33
GCCGCCGCCGCCGCCG
-73.609
15.459.832
15.459.843
12
3
4
GGAGGAGGAGGA
-73.523
15.466.693
15.466.706
14
3
4,67
ATAATAATAATAAT
-66.660
15.473.420
15.473.433
14
3
4,67
TTGTTGTTGTTGTT
-59.933
15.475.888
15.475.902
15
4
3,75
AAACAAACAAACAAA
-57.464
15.481.026
15.481.040
15
3
5
GGCGGCGGCGGCGGC
-52.326
15.481.590
15.481.602
13
4
3,25
GGAGGGAGGGAGG
-51.764
15.481.659
15.481.677
19
3
6,33
GAGGAGGAGGAGGAGGAGG
-51.689
15.482.184
15.482.199
16
2
8
TATATATATATATATA
-51.167
15.483.402
15.483.419
18
4
4,5
TTATTTATTTATTTATTT
-49.947
15.483.582
15.483.596
15
5
3
AATTTAATTTAATTT
-49.770
15.485.260
15.485.288
29
6
4,83
GGATTGGGATTGGGATTGGGATTGGGATT
-48.078
15.491.102
15.491.114
13
2
6,5
GAGAGAGAGAGAG
-42.252
15.491.956
15.491.970
15
2
7,5
GAGAGAGAGAGAGAG
-41.396
15.497.486
15.497.506
21
6
3,5
GGCGGAGGCGGAGGCGGAGGC
-35.860
15.497.699
15.497.709
11
2
5,5
CGCGCGCGCGC
-35.657
15.497.856
15.497.869
14
3
4,67
GGAGGAGGAGGAGG
-35.497
15.497.888
15.497.900
13
3
4,33
CGGCGGCGGCGGC
-35.466
15.498.046
15.498.065
20
3
6,67
GGAGGAGGAGGAGGAGGAGG
-35.301
15.498.212
15.498.229
18
6
3
GGATTGGGATTGGGATTG
-35.137
15.499.721
15.499.741
21
6
3,5
CATTCCCATTCCCATTCCCAT
-33.625
15.500.504
15.500.518
15
5
3
GCAAAGCAAAGCAAA
-32.848
15.500.986
15.500.998
13
2
6,5
GAGAGAGAGAGAG
-32.368
15.503.018
15.503.029
12
3
4
GGCGGCGGCGGC
-30.337
15.504.967
15.504.987
21
6
3,5
ACCGCCACCGCCACCGCCACC
-28.379
15.504.993
15.505.008
16
3
5,33
CTCCTCCTCCTCCTCC
-28.358
15.505.007
15.505.024
18
3
6
CCGCCGCCGCCGCCGCCG
-28.342
15.505.313
15.505.328
16
3
5,33
GCGGCGGCGGCGGCGG
-28.038
175
15.505.327
15.505.340
14
3
4,67
GGAGGAGGAGGAGG
-28.026
15.512.286
15.512.309
24
3
8
CCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCG
-21.057
15.512.468
15.512.480
13
3
4,33
GCCGCCGCCGCCG
-20.886
15.513.111
15.513.129
19
3
6,33
TCCTCCTCCTCCTCCTCCT
-20.237
15.513.722
15.513.735
14
4
3,5
AAATAAATAAATAA
-19.631
15.518.809
15.518.823
15
5
3
TATCGTATCGTATCG
-14.543
15.520.768
15.520.781
14
2
7
TATATATATATATA
-12.585
15.525.655
15.525.669
15
5
3
CACCGCACCGCACCG
-7.697
15.525.723
15.525.735
13
4
3,25
CTGCCTGCCTGCC
-7.631
15.526.007
15.526.019
13
2
6,5
AGAGAGAGAGAGA
-7.347
15.526.501
15.526.512
12
3
4
CCACCACCACCA
-6.854
15.537.928
15.537.949
22
3
7,33
GAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGG
DENTRO DO
GENE
15.538.085
15.538.104
20
6
3,33
GGCGCGGGCGCGGGCGCGGG
DENTRO DO
GENE
15.547.580
15.547.592
13
4
3,25
ATACATACATACA
-178.882
15.553.623
15.553.635
13
3
4,33
GTAGTAGTAGTAG
-174.658
15.557.305
15.557.315
11
2
5,5
CTCTCTCTCTC
-172.957
15.557.353
15.557.372
20
5
4
CTCTCCTCTCCTCTCCTCTC
-171.887
15.557.672
15.557.683
12
3
4
CGGCGGCGGCGG
-171.791
15.561.244
15.561.256
13
3
4,33
TATTATTATTATT
-171.618
15.562.800
15.562.814
15
3
5
GAGGAGGAGGAGGAG
-169.303
15.562.862
15.562.876
15
3
5
CGGCGGCGGCGGCGG
-165.148
15.564.789
15.564.804
16
3
5,33
CCGCCGCCGCCGCCGC
-161.997
15.571.722
15.571.732
11
2
5,5
CTCTCTCTCTC
-155.499
15.571.867
15.571.881
15
3
5
GGCGGCGGCGGCGGC
-154.850
15.578.040
15.578.052
13
3
4,33
CCGCCGCCGCCGC
-154.639
15.578.107
15.578.121
15
3
5
CCTCCTCCTCCTCCT
-139.762
15.582.483
15.582.521
39
5
7,8
CACAGCACAGCACAGCACAGCACAGCACAGCACAGCACA
-139.661
15.585.081
15.585.094
14
3
4,67
CGCCGCCGCCGCCG
-139.549
15.585.179
15.585.191
13
3
4,33
GCCGCCGCCGCCG
-139.511
15.585.197
15.585.213
17
3
5,67
CGCCGCCGCCGCCGCCG
-132.279
15.590.388
15.590.398
11
2
5,5
ATATATATATA
-132.180
15.591.084
15.591.095
12
2
6
CTCTCTCTCTCT
-132.068
15.591.892
15.591.904
13
3
4,33
CGCCGCCGCCGCC
-132.030
15.593.665
15.593.677
13
4
3,25
GAGGGAGGGAGGG
-128.759
15.603.256
15.603.332
77
2
38,5
ATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAT
ATATATATATA
-128.723
15.603.346
15.603.362
17
4
4,25
ATACATACATACATACA
-128.552
15.605.750
15.605.760
11
2
5,5
ATATATATATA
-128.453
15.606.778
15.606.789
12
2
6
TATATATATATA
-121.262
176
15.607.604
15.607.651
48
2
24
CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT
-121.118
15.607.872
15.607.882
11
2
5,5
AGAGAGAGAGA
-120.772
15.609.722
15.609.741
20
2
10
TCTCTCTCTCTCTCTCTCTC
-120.544
15.612.774
15.612.786
13
4
3,25
CTAGCTAGCTAGC
-120.212
15.614.299
15.614.319
21
6
3,5
TAATTCTAATTCTAATTCTAA
-111.943
15.626.088
15.626.100
13
4
3,25
CAATCAATCAATC
-111.395
15.630.485
15.630.497
13
4
3,25
TTTATTTATTTAT
-95.799
15.640.181
15.640.201
21
6
3,5
GCGAGAGCGAGAGCGAGAGCG
-94.847
15.640.32
15.640.249
18
3
6
GCGGCGGCGGCGGCGGCG
-87.221
15.641.003
15.641.015
13
4
3,25
GGAGGGAGGGAGG
-80.748
15.644.776
15.644.792
17
2
8,5
GAGAGAGAGAGAGAGAG
-79.771
15.651.906
15.651.919
14
2
7
CGCGCGCGCGCGCG
-77.732
15.656.591
15.656.605
15
2
7,5
GAGAGAGAGAGAGAG
-73.914
15.659.596
15.659.611
16
5
3,2
AAAATAAAATAAAATA
-73.636
15.661.683
15.661.697
15
3
5
TCGTCGTCGTCGTCG
-73.624
15.661.710
15.661.722
13
3
4,33
CGCCGCCGCCGCC
-73.534
15.666.281
15.666.298
18
6
3
TTTGAATTTGAATTTGAA
-66.673
15.666.434
15.666.453
20
6
3,33
AATTTGAATTTGAATTTGAA
-59.946
15.667.302
15.667.313
12
3
4
CACCACCACCAC
-57.478
15.671.750
15.671.760
11
2
5,5
AGAGAGAGAGA
-52.340
15.681.358
15.681.434
77
2
38,5
ATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAT
ATATATATATA
-51.776
15.681.612
15.681.622
11
2
5,5
TATATATATAT
-51.707
15.681.638
15.681.649
12
3
4
TCATCATCATCA
-51.182
15.686.407
15.686.442
36
5
7,2
AATAGAATAGAATAGAATAGAATAGAATAGAATAGA
-49.964
15.686.447
15.686.493
47
4
11,75
AGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGA
-49.784
15.686.545
15.686.560
16
2
8
TATATATATATATATA
-48.106
15.689.409
15.689.423
15
4
3,75
CTCCCTCCCTCCCTC
-42.264
15.689.941
15.689.951
11
2
5,5
GAGAGAGAGAG
-41.410
15.689.978
15.689.989
12
3
4
AGCAGCAGCAGC
-35.880
15.691.354
15.691.364
11
2
5,5
AGAGAGAGAGA
-35.667
15.692.518
15.692.530
13
4
3,25
AATTAATTAATTA
-35.510
15.702.341
15.702.378
38
4
9,5
ATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTAT
-35.478
15.702.751
15.702.765
15
3
5
GCCGCCGCCGCCGCC
-35.320
15.705.875
15.705.886
12
3
4
GGAGGAGGAGGA
-35.154
15.707.446
15.707.456
11
2
5,5
TATATATATAT
-33.645
15.707.611
15.707.622
12
3
4
GGCGGCGGCGGC
-32.862
15.708.081
15.708.113
33
3
11
TTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTG
-32.380
15.714.785
15.714.811
27
4
6,75
TTTATTTATTTATTTATTTATTTATTT
-30.348
15.721.634
15.721.645
12
3
4
CTCCTCCTCCTC
-28.399
177
15.731.339
15.731.350
12
3
4
GCAGCAGCAGCA
-28.373
15.732.511
15.732.525
15
4
3,75
GAGTGAGTGAGTGAG
-28.359
15.732.772
15.732.790
19
5
3,8
ATTTTATTTTATTTTATTT
-28.053
15.738.690
15.738.702
13
3
4,33
CACCACCACCACC
-28.039
15.738.881
15.738.894
14
3
4,67
CAGCAGCAGCAGCA
-21.080
4.Gene DBE-isoamilase (ISA1) (Oryza sativa gene for DBE i-soamylase 1) , código Genbank AB093426, cromossomo 8, início 25760725 pb,
fim 25767733 pb
Início
Fim
tamanho
da
repetição
tipo de
repetição
(pb)
número
de
repetições
Sequência
Posição início
do gene (pb)
25.562.149
25.562.163
15
5
3
AAGGAAAGGAAAGGA
-198.562
25.562.238
25.562.249
12
3
4
GGAGGAGGAGGA
-198.476
25.562.409
25.562.421
13
4
3,25
GATCGATCGATCG
-198.304
25.562.472
25.562.493
22
2
11
ATATATATATATATATATATAT
-198.232
25.562.971
25.562.984
14
3
4,67
AAGAAGAAGAAGAA
-197.741
25.563.915
25.563.927
13
3
4,33
GGCGGCGGCGGCG
-196.798
25.563.929
25.563.940
12
3
4
CGGCGGCGGCGG
-196.785
25.567.347
25.567.360
14
3
4,67
AGCAGCAGCAGCAG
-193.365
25.568.103
25.568.115
13
3
4,33
GCCGCCGCCGCCG
-192.610
25.568.253
25.568.268
16
3
5,33
GCCGCCGCCGCCGCCG
-192.457
25.568.482
25.568.496
15
3
5
GCGGCGGCGGCGGCG
-192.229
25.571.508
25.571.522
15
2
7,5
GAGAGAGAGAGAGAG
-189.203
25.573.912
25.573.923
12
3
4
TACTACTACTAC
-186.802
25.575.218
25.575.231
14
3
4,67
TCGTCGTCGTCGTC
-185.494
25.579.888
25.579.904
17
3
5,67
TCATCATCATCATCATC
-180.821
25.580.025
25.580.037
13
2
6,5
CTCTCTCTCTCTC
-180.688
25.580.319
25.580.330
12
3
4
TTCTTCTTCTTC
-180.395
25.584.456
25.584.470
15
5
3
GATTCGATTCGATTC
-176.255
25.588.630
25.588.646
17
3
5,67
CAGCAGCAGCAGCAGCA
-172.079
25.589.050
25.589.061
12
3
4
CGCCGCCGCCGC
-171.664
25.589.069
25.589.084
16
3
5,33
GGAGGAGGAGGAGGAG
-171.641
178
25.589.108
25.589.120
13
3
4,33
CGGCGGCGGCGGC
-171.605
25.596.517
25.596.534
18
3
6
CGGCGGCGGCGGCGGCGG
-164.191
25.596.544
25.596.555
12
3
4
GCGGCGGCGGCG
-164.170
25.596.915
25.596.927
13
4
3,25
GCAGGCAGGCAGG
-163.798
25.597.221
25.597.241
21
3
7
GCGGCGGCGGCGGCGGCGGCG
-163.484
25.603.666
25.603.685
20
3
6,67
CTTCTTCTTCTTCTTCTTCT
-157.040
25.611.464
25.611.477
14
3
4,67
AATAATAATAATAA
-149.248
25.619.537
25.619.548
12
3
4
TTGTTGTTGTTG
-141.177
25.624.344
25.624.354
11
2
5,5
GAGAGAGAGAG
-136.371
25.637.747
25.637.759
13
3
4,33
TGCTGCTGCTGCT
-122.966
25.638.624
25.638.637
14
3
4,67
CGGCGGCGGCGGCG
-122.088
25.642.002
25.642.065
64
2
32
TATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATA
-118.660
25.642.132
25.642.142
11
2
5,5
ATATATATATA
-118.583
25.644.994
25.645.006
13
4
3,25
AACAAACAAACAA
-115.719
25.646.563
25.646.578
16
4
4
GCTAGCTAGCTAGCTA
-114.147
25.651.961
25.651.978
18
6
3
CGCCCGCGCCCGCGCCCG
-108.747
25.652.010
25.652.020
11
2
5,5
CTCTCTCTCTC
-108.705
25.655.863
25.655.875
13
3
4,33
CAGCAGCAGCAGC
-104.850
25.661.278
25.661.292
15
5
3
TTCTTTTCTTTTCTT
-99.433
25.663.990
25.664.002
13
2
6,5
AGAGAGAGAGAGA
-96.723
25.664.076
25.664.094
19
5
3,8
GCGGCGCGGCGCGGCGCGG
-96.631
25.664.139
25.664.151
13
4
3,25
GTGCGTGCGTGCG
-96.574
25.664.243
25.664.257
15
3
5
GGAGGAGGAGGAGGA
-96.468
25.664.391
25.664.403
13
3
4,33
GAGGAGGAGGAGG
-96.322
25.664.629
25.664.641
13
4
3,25
TGCATGCATGCAT
-96.084
25.671.027
25.671.040
14
3
4,67
CCTCCTCCTCCTCC
-89.685
25.671.084
25.671.100
17
3
5,67
GACGACGACGACGACGA
-89.625
25.671.131
25.671.145
15
5
3
CGCGTCGCGTCGCGT
-89.580
25.681.980
25.681.991
12
2
6
GCGCGCGCGCGC
-78.734
25.684.911
25.684.925
15
3
5
CACCACCACCACCAC
-75.800
25.685.216
25.685.237
22
6
3,67
TTTTTATTTTTATTTTTATTTT
-75.488
25.685.758
25.685.771
14
3
4,67
GAGGAGGAGGAGGA
-74.954
25.691.311
25.691.337
27
2
13,5
TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT
-69.388
25.691.617
25.691.637
21
7
3
AATAGATAATAGATAATAGAT
-69.088
179
25.694.976
25.694.988
13
4
3,25
AAAGAAAGAAAGA
-65.737
25.695.125
25.695.139
15
4
3,75
GATTGATTGATTGAT
-65.586
25.696.038
25.696.058
21
3
7
GCTGCTGCTGCTGCTGCTGCT
-64.667
25.696.173
25.696.197
25
2
12,5
TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT
-64.528
25.696.268
25.696.282
15
5
3
TAGAGTAGAGTAGAG
-64.443
25.699.119
25.699.141
23
6
3,83
GATGACGATGACGATGACGATGA
-61.584
25.701.169
25.701.181
13
3
4,33
CCGCCGCCGCCGC
-59.544
25.703.954
25.703.976
23
7
3,29
TCTCAAGTCTCAAGTCTCAAGTC
-56.749
25.704.069
25.704.092
24
2
12
CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT
-56.633
25.704.094
25.704.111
18
2
9
TCTCTCTCTCTCTCTCTC
-56.614
25.704.109
25.704.124
16
3
5,33
CTCCTCCTCCTCCTCC
-56.601
25.704.216
25.704.232
17
5
3,4
TGGGGTGGGGTGGGGTG
-56.493
25.712.761
25.712.773
13
3
4,33
CGCCGCCGCCGCC
-47.952
25.713.321
25.713.335
15
3
5
CGGCGGCGGCGGCGG
-47.390
25.713.377
25.713.391
15
3
5
GCGGCGGCGGCGGCG
-47.334
25.713.414
25.713.424
11
2
5,5
CGCGCGCGCGC
-47.301
25.713.545
25.713.556
12
3
4
GCGGCGGCGGCG
-47.169
25.714.494
25.714.511
18
3
6
CGCCGCCGCCGCCGCCGC
-46.214
25.714.633
25.714.645
13
3
4,33
CGCCGCCGCCGCC
-46.080
25.717.487
25.717.501
15
2
7,5
ACACACACACACACA
-43.224
25.719.988
25.720.000
13
3
4,33
CGCCGCCGCCGCC
-40.725
25.720.058
25.720.071
14
3
4,67
GCCGCCGCCGCCGC
-40.654
25.720.216
25.720.231
16
4
4
AGGAAGGAAGGAAGGA
-40.494
25.720.921
25.720.932
12
3
4
CGGCGGCGGCGG
-39.793
25.725.307
25.725.318
12
3
4
CGCCGCCGCCGC
-35.407
25.731.628
25.731.642
15
3
5
GCGGCGGCGGCGGCG
-29.083
25.731.660
25.731.675
16
3
5,33
CTGCTGCTGCTGCTGC
-29.050
25.731.699
25.731.717
19
3
6,33
CTGCTGCTGCTGCTGCTGC
-29.008
25.731.725
25.731.749
25
3
8,33
GCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTG
-28.976
25.731.783
25.731.805
23
6
3,83
CTCCGACTCCGACTCCGACTCCG
-28.920
25.736.793
25.736.804
12
3
4
GCGGCGGCGGCG
-23.921
25.737.065
25.737.076
12
3
4
GAGGAGGAGGAG
-23.649
25.737.158
25.737.168
11
2
5,5
AGAGAGAGAGA
-23.557
25.744.267
25.744.277
11
2
5,5
AGAGAGAGAGA
-16.448
180
25.744.442
25.744.454
13
3
4,33
CAGCAGCAGCAGC
-16.271
25.744.487
25.744.499
13
3
4,33
GTCGTCGTCGTCG
-16.226
25.744.513
25.744.534
22
3
7,33
CGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGC
-16.191
25.744.937
25.744.950
14
4
3,5
TAATTAATTAATTA
-15.775
25.748.712
25.748.724
13
4
3,25
CGATCGATCGATC
-12.001
25.751.065
25.751.079
15
3
5
ATCATCATCATCATC
-9.646
25.752.976
25.752.990
15
5
3
AAAATAAAATAAAAT
-7.735
25.753.127
25.753.141
15
5
3
AAAATAAAATAAAAT
-7.584
25.753.274
25.753.291
18
6
3
AATAAAAATAAAAATAAA
-7.434
25.755.671
25.755.691
21
3
7
TCCTCCTCCTCCTCCTCCTCC
-5.034
25.755.691
25.755.702
12
3
4
CGACGACGACGA
-5.023
25.755.788
25.755.801
14
3
4,67
TCTTCTTCTTCTTC
-4.924
25.756.029
25.756.041
13
3
4,33
CCGCCGCCGCCGC
-4.684
25.757.377
25.757.394
18
6
3
CCGGCGCCGGCGCCGGCG
-3.331
25.758.109
25.758.123
15
3
5
GCGGCGGCGGCGGCG
-2.602
25.758.428
25.758.449
22
3
7,33
GGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCG
-2.276
25.764.215
25.764.232
18
5
3,6
AAAATAAAATAAAATAAA
DENTRO DO
GENE
25.764.693
25.764.705
13
2
6,5
TATATATATATAT
DENTRO DO
GENE
25.766.630
25.766.647
18
3
6
TATTATTATTATTATTAT
DENTRO DO
GENE
25.767.499
25.767.518
20
3
6,67
CCTCCTCCTCCTCCTCCTCC
DENTRO DO
GENE
25.767.650
25.767.667
18
6
3
CGGCCCCGGCCCCGGCCC
DENTRO DO
GENE
25.774.332
25.774.344
13
3
4,33
CGGCGGCGGCGGC
6.599
25.774.525
25.774.537
13
4
3,25
GGCCGGCCGGCCG
6.792
25.775.788
25.775.800
13
4
3,25
ATTAATTAATTAA
8.055
25.776.434
25.776.452
19
4
4,75
ACCAACCAACCAACCAACC
8.701
25.776.625
25.776.638
14
3
4,67
GAAGAAGAAGAAGA
8.892
25.777.196
25.777.208
13
3
4,33
TCCTCCTCCTCCT
9.463
25.780.899
25.780.912
14
4
3,5
AAACAAACAAACAA
13.166
25.782.561
25.782.585
25
7
3,57
GGGATCCGGGATCCGGGATCCGGGA
14.828
25.790.812
25.790.822
11
2
5,5
GAGAGAGAGAG
23.079
25.790.912
25.790.926
15
3
5
GCGGCGGCGGCGGCG
23.179
25.792.879
25.792.890
12
2
6
GCGCGCGCGCGC
25.146
181
25.797.331
25.797.355
25
7
3,57
GGGATCCGGGATCCGGGATCCGGGA
29.598
25.799.968
25.799.983
16
3
5,33
GGCGGCGGCGGCGGCG
32.235
25.801.163
25.801.176
14
2
7
CGCGCGCGCGCGCG
33.430
25.801.180
25.801.247
68
2
34
GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA
GAGA
33.447
25.801.271
25.801.288
18
6
3
CATGGCCATGGCCATGGC
33.538
25.801.332
25.801.343
12
2
6
TCTCTCTCTCTC
33.599
25.802.104
25.802.116
13
3
4,33
CGTCGTCGTCGTC
34.371
25.802.373
25.802.385
13
3
4,33
GCGGCGGCGGCGG
34.640
25.802.578
25.802.591
14
3
4,67
CGGCGGCGGCGGCG
34.845
25.803.323
25.803.335
13
3
4,33
CTCCTCCTCCTCC
35.590
25.804.340
25.804.352
13
3
4,33
TCCTCCTCCTCCT
36.607
25.804.671
25.804.683
13
4
3,25
TGTTTGTTTGTTT
36.938
25.810.561
25.810.578
18
4
4,5
AATAAATAAATAAATAAA
42.828
25.817.618
25.817.631
14
3
4,67
CGGCGGCGGCGGCG
49.885
25.817.824
25.817.837
14
3
4,67
CCGCCGCCGCCGCC
50.091
25.817.841
25.817.854
14
3
4,67
CGCCGCCGCCGCCG
50.108
25.820.331
25.820.343
13
3
4,33
GCTGCTGCTGCTG
52.598
25.821.001
25.821.022
22
7
3,14
AGTTCAGAGTTCAGAGTTCAGA
53.268
25.823.325
25.823.337
13
4
3,25
CGATCGATCGATC
55.592
25.827.139
25.827.159
21
4
5,25
ACATACATACATACATACATA
59.406
25.836.217
25.836.229
13
4
3,25
GGATGGATGGATG
68.484
25.838.136
25.838.149
14
3
4,67
CGGCGGCGGCGGCG
70.403
25.838.293
25.838.304
12
3
4
GCGGCGGCGGCG
70.560
25.842.455
25.842.470
16
5
3,2
AAAAGAAAAGAAAAGA
74.722
25.844.099
25.844.116
18
3
6
AGAAGAAGAAGAAGAAGA
76.366
25.844.464
25.844.476
13
3
4,33
CAGCAGCAGCAGC
76.731
25.844.486
25.844.502
17
3
5,67
GCCGCCGCCGCCGCCGC
76.753
25.846.704
25.846.717
14
3
4,67
CCTCCTCCTCCTCC
78.971
25.846.722
25.846.738
17
3
5,67
CCGCCGCCGCCGCCGCC
78.989
25.846.875
25.846.893
19
3
6,33
CGGCGGCGGCGGCGGCGGC
79.142
25.847.003
25.847.021
19
3
6,33
GTCGTCGTCGTCGTCGTCG
79.270
25.851.702
25.851.721
20
3
6,67
CGACGACGACGACGACGACG
83.969
25.851.998
25.852.011
14
3
4,67
CGTCGTCGTCGTCG
84.265
182
25.852.010
25.852.026
17
3
5,67
CGCCGCCGCCGCCGCCG
84.277
25.852.373
25.852.389
17
3
5,67
TCGTCGTCGTCGTCGTC
84.640
25.858.325
25.858.337
13
4
3,25
TTTGTTTGTTTGT
90.592
25.866.007
25.866.042
36
2
18
TATATATATATATATATATATATATATATATATATA
98.274
25.866.094
25.866.104
11
2
5,5
TATATATATAT
98.361
25.866.100
25.866.119
20
5
4
TATATTATATTATATTATAT
98.367
25.869.802
25.869.813
12
3
4
CCTCCTCCTCCT
102.069
25.870.801
25.870.882
82
2
41
ATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAT
ATATATATAT
103.068
25.870.884
25.870.902
19
2
9,5
TATATATATATATATATAT
103.151
25.871.041
25.871.058
18
6
3
TCGTTCTCGTTCTCGTTC
103.308
25.871.113
25.871.130
18
6
3
TCGTTCTCGTTCTCGTTC
103.380
25.871.245
25.871.263
19
3
6,33
GGCGGCGGCGGCGGCGGCG
103.512
25.871.301
25.871.313
13
3
4,33
GGCGGCGGCGGCG
103.568
25.871.310
25.871.328
19
5
3,8
GGCGTGGCGTGGCGTGGCG
103.577
25.871.325
25.871.337
13
3
4,33
GGCGGCGGCGGCG
103.592
25.871.350
25.871.361
12
3
4
GCGGCGGCGGCG
103.617
25.871.392
25.871.403
12
3
4
CGTCGTCGTCGT
103.659
25.871.481
25.871.492
12
3
4
GGCGGCGGCGGC
103.748
25.883.061
25.883.072
12
3
4
CGTCGTCGTCGT
115.328
25.883.504
25.883.516
13
3
4,33
AGTAGTAGTAGTA
115.771
25.885.984
25.885.995
12
3
4
CGCCGCCGCCGC
118.251
25.886.114
25.886.131
18
3
6
CGCCGCCGCCGCCGCCGC
118.381
25.887.822
25.887.833
12
3
4
ACGACGACGACG
120.089
25.887.924
25.887.937
14
3
4,67
CGCCGCCGCCGCCG
120.191
25.887.936
25.887.947
12
3
4
CGACGACGACGA
120.203
25.888.111
25.888.123
13
3
4,33
GACGACGACGACG
120.378
25.891.998
25.892.011
14
3
4,67
GAAGAAGAAGAAGA
124.265
25.892.035
25.892.046
12
3
4
GGCGGCGGCGGC
124.302
25.892.103
25.892.124
22
6
3,67
CGCCCCCGCCCCCGCCCCCGCC
124.370
25.894.662
25.894.678
17
2
8,5
TATATATATATATATAT
126.929
25.895.212
25.895.226
15
5
3
CAGCCCAGCCCAGCC
127.479
25.899.546
25.899.562
17
3
5,67
ACGACGACGACGACGAC
131.813
25.902.225
25.902.239
15
5
3
AGAGAAGAGAAGAGA
134.492
183
25.903.173
25.903.192
20
5
4
CTTTTCTTTTCTTTTCTTTT
135.440
25.908.722
25.908.737
16
3
5,33
GATGATGATGATGATG
140.989
25.910.175
25.910.186
12
3
4
CAACAACAACAA
142.442
25.912.004
25.912.020
17
3
5,67
GGCGGCGGCGGCGGCGG
144.271
25.912.341
25.912.352
12
3
4
CGCCGCCGCCGC
144.608
25.920.979
25.920.992
14
2
7
CTCTCTCTCTCTCT
153.246
25.925.559
25.925.572
14
4
3,5
TTAATTAATTAATT
157.826
25.927.683
25.927.694
12
3
4
GAAGAAGAAGAA
159.950
25.929.631
25.929.648
18
3
6
CGACGACGACGACGACGA
161.898
25.929.808
25.929.827
20
3
6,67
CGTCGTCGTCGTCGTCGTCG
162.075
25.933.067
25.933.081
15
5
3
AATTTAATTTAATTT
165.334
25.941.136
25.941.148
13
3
4,33
GCCGCCGCCGCCG
173.403
25.941.768
25.941.781
14
2
7
AGAGAGAGAGAGAG
174.035
25.942.654
25.942.671
18
5
3,6
TCTCATCTCATCTCATCT
174.921
25.946.490
25.946.509
20
6
3,33
AGAATGAGAATGAGAATGAG
178.757
25.946.521
25.946.534
14
4
3,5
CCATCCATCCATCC
178.788
25.947.350
25.947.368
19
6
3,17
CCGACGCCGACGCCGACGC
179.617
25.947.417
25.947.428
12
3
4
CGACGACGACGA
179.684
25.947.708
25.947.723
16
5
3,2
AAATCAAATCAAATCA
179.975
25.952.615
25.952.625
11
2
5,5
ATATATATATA
184.882
25.954.513
25.954.524
12
3
4
CCGCCGCCGCCG
186.780
25.955.314
25.955.354
41
2
20,5
ATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATA
187.581
25.958.391
25.958.403
13
3
4,33
GTAGTAGTAGTAG
190.658
25.962.431
25.962.447
17
3
5,67
AATAATAATAATAATAA
194.698
25.962.590
25.962.601
12
2
6
CTCTCTCTCTCT
194.857
25.963.547
25.963.561
15
5
3
ATTTTATTTTATTTT
195.814
184
5. Gene DBE-Pullulanase (PUL) Oryza sativa gene for DBE-pullulanase , código genbank AB012915, cromossomo 4, início 4393170 pb, fim
4406037 pb
Início
Fim
tamanho
da
repetição
tipo de
repetição (pb)
número de
repetições
Sequência
Posição início
do gene (pb)
4200368
4200384
17
4
4,25
TATCTATCTATCTATCT
-192786
4206528
4206542
15
3
5
GTTGTTGTTGTTGTT
-186628
4206562
4206574
13
3
4,33
TTGTTGTTGTTGT
-186596
4206585
4206610
26
3
8,67
TTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTT
-186560
4206615
4206660
46
3
15,33
TTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTAT
-186510
4206662
4206695
34
3
11,33
ATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTA
-186475
4206697
4206710
14
3
4,67
TATTATTATTATTA
-186460
4206972
4206982
11
2
5,5
TATATATATAT
-186188
4207210
4207220
11
2
5,5
ATATATATATA
-185950
4207222
4207236
15
2
7,5
ATATATATATATATA
-185934
4207238
4207254
17
2
8,5
ATATATATATATATATA
-185916
4207296
4207316
21
2
10,5
ATATATATATATATATATATA
-185854
4212766
4212780
15
2
7,5
ACACACACACACACA
-180390
4215429
4215443
15
5
3
CCTTCCCTTCCCTTC
-177727
4231765
4231819
55
2
27,5
TATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAT
-161351
4231950
4231960
11
2
5,5
ATATATATATA
-161210
4233816
4233841
26
6
4,33
GGTGGAGGTGGAGGTGGAGGTGGAGG
-159329
4236344
4236356
13
3
4,33
GACGACGACGACG
-156814
4236945
4236957
13
2
6,5
AGAGAGAGAGAGA
-156213
4237009
4237024
16
3
5,33
GCGGCGGCGGCGGCGG
-156146
4242084
4242095
12
3
4
CAACAACAACAA
-151075
4245491
4245502
12
3
4
GTCGTCGTCGTC
-147668
4245509
4245521
13
3
4,33
CGTCGTCGTCGTC
-147649
4245537
4245549
13
3
4,33
CGTCGTCGTCGTC
-147621
4246367
4246379
13
3
4,33
GCCGCCGCCGCCG
-146791
4246771
4246783
13
3
4,33
CGTCGTCGTCGTC
-146387
4247941
4247954
14
2
7
TCTCTCTCTCTCTC
-145216
4247954
4247969
16
2
8
CACACACACACACACA
-145201
4249973
4249987
15
5
3
GCCGGGCCGGGCCGG
-143183
185
4257713
4257728
16
2
8
CACACACACACACACA
-135442
4271413
4271426
14
4
3,5
TCCCTCCCTCCCTC
-121744
4278933
4278943
11
2
5,5
ACACACACACA
-114227
4279837
4279857
21
2
10,5
AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA
-113313
4279923
4279941
19
2
9,5
CACACACACACACACACAC
-113229
4279985
4280008
24
4
6
CTGCCTGCCTGCCTGCCTGCCTGC
-113162
4280039
4280052
14
4
3,5
CCATCCATCCATCC
-113118
4283054
4283065
12
3
4
AGCAGCAGCAGC
-110105
4283231
4283246
16
4
4
CCTTCCTTCCTTCCTT
-109924
4283249
4283262
14
3
4,67
CATCATCATCATCA
-109908
4283281
4283302
22
5
4,4
CCATTCCATTCCATTCCATTCC
-109868
4283341
4283356
16
5
3,2
TCCTCTCCTCTCCTCT
-109814
4283464
4283475
12
2
6
GCGCGCGCGCGC
-109695
4283587
4283599
13
3
4,33
GGAGGAGGAGGAG
-109571
4283720
4283733
14
3
4,67
GAGGAGGAGGAGGA
-109437
4284020
4284035
16
3
5,33
GCCGCCGCCGCCGCCG
-109135
4284400
4284412
13
3
4,33
GACGACGACGACG
-108758
4284592
4284609
18
2
9
CACACACACACACACACA
-108561
4284649
4284665
17
3
5,67
TTCTTCTTCTTCTTCTT
-108505
4284781
4284793
13
4
3,25
ATTCATTCATTCA
-108377
4284996
4285008
13
4
3,25
GCAAGCAAGCAAG
-108162
4285096
4285106
11
2
5,5
TCTCTCTCTCT
-108064
4285126
4285139
14
2
7
CTCTCTCTCTCTCT
-108031
4285673
4285685
13
4
3,25
AGGAAGGAAGGAA
-107485
4285751
4285765
15
3
5
AGGAGGAGGAGGAGG
-107405
4288155
4288169
15
4
3,75
AGCTAGCTAGCTAGC
-105001
4289031
4289041
11
2
5,5
TGTGTGTGTGT
-104129
4289110
4289136
27
2
13,5
GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG
-104034
4289251
4289268
18
3
6
AGCAGCAGCAGCAGCAGC
-103902
4294954
4294970
17
3
5,67
CGTCGTCGTCGTCGTCG
-98200
4295020
4295034
15
2
7,5
TCTCTCTCTCTCTCT
-98136
4295228
4295245
18
6
3
CAGCAACAGCAACAGCAA
-97925
4303302
4303312
11
2
5,5
GCGCGCGCGCG
-89858
4306212
4306226
15
4
3,75
CTGGCTGGCTGGCTG
-86944
4311660
4311675
16
5
3,2
ACCGAACCGAACCGAA
-81495
186
4315022
4315036
15
4
3,75
CCCTCCCTCCCTCCC
-78134
4319964
4319979
16
5
3,2
CGAGCCGAGCCGAGCC
-73191
4320003
4320018
16
5
3,2
CGAGCCGAGCCGAGCC
-73152
4320054
4320068
15
5
3
CGAGCCGAGCCGAGC
-73102
4322728
4322739
12
3
4
CAGCAGCAGCAG
-70431
4323092
4323106
15
3
5
GCAGCAGCAGCAGCA
-70064
4324806
4324820
15
4
3,75
GAGTGAGTGAGTGAG
-68350
4325024
4325042
19
5
3,8
ATTTTATTTTATTTTATTT
-68128
4332723
4332737
15
3
5
CGGCGGCGGCGGCGG
-60433
4336300
4336313
14
3
4,67
CCTCCTCCTCCTCC
-56857
4336479
4336493
15
5
3
AAAATAAAATAAAAT
-56677
4342158
4342170
13
3
4,33
GGAGGAGGAGGAG
-51000
4342921
4342938
18
6
3
TGCGGATGCGGATGCGGA
-50232
4345868
4345893
26
4
6,5
AATTAATTAATTAATTAATTAATTAA
-47277
4345986
4345997
12
3
4
TCCTCCTCCTCC
-47173
4346267
4346287
21
3
7
CCGCCGCCGCCGCCGCCGCCG
-46883
4346338
4346350
13
3
4,33
CTCCTCCTCCTCC
-46820
4346424
4346451
28
3
9,33
CGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGC
-46719
4346601
4346615
15
3
5
CGGCGGCGGCGGCGG
-46555
4347440
4347453
14
3
4,67
GCCGCCGCCGCCGC
-45717
4356046
4356057
12
3
4
ACAACAACAACA
-37113
4356567
4356578
12
2
6
GAGAGAGAGAGA
-36592
4356687
4356704
18
2
9
CTCTCTCTCTCTCTCTCT
-36466
4358603
4358621
19
5
3,8
AGGAGAGGAGAGGAGAGGA
-34549
4360581
4360591
11
2
5,5
ATATATATATA
-32579
4360899
4360916
18
6
3
TTCAAATTCAAATTCAAA
-32254
4369415
4369427
13
3
4,33
CGCCGCCGCCGCC
-23743
4369598
4369609
12
3
4
CGCCGCCGCCGC
-23561
4378174
4378188
15
5
3
ATTTTATTTTATTTT
-14982
4380274
4380285
12
3
4
TTCTTCTTCTTC
-12885
4382874
4382889
16
4
4
CCGCCCGCCCGCCCGC
-10281
4384533
4384548
16
3
5,33
TCGTCGTCGTCGTCGT
-8622
4384572
4384583
12
3
4
CGCCGCCGCCGC
-8587
4384805
4384819
15
3
5
CGCCGCCGCCGCCGC
-8351
4384828
4384839
12
3
4
CCTCCTCCTCCT
-8331
187
4385079
4385091
13
3
4,33
CCGCCGCCGCCGC
-8079
4385277
4385289
13
3
4,33
GCGGCGGCGGCGG
-7881
4385369
4385386
18
3
6
CGGCGGCGGCGGCGGCGG
-7784
4385625
4385636
12
3
4
GCGGCGGCGGCG
-7534
4385682
4385693
12
3
4
GTCGTCGTCGTC
-7477
4389179
4389191
13
3
4,33
GCCGCCGCCGCCG
-3979
4390409
4390420
12
3
4
TAATAATAATAA
-2750
4391295
4391306
12
3
4
CAACAACAACAA
-1864
4392998
4393010
13
3
4,33
CCTCCTCCTCCTC
-160
4405955
4405967
13
4
3,25
ACAAACAAACAAA
DENTRO DO
GENE
4406507
4406519
13
4
3,25
AATAAATAAATAA
470
4406929
4406944
16
3
5,33
CGCCGCCGCCGCCGCC
892
4408067
4408090
24
3
8
AATAATAATAATAATAATAATAAT
2030
4408542
4408559
18
3
6
CTACTACTACTACTACTA
2505
4414173
4414193
21
6
3,5
TCGCCGTCGCCGTCGCCGTCG
8136
4417509
4417521
13
4
3,25
GGGAGGGAGGGAG
11472
4419919
4419931
13
4
3,25
ATTAATTAATTAA
13882
4421397
4421409
13
3
4,33
GGCGGCGGCGGCG
15360
4421461
4421471
11
2
5,5
GCGCGCGCGCG
15424
4424094
4424108
15
3
5
CCGCCGCCGCCGCCG
18057
4424126
4424137
12
3
4
CGCCGCCGCCGC
18089
4425296
4425306
11
2
5,5
ACACACACACA
19259
4427311
4427330
20
6
3,33
CAGCTCCAGCTCCAGCTCCA
21274
4430837
4430854
18
6
3
TTAATCTTAATCTTAATC
24800
4433281
4433319
39
2
19,5
AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA
27244
4437441
4437452
12
2
6
ATATATATATAT
31404
4439965
4439982
18
3
6
CTCCTCCTCCTCCTCCTC
33928
4448767
4448779
13
3
4,33
CGGCGGCGGCGGC
42730
4449070
4449080
11
2
5,5
TATATATATAT
43033
4450236
4450259
24
3
8
TCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCC
44199
4452498
4452512
15
4
3,75
GGTAGGTAGGTAGGT
46461
4457201
4457212
12
2
6
CACACACACACA
51164
4457658
4457672
15
4
3,75
ATACATACATACATA
51621
4460263
4460274
12
3
4
AATAATAATAAT
54226
4462114
4462126
13
4
3,25
AATTAATTAATTA
56077
188
4465360
4465384
25
3
8,33
CTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCC
59323
4467621
4467635
15
4
3,75
GGTAGGTAGGTAGGT
61584
4472757
4472771
15
4
3,75
ATACATACATACATA
66720
4476996
4477008
13
4
3,25
ATCGATCGATCGA
70959
4479816
4479828
13
4
3,25
AATTAATTAATTA
73779
4506389
4506406
18
6
3
TTTGAATTTGAATTTGAA
100352
4508492
4508503
12
3
4
CGCCGCCGCCGC
102455
4519419
4519430
12
2
6
GCGCGCGCGCGC
113382
4530675
4530690
16
5
3,2
CGAGCCGAGCCGAGCC
124638
4530706
4530720
15
5
3
CCGAGCCGAGCCGAG
124669
4531178
4531196
19
5
3,8
TTTGATTTGATTTGATTTG
125141
4534761
4534775
15
5
3
TTTCTTTTCTTTTCT
128724
4535409
4535422
14
4
3,5
GATGGATGGATGGA
129372
4536422
4536440
19
2
9,5
AGAGAGAGAGAGAGAGAGA
130385
4537488
4537502
15
5
3
ATTTTATTTTATTTT
131451
4540326
4540338
13
4
3,25
AAAGAAAGAAAGA
134289
4544602
4544613
12
3
4
CCGCCGCCGCCG
138565
4544693
4544705
13
3
4,33
CGCCGCCGCCGCC
138656
4544834
4544845
12
3
4
CGGCGGCGGCGG
138797
4546026
4546037
12
2
6
CTCTCTCTCTCT
139989
4556294
4556307
14
3
4,67
TCGTCGTCGTCGTC
150257
4558551
4558562
12
3
4
CCGCCGCCGCCG
152514
4565406
4565418
13
3
4,33
GGCGGCGGCGGCG
159369
4566214
4566225
12
2
6
TCTCTCTCTCTC
160177
4566267
4566282
16
3
5,33
CGCCGCCGCCGCCGCC
160230
4591924
4591938
15
2
7,5
GAGAGAGAGAGAGAG
185887
4594353
4594369
17
5
3,4
CCTGCCCTGCCCTGCCC
188316
4600316
4600337
22
5
4,4
AAAAGAAAAGAAAAGAAAAGAA
194279
4600445
4600455
11
2
5,5
GCGCGCGCGCG
194408
4602008
4602030
23
2
11,5
GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG
195971
4603600
4603611
12
3
4
GTCGTCGTCGTC
197563
189
6.Gene GBSSI/Waxy (Wx) (Oryza sativa granule-bound starch synthase (Waxy) gene,) , código Genbank AF141955, cromossomo 6, início
1763741 pb, fim 1770128 pb
Início
Fim
tamanho
da
repetição
tipo de
repetição
(pb)
número de
repetições
Sequência
Posição início do
gene (pb)
1564671
1564686
16
3
5,33
GGCGGCGGCGGCGGCG
-199055
1566536
1566548
13
4
3,25
TAGCTAGCTAGCT
-197193
1567501
1567519
19
2
9,5
GAGAGAGAGAGAGAGAGAG
-196222
1567616
1567627
12
2
6
CGCGCGCGCGCG
-196114
1569021
1569031
11
2
5,5
CTCTCTCTCTC
-194710
1572511
1572522
12
3
4
CGGCGGCGGCGG
-191219
1572865
1572876
12
3
4
CATCATCATCAT
-190865
1576154
1576169
16
3
5,33
CGCCGCCGCCGCCGCC
-187572
1576207
1576226
20
5
4
GTCCAGTCCAGTCCAGTCCA
-187515
1576991
1577004
14
4
3,5
AAGAAAGAAAGAAA
-186737
1577113
1577127
15
4
3,75
AAACAAACAAACAAA
-186614
1577845
1577859
15
5
3
AAAATAAAATAAAAT
-185882
1579276
1579293
18
3
6
GCGGCGGCGGCGGCGGCG
-184448
1579322
1579334
13
3
4,33
GCGGCGGCGGCGG
-184407
1587508
1587519
12
3
4
TCCTCCTCCTCC
-176222
1587880
1587893
14
4
3,5
CGTGCGTGCGTGCG
-175848
1589490
1589505
16
4
4
CTTTCTTTCTTTCTTT
-174236
1595730
1595742
13
3
4,33
GCAGCAGCAGCAG
-167999
1595809
1595830
22
5
4,4
AGAAAAGAAAAGAAAAGAAAAG
-167911
1595877
1595888
12
3
4
GCAGCAGCAGCA
-167853
1596399
1596413
15
4
3,75
AAGGAAGGAAGGAAG
-167328
1596516
1596527
12
3
4
TACTACTACTAC
-167214
1596560
1596579
20
5
4
TGATCTGATCTGATCTGATC
-167162
1599495
1599511
17
3
5,67
ACTACTACTACTACTAC
-164230
1599658
1599672
15
3
5
GTAGTAGTAGTAGTA
-164069
1601201
1601217
17
2
8,5
AGAGAGAGAGAGAGAGA
-162524
1601307
1601321
15
5
3
AGCTGAGCTGAGCTG
-162420
1602258
1602276
19
3
6,33
GCAGCAGCAGCAGCAGCAG
-161465
1602484
1602499
16
4
4
CTGCCTGCCTGCCTGC
-161242
190
1604397
1604413
17
3
5,67
TCCTCCTCCTCCTCCTC
-159328
1604427
1604438
12
3
4
CCACCACCACCA
-159303
1604445
1604462
18
5
3,6
CAGCTCAGCTCAGCTCAG
-159279
1604482
1604493
12
2
6
CTCTCTCTCTCT
-159248
1604537
1604552
16
5
3,2
GTGCAGTGCAGTGCAG
-159189
1604651
1604662
12
2
6
AGAGAGAGAGAG
-159079
1604674
1604687
14
3
4,67
GTGGTGGTGGTGGT
-159054
1604777
1604788
12
3
4
GGTGGTGGTGGT
-158953
1604834
1604845
12
3
4
GGTGGTGGTGGT
-158896
1604877
1604890
14
3
4,67
GGAGGAGGAGGAGG
-158851
1605152
1605170
19
5
3,8
TTTTCTTTTCTTTTCTTTT
-158571
1606245
1606256
12
3
4
AGTAGTAGTAGT
-157485
1611056
1611067
12
3
4
ATGATGATGATG
-152674
1611442
1611468
27
3
9
TGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGC
-152273
1612312
1612327
16
3
5,33
CAGCAGCAGCAGCAGC
-151414
1612463
1612478
16
5
3,2
AGGTCAGGTCAGGTCA
-151263
1612672
1612685
14
4
3,5
AAGCAAGCAAGCAA
-151056
1613716
1613730
15
2
7,5
ACACACACACACACA
-150011
1618691
1618703
13
4
3,25
ATCGATCGATCGA
-145038
1618849
1618861
13
3
4,33
CGCCGCCGCCGCC
-144880
1619097
1619108
12
3
4
GGTGGTGGTGGT
-144633
1619141
1619153
13
3
4,33
GAGGAGGAGGAGG
-144588
1620522
1620540
19
4
4,75
GGCCGGCCGGCCGGCCGGC
-143201
1623106
1623121
16
3
5,33
GCTGCTGCTGCTGCTG
-140620
1628729
1628744
16
3
5,33
CTCCTCCTCCTCCTCC
-134997
1628780
1628798
19
5
3,8
CCAACCCAACCCAACCCAA
-134943
1628919
1628935
17
3
5,67
GAAGAAGAAGAAGAAGA
-134806
1629104
1629119
16
3
5,33
CGCCGCCGCCGCCGCC
-134622
1629363
1629376
14
2
7
CTCTCTCTCTCTCT
-134365
1632499
1632511
13
4
3,25
TTATTTATTTATT
-131230
1634167
1634179
13
3
4,33
CGCCGCCGCCGCC
-129562
1639803
1639814
12
3
4
ACCACCACCACC
-123927
1639815
1639833
19
3
6,33
GCTGCTGCTGCTGCTGCTG
-123908
1641632
1641648
17
3
5,67
AAGAAGAAGAAGAAGAA
-122093
1642082
1642095
14
3
4,67
GGCGGCGGCGGCGG
-121646
191
1642551
1642569
19
6
3,17
CCTTCTCCTTCTCCTTCTC
-121172
1642664
1642682
19
3
6,33
GGCGGCGGCGGCGGCGGCG
-121059
1644637
1644648
12
3
4
CGTCGTCGTCGT
-119093
1646747
1646759
13
3
4,33
GAGGAGGAGGAGG
-116982
1646825
1646837
13
3
4,33
GCCGCCGCCGCCG
-116904
1646911
1646925
15
3
5
GAGGAGGAGGAGGAG
-116816
1650931
1650942
12
3
4
GTTGTTGTTGTT
-112799
1660465
1660477
13
2
6,5
GAGAGAGAGAGAG
-103264
1664730
1664750
21
2
10,5
TATATATATATATATATATAT
-98991
1665841
1665855
15
3
5
GCTGCTGCTGCTGCT
-97886
1673239
1673252
14
2
7
GAGAGAGAGAGAGA
-90489
1673325
1673339
15
5
3
ATGAAATGAAATGAA
-90402
1675992
1676020
29
4
7,25
GAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAG
-87721
1676366
1676386
21
4
5,25
GCGAGCGAGCGAGCGAGCGAG
-87355
1676745
1676755
11
2
5,5
CTCTCTCTCTC
-86986
1676848
1676861
14
2
7
CTCTCTCTCTCTCT
-86880
1676925
1676938
14
4
3,5
TGGCTGGCTGGCTG
-86803
1677141
1677163
23
6
3,83
GCTGCCGCTGCCGCTGCCGCTGC
-86578
1678337
1678360
24
2
12
ATATATATATATATATATATATAT
-85381
1687853
1687869
17
5
3,4
GAGGTGAGGTGAGGTGA
-75872
1689745
1689758
14
4
3,5
CCATCCATCCATCC
-73983
1689825
1689843
19
5
3,8
TAGCTTAGCTTAGCTTAGC
-73898
1691805
1691816
12
3
4
CGACGACGACGA
-71925
1692077
1692088
12
3
4
GCGGCGGCGGCG
-71653
1692184
1692198
15
4
3,75
ATTGATTGATTGATT
-71543
1692196
1692211
16
4
4
ATTAATTAATTAATTA
-71530
1693613
1693623
11
2
5,5
TCTCTCTCTCT
-70118
1694202
1694226
25
4
6,25
ACCAACCAACCAACCAACCAACCAA
-69515
1696885
1696897
13
3
4,33
GCTGCTGCTGCTG
-66844
1696984
1697030
47
2
23,5
TATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAT
-66711
1697347
1697359
13
4
3,25
GCATGCATGCATG
-66382
1697669
1697688
20
4
5
GATCGATCGATCGATCGATC
-66053
1697962
1697975
14
2
7
ACACACACACACAC
-65766
1698603
1698619
17
2
8,5
CTCTCTCTCTCTCTCTC
-65122
1698731
1698744
14
4
3,5
TCGATCGATCGATC
-64997
192
1698825
1698839
15
3
5
GTCGTCGTCGTCGTC
-64902
1698905
1698918
14
4
3,5
CATGCATGCATGCA
-64823
1699269
1699282
14
3
4,67
CGCCGCCGCCGCCG
-64459
1699378
1699389
12
3
4
CGCCGCCGCCGC
-64352
1700548
1700566
19
4
4,75
ATCTATCTATCTATCTATC
-63175
1700984
1701001
18
6
3
CGGAGGCGGAGGCGGAGG
-62740
1701534
1701549
16
4
4
GATCGATCGATCGATC
-62192
1701559
1701572
14
3
4,67
ACTACTACTACTAC
-62169
1701772
1701787
16
2
8
AGAGAGAGAGAGAGAG
-61954
1701824
1701838
15
4
3,75
GATGGATGGATGGAT
-61903
1701998
1702010
13
4
3,25
AGCCAGCCAGCCA
-61731
1702239
1702250
12
3
4
CAACAACAACAA
-61491
1702296
1702313
18
4
4,5
TCTATCTATCTATCTATC
-61428
1702434
1702446
13
4
3,25
GACAGACAGACAG
-61295
1702728
1702739
12
2
6
CACACACACACA
-61002
1704349
1704364
16
4
4
GATCGATCGATCGATC
-59377
1704423
1704434
12
3
4
CGACGACGACGA
-59307
1704852
1704907
56
2
28
TATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATA
-58834
1704906
1704945
40
4
10
TAGTTAGTTAGTTAGTTAGTTAGTTAGTTAGTTAGTTAGT
-58796
1705335
1705352
18
2
9
CTCTCTCTCTCTCTCTCT
-58389
1705677
1705689
13
2
6,5
GAGAGAGAGAGAG
-58052
1708296
1708313
18
4
4,5
ATTAATTAATTAATTAAT
-55428
1708445
1708455
11
2
5,5
TGTGTGTGTGT
-55286
1708455
1708477
23
2
11,5
TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT
-55264
1708481
1708510
30
2
15
TATATATATATATATATATATATATATATA
-55231
1708510
1708522
13
2
6,5
ACACACACACACA
-55219
1708603
1708623
21
6
3,5
TATGTATATGTATATGTATAT
-55118
1708636
1708652
17
2
8,5
ATATATATATATATATA
-55089
1708654
1708665
12
2
6
ATATATATATAT
-55076
1708688
1708702
15
2
7,5
ATATATATATATATA
-55039
1708720
1708732
13
2
6,5
ATATATATATATA
-55009
1708776
1708810
35
10
3,5
ATATATACATATATATACATATATATACATATATA
-54931
1716304
1716318
15
2
7,5
ATATATATATATATA
-47423
1716320
1716386
67
2
33,5
ATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATA
-47355
1716380
1716408
29
8
3,62
ATATATACATATATACATATATACATATA
-47333
193
1716404
1716459
56
8
7
ATATACATATATACATATATACATATATACATATATACATATATACATATATACAT
-47282
1716476
1716522
47
2
23,5
ACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACA
-47219
1716522
1716551
30
2
15
ATATATATATATATATATATATATATATAT
-47190
1719222
1719233
12
3
4
CAGCAGCAGCAG
-44508
1719468
1719481
14
4
3,5
CGATCGATCGATCG
-44260
1727514
1727526
13
3
4,33
CCTCCTCCTCCTC
-36215
1728753
1728764
12
3
4
CCGCCGCCGCCG
-34977
1728772
1728793
22
3
7,33
GAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGG
-34948
1728862
1728885
24
7
3,43
GGGATTTGGGATTTGGGATTTGGG
-34856
1728965
1728982
18
3
6
CGACGACGACGACGACGA
-34759
1728989
1729010
22
2
11
CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT
-34731
1731171
1731182
12
3
4
CGCCGCCGCCGC
-32559
1732829
1732844
16
3
5,33
CATCATCATCATCATC
-30897
1734051
1734062
12
3
4
GCGGCGGCGGCG
-29679
1736030
1736046
17
3
5,67
AGAAGAAGAAGAAGAAG
-27695
1736121
1736136
16
5
3,2
AAGAAAAGAAAAGAAA
-27605
1736130
1736144
15
4
3,75
AAAGAAAGAAAGAAA
-27597
1736211
1736222
12
3
4
TTCTTCTTCTTC
-27519
1736396
1736415
20
3
6,67
CGGCGGCGGCGGCGGCGGCG
-27326
1736734
1736747
14
3
4,67
CACCACCACCACCA
-26994
1737270
1737280
11
2
5,5
TGTGTGTGTGT
-26461
1738873
1738891
19
4
4,75
GCCTGCCTGCCTGCCTGCC
-24850
1739068
1739081
14
4
3,5
GATGGATGGATGGA
-24660
1740567
1740585
19
6
3,17
GGCGAGGGCGAGGGCGAGG
-23156
1740927
1740937
11
2
5,5
GTGTGTGTGTG
-22804
1741290
1741302
13
3
4,33
GGCGGCGGCGGCG
-22439
1741800
1741814
15
5
3
TTGGGTTGGGTTGGG
-21927
1741825
1741843
19
4
4,75
GATGGATGGATGGATGGAT
-21898
1747597
1747608
12
3
4
GTCGTCGTCGTC
-16133
1751065
1751085
21
4
5,25
TAGATAGATAGATAGATAGAT
-12656
1753967
1753983
17
4
4,25
TGAGTGAGTGAGTGAGT
-9758
1754054
1754065
12
3
4
GAGGAGGAGGAG
-9676
1754688
1754707
20
4
5
GGCCGGCCGGCCGGCCGGCC
-9034
1754907
1754922
16
4
4
TTTCTTTCTTTCTTTC
-8819
1755024
1755038
15
5
3
GGTCTGGTCTGGTCT
-8703
194
1755073
1755085
13
3
4,33
CAGCAGCAGCAGC
-8656
1759816
1759833
18
3
6
CGCCGCCGCCGCCGCCGC
-3908
1760374
1760390
17
2
8,5
CTCTCTCTCTCTCTCTC
-3351
1760506
1760517
12
3
4
CGGCGGCGGCGG
-3224
1760998
1761018
21
5
4,2
AATCCAATCCAATCCAATCCA
-2723
1761160
1761171
12
3
4
CACCACCACCAC
-2570
1762215
1762226
12
2
6
CTCTCTCTCTCT
-1515
1762354
1762366
13
3
4,33
GAGGAGGAGGAGG
-1375
1764117
1764128
12
2
6
GCGCGCGCGCGC
DENTRO DO GENE
1764282
1764294
13
4
3,25
CGCACGCACGCAC
DENTRO DO GENE
1764670
1764706
37
2
18,5
TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT
DENTRO DO
GENE
1764889
1764908
20
4
5
AATTAATTAATTAATTAATT
DENTRO DO GENE
1766079
1766089
11
2
5,5
GCGCGCGCGCG
DENTRO DO GENE
1768543
1768558
16
5
3,2
TGCAATGCAATGCAAT
DENTRO DO GENE
1771895
1771905
11
2
5,5
TATATATATAT
1767
1775760
1775770
11
2
5,5
CGCGCGCGCGC
5632
1775781
1775795
15
5
3
ACGCGACGCGACGCG
5653
1775817
1775832
16
5
3,2
GGCGAGGCGAGGCGAG
5689
1776003
1776020
18
3
6
CGGCGGCGGCGGCGGCGG
5875
1776063
1776074
12
3
4
CGGCGGCGGCGG
5935
1776217
1776230
14
4
3,5
TTTCTTTCTTTCTT
6089
1776338
1776355
18
5
3,6
AAAAGAAAAGAAAAGAAA
6210
1782831
1782849
19
6
3,17
GCGCAGGCGCAGGCGCAGG
12703
1782874
1782895
22
5
4,4
GGTGCGGTGCGGTGCGGTGCGG
12746
1783022
1783034
13
2
6,5
CGCGCGCGCGCGC
12894
1783099
1783110
12
2
6
CGCGCGCGCGCG
12971
1783162
1783175
14
2
7
CGCGCGCGCGCGCG
13034
1783173
1783187
15
4
3,75
GCGTGCGTGCGTGCG
13045
1783578
1783592
15
3
5
CGGCGGCGGCGGCGG
13450
1784635
1784646
12
3
4
GCTGCTGCTGCT
14507
1786409
1786423
15
3
5
TACTACTACTACTAC
16281
1788814
1788826
13
4
3,25
AACAAACAAACAA
18686
1789930
1789943
14
3
4,67
CGGCGGCGGCGGCG
19802
1790086
1790100
15
3
5
GCCGCCGCCGCCGCC
19958
195
1790943
1790959
17
4
4,25
AGGCAGGCAGGCAGGCA
20815
1791696
1791712
17
5
3,4
AAACCAAACCAAACCAA
21568
1794976
1794989
14
3
4,67
AACAACAACAACAA
24848
1800192
1800210
19
2
9,5
ATATATATATATATATATA
30064
1801882
1801899
18
2
9
ACACACACACACACACAC
31754
1802537
1802551
15
5
3
GTGTGGTGTGGTGTG
32409
1807504
1807519
16
5
3,2
AGAAAAGAAAAGAAAA
37376
1813105
1813118
14
4
3,5
TTAGTTAGTTAGTT
42977
1815084
1815100
17
5
3,4
CGACTCGACTCGACTCG
44956
1815143
1815154
12
3
4
TTCTTCTTCTTC
45015
1815394
1815411
18
6
3
TGCGGGTGCGGGTGCGGG
45266
1815448
1815461
14
3
4,67
CGTCGTCGTCGTCG
45320
1820385
1820396
12
3
4
GATGATGATGAT
50257
1825034
1825046
13
4
3,25
AGCAAGCAAGCAA
54906
1825181
1825197
17
3
5,67
GCCGCCGCCGCCGCCGC
55053
1825253
1825272
20
3
6,67
GGAGGAGGAGGAGGAGGAGG
55125
1827671
1827683
13
4
3,25
TGCATGCATGCAT
57543
1828315
1828326
12
2
6
TATATATATATA
58187
1828328
1828347
20
2
10
ATATATATATATATATATAT
58200
1831550
1831566
17
3
5,67
GAGGAGGAGGAGGAGGA
61422
1831959
1831971
13
3
4,33
GGCGGCGGCGGCG
61831
1832024
1832040
17
2
8,5
TCTCTCTCTCTCTCTCT
61896
1832042
1832060
19
2
9,5
TCTCTCTCTCTCTCTCTCT
61914
1832357
1832383
27
6
4,5
TGCGAGTGCGAGTGCGAGTGCGAGTGC
62229
1838123
1838134
12
3
4
TCATCATCATCA
67995
1841775
1841789
15
3
5
GGAGGAGGAGGAGGA
71647
1842581
1842594
14
4
3,5
GATCGATCGATCGA
72453
1846926
1846943
18
5
3,6
CTCCCCTCCCCTCCCCTC
76798
1846990
1847008
19
5
3,8
CCCCTCCCCTCCCCTCCCC
76862
1850576
1850590
15
5
3
TCAGATCAGATCAGA
80448
1853624
1853636
13
3
4,33
AATAATAATAATA
83496
1854915
1854927
13
3
4,33
AGTAGTAGTAGTA
84787
1859014
1859024
11
2
5,5
ATATATATATA
88886
1859884
1859896
13
4
3,25
GATGGATGGATGG
89756
1863586
1863599
14
3
4,67
TCCTCCTCCTCCTC
93458
196
1874701
1874712
12
3
4
CGACGACGACGA
104573
1874826
1874837
12
3
4
CGGCGGCGGCGG
104698
1879234
1879245
12
3
4
GGAGGAGGAGGA
109106
1879258
1879269
12
3
4
TGGTGGTGGTGG
109130
1884502
1884520
19
6
3,17
AGACCAAGACCAAGACCAA
114374
1885628
1885641
14
3
4,67
TTGTTGTTGTTGTT
115500
1888748
1888765
18
2
9
CTCTCTCTCTCTCTCTCT
118620
1888879
1888903
25
2
12,5
TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT
118751
1890761
1890772
12
3
4
CGACGACGACGA
120633
1890836
1890848
13
3
4,33
GCCGCCGCCGCCG
120708
1890902
1890914
13
3
4,33
CGTCGTCGTCGTC
120774
1892879
1892889
11
2
5,5
TATATATATAT
122751
1894192
1894260
69
3
23
TATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTAT
124064
1894287
1894299
13
3
4,33
TCTTCTTCTTCTT
124159
1894750
1894762
13
3
4,33
CGACGACGACGAC
124622
1894849
1894880
32
5
6,4
GGGGAGGGGAGGGGAGGGGAGGGGAGGGGAGG
124721
1894953
1894964
12
3
4
CGACGACGACGA
124825
1896549
1896564
16
3
5,33
CGGCGGCGGCGGCGGC
126421
1898813
1898831
19
3
6,33
CGGCGGCGGCGGCGGCGGC
128685
1898858
1898872
15
3
5
GCCGCCGCCGCCGCC
128730
1898981
1898998
18
3
6
CGGCGGCGGCGGCGGCGG
128853
1900364
1900378
15
3
5
ATTATTATTATTATT
130236
1902444
1902455
12
3
4
AGCAGCAGCAGC
132316
1905750
1905762
13
3
4,33
ATAATAATAATAA
135622
1907947
1907965
19
6
3,17
CTCCCTCTCCCTCTCCCTC
137819
1908185
1908204
20
2
10
AGAGAGAGAGAGAGAGAGAG
138057
1916722
1916734
13
2
6,5
GAGAGAGAGAGAG
146594
1916760
1916771
12
3
4
GCGGCGGCGGCG
146632
1920921
1920938
18
6
3
CTACTGCTACTGCTACTG
150793
1921753
1921766
14
3
4,67
CGGCGGCGGCGGCG
151625
1923724
1923736
13
4
3,25
CGTACGTACGTAC
153596
1923771
1923787
17
4
4,25
GATCGATCGATCGATCG
153643
1923841
1923853
13
4
3,25
ACGTACGTACGTA
153713
1923888
1923903
16
3
5,33
GGAGGAGGAGGAGGAG
153760
1923942
1923958
17
3
5,67
CGGCGGCGGCGGCGGCG
153814
197
1924053
1924069
17
3
5,67
CGGCGGCGGCGGCGGCG
153925
1926406
1926425
20
6
3,33
CCACCTCCACCTCCACCTCC
156278
1926436
1926447
12
3
4
GCCGCCGCCGCC
156308
1926535
1926549
15
4
3,75
GAGGGAGGGAGGGAG
156407
1931676
1931689
14
4
3,5
AATTAATTAATTAA
161548
1933869
1933891
23
2
11,5
TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT
163741
1935316
1935328
13
2
6,5
TCTCTCTCTCTCT
165188
1936874
1936891
18
5
3,6
CTCCCCTCCCCTCCCCTC
166746
1936971
1936983
13
2
6,5
CTCTCTCTCTCTC
166843
1946011
1946031
21
6
3,5
TTTCTTTTTCTTTTTCTTTTT
175883
1946128
1946140
13
4
3,25
AGAAAGAAAGAAA
176000
1948556
1948568
13
3
4,33
CGCCGCCGCCGCC
178428
1953829
1953839
11
2
5,5
TATATATATAT
183701
1953918
1953930
13
4
3,25
AAGCAAGCAAGCA
183790
1954905
1954916
12
2
6
GTGTGTGTGTGT
184777
1955068
1955081
14
4
3,5
GCCGGCCGGCCGGC
184940
1957137
1957150
14
4
3,5
CATGCATGCATGCA
187009
1957306
1957318
13
4
3,25
GCATGCATGCATG
187178
1957641
1957652
12
3
4
ACCACCACCACC
187513
1957659
1957670
12
2
6
CTCTCTCTCTCT
187531
1957730
1957749
20
4
5
CATCCATCCATCCATCCATC
187602
1957766
1957777
12
2
6
CTCTCTCTCTCT
187638
1957919
1957930
12
3
4
AGCAGCAGCAGC
187791
1958421
1958435
15
4
3,75
GATCGATCGATCGAT
188293
1961060
1961075
16
4
4
ATTGATTGATTGATTG
190932
1961269
1961283
15
4
3,75
TAATTAATTAATTAA
191141
1961538
1961557
20
3
6,67
GCCGCCGCCGCCGCCGCCGC
191410
1961660
1961677
18
3
6
GCGGCGGCGGCGGCGGCG
191532
1962322
1962339
18
3
6
GCCGCCGCCGCCGCCGCC
192194
1962344
1962355
12
3
4
GCTGCTGCTGCT
192216
1962450
1962467
18
3
6
GTGGTGGTGGTGGTGGTG
192322
1962480
1962493
14
3
4,67
CGCCGCCGCCGCCG
192352
1964028
1964090
63
2
31,5
TATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAT
193900
1966377
1966388
12
2
6
AGAGAGAGAGAG
196249
1967191
1967215
25
2
12,5
ATATATATATATATATATATATATA
197063
198
1967769
1967781
13
4
3,25
TGCATGCATGCAT
197641
1968045
1968058
14
4
3,5
GCCGGCCGGCCGGC
197917
1968191
1968212
22
4
5,5
TCGATCGATCGATCGATCGATC
198063
1970121
1970133
13
4
3,25
AGGTAGGTAGGTA
199993
7. Gene SBE-1 (Oryza sativa gene for starch branching enzyme I,) , código Genbank D10838, cromossomo 6, início 30896380 pb, fim 30904805
pb
Início
Fim
tamanho
da
repetição
tipo de
repetiçã
o (pb)
número de
repetições
Sequência
Posição
início do
gene (pb)
30.697.188
30.697.203
16
3
5,33
CTCCTCCTCCTCCTCC
-199.177
30.702.393
30.702.456
64
2
32
ATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAT
-193.924
30.704.759
30.704.785
27
5
5,4
GAAAAGAAAAGAAAAGAAAAGAAAAGA
-191.595
30.710.998
30.711.009
12
2
6
TCTCTCTCTCTC
-185.371
30.711.126
30.711.137
12
3
4
CGCCGCCGCCGC
-185.243
30.711.762
30.711.774
13
3
4,33
GCCGCCGCCGCCG
-184.606
30.712.567
30.712.579
13
4
3,25
TTAATTAATTAAT
-183.801
30.718.594
30.718.604
11
2
5,5
CTCTCTCTCTC
-186.201
30.718.703
30.718.714
12
3
4
GCGGCGGCGGCG
-186.091
30.719.378
30.719.393
16
3
5,33
CGCCGCCGCCGCCGCC
-185.412
30.721.709
30.721.720
12
3
4
TATTATTATTAT
-183.085
30.731.133
30.731.144
12
3
4
CTCCTCCTCCTC
-165.236
30.731.193
30.731.204
12
3
4
CTCCTCCTCCTC
-165.176
30.731.763
30.731.781
19
3
6,33
GGCGGCGGCGGCGGCGGCG
-164.599
30.733.686
30.733.700
15
5
3
ATTTTATTTTATTTT
-162.680
30.735.871
30.735.882
12
3
4
TCGTCGTCGTCG
-160.498
30.739.177
30.739.190
14
2
7
CGCGCGCGCGCGCG
-157.190
30.745.470
30.745.486
17
4
4,25
CGATCGATCGATCGATC
-150.894
30.745.648
30.745.663
16
4
4
GTACGTACGTACGTAC
-150.717
30.745.815
30.745.845
31
2
15,5
ATATATATATATATATATATATATATATATA
-150.535
30.746.784
30.746.807
24
2
12
TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC
-149.573
30.748.329
30.748.344
16
3
5,33
CGGCGGCGGCGGCGGC
-148.036
30.748.497
30.748.509
13
3
4,33
GACGACGACGACG
-147.871
30.749.880
30.749.918
39
2
19,5
TATATATATATATATATATATATATATATATATATATAT
-146.462
199
30.750.506
30.750.521
16
3
5,33
CTCCTCCTCCTCCTCC
-145.859
30.755.702
30.755.717
16
2
8
ATATATATATATATAT
-140.663
30.756.908
30.756.920
13
3
4,33
CGTCGTCGTCGTC
-139.460
30.757.009
30.757.020
12
3
4
GCCGCCGCCGCC
-139.360
30.757.172
30.757.201
30
2
15
CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT
-139.179
30.757.212
30.757.226
15
2
7,5
ATATATATATATATA
-139.154
30.757.969
30.757.980
12
2
6
GAGAGAGAGAGA
-138.400
30.758.086
30.758.099
14
4
3,5
AAGCAAGCAAGCAA
-138.281
30.760.923
30.760.935
13
4
3,25
AATCAATCAATCA
-135.445
30.761.975
30.761.989
15
3
5
GCGGCGGCGGCGGCG
-134.391
30.764.893
30.764.905
13
3
4,33
TGTTGTTGTTGTT
-131.475
30.769.919
30.769.942
24
5
4,8
AAAAGAAAAGAAAAGAAAAGAAAA
-126.438
30.772.613
30.772.633
21
5
4,2
ACCAAACCAAACCAAACCAAA
-123.747
30.775.356
30.775.371
16
3
5,33
TCGTCGTCGTCGTCGT
-121.009
30.776.237
30.776.253
17
3
5,67
TCATCATCATCATCATC
-120.127
30.776.252
30.776.265
14
3
4,67
TCGTCGTCGTCGTC
-120.115
30.777.842
30.777.854
13
2
6,5
ATATATATATATA
-118.526
30.778.893
30.778.909
17
3
5,67
CCGCCGCCGCCGCCGCC
-117.471
30.784.065
30.784.076
12
2
6
CTCTCTCTCTCT
-112.304
30.784.076
30.784.097
22
4
5,5
TTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTT
-112.283
30.784.215
30.784.225
11
2
5,5
TATATATATAT
-112.155
30.786.736
30.786.788
53
2
26,5
ATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATA
-109.592
30.788.375
30.788.398
24
6
4
TCCTCTTCCTCTTCCTCTTCCTCT
-107.982
30.790.304
30.790.316
13
4
3,25
GAATGAATGAATG
-106.064
30.791.507
30.791.525
19
4
4,75
AATGAATGAATGAATGAAT
-104.855
30.791.935
30.791.947
13
4
3,25
TCGATCGATCGAT
-104.433
30.798.593
30.798.607
15
2
7,5
CTCTCTCTCTCTCTC
-97.773
30.798.916
30.798.927
12
3
4
CGCCGCCGCCGC
-97.453
30.798.943
30.798.959
17
3
5,67
CGGCGGCGGCGGCGGCG
-97.421
30.798.964
30.798.977
14
3
4,67
CGGCGGCGGCGGCG
-97.403
30.799.091
30.799.102
12
3
4
GCGGCGGCGGCG
-97.278
30.799.159
30.799.170
12
3
4
GCGGCGGCGGCG
-97.210
30.799.410
30.799.423
14
3
4,67
AGCAGCAGCAGCAG
-96.957
30.799.750
30.799.771
22
4
5,5
TCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTC
-96.609
30.800.175
30.800.189
15
5
3
TACATTACATTACAT
-96.191
30.800.214
30.800.226
13
3
4,33
ATCATCATCATCA
-96.154
30.800.790
30.800.808
19
2
9,5
TCTCTCTCTCTCTCTCTCT
-95.572
30.802.016
30.802.026
11
2
5,5
GTGTGTGTGTG
-94.354
200
30.802.346
30.802.361
16
3
5,33
TATTATTATTATTATT
-94.019
30.814.910
30.814.925
16
5
3,2
AGGAAAGGAAAGGAAA
-81.455
30.823.602
30.823.615
14
4
3,5
ATGCATGCATGCAT
-72.765
30.823.796
30.823.807
12
3
4
ATTATTATTATT
-72.573
30.824.275
30.824.293
19
6
3,17
GCAGATGCAGATGCAGATG
-72.087
30.824.934
30.824.948
15
4
3,75
GAAGGAAGGAAGGAA
-71.432
30.825.077
30.825.091
15
5
3
CTGCTCTGCTCTGCT
-71.289
30.827.469
30.827.483
15
4
3,75
GAAAGAAAGAAAGAA
-68.897
30.828.228
30.828.240
13
3
4,33
AGTAGTAGTAGTA
-68.140
30.829.132
30.829.145
14
3
4,67
CGCCGCCGCCGCCG
-67.235
30.829.388
30.829.398
11
2
5,5
GTGTGTGTGTG
-66.982
30.830.910
30.830.923
14
2
7
TGTGTGTGTGTGTG
-65.457
30.831.129
30.831.191
63
4
15,75
ATACATACATACATACATACATACATACATACATACATACATACATACATACATACATACATA
-65.189
30.831.200
30.831.210
11
2
5,5
ATATATATATA
-65.170
30.831.214
30.831.232
19
6
3,17
ATATACATATACATATACA
-65.148
30.831.230
30.831.240
11
2
5,5
ACACACACACA
-65.140
30.831.242
30.831.268
27
2
13,5
ACACACACACACACACACACACACACA
-65.112
30.831.268
30.831.282
15
2
7,5
ATATATATATATATA
-65.098
30.831.676
30.831.742
67
2
33,5
TATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAT
-64.638
30.831.740
30.831.845
106
4
26,5
TATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTA
TGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTA
-64.535
30.832.092
30.832.113
22
2
11
TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC
-64.267
30.832.221
30.832.233
13
2
6,5
CGCGCGCGCGCGC
-64.147
30.832.312
30.832.335
24
8
3
GCAGCCGCGCAGCCGCGCAGCCGC
-64.045
30.834.600
30.834.617
18
2
9
ATATATATATATATATAT
-61.763
30.834.619
30.834.635
17
2
8,5
TATATATATATATATAT
-61.745
30.834.688
30.834.699
12
2
6
ATATATATATAT
-61.681
30.834.723
30.834.739
17
2
8,5
TATATATATATATATAT
-61.641
30.834.752
30.834.778
27
2
13,5
ACACACACACACACACACACACACACA
-61.602
30.834.778
30.834.834
57
2
28,5
ATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATA
-61.546
30.834.838
30.834.852
15
2
7,5
ATATATATATATATA
-61.528
30.834.862
30.834.874
13
2
6,5
ATATATATATATA
-61.506
30.834.884
30.834.900
17
2
8,5
ATATATATATATATATA
-61.480
30.834.910
30.834.928
19
2
9,5
ATATATATATATATATATA
-61.452
30.834.938
30.834.954
17
2
8,5
ATATATATATATATATA
-61.426
30.834.956
30.834.972
17
2
8,5
ATATATATATATATATA
-61.408
30.834.978
30.834.997
20
2
10
ATATATATATATATATATAT
-61.383
201
30.837.991
30.838.002
12
3
4
CTGCTGCTGCTG
-58.378
30.838.265
30.838.276
12
2
6
TCTCTCTCTCTC
-58.104
30.838.846
30.838.861
16
3
5,33
ATCATCATCATCATCA
-57.519
30.842.833
30.842.850
18
4
4,5
TATTTATTTATTTATTTA
-53.530
30.843.067
30.843.134
68
3
22,67
TTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATT
-53.246
30.844.929
30.844.945
17
5
3,4
AATTGAATTGAATTGAA
-51.435
30.845.339
30.845.354
16
3
5,33
GCAGCAGCAGCAGCAG
-51.026
30.845.354
30.845.367
14
3
4,67
GTGGTGGTGGTGGT
-51.013
30.846.279
30.846.290
12
3
4
CGTCGTCGTCGT
-50.090
30.846.639
30.846.655
17
3
5,67
CGGCGGCGGCGGCGGCG
-49.725
30.847.416
30.847.429
14
3
4,67
GGCGGCGGCGGCGG
-48.951
30.849.058
30.849.070
13
4
3,25
CCTCCCTCCCTCC
-47.310
30.850.214
30.850.227
14
4
3,5
ATGGATGGATGGAT
-46.153
30.850.881
30.850.891
11
2
5,5
ATATATATATA
-45.489
30.851.377
30.851.389
13
4
3,25
CTATCTATCTATC
-44.991
30.853.580
30.853.594
15
4
3,75
ATGCATGCATGCATG
-42.786
30.853.755
30.853.766
12
2
6
ATATATATATAT
-42.614
30.854.252
30.854.264
13
4
3,25
ACGCACGCACGCA
-42.116
30.854.742
30.854.753
12
3
4
CGCCGCCGCCGC
-41.627
30.858.228
30.858.239
12
3
4
CTCCTCCTCCTC
-38.141
30.863.581
30.863.592
12
3
4
GACGACGACGAC
-32.788
30.863.864
30.863.879
16
4
4
ATCGATCGATCGATCG
-32.501
30.864.964
30.864.980
17
3
5,67
AGAAGAAGAAGAAGAAG
-31.400
30.865.082
30.865.095
14
3
4,67
CGGCGGCGGCGGCG
-31.285
30.865.203
30.865.222
20
6
3,33
CGCCTCCGCCTCCGCCTCCG
-31.158
30.865.272
30.865.285
14
3
4,67
CCTCCTCCTCCTCC
-31.095
30.865.316
30.865.327
12
3
4
CCGCCGCCGCCG
-31.053
30.865.520
30.865.536
17
3
5,67
CCGCCGCCGCCGCCGCC
-30.844
30.866.713
30.866.727
15
4
3,75
GCTAGCTAGCTAGCT
-29.653
30.870.366
30.870.382
17
2
8,5
CTCTCTCTCTCTCTCTC
-25.998
30.870.508
30.870.518
11
2
5,5
CGCGCGCGCGC
-25.862
30.871.672
30.871.684
13
3
4,33
CGCCGCCGCCGCC
-24.696
30.872.001
30.872.011
11
2
5,5
CTCTCTCTCTC
-24.369
30.872.020
30.872.031
12
2
6
CGCGCGCGCGCG
-24.349
30.872.128
30.872.140
13
4
3,25
TCCCTCCCTCCCT
-24.240
30.875.984
30.876.001
18
6
3
GGCCTTGGCCTTGGCCTT
-20.379
30.876.670
30.876.681
12
3
4
CGGCGGCGGCGG
-19.699
30.876.818
30.876.830
13
3
4,33
GGCGGCGGCGGCG
-19.550
202
30.877.897
30.877.909
13
4
3,25
ATGCATGCATGCA
-18.471
30.882.931
30.882.943
13
4
3,25
TAGCTAGCTAGCT
-13.437
30.883.292
30.883.304
13
4
3,25
GATCGATCGATCG
-13.076
30.883.942
30.883.958
17
2
8,5
TATATATATATATATAT
-12.422
30.883.959
30.883.991
33
2
16,5
TATATATATATATATATATATATATATATATAT
-12.389
30.887.516
30.887.531
16
5
3,2
CAACACAACACAACAC
-8.849
30.889.374
30.889.395
22
3
7,33
AGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAA
-6.985
30.890.078
30.890.091
14
3
4,67
GCGGCGGCGGCGGC
-6.289
30.891.417
30.891.429
13
4
3,25
TTATTTATTTATT
-4.951
30.892.858
30.892.869
12
3
4
GAGGAGGAGGAG
-3.511
30.893.248
30.893.265
18
3
6
CCGCCGCCGCCGCCGCCG
-3.115
30.893.931
30.893.942
12
3
4
TAGTAGTAGTAG
-2.438
30.904.202
30.904.218
17
2
8,5
GAGAGAGAGAGAGAGAG
DENTRO DO
GENE
30.911.530
30.911.542
13
4
3,25
TTATTTATTTATT
6.725
30.912.431
30.912.442
12
3
4
GGAGGAGGAGGA
7.626
30.912.637
30.912.648
12
3
4
ATTATTATTATT
7.832
30.917.771
30.917.791
21
2
10,5
CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC
12.966
30.917.800
30.917.813
14
3
4,67
AGAAGAAGAAGAAG
12.995
30.918.955
30.918.970
16
2
8
ACACACACACACACAC
14.150
30.919.646
30.919.657
12
3
4
ACGACGACGACG
14.841
30.921.521
30.921.533
13
4
3,25
GAATGAATGAATG
16.716
30.924.061
30.924.074
14
3
4,67
TCATCATCATCATC
19.256
30.925.167
30.925.178
12
3
4
AGAAGAAGAAGA
20.362
30.925.280
30.925.290
11
2
5,5
CACACACACAC
20.475
30.926.632
30.926.643
12
3
4
TTATTATTATTA
21.827
30.927.015
30.927.030
16
3
5,33
CAACAACAACAACAAC
22.210
30.927.758
30.927.768
11
2
5,5
AGAGAGAGAGA
22.953
30.928.000
30.928.012
13
4
3,25
AGCTAGCTAGCTA
23.195
30.928.315
30.928.325
11
2
5,5
TCTCTCTCTCT
23.510
30.928.943
30.928.954
12
3
4
GGCGGCGGCGGC
24.138
30.931.159
30.931.171
13
2
6,5
TATATATATATAT
26.354
30.931.950
30.931.960
11
2
5,5
TATATATATAT
27.145
30.933.732
30.933.747
16
4
4
TGCATGCATGCATGCA
28.927
30.934.553
30.934.565
13
4
3,25
CGATCGATCGATC
29.748
30.934.993
30.935.005
13
4
3,25
TAATTAATTAATT
30.188
30.936.709
30.936.722
14
4
3,5
TAGATAGATAGATA
31.904
30.938.395
30.938.407
13
3
4,33
CCGCCGCCGCCGC
33.590
203
30.939.251
30.939.262
12
3
4
AATAATAATAAT
34.446
30.939.613
30.939.629
17
3
5,67
GTCGTCGTCGTCGTCGT
34.808
30.940.839
30.940.850
12
2
6
AGAGAGAGAGAG
36.034
30.943.322
30.943.343
22
5
4,4
CTCTTCTCTTCTCTTCTCTTCT
38.517
30.943.451
30.943.468
18
5
3,6
TTTGGTTTGGTTTGGTTT
38.646
30.951.143
30.951.159
17
2
8,5
TCTCTCTCTCTCTCTCT
46.338
30.951.212
30.951.223
12
2
6
TCTCTCTCTCTC
46.407
30.955.534
30.955.544
11
2
5,5
CGCGCGCGCGC
50.729
30.955.571
30.955.593
23
2
11,5
CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC
50.766
30.955.688
30.955.704
17
3
5,67
GAAGAAGAAGAAGAAGA
50.883
30.957.566
30.957.580
15
5
3
AGCTTAGCTTAGCTT
52.761
30.957.599
30.957.613
15
5
3
CGTTCCGTTCCGTTC
52.794
30.959.747
30.959.762
16
4
4
TATGTATGTATGTATG
54.942
30.960.254
30.960.269
16
2
8
ATATATATATATATAT
55.449
30.960.274
30.960.289
16
5
3,2
AATTTAATTTAATTTA
55.469
30.960.534
30.960.545
12
2
6
TATATATATATA
55.729
30.960.868
30.960.882
15
4
3,75
ATCGATCGATCGATC
56.063
30.961.260
30.961.271
12
2
6
ATATATATATAT
56.455
30.961.911
30.961.926
16
4
4
GATCGATCGATCGATC
57.106
30.966.651
30.966.661
11
2
5,5
TATATATATAT
61.846
30.966.674
30.966.765
92
2
46
ATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAT
ATATATATATATATATATATAT
61.869
30.966.926
30.966.970
45
3
15
ACTACTACTACTACTACTACTACTACTACTACTACTACTACTACT
62.121
30.968.336
30.968.351
16
3
5,33
ATTATTATTATTATTA
63.531
30.970.656
30.970.669
14
2
7
CTCTCTCTCTCTCT
65.851
30.971.029
30.971.081
53
2
26,5
CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC
66.224
30.975.143
30.975.154
12
3
4
GCCGCCGCCGCC
70.338
30.978.164
30.978.179
16
4
4
CAACCAACCAACCAAC
73.359
30.979.040
30.979.056
17
4
4,25
TTTGTTTGTTTGTTTGT
74.235
30.979.575
30.979.587
13
4
3,25
CGTGCGTGCGTGC
74.770
30.979.792
30.979.804
13
2
6,5
ATATATATATATA
74.987
30.979.804
30.979.818
15
2
7,5
AGAGAGAGAGAGAGA
74.999
30.981.402
30.981.414
13
4
3,25
CTCCCTCCCTCCC
76.597
30.981.424
30.981.436
13
2
6,5
CTCTCTCTCTCTC
76.619
30.982.933
30.982.949
17
2
8,5
CTCTCTCTCTCTCTCTC
78.128
30.982.959
30.982.969
11
2
5,5
CGCGCGCGCGC
78.154
30.983.077
30.983.098
22
5
4,4
TTCTTTTCTTTTCTTTTCTTTT
78.272
204
30.985.065
30.985.103
39
2
19,5
TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT
80.260
30.985.192
30.985.202
11
2
5,5
TATATATATAT
80.387
30.986.037
30.986.047
11
2
5,5
CGCGCGCGCGC
81.232
30.986.171
30.986.183
13
3
4,33
ATGATGATGATGA
81.366
30.987.777
30.987.788
12
2
6
TATATATATATA
82.972
30.987.833
30.987.851
19
4
4,75
TATGTATGTATGTATGTAT
83.028
30.987.864
30.987.911
48
2
24
ATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAT
83.059
30.988.834
30.988.845
12
3
4
AACAACAACAAC
84.029
30.989.512
30.989.524
13
2
6,5
TATATATATATAT
84.707
30.989.524
30.989.536
13
2
6,5
TGTGTGTGTGTGT
84.719
30.989.558
30.989.570
13
2
6,5
TATATATATATAT
84.753
30.989.586
30.989.606
21
2
10,5
TATATATATATATATATATAT
84.781
30.989.612
30.989.622
11
2
5,5
TGTGTGTGTGT
84.807
30.989.622
30.989.634
13
2
6,5
TATATATATATAT
84.817
30.989.622
30.989.684
63
18
3,5
TATATATATATATGTATATATATATATATATGTATATATATATATATATGTATATATATATAT
84.817
30.989.636
30.989.652
17
2
8,5
TATATATATATATATAT
84.831
30.989.654
30.989.670
17
2
8,5
TATATATATATATATAT
84.849
30.989.672
30.989.684
13
2
6,5
TATATATATATAT
84.867
30.989.690
30.989.704
15
4
3,75
TATGTATGTATGTAT
84.885
30.989.702
30.989.720
19
2
9,5
TATATATATATATATATAT
84.897
30.990.113
30.990.153
41
2
20,5
TATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAT
85.308
30.990.153
30.990.174
22
2
11
TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG
85.348
30.990.174
30.990.197
24
2
12
GCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGC
85.369
30.992.300
30.992.318
19
5
3,8
CTCTTCTCTTCTCTTCTCT
87.495
30.993.009
30.993.021
13
3
4,33
ATTATTATTATTA
88.204
30.993.897
30.993.909
13
3
4,33
CATCATCATCATC
89.092
30.994.364
30.994.381
18
5
3,6
ATGAGATGAGATGAGATG
89.559
30.998.860
30.998.873
14
4
3,5
GATCGATCGATCGA
94.055
30.998.938
30.998.951
14
4
3,5
GCAAGCAAGCAAGC
94.133
30.999.052
30.999.065
14
3
4,67
GATGATGATGATGA
94.247
30.999.238
30.999.255
18
6
3
CTCTTCCTCTTCCTCTTC
94.433
31.001.409
31.001.426
18
6
3
TGTCAGTGTCAGTGTCAG
96.604
31.002.899
31.002.914
16
3
5,33
CTTCTTCTTCTTCTTC
98.094
31.004.324
31.004.338
15
3
5
CGCCGCCGCCGCCGC
99.519
31.004.425
31.004.439
15
3
5
CGCCGCCGCCGCCGC
99.620
205
8. Gene SBE-IIa /SBE-4 (Oryza sativa gene for starch branching enzyme 2a (rbe4), código GenbankAB023498, cromossomo 4, início 20052404
pb, fim 20055936 pb
Início
Fim
tamanho
da
repetição
tipo de
repetiç
ão (pb)
número de
repetições
Sequência
Posição início do
gene (pb)
19.857.333
19.857.348
16
3
5,33
ACCACCACCACCACCA
-195.056
19.857.554
19.857.564
11
2
5,5
TATATATATAT
-194.840
19.858.931
19.858.943
13
3
4,33
GCGGCGGCGGCGG
-193.461
19.859.051
19.859.062
12
3
4
CCGCCGCCGCCG
-193.342
19.859.871
19.859.883
13
4
3,25
TGGATGGATGGAT
-192.521
19.868.147
19.868.158
12
2
6
TCTCTCTCTCTC
-184.246
19.869.535
19.869.545
11
2
5,5
TCTCTCTCTCT
-182.859
19.869.543
19.869.558
16
5
3,2
TCTTTTCTTTTCTTTT
-182.846
19.869.574
19.869.588
15
5
3
CTTTTCTTTTCTTTT
-182.816
19.869.649
19.869.680
32
2
16
TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC
-182.724
19.869.797
19.869.812
16
5
3,2
GCGGCGCGGCGCGGCG
-182.592
19.875.906
19.875.916
11
2
5,5
CTCTCTCTCTC
-176.488
19.875.967
19.875.981
15
3
5
CGGCGGCGGCGGCGG
-176.423
19.876.135
19.876.167
33
2
16,5
CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC
-176.237
19.876.763
19.876.775
13
2
6,5
GAGAGAGAGAGAG
-175.629
19.879.104
19.879.118
15
3
5
CGCCGCCGCCGCCGC
-173.286
19.883.442
19.883.460
19
2
9,5
CTCTCTCTCTCTCTCTCTC
-168.944
19.886.142
19.886.157
16
4
4
ACGCACGCACGCACGC
-166.247
19.890.338
19.890.355
18
6
3
ACGGCCACGGCCACGGCC
-162.049
19.890.364
19.890.379
16
5
3,2
CGTCTCGTCTCGTCTC
-162.025
19.890.622
19.890.633
12
3
4
TTGTTGTTGTTG
-161.771
19.890.862
19.890.874
13
3
4,33
GGCGGCGGCGGCG
-161.530
19.901.785
19.901.800
16
4
4
ACCGACCGACCGACCG
-150.604
19.901.839
19.901.858
20
4
5
GATCGATCGATCGATCGATC
-150.546
19.903.954
19.903.974
21
3
7
GCCGCCGCCGCCGCCGCCGCC
-148.430
19.904.363
19.904.379
17
4
4,25
GATCGATCGATCGATCG
-148.025
19.906.758
19.906.775
18
6
3
GCGTGGGCGTGGGCGTGG
-145.629
19.907.170
19.907.181
12
3
4
TCGTCGTCGTCG
-145.223
206
19.914.453
19.914.465
13
4
3,25
GAAAGAAAGAAAG
-137.939
19.915.512
19.915.532
21
6
3,5
CGCCCGCGCCCGCGCCCGCGC
-136.872
19.916.294
19.916.315
22
6
3,67
GGATGCGGATGCGGATGCGGAT
-136.089
19.923.970
19.923.991
22
7
3,14
TGATACCTGATACCTGATACCT
-128.413
19.927.723
19.927.734
12
3
4
GAGGAGGAGGAG
-124.670
19.927.732
19.927.744
13
2
6,5
GAGAGAGAGAGAG
-124.660
19.931.966
19.931.982
17
5
3,4
ATATGATATGATATGAT
-120.422
19.932.590
19.932.607
18
6
3
TGTGCCTGTGCCTGTGCC
-119.797
19.932.726
19.932.743
18
6
3
TCGAGATCGAGATCGAGA
-119.661
19.932.740
19.932.768
29
2
14,5
GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG
-119.636
19.933.698
19.933.709
12
3
4
TCGTCGTCGTCG
-118.695
19.933.906
19.933.921
16
3
5,33
ACGACGACGACGACGA
-118.483
19.934.032
19.934.047
16
3
5,33
CGCCGCCGCCGCCGCC
-118.357
19.934.262
19.934.274
13
3
4,33
GCGGCGGCGGCGG
-118.130
19.934.292
19.934.306
15
3
5
GACGACGACGACGAC
-118.098
19.934.912
19.934.930
19
6
3,17
GGGGGTGGGGGTGGGGGTG
-117.474
19.935.083
19.935.100
18
3
6
TACTACTACTACTACTAC
-117.304
19.935.213
19.935.233
21
3
7
TACTACTACTACTACTACTAC
-117.171
19.935.241
19.935.266
26
3
8,67
ACTACTACTACTACTACTACTACTAC
-117.138
19.935.994
19.936.012
19
4
4,75
GTGCGTGCGTGCGTGCGTG
-116.392
19.943.358
19.943.369
12
3
4
CCTCCTCCTCCT
-109.035
19.943.445
19.943.458
14
3
4,67
GGAGGAGGAGGAGG
-108.946
19.943.469
19.943.482
14
3
4,67
GCCGCCGCCGCCGC
-108.922
19.944.270
19.944.285
16
3
5,33
GTGGTGGTGGTGGTGG
-108.119
19.946.439
19.946.454
16
4
4
CCAACCAACCAACCAA
-105.950
19.948.008
19.948.019
12
3
4
CGCCGCCGCCGC
-104.385
19.948.090
19.948.101
12
3
4
GGCGGCGGCGGC
-104.303
19.951.025
19.951.040
16
3
5,33
GCCGCCGCCGCCGCCG
-101.364
19.951.163
19.951.181
19
3
6,33
GGCGGCGGCGGCGGCGGCG
-101.223
19.951.195
19.951.209
15
3
5
CGCCGCCGCCGCCGC
-101.195
19.951.331
19.951.349
19
3
6,33
GGCGGCGGCGGCGGCGGCG
-101.055
19.954.882
19.954.892
11
2
5,5
CTCTCTCTCTC
-97.512
19.954.906
19.954.917
12
2
6
TCTCTCTCTCTC
-97.487
19.954.940
19.954.951
12
3
4
CGGCGGCGGCGG
-97.453
207
19.955.277
19.955.288
12
3
4
CGCCGCCGCCGC
-97.116
19.955.557
19.955.569
13
2
6,5
GAGAGAGAGAGAG
-96.835
19.958.035
19.958.062
28
3
9,33
CCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGC
-94.342
19.958.468
19.958.479
12
2
6
TATATATATATA
-93.925
19.960.145
19.960.164
20
5
4
AGCCGAGCCGAGCCGAGCCG
-92.240
19.962.821
19.962.838
18
4
4,5
TCGATCGATCGATCGATC
-89.566
19.963.405
19.963.425
21
6
3,5
AAATATAAATATAAATATAAA
-88.979
19.969.873
19.969.884
12
3
4
GACGACGACGAC
-82.520
19.971.944
19.972.041
98
2
49
ATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAT
ATATATATATATATATATATATATATATAT
-80.363
19.982.124
19.982.140
17
5
3,4
CCAAACCAAACCAAACC
-70.264
19.983.632
19.983.643
12
3
4
CCGCCGCCGCCG
-68.761
19.988.569
19.988.583
15
5
3
AAAAGAAAAGAAAAG
-63.821
19.997.106
19.997.117
12
3
4
GTCGTCGTCGTC
-55.287
20.002.024
20.002.038
15
3
5
GAGGAGGAGGAGGAG
-50.366
20.002.893
20.002.915
23
5
4,6
CCAAACCAAACCAAACCAAACCA
-49.489
20.007.462
20.007.475
14
3
4,67
GGAGGAGGAGGAGG
-44.929
20.008.632
20.008.653
22
3
7,33
GGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCG
-43.751
20.008.758
20.008.769
12
3
4
CTTCTTCTTCTT
-43.635
20.013.219
20.013.231
13
3
4,33
ACGACGACGACGA
-39.173
20.013.293
20.013.312
20
6
3,33
GCTGCAGCTGCAGCTGCAGC
-39.092
20.013.609
20.013.626
18
3
6
TCGTCGTCGTCGTCGTCG
-38.778
20.013.642
20.013.660
19
3
6,33
GATGATGATGATGATGATG
-38.744
20.021.675
20.021.687
13
3
4,33
CTCCTCCTCCTCC
-30.717
20.021.683
20.021.697
15
5
3
CCTCCCCTCCCCTCC
-30.707
20.022.071
20.022.083
13
3
4,33
GGCGGCGGCGGCG
-30.321
20.024.073
20.024.094
22
6
3,67
GCCGTGGCCGTGGCCGTGGCCG
-28.310
20.026.100
20.026.113
14
2
7
TCTCTCTCTCTCTC
-26.291
20.026.476
20.026.487
12
3
4
GCGGCGGCGGCG
-25.917
20.026.921
20.026.932
12
3
4
GAGGAGGAGGAG
-25.472
20.027.180
20.027.190
11
2
5,5
AGAGAGAGAGA
-25.214
20.029.035
20.029.053
19
4
4,75
AATAAATAAATAAATAAAT
-23.351
20.029.253
20.029.271
19
6
3,17
TCCATTTCCATTTCCATTT
-23.133
20.029.925
20.029.941
17
3
5,67
GGAGGAGGAGGAGGAGG
-22.463
208
20.035.529
20.035.548
20
3
6,67
CCGCCGCCGCCGCCGCCGCC
-16.856
20.036.012
20.036.027
16
5
3,2
GCAGTGCAGTGCAGTG
-16.377
20.036.281
20.036.303
23
5
4,6
GGCGAGGCGAGGCGAGGCGAGGC
-16.101
20.038.740
20.038.758
19
6
3,17
AAAAAGAAAAAGAAAAAGA
-13.646
20.043.732
20.043.747
16
5
3,2
CCGAGCCGAGCCGAGC
-8.657
20.044.293
20.044.305
13
4
3,25
ACAAACAAACAAA
-8.099
20.045.104
20.045.116
13
3
4,33
GTAGTAGTAGTAG
-7.288
20.055.686
20.055.711
26
2
13
AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG
DENTRO DO
GENE
20.055.730
20.055.746
17
2
8,5
GAGAGAGAGAGAGAGAG
DENTRO DO
GENE
20.055.772
20.055.784
13
4
3,25
GCGAGCGAGCGAG
DENTRO DO GENE
20.055.869
20.055.885
17
3
5,67
CCGCCGCCGCCGCCGCC
DENTRO DO GENE
20.056.067
20.056.083
17
3
5,67
GAAGAAGAAGAAGAAGA
131
20.057.393
20.057.404
12
3
4
ATTATTATTATT
1.457
20.061.346
20.061.359
14
4
3,5
TCCCTCCCTCCCTC
5.410
20.062.206
20.062.217
12
3
4
GGCGGCGGCGGC
6.270
20.062.758
20.062.774
17
3
5,67
GCCGCCGCCGCCGCCGC
6.822
20.062.842
20.062.859
18
3
6
CGCCGCCGCCGCCGCCGC
6.906
20.068.721
20.068.741
21
5
4,2
GCGTGGCGTGGCGTGGCGTGG
12.785
20.068.818
20.068.832
15
5
3
CTCCCCTCCCCTCCC
12.882
20.068.871
20.068.881
11
2
5,5
CGCGCGCGCGC
12.935
20.069.003
20.069.022
20
4
5
AGCCAGCCAGCCAGCCAGCC
13.067
20.075.095
20.075.107
13
4
3,25
CTCACTCACTCAC
19.159
20.075.137
20.075.152
16
2
8
CACACACACACACACA
19.201
20.075.396
20.075.406
11
2
5,5
TCTCTCTCTCT
19.460
20.075.472
20.075.487
16
5
3,2
GAACGGAACGGAACGG
19.536
20.075.624
20.075.649
26
6
4,33
CGATTTCGATTTCGATTTCGATTTCG
19.688
20.075.975
20.075.991
17
3
5,67
ACCACCACCACCACCAC
20.039
20.086.211
20.086.221
11
2
5,5
GCGCGCGCGCG
30.275
20.086.766
20.086.777
12
3
4
TCATCATCATCA
30.830
20.091.869
20.091.887
19
5
3,8
CATCACATCACATCACATC
35.933
20.096.378
20.096.392
15
3
5
GCGGCGGCGGCGGCG
40.442
20.101.489
20.101.501
13
2
6,5
CTCTCTCTCTCTC
45.553
20.104.052
20.104.065
14
2
7
AGAGAGAGAGAGAG
48.116
209
20.104.943
20.104.955
13
4
3,25
AAATAAATAAATA
49.007
20.106.189
20.106.200
12
3
4
CCACCACCACCA
50.253
20.107.449
20.107.467
19
4
4,75
TCGATCGATCGATCGATCG
51.513
20.110.393
20.110.407
15
5
3
AATCCAATCCAATCC
54.457
20.114.421
20.114.436
16
3
5,33
TACTACTACTACTACT
58.485
20.114.833
20.114.845
13
2
6,5
GTGTGTGTGTGTG
58.897
20.114.845
20.114.855
11
2
5,5
GAGAGAGAGAG
58.909
20.115.069
20.115.083
15
3
5
CATCATCATCATCAT
59.133
20.117.489
20.117.507
19
4
4,75
TTTCTTTCTTTCTTTCTTT
61.553
20.118.297
20.118.317
21
3
7
GGCGGCGGCGGCGGCGGCGGC
62.361
20.118.604
20.118.614
11
2
5,5
ATATATATATA
62.668
20.119.463
20.119.487
25
6
4,17
AAAAACAAAAACAAAAACAAAAACA
63.527
20.122.166
20.122.178
13
3
4,33
CCTCCTCCTCCTC
66.230
20.122.335
20.122.349
15
5
3
GCCCCGCCCCGCCCC
66.399
20.124.382
20.124.394
13
4
3,25
TCTTTCTTTCTTT
68.446
20.130.599
20.130.624
26
7
3,71
AAAATTAAAAATTAAAAATTAAAAAT
74.663
20.132.553
20.132.566
14
2
7
TATATATATATATA
76.617
20.132.715
20.132.729
15
2
7,5
TATATATATATATAT
76.779
20.137.757
20.137.769
13
4
3,25
AAATAAATAAATA
81.821
20.148.574
20.148.585
12
2
6
TCTCTCTCTCTC
92.638
20.148.792
20.148.806
15
3
5
GGCGGCGGCGGCGGC
92.856
20.151.694
20.151.716
23
2
11,5
CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC
95.758
20.153.708
20.153.724
17
3
5,67
GCGGCGGCGGCGGCGGC
97.772
20.154.197
20.154.210
14
3
4,67
CCTCCTCCTCCTCC
98.261
20.157.002
20.157.025
24
6
4
TGTCGTTGTCGTTGTCGTTGTCGT
101.066
20.157.021
20.157.033
13
3
4,33
GTCGTCGTCGTCG
101.085
20.158.408
20.158.423
16
2
8
CTCTCTCTCTCTCTCT
102.472
20.158.443
20.158.458
16
2
8
CTCTCTCTCTCTCTCT
102.507
20.158.498
20.158.514
17
3
5,67
CGACGACGACGACGACG
102.562
20.158.893
20.158.911
19
6
3,17
CTTCCTCTTCCTCTTCCTC
102.957
20.161.203
20.161.228
26
2
13
TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC
105.267
20.166.572
20.166.583
12
2
6
GAGAGAGAGAGA
110.636
20.167.904
20.167.919
16
4
4
CATCCATCCATCCATC
111.968
20.168.301
20.168.312
12
3
4
TACTACTACTAC
112.365
210
20.169.108
20.169.125
18
6
3
CAGCTCCAGCTCCAGCTC
113.172
20.171.059
20.171.072
14
4
3,5
AGGCAGGCAGGCAG
115.123
20.171.296
20.171.306
11
2
5,5
GTGTGTGTGTG
115.360
20.172.510
20.172.523
14
4
3,5
GCTAGCTAGCTAGC
116.574
20.176.369
20.176.382
14
2
7
TCTCTCTCTCTCTC
120.433
20.178.117
20.178.129
13
4
3,25
TGCCTGCCTGCCT
122.181
20.178.233
20.178.243
11
2
5,5
TCTCTCTCTCT
122.297
20.178.395
20.178.416
22
3
7,33
CTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGC
122.459
20.181.351
20.181.364
14
3
4,67
CGCCGCCGCCGCCG
125.415
20.191.182
20.191.195
14
4
3,5
TAATTAATTAATTA
135.246
20.193.942
20.193.954
13
3
4,33
GGCGGCGGCGGCG
138.006
20.195.129
20.195.146
18
4
4,5
CCCTCCCTCCCTCCCTCC
139.193
20.195.148
20.195.162
15
4
3,75
TCCCTCCCTCCCTCC
139.212
20.202.327
20.202.339
13
3
4,33
GACGACGACGACG
146.391
20.204.675
20.204.686
12
3
4
GCGGCGGCGGCG
148.739
20.205.140
20.205.153
14
3
4,67
CGGCGGCGGCGGCG
149.204
20.205.954
20.205.966
13
3
4,33
TCCTCCTCCTCCT
150.018
20.206.513
20.206.525
13
3
4,33
GCGGCGGCGGCGG
150.577
20.207.513
20.207.524
12
2
6
CGCGCGCGCGCG
151.577
20.210.849
20.210.860
12
3
4
GCAGCAGCAGCA
154.913
20.221.264
20.221.276
13
4
3,25
GAAAGAAAGAAAG
165.328
20.224.214
20.224.227
14
3
4,67
GTCGTCGTCGTCGT
168.278
20.224.241
20.224.253
13
3
4,33
GCTGCTGCTGCTG
168.305
20.224.351
20.224.366
16
3
5,33
CGTCGTCGTCGTCGTC
168.415
20.224.742
20.224.753
12
2
6
CGCGCGCGCGCG
168.806
20.225.047
20.225.058
12
3
4
GTGGTGGTGGTG
169.111
20.227.177
20.227.187
11
2
5,5
TATATATATAT
171.241
20.229.629
20.229.646
18
6
3
TCGGCGTCGGCGTCGGCG
173.693
20.234.496
20.234.553
58
2
29
ATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAT
178.560
20.234.878
20.234.889
12
3
4
GCTGCTGCTGCT
178.942
20.235.744
20.235.763
20
3
6,67
TAGTAGTAGTAGTAGTAGTA
179.808
20.238.569
20.238.580
12
3
4
GCGGCGGCGGCG
182.633
20.248.185
20.248.198
14
3
4,67
GCGGCGGCGGCGGC
192.249
20.248.300
20.248.315
16
3
5,33
GCGGCGGCGGCGGCGG
192.364
211
20.248.316
20.248.328
13
3
4,33
GGAGGAGGAGGAG
192.380
20.251.492
20.251.529
38
2
19
ATATATATATATATATATATATATATATATATATATAT
195.556
20.255.818
20.255.832
15
5
3
TCTCGTCTCGTCTCG
199.882
9. Gene SBE-IIb/ SBE-3 (Oryza sativa gene for starch branching enzyme 2b (SBE-3), código Genbank D16201, cromossomo 2, início 19349894
pb, fim 19361259 pb
Início
Fim
tamanho
da
repetição
tipo de
repetiç
ão (pb)
número de
repetições
Sequência
Posição início do
gene (pb)
19.159.724
19.159.737
14
4
3,5
TCCCTCCCTCCCTC
-190.157
19.160.745
19.160.757
13
3
4,33
CTCCTCCTCCTCC
-189.137
19.160.787
19.160.802
16
5
3,2
CCGCGCCGCGCCGCGC
-189.092
19.160.836
19.160.846
11
2
5,5
CGCGCGCGCGC
-200.413
19.161.055
19.161.066
12
3
4
GGCGGCGGCGGC
-200.193
19.161.066
19.161.079
14
3
4,67
CAACAACAACAACA
-200.180
19.161.810
19.161.832
23
3
7,67
CGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCG
-199.427
19.161.965
19.161.976
12
3
4
TGCTGCTGCTGC
-187.918
19.164.084
19.164.097
14
4
3,5
GCTAGCTAGCTAGC
-185.797
19.167.834
19.167.854
21
3
7
CTGCTGCTGCTGCTGCTGCTG
-182.040
19.167.976
19.167.988
13
2
6,5
GTGTGTGTGTGTG
-181.906
19.168.106
19.168.119
14
3
4,67
TCGTCGTCGTCGTC
-181.775
19.173.561
19.173.581
21
3
7
GGCGGCGGCGGCGGCGGCGGC
-176.313
19.173.889
19.173.904
16
3
5,33
CCGCCGCCGCCGCCGC
-175.990
19.173.977
19.173.990
14
3
4,67
CGCCGCCGCCGCCG
-175.904
19.174.405
19.174.415
11
2
5,5
CTCTCTCTCTC
-175.479
19.174.808
19.174.823
16
3
5,33
CCACCACCACCACCAC
-175.071
19.176.321
19.176.332
12
3
4
GCGGCGGCGGCG
-173.562
19.176.434
19.176.447
14
3
4,67
TCGTCGTCGTCGTC
-173.447
19.179.966
19.179.978
13
3
4,33
AATAATAATAATA
-169.916
19.180.770
19.180.788
19
3
6,33
GCCGCCGCCGCCGCCGCCG
-169.106
212
19.180.816
19.180.827
12
3
4
CGCCGCCGCCGC
-169.067
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19.180.919
21
3
7
GCCGCCGCCGCCGCCGCCGCC
-168.975
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12
3
4
TCGTCGTCGTCG
-168.950
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19.181.009
13
3
4,33
CCGCCGCCGCCGC
-168.885
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19.182.877
14
3
4,67
TAGTAGTAGTAGTA
-167.017
19.182.948
19.182.999
52
2
26
TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC
-166.895
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15
3
5
ATTATTATTATTATT
-166.758
19.185.008
19.185.019
12
3
4
GGAGGAGGAGGA
-164.875
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19.186.680
18
3
6
CGGCGGCGGCGGCGGCGG
-163.214
19.194.348
19.194.360
13
2
6,5
CTCTCTCTCTCTC
-155.534
19.194.376
19.194.387
12
2
6
TCTCTCTCTCTC
-155.507
19.194.589
19.194.600
12
3
4
GACGACGACGAC
-155.294
19.194.710
19.194.720
11
2
5,5
GCGCGCGCGCG
-155.174
19.194.852
19.194.862
11
2
5,5
GCGCGCGCGCG
-155.032
19.195.326
19.195.337
12
2
6
AGAGAGAGAGAG
-154.557
19.196.376
19.196.394
19
3
6,33
ATCATCATCATCATCATCA
-153.500
19.196.523
19.196.539
17
4
4,25
TATCTATCTATCTATCT
-153.355
19.197.264
19.197.281
18
3
6
GAAGAAGAAGAAGAAGAA
-152.613
19.197.426
19.197.439
14
4
3,5
TTGGTTGGTTGGTT
-152.455
19.197.563
19.197.580
18
6
3
GTGGCCGTGGCCGTGGCC
-152.314
19.197.652
19.197.668
17
3
5,67
CGCCGCCGCCGCCGCCG
-152.226
19.203.790
19.203.807
18
2
9
TATATATATATATATATA
-146.087
19.204.192
19.204.247
56
2
28
ATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAT
-145.647
19.204.595
19.204.614
20
2
10
CACACACACACACACACACA
-145.280
19.204.614
19.204.628
15
2
7,5
ATATATATATATATA
-145.266
19.207.523
19.207.535
13
3
4,33
GCGGCGGCGGCGG
-142.359
19.207.528
19.207.550
23
7
3,29
GGCGGCGGGCGGCGGGCGGCGGG
-142.344
19.213.430
19.213.446
17
3
5,67
GCAGCAGCAGCAGCAGC
-136.448
19.213.503
19.213.514
12
3
4
CGACGACGACGA
-136.380
19.214.003
19.214.020
18
4
4,5
TTCTTTCTTTCTTTCTTT
-135.874
19.214.060
19.214.079
20
2
10
GTGTGTGTGTGTGTGTGTGT
-135.815
19.216.033
19.216.043
11
2
5,5
TGTGTGTGTGT
-133.851
19.219.960
19.219.981
22
3
7,33
TATTATTATTATTATTATTATT
-129.913
19.224.737
19.224.749
13
2
6,5
AGAGAGAGAGAGA
-125.145
19.224.751
19.224.763
13
2
6,5
AGAGAGAGAGAGA
-125.131
19.225.056
19.225.074
19
2
9,5
AGAGAGAGAGAGAGAGAGA
-124.820
213
19.227.668
19.227.680
13
4
3,25
AGGCAGGCAGGCA
-122.214
19.228.571
19.228.587
17
2
8,5
TATATATATATATATAT
-121.307
19.229.479
19.229.490
12
2
6
CGCGCGCGCGCG
-120.404
19.230.379
19.230.391
13
4
3,25
TCGCTCGCTCGCT
-119.503
19.235.656
19.235.670
15
5
3
ATAAAATAAAATAAA
-114.224
19.236.315
19.236.327
13
3
4,33
GGCGGCGGCGGCG
-113.567
19.240.462
19.240.480
19
6
3,17
GGGAGAGGGAGAGGGAGAG
-109.414
19.240.661
19.240.672
12
3
4
CGCCGCCGCCGC
-109.222
19.245.306
19.245.322
17
4
4,25
CGATCGATCGATCGATC
-104.572
19.245.402
19.245.414
13
4
3,25
TCCTTCCTTCCTT
-104.480
19.245.655
19.245.669
15
4
3,75
GTTCGTTCGTTCGTT
-104.225
19.245.814
19.245.830
17
3
5,67
GGCGGCGGCGGCGGCGG
-104.064
19.246.132
19.246.142
11
2
5,5
GCGCGCGCGCG
-103.752
19.246.518
19.246.530
13
4
3,25
TTGTTTGTTTGTT
-103.364
19.253.870
19.253.888
19
3
6,33
GGCGGCGGCGGCGGCGGCG
-96.006
19.254.079
19.254.090
12
3
4
CGCCGCCGCCGC
-95.804
19.254.097
19.254.110
14
3
4,67
CGACGACGACGACG
-95.784
19.254.357
19.254.370
14
3
4,67
GGAGGAGGAGGAGG
-95.524
19.254.648
19.254.659
12
3
4
GCGGCGGCGGCG
-95.235
19.254.968
19.254.981
14
3
4,67
GGCGGCGGCGGCGG
-94.913
19.255.424
19.255.437
14
3
4,67
AGGAGGAGGAGGAG
-94.457
19.257.374
19.257.387
14
4
3,5
TCATTCATTCATTC
-92.507
19.262.390
19.262.404
15
4
3,75
TACGTACGTACGTAC
-87.490
19.262.553
19.262.565
13
4
3,25
TGGATGGATGGAT
-87.329
19.264.426
19.264.439
14
4
3,5
TGCATGCATGCATG
-85.455
19.264.450
19.264.462
13
3
4,33
ACGACGACGACGA
-85.432
19.264.563
19.264.575
13
3
4,33
TCGTCGTCGTCGT
-85.319
19.265.834
19.265.852
19
3
6,33
GTGGTGGTGGTGGTGGTGG
-84.042
19.266.054
19.266.072
19
3
6,33
CGTCGTCGTCGTCGTCGTC
-83.822
19.266.269
19.266.283
15
3
5
GACGACGACGACGAC
-83.611
19.266.360
19.266.371
12
3
4
GCTGCTGCTGCT
-83.523
19.266.443
19.266.457
15
3
5
GCGGCGGCGGCGGCG
-83.437
19.266.921
19.266.937
17
3
5,67
CCGCCGCCGCCGCCGCC
-82.957
19.267.282
19.267.299
18
2
9
GAGAGAGAGAGAGAGAGA
-82.595
19.267.333
19.267.348
16
5
3,2
TCTGCTCTGCTCTGCT
-82.546
19.267.638
19.267.651
14
2
7
GTGTGTGTGTGTGT
-82.243
214
19.273.848
19.273.862
15
5
3
GAGGCGAGGCGAGGC
-76.032
19.274.065
19.274.076
12
3
4
GGCGGCGGCGGC
-75.818
19.274.449
19.274.465
17
5
3,4
TCCCATCCCATCCCATC
-75.429
19.279.223
19.279.245
23
2
11,5
TATATATATATATATATATATAT
-70.649
19.279.247
19.279.340
94
2
47
TATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAT
ATATATATATATATATATATATA
-70.554
19.279.592
19.279.606
15
3
5
GGCGGCGGCGGCGGC
-70.288
19.281.174
19.281.188
15
2
7,5
ATATATATATATATA
-68.706
19.281.606
19.281.628
23
2
11,5
TATATATATATATATATATATAT
-68.266
19.281.628
19.281.677
50
2
25
TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG
-68.217
19.281.677
19.281.699
23
2
11,5
GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG
-68.195
19.288.312
19.288.333
22
3
7,33
GCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCG
-61.561
19.288.428
19.288.443
16
3
5,33
CGGCGGCGGCGGCGGC
-61.451
19.288.484
19.288.499
16
3
5,33
GGCGGCGGCGGCGGCG
-61.395
19.288.609
19.288.622
14
3
4,67
CGCCGCCGCCGCCG
-61.272
19.291.727
19.291.738
12
3
4
GCTGCTGCTGCT
-58.156
19.298.081
19.298.096
16
3
5,33
CGGCGGCGGCGGCGGC
-51.798
19.306.819
19.306.830
12
3
4
CGTCGTCGTCGT
-43.064
19.308.138
19.308.161
24
4
6
CCCTCCCTCCCTCCCTCCCTCCCT
-41.733
19.311.477
19.311.491
15
4
3,75
GCACGCACGCACGCA
-38.403
19.312.988
19.312.998
11
2
5,5
ATATATATATA
-36.896
19.313.485
19.313.497
13
4
3,25
TTCTTTCTTTCTT
-36.397
19.316.930
19.316.944
15
5
3
CCTCCCCTCCCCTCC
-32.950
19.320.870
19.320.883
14
3
4,67
AATAATAATAATAA
-29.011
19.325.762
19.325.775
14
3
4,67
GCCGCCGCCGCCGC
-24.119
19.326.060
19.326.080
21
3
7
CCGCCGCCGCCGCCGCCGCCG
-23.814
19.326.189
19.326.207
19
6
3,17
GGCGTGGGCGTGGGCGTGG
-23.687
19.329.734
19.329.754
21
5
4,2
GGAGAGGAGAGGAGAGGAGAG
-20.140
19.332.505
19.332.516
12
3
4
GCCGCCGCCGCC
-17.378
19.333.771
19.333.782
12
3
4
TTCTTCTTCTTC
-16.112
19.336.199
19.336.230
32
3
10,67
TCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTC
-13.664
19.336.381
19.336.404
24
3
8
GCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCG
-13.490
19.336.745
19.336.762
18
3
6
GCGGCGGCGGCGGCGGCG
-13.132
19.336.938
19.336.951
14
3
4,67
CGGCGGCGGCGGCG
-12.943
19.337.340
19.337.355
16
3
5,33
CGGCGGCGGCGGCGGC
-12.539
215
19.337.625
19.337.637
13
3
4,33
GGCGGCGGCGGCG
-12.257
19.337.867
19.337.879
13
4
3,25
AGCCAGCCAGCCA
-12.015
19.337.958
19.337.972
15
3
5
GGCGGCGGCGGCGGC
-11.922
19.340.412
19.340.427
16
3
5,33
CGGCGGCGGCGGCGGC
-9.467
19.340.484
19.340.495
12
3
4
CGCCGCCGCCGC
-9.399
19.341.220
19.341.232
13
3
4,33
AGGAGGAGGAGGA
DENTRO DO
GENE
19.341.258
19.341.269
12
3
4
CGGCGGCGGCGG
DENTRO DO
GENE
19.341.375
19.341.391
17
3
5,67
GCTGCTGCTGCTGCTGC
DENTRO DO
GENE
19.341.502
19.341.514
13
3
4,33
GGCGGCGGCGGCG
DENTRO DO
GENE
19.341.658
19.341.669
12
2
6
GCGCGCGCGCGC
DENTRO DO
GENE
19.344.969
19.344.980
12
3
4
CGCCGCCGCCGC
DENTRO DO
GENE
19.345.070
19.345.083
14
2
7
GCGCGCGCGCGCGC
DENTRO DO
GENE
19.345.325
19.345.338
14
3
4,67
GCCGCCGCCGCCGC
DENTRO DO
GENE
19.345.394
19.345.410
17
3
5,67
CCACCACCACCACCACC
DENTRO DO
GENE
19.345.448
19.345.467
20
3
6,67
TCCTCCTCCTCCTCCTCCTC
DENTRO DO
GENE
19.345.833
19.345.847
15
3
5
GCTGCTGCTGCTGCT
DENTRO DO
GENE
19.348.383
19.348.398
16
3
5,33
GAAGAAGAAGAAGAAG
DENTRO DO
GENE
19.348.809
19.348.842
34
3
11,33
CGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCC
DENTRO DO
GENE
19.348.876
19.348.889
14
3
4,67
GCCGCCGCCGCCGC
DENTRO DO
GENE
19.348.939
19.348.961
23
2
11,5
CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC
DENTRO DO
GENE
19.358.531
19.358.543
13
2
6,5
ATATATATATATA
DENTRO DO
GENE
19.361.322
19.361.333
12
3
4
GAGGAGGAGGAG
63
19.361.640
19.361.654
15
2
7,5
GCGCGCGCGCGCGCG
381
19.371.360
19.371.396
37
2
18,5
TATATATATATATATATATATATATATATATATATAT
10.101
19.382.182
19.382.192
11
2
5,5
TATATATATAT
20.923
216
19.382.268
19.382.279
12
3
4
CCTCCTCCTCCT
21.009
19.382.478
19.382.490
13
3
4,33
CGCCGCCGCCGCC
21.219
19.386.865
19.386.878
14
3
4,67
GAGGAGGAGGAGGA
25.606
19.386.874
19.386.899
26
6
4,33
GAGGAAGAGGAAGAGGAAGAGGAAGA
25.615
19.389.405
19.389.419
15
3
5
TAATAATAATAATAA
28.146
19.390.390
19.390.404
15
2
7,5
GAGAGAGAGAGAGAG
29.131
19.390.698
19.390.714
17
3
5,67
CGGCGGCGGCGGCGGCG
29.439
19.390.803
19.390.813
11
2
5,5
GCGCGCGCGCG
29.544
19.394.230
19.394.243
14
2
7
CTCTCTCTCTCTCT
32.971
19.396.379
19.396.393
15
5
3
AAGAGAAGAGAAGAG
35.120
19.412.030
19.412.048
19
6
3,17
TTTTATTTTTATTTTTATT
50.771
19.413.560
19.413.572
13
4
3,25
ATAGATAGATAGA
52.301
19.414.837
19.414.855
19
3
6,33
TGCTGCTGCTGCTGCTGCT
53.578
19.415.580
19.415.592
13
4
3,25
TCGATCGATCGAT
54.321
19.420.024
19.420.042
19
2
9,5
TGTGTGTGTGTGTGTGTGT
58.765
19.424.056
19.424.074
19
4
4,75
GATCGATCGATCGATCGAT
62.797
19.432.339
19.432.352
14
3
4,67
AGGAGGAGGAGGAG
71.080
19.438.590
19.438.610
21
6
3,5
GACTCGGACTCGGACTCGGAC
77.331
19.442.378
19.442.392
15
5
3
ATTTTATTTTATTTT
81.119
19.447.028
19.447.039
12
3
4
GCCGCCGCCGCC
85.769
19.447.086
19.447.099
14
3
4,67
CGGCGGCGGCGGCG
85.827
19.447.846
19.447.858
13
4
3,25
CGCTCGCTCGCTC
86.587
19.448.763
19.448.773
11
2
5,5
TATATATATAT
87.504
19.453.068
19.453.081
14
4
3,5
TAGATAGATAGATA
91.809
19.456.162
19.456.176
15
4
3,75
TATCTATCTATCTAT
94.903
19.456.989
19.457.002
14
3
4,67
CGCCGCCGCCGCCG
95.730
19.457.923
19.457.936
14
3
4,67
GCGGCGGCGGCGGC
96.664
19.463.439
19.463.453
15
3
5
GGAGGAGGAGGAGGA
102.180
19.466.633
19.466.647
15
3
5
AGCAGCAGCAGCAGC
105.374
19.466.686
19.466.710
25
6
4,17
CAGCTTCAGCTTCAGCTTCAGCTTC
105.427
19.466.721
19.466.739
19
6
3,17
GGAGCAGGAGCAGGAGCAG
105.462
19.467.126
19.467.139
14
4
3,5
AATAAATAAATAAA
105.867
19.467.614
19.467.626
13
3
4,33
AGCAGCAGCAGCA
106.355
19.468.070
19.468.082
13
3
4,33
TGCTGCTGCTGCT
106.811
19.470.809
19.470.826
18
6
3
TCCCCTTCCCCTTCCCCT
109.550
19.470.843
19.470.870
28
3
9,33
CCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTC
109.584
217
19.470.901
19.470.912
12
3
4
GGCGGCGGCGGC
109.642
19.472.643
19.472.661
19
2
9,5
CTCTCTCTCTCTCTCTCTC
111.384
19.474.143
19.474.154
12
2
6
TCTCTCTCTCTC
112.884
19.477.627
19.477.639
13
3
4,33
GCTGCTGCTGCTG
116.368
19.478.558
19.478.569
12
3
4
CCGCCGCCGCCG
117.299
19.479.399
19.479.421
23
3
7,67
CCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCC
118.140
19.480.087
19.480.100
14
3
4,67
TCCTCCTCCTCCTC
118.828
19.480.424
19.480.434
11
2
5,5
GAGAGAGAGAG
119.165
19.482.023
19.482.045
23
6
3,83
CTGCCGCTGCCGCTGCCGCTGCC
120.764
19.482.156
19.482.171
16
5
3,2
GCTGCGCTGCGCTGCG
120.897
19.482.361
19.482.373
13
4
3,25
CATCCATCCATCC
121.102
19.482.400
19.482.417
18
6
3
GAGCGAGAGCGAGAGCGA
121.141
19.483.027
19.483.039
13
4
3,25
CATGCATGCATGC
121.768
19.485.489
19.485.500
12
2
6
TCTCTCTCTCTC
124.230
19.485.509
19.485.529
21
2
10,5
CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC
124.250
19.486.499
19.486.521
23
2
11,5
GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG
125.240
19.492.332
19.492.349
18
4
4,5
CGATCGATCGATCGATCG
131.073
19.492.446
19.492.461
16
4
4
AGTCAGTCAGTCAGTC
131.187
19.492.547
19.492.566
20
3
6,67
AGCAGCAGCAGCAGCAGCAG
131.288
19.496.172
19.496.191
20
3
6,67
TGATGATGATGATGATGATG
134.913
19.496.336
19.496.347
12
3
4
TCCTCCTCCTCC
135.077
19.496.403
19.496.415
13
3
4,33
CTCCTCCTCCTCC
135.144
19.497.745
19.497.762
18
3
6
GCTGCTGCTGCTGCTGCT
136.486
19.497.835
19.497.848
14
3
4,67
GCCGCCGCCGCCGC
136.576
19.497.933
19.497.948
16
5
3,2
CTGCACTGCACTGCAC
136.674
19.498.403
19.498.419
17
3
5,67
CGCCGCCGCCGCCGCCG
137.144
19.505.677
19.505.694
18
4
4,5
GAAAGAAAGAAAGAAAGA
144.418
19.511.562
19.511.572
11
2
5,5
CGCGCGCGCGC
150.303
19.511.670
19.511.683
14
3
4,67
CGCCGCCGCCGCCG
150.411
19.511.945
19.511.955
11
2
5,5
CTCTCTCTCTC
150.686
19.511.981
19.511.991
11
2
5,5
CTCTCTCTCTC
150.722
19.515.592
19.515.602
11
2
5,5
CGCGCGCGCGC
154.333
19.515.701
19.515.715
15
3
5
CGCCGCCGCCGCCGC
154.442
19.535.241
19.535.253
13
4
3,25
ACAAACAAACAAA
173.982
19.536.244
19.536.258
15
3
5
GGCGGCGGCGGCGGC
174.985
19.543.457
19.543.471
15
5
3
GAGAGGAGAGGAGAG
182.198
218
19.544.020
19.544.039
20
6
3,33
CCGCCTCCGCCTCCGCCTCC
182.761
19.544.084
19.544.103
20
3
6,67
CGCCGCCGCCGCCGCCGCCG
182.825
19.550.327
19.550.341
15
2
7,5
TGTGTGTGTGTGTGT
189.068
19.550.341
19.550.361
21
2
10,5
TATATATATATATATATATAT
189.082
19.556.467
19.556.482
16
5
3,2
CCTGCCCTGCCCTGCC
195.208
19.558.819
19.558.831
13
3
4,33
CGGCGGCGGCGGC
197.560
19.559.033
19.559.047
15
3
5
GCGGCGGCGGCGGCG
197.774
19.559.112
19.559.125
14
3
4,67
GCGGCGGCGGCGGC
197.853
19.561.130
19.561.141
12
2
6
ATATATATATAT
199.871
10.Gene SSIIb / SSII-2 (Oryza sativa soluble starch synthase II-2, (SSIIb) código Genbank AF395537, cromossomo 2, início 31.228.994 pb, fim
31.233.373 pb
Início
Fim
tamanh
o da
repetiçã
o
tipo de
repetição
(pb)
número de
repetições
Sequência
Posição início do
gene (pb)
31.034.050
31.034.061
12
3
4
CCGCCGCCGCCG
-194.944
31.035.471
31.035.485
15
4
3,75
GCGAGCGAGCGAGCG
-193.523
31.035.856
31.035.873
18
3
6
CTACTACTACTACTACTA
-193.138
31.037.809
31.037.821
13
3
4,33
CTGCTGCTGCTGC
-191.185
31.045.250
31.045.261
12
3
4
ACCACCACCACC
-183.744
31.045.577
31.045.591
15
5
3
CACAGCACAGCACAG
-183.417
31.045.610
31.045.629
20
5
4
CGAGACGAGACGAGACGAGA
-183.384
31.045.650
31.045.667
18
5
3,6
GAGTGGAGTGGAGTGGAG
-183.344
31.046.039
31.046.056
18
2
9
TCTCTCTCTCTCTCTCTC
-182.955
31.053.290
31.053.302
13
3
4,33
CGCCGCCGCCGCC
-175.704
31.057.078
31.057.089
12
2
6
TATATATATATA
-171.916
31.059.445
31.059.464
20
3
6,67
ATAATAATAATAATAATAAT
-169.549
31.066.148
31.066.166
19
5
3,8
CACGGCACGGCACGGCACG
-162.846
31.066.230
31.066.242
13
3
4,33
GTGGTGGTGGTGG
-162.764
31.069.205
31.069.216
12
2
6
ATATATATATAT
-159.789
31.070.589
31.070.603
15
2
7,5
CTCTCTCTCTCTCTC
-158.405
31.070.642
31.070.661
20
2
10
TCTCTCTCTCTCTCTCTCTC
-158.352
219
31.070.688
31.070.706
19
2
9,5
CTCTCTCTCTCTCTCTCTC
-158.306
31.079.609
31.079.623
15
3
5
CACCACCACCACCAC
-149.385
31.085.626
31.085.639
14
4
3,5
AATAAATAAATAAA
-143.368
31.090.473
31.090.487
15
5
3
TAATGTAATGTAATG
-138.521
31.095.338
31.095.349
12
3
4
GAGGAGGAGGAG
-133.656
31.110.672
31.110.686
15
4
3,75
GATCGATCGATCGAT
-118.322
31.112.191
31.112.204
14
4
3,5
AGCCAGCCAGCCAG
-116.803
31.119.049
31.119.067
19
6
3,17
ACATATACATATACATATA
-109.945
31.123.629
31.123.640
12
2
6
GAGAGAGAGAGA
-105.365
31.130.319
31.130.334
16
3
5,33
AGAAGAAGAAGAAGAA
-98.675
31.134.741
31.134.756
16
5
3,2
CAACACAACACAACAC
-94.253
31.134.887
31.134.899
13
4
3,25
TCCCTCCCTCCCT
-94.107
31.135.329
31.135.343
15
3
5
CCGCCGCCGCCGCCG
-93.665
31.139.951
31.139.981
31
3
10,33
CCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGC
-89.043
31.140.201
31.140.217
17
3
5,67
CGCCGCCGCCGCCGCCG
-88.793
31.142.075
31.142.086
12
2
6
ATATATATATAT
-86.919
31.142.553
31.142.569
17
4
4,25
TAAATAAATAAATAAAT
-86.441
31.146.789
31.146.808
20
5
4
GAGGTGAGGTGAGGTGAGGT
-82.205
31.147.065
31.147.076
12
3
4
GAGGAGGAGGAG
-81.929
31.148.235
31.148.250
16
5
3,2
TGGCGTGGCGTGGCGT
-80.759
31.148.343
31.148.358
16
5
3,2
TCAGATCAGATCAGAT
-80.651
31.148.555
31.148.583
29
5
5,8
CGTGGCGTGGCGTGGCGTGGCGTGGCGTG
-80.439
31.148.990
31.149.004
15
5
3
GGCTAGGCTAGGCTA
-80.004
31.153.392
31.153.407
16
5
3,2
AGAAAAGAAAAGAAAA
-75.602
31.153.745
31.153.757
13
4
3,25
GTTCGTTCGTTCG
-75.249
31.154.642
31.154.658
17
3
5,67
CCGCCGCCGCCGCCGCC
-74.352
31.155.998
31.156.010
13
3
4,33
CCTCCTCCTCCTC
-72.996
31.156.063
31.156.081
19
5
3,8
CAGCTCAGCTCAGCTCAGC
-72.931
31.159.317
31.159.331
15
4
3,75
GCTCGCTCGCTCGCT
-69.677
31.159.383
31.159.402
20
5
4
TACTGTACTGTACTGTACTG
-69.611
31.160.697
31.160.708
12
3
4
ACGACGACGACG
-68.297
31.163.884
31.163.895
12
3
4
TTCTTCTTCTTC
-65.110
31.164.042
31.164.054
13
3
4,33
CACCACCACCACC
-64.952
31.164.161
31.164.172
12
3
4
GGCGGCGGCGGC
-64.833
31.164.376
31.164.390
15
3
5
CCGCCGCCGCCGCCG
-64.618
220
31.164.395
31.164.407
13
4
3,25
CGCCCGCCCGCCC
-64.599
31.164.410
31.164.421
12
3
4
CCGCCGCCGCCG
-64.584
31.164.595
31.164.606
12
3
4
CGCCGCCGCCGC
-64.399
31.164.669
31.164.681
13
2
6,5
GAGAGAGAGAGAG
-64.325
31.166.170
31.166.182
13
4
3,25
CCACCCACCCACC
-62.824
31.166.233
31.166.253
21
3
7
CGGCGGCGGCGGCGGCGGCGG
-62.761
31.167.083
31.167.097
15
5
3
TACATTACATTACAT
-61.911
31.175.493
31.175.505
13
4
3,25
GGGAGGGAGGGAG
-53.501
31.178.974
31.178.990
17
4
4,25
AGCCAGCCAGCCAGCCA
-50.020
31.179.153
31.179.171
19
3
6,33
CCTCCTCCTCCTCCTCCTC
-49.841
31.179.519
31.179.536
18
3
6
ACGACGACGACGACGACG
-49.475
31.179.565
31.179.583
19
3
6,33
CGACGACGACGACGACGAC
-49.429
31.182.076
31.182.086
11
2
5,5
TATATATATAT
-46.918
31.182.104
31.182.120
17
2
8,5
ATATATATATATATATA
-46.890
31.184.989
31.185.004
16
5
3,2
CCTCTCCTCTCCTCTC
-44.005
31.185.016
31.185.066
51
2
25,5
CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC
-43.978
31.188.322
31.188.333
12
3
4
CTACTACTACTA
-40.672
31.191.560
31.191.574
15
3
5
CGCCGCCGCCGCCGC
-37.434
31.191.674
31.191.692
19
3
6,33
CGCCGCCGCCGCCGCCGCC
-37.320
31.191.817
31.191.831
15
5
3
TTGGATTGGATTGGA
-37.177
31.192.715
31.192.728
14
2
7
TATATATATATATA
-36.279
31.194.069
31.194.150
82
2
41
ATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATA
TATATAT
-34.925
31.194.756
31.194.774
19
4
4,75
TGCATGCATGCATGCATGC
-34.238
31.196.927
31.196.940
14
3
4,67
GTCGTCGTCGTCGT
-32.067
31.201.051
31.201.061
11
2
5,5
CACACACACAC
-27.943
31.202.767
31.202.779
13
2
6,5
GAGAGAGAGAGAG
-26.227
31.202.781
31.202.793
13
2
6,5
GAGAGAGAGAGAG
-26.213
31.207.221
31.207.232
12
3
4
TGTTGTTGTTGT
-21.773
31.207.485
31.207.496
12
3
4
AGTAGTAGTAGT
-21.509
31.208.976
31.208.989
14
2
7
CTCTCTCTCTCTCT
-20.018
31.214.953
31.214.964
12
3
4
CGGCGGCGGCGG
-14.041
31.215.239
31.215.250
12
3
4
CGGCGGCGGCGG
-13.755
221
31.219.252
31.219.263
12
3
4
TGGTGGTGGTGG
-9.742
31.220.080
31.220.091
12
3
4
GTCGTCGTCGTC
-8.914
31.221.434
31.221.461
28
7
4
GAGAGAGGAGAGAGGAGAGAGGAGAGAG
-7.560
31.221.963
31.221.978
16
3
5,33
GCGGCGGCGGCGGCGG
-7.031
31.223.381
31.223.391
11
2
5,5
ACACACACACA
-5.613
31.225.216
31.225.230
15
4
3,75
AAACAAACAAACAAA
-3.778
31.226.424
31.226.436
13
3
4,33
TGCTGCTGCTGCT
-2.570
31.227.030
31.227.041
12
2
6
ATATATATATAT
-1.964
31.227.546
31.227.558
13
2
6,5
ACACACACACACA
-1.448
31.231.990
31.232.001
12
3
4
GAGGAGGAGGAG
2.996
31.232.057
31.232.072
16
3
5,33
CCGCCGCCGCCGCCGC
3.063
31.232.072
31.232.085
14
3
4,67
CTCCTCCTCCTCCT
3.078
31.232.084
31.232.098
15
3
5
CTACTACTACTACTA
3.090
31.232.110
31.232.123
14
4
3,5
AGCTAGCTAGCTAG
3.116
31.236.022
31.236.045
24
2
12
TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC
7.028
31.237.583
31.237.593
11
2
5,5
CTCTCTCTCTC
8.589
31.237.718
31.237.743
26
5
5,2
TCTTTTCTTTTCTTTTCTTTTCTTTT
8.724
31.249.939
31.249.955
17
3
5,67
CGCCGCCGCCGCCGCCG
20.945
31.254.632
31.254.704
73
2
36,5
TATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAT
25.638
31.254.851
31.254.864
14
2
7
ATATATATATATAT
25.857
31.255.970
31.255.980
11
2
5,5
CACACACACAC
26.976
31.262.204
31.262.217
14
3
4,67
CTGCTGCTGCTGCT
33.210
31.268.599
31.268.613
15
4
3,75
GCACGCACGCACGCA
39.605
31.269.740
31.269.752
13
4
3,25
TGGCTGGCTGGCT
40.746
31.271.097
31.271.108
12
3
4
GTGGTGGTGGTG
42.103
31.277.100
31.277.113
14
3
4,67
CAGCAGCAGCAGCA
48.106
31.278.933
31.278.950
18
3
6
GGCGGCGGCGGCGGCGGC
49.939
31.283.295
31.283.309
15
3
5
AATAATAATAATAAT
54.301
31.283.997
31.284.012
16
4
4
ATGAATGAATGAATGA
55.003
31.293.881
31.293.896
16
3
5,33
CTCCTCCTCCTCCTCC
64.887
31.293.895
31.293.906
12
3
4
CCGCCGCCGCCG
64.901
31.302.732
31.302.743
12
3
4
GCTGCTGCTGCT
73.738
31.306.986
31.306.996
11
2
5,5
TCTCTCTCTCT
77.992
222
31.308.955
31.308.967
13
3
4,33
CGCCGCCGCCGCC
79.961
31.310.883
31.310.903
21
5
4,2
GAGACGAGACGAGACGAGACG
81.889
31.310.907
31.310.918
12
2
6
CGCGCGCGCGCG
81.913
31.311.263
31.311.275
13
4
3,25
GCATGCATGCATG
82.269
31.311.591
31.311.605
15
3
5
GTAGTAGTAGTAGTA
82.597
31.315.467
31.315.485
19
4
4,75
TGCATGCATGCATGCATGC
86.473
31.315.639
31.315.653
15
4
3,75
AGCTAGCTAGCTAGC
86.645
31.315.651
31.315.663
13
4
3,25
AGCGAGCGAGCGA
86.657
31.316.576
31.316.591
16
4
4
GATCGATCGATCGATC
87.582
31.318.021
31.318.037
17
2
8,5
GAGAGAGAGAGAGAGAG
89.027
31.321.888
31.321.903
16
3
5,33
GCTGCTGCTGCTGCTG
92.894
31.325.974
31.325.985
12
3
4
TCGTCGTCGTCG
96.980
31.327.278
31.327.290
13
3
4,33
GTCGTCGTCGTCG
98.284
31.328.915
31.328.925
11
2
5,5
CTCTCTCTCTC
99.921
31.332.279
31.332.290
12
3
4
GCGGCGGCGGCG
103.285
31.337.450
31.337.460
11
2
5,5
TATATATATAT
108.456
31.338.166
31.338.177
12
3
4
GCCGCCGCCGCC
109.172
31.338.255
31.338.266
12
3
4
ACGACGACGACG
109.261
31.338.271
31.338.282
12
3
4
ACGACGACGACG
109.277
31.338.300
31.338.311
12
3
4
CGCCGCCGCCGC
109.306
31.338.324
31.338.337
14
3
4,67
CGCCGCCGCCGCCG
109.330
31.338.344
31.338.357
14
3
4,67
CGCCGCCGCCGCCG
109.350
31.338.364
31.338.376
13
3
4,33
CGCCGCCGCCGCC
109.370
31.338.397
31.338.408
12
3
4
GCCGCCGCCGCC
109.403
31.338.415
31.338.427
13
3
4,33
CGCCGCCGCCGCC
109.421
31.338.448
31.338.459
12
3
4
GCCGCCGCCGCC
109.454
31.338.508
31.338.525
18
6
3
GAACGAGAACGAGAACGA
109.514
31.338.580
31.338.597
18
6
3
GAACGAGAACGAGAACGA
109.586
31.338.772
31.338.829
58
2
29
ATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAT
109.778
31.340.161
31.340.172
12
3
4
AGGAGGAGGAGG
111.167
31.343.882
31.343.942
61
2
30,5
ATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATA
114.888
31.344.352
31.344.364
13
4
3,25
TGCATGCATGCAT
115.358
31.348.217
31.348.237
21
4
5,25
GTCCGTCCGTCCGTCCGTCCG
119.223
223
31.348.641
31.348.652
12
2
6
GCGCGCGCGCGC
119.647
31.350.731
31.350.746
16
5
3,2
CTCCGCTCCGCTCCGC
121.737
31.350.888
31.350.898
11
2
5,5
CGCGCGCGCGC
121.894
31.351.763
31.351.774
12
3
4
GCCGCCGCCGCC
122.769
31.352.435
31.352.445
11
2
5,5
CTCTCTCTCTC
123.441
31.352.454
31.352.467
14
2
7
CGCGCGCGCGCGCG
123.460
31.356.680
31.356.691
12
3
4
GGAGGAGGAGGA
127.686
31.358.521
31.358.534
14
2
7
AGAGAGAGAGAGAG
129.527
31.359.463
31.359.476
14
2
7
TATATATATATATA
130.469
31.359.550
31.359.562
13
3
4,33
GCCGCCGCCGCCG
130.556
31.359.772
31.359.783
12
2
6
AGAGAGAGAGAG
130.778
31.359.799
31.359.814
16
5
3,2
GAGAGGAGAGGAGAGG
130.805
31.359.824
31.359.834
11
2
5,5
GAGAGAGAGAG
130.830
31.361.352
31.361.365
14
4
3,5
AGCAAGCAAGCAAG
132.358
31.362.057
31.362.075
19
4
4,75
AAATAAATAAATAAATAAA
133.063
31.362.139
31.362.152
14
4
3,5
ATCTATCTATCTAT
133.145
31.362.364
31.362.378
15
5
3
AAAATAAAATAAAAT
133.370
31.363.136
31.363.148
13
3
4,33
CGCCGCCGCCGCC
134.142
31.365.707
31.365.721
15
5
3
AAAATAAAATAAAAT
136.713
31.370.654
31.370.665
12
2
6
TATATATATATA
141.660
31.370.685
31.370.704
20
2
10
TATATATATATATATATATA
141.691
31.371.102
31.371.120
19
5
3,8
CCTCTCCTCTCCTCTCCTC
142.108
31.378.130
31.378.140
11
2
5,5
AGAGAGAGAGA
149.136
31.380.931
31.380.953
23
7
3,29
AAAATATAAAATATAAAATATAA
151.937
31.380.957
31.380.970
14
4
3,5
AAATAAATAAATAA
151.963
31.381.828
31.381.840
13
3
4,33
CTTCTTCTTCTTC
152.834
31.381.895
31.381.911
17
3
5,67
AGAAGAAGAAGAAGAAG
152.901
31.383.306
31.383.323
18
4
4,5
AATAAATAAATAAATAAA
154.312
31.385.207
31.385.220
14
4
3,5
CTAGCTAGCTAGCT
156.213
31.390.506
31.390.528
23
2
11,5
GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG
161.512
31.390.764
31.390.776
13
2
6,5
CTCTCTCTCTCTC
161.770
31.390.844
31.390.856
13
2
6,5
CTCTCTCTCTCTC
161.850
31.390.919
31.390.931
13
3
4,33
CTCCTCCTCCTCC
161.925
31.391.269
31.391.282
14
4
3,5
CTTTCTTTCTTTCT
162.275
31.391.280
31.391.290
11
2
5,5
TCTCTCTCTCT
162.286
224
31.391.981
31.391.994
14
3
4,67
CCGCCGCCGCCGCC
162.987
31.392.151
31.392.163
13
3
4,33
GCCGCCGCCGCCG
163.157
31.392.198
31.392.209
12
3
4
GCAGCAGCAGCA
163.204
31.392.220
31.392.245
26
3
8,67
CAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCA
163.226
31.392.673
31.392.691
19
3
6,33
GGCGGCGGCGGCGGCGGCG
163.679
31.393.588
31.393.598
11
2
5,5
AGAGAGAGAGA
164.594
31.393.606
31.393.618
13
2
6,5
AGAGAGAGAGAGA
164.612
31.393.942
31.393.967
26
3
8,67
AGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAG
164.948
31.395.188
31.395.211
24
2
12
TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC
166.194
31.397.292
31.397.303
12
2
6
ATATATATATAT
168.298
31.399.269
31.399.282
14
4
3,5
CGATCGATCGATCG
170.275
31.399.304
31.399.317
14
4
3,5
AATCAATCAATCAA
170.310
31.399.887
31.399.899
13
4
3,25
GCATGCATGCATG
170.893
31.408.022
31.408.035
14
3
4,67
AAGAAGAAGAAGAA
179.028
31.409.080
31.409.090
11
2
5,5
CTCTCTCTCTC
180.086
31.409.685
31.409.698
14
3
4,67
CCTCCTCCTCCTCC
180.691
31.409.820
31.409.831
12
3
4
CCGCCGCCGCCG
180.826
31.410.901
31.410.913
13
2
6,5
CTCTCTCTCTCTC
181.907
31.414.391
31.414.405
15
5
3
AGTATAGTATAGTAT
185.397
31.414.621
31.414.638
18
4
4,5
GCTAGCTAGCTAGCTAGC
185.627
31.414.903
31.414.918
16
4
4
GATCGATCGATCGATC
185.909
31.415.146
31.415.161
16
4
4
CGATCGATCGATCGAT
186.152
31.417.316
31.417.328
13
4
3,25
TATTTATTTATTT
188.322
31.418.359
31.418.369
11
2
5,5
AGAGAGAGAGA
189.365
31.418.574
31.418.591
18
4
4,5
GGCCGGCCGGCCGGCCGG
189.580
31.418.599
31.418.611
13
3
4,33
TGCTGCTGCTGCT
189.605
31.419.266
31.419.292
27
2
13,5
GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG
190.272
31.421.000
31.421.015
16
4
4
TCGATCGATCGATCGA
192.006
31.421.603
31.421.618
16
4
4
GATCGATCGATCGATC
192.609
31.422.919
31.422.929
11
2
5,5
GAGAGAGAGAG
193.925
31.423.482
31.423.495
14
4
3,5
TCCATCCATCCATC
194.488
31.425.915
31.425.928
14
3
4,67
GGTGGTGGTGGTGG
196.921
225
11.Gene SSIIa/SSII-3 (Oryza sativa soluble starch synthase II-3 (SSIIa), código Genbank AF419099, cromossomo 6, início 6746019 pb, fim 6750597
pb
Início
Fim
tamanho
da
repetição
tipo de
repetição
(pb)
número de repetições
Sequência
Posição início do gene (pb)
6548423
6548434
12
3
4
GATGATGATGAT
-197585
6550399
6550410
12
2
6
CGCGCGCGCGCG
-195609
6551794
6551804
11
2
5,5
GCGCGCGCGCG
-194215
6552120
6552134
15
2
7,5
GCGCGCGCGCGCGCG
-193885
6555610
6555635
26
3
8,67
CAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCA
-190384
6556525
6556540
16
3
5,33
TGATGATGATGATGAT
-189479
6556569
6556584
16
3
5,33
TACTACTACTACTACT
-189435
6556608
6556622
15
4
3,75
TAGCTAGCTAGCTAG
-189397
6560607
6560621
15
2
7,5
ATATATATATATATA
-185398
6562462
6562474
13
3
4,33
CTTCTTCTTCTTC
-183545
6562612
6562625
14
3
4,67
GGCGGCGGCGGCGG
-183394
6562700
6562714
15
3
5
GCGGCGGCGGCGGCG
-183305
6564379
6564406
28
3
9,33
TGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCT
-181613
6569717
6569737
21
2
10,5
CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC
-176282
6569990
6570002
13
2
6,5
CACACACACACAC
-176017
6570150
6570167
18
3
6
GGCGGCGGCGGCGGCGGC
-175852
6570426
6570438
13
3
4,33
GGCGGCGGCGGCG
-175581
6570457
6570470
14
3
4,67
CGGCGGCGGCGGCG
-175549
6570859
6570871
13
3
4,33
CCTCCTCCTCCTC
-175148
6570992
6571007
16
3
5,33
GCAGCAGCAGCAGCAG
-175012
6571156
6571173
18
3
6
GCGGCGGCGGCGGCGGCG
-174846
6571418
6571440
23
3
7,67
CGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCG
-174579
6571874
6571886
13
4
3,25
ATGCATGCATGCA
-174133
6572093
6572105
13
4
3,25
CTAGCTAGCTAGC
-173914
6573062
6573073
12
2
6
ATATATATATAT
-172946
6573397
6573413
17
5
3,4
CGAAACGAAACGAAACG
-172606
226
6573822
6573836
15
5
3
ATGCTATGCTATGCT
-172183
6574002
6574012
11
2
5,5
ACACACACACA
-172007
6574562
6574572
11
2
5,5
TCTCTCTCTCT
-171447
6575090
6575101
12
3
4
AGCAGCAGCAGC
-170918
6578430
6578443
14
4
3,5
GCAGGCAGGCAGGC
-167576
6578601
6578615
15
2
7,5
GTGTGTGTGTGTGTG
-167404
6578615
6578625
11
2
5,5
GAGAGAGAGAG
-167394
6578835
6578855
21
5
4,2
TGAGCTGAGCTGAGCTGAGCT
-167164
6578906
6578919
14
2
7
CACACACACACACA
-167100
6579525
6579538
14
2
7
TATATATATATATA
-166481
6584806
6584818
13
2
6,5
TGTGTGTGTGTGT
-161201
6585157
6585168
12
3
4
AGCAGCAGCAGC
-160851
6585588
6585600
13
2
6,5
CTCTCTCTCTCTC
-160419
6590699
6590712
14
4
3,5
GGCGGGCGGGCGGG
-155307
6590788
6590801
14
4
3,5
AGGAAGGAAGGAAG
-155218
6590810
6590825
16
5
3,2
GGAGAGGAGAGGAGAG
-155194
6591676
6591689
14
3
4,67
TTATTATTATTATT
-154330
6597219
6597229
11
2
5,5
AGAGAGAGAGA
-148790
6600339
6600350
12
3
4
CCTCCTCCTCCT
-145669
6600463
6600483
21
6
3,5
AGCATTAGCATTAGCATTAGC
-145536
6600686
6600703
18
6
3
GCCTTCGCCTTCGCCTTC
-145316
6601233
6601251
19
5
3,8
TTCGATTCGATTCGATTCG
-144768
6603589
6603600
12
3
4
GAGGAGGAGGAG
-142419
6609580
6609591
12
3
4
CACCACCACCAC
-136428
6610044
6610060
17
5
3,4
AAATAAAATAAAATAAA
-135959
6610108
6610119
12
2
6
TCTCTCTCTCTC
-135900
6611685
6611697
13
3
4,33
GGCGGCGGCGGCG
-134322
6611892
6611907
16
3
5,33
CGGCGGCGGCGGCGGC
-134112
6615349
6615367
19
6
3,17
TTTTATTTTTATTTTTATT
-130652
6615501
6615515
15
5
3
ATTTTATTTTATTTT
-130504
6617212
6617224
13
2
6,5
ACACACACACACA
-128795
6617997
6618013
17
5
3,4
ATCATATCATATCATAT
-128006
6622160
6622178
19
5
3,8
CATCACATCACATCACATC
-123841
6622957
6622969
13
4
3,25
CATCCATCCATCC
-123050
6623693
6623706
14
4
3,5
TCGATCGATCGATC
-122313
227
6623855
6623867
13
2
6,5
TGTGTGTGTGTGT
-122152
6624051
6624065
15
5
3
GCGTGGCGTGGCGTG
-121954
6626542
6626552
11
2
5,5
AGAGAGAGAGA
-119467
6628427
6628444
18
2
9
ATATATATATATATATAT
-117575
6629080
6629112
33
2
16,5
GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG
-116907
6630589
6630600
12
3
4
ACGACGACGACG
-115419
6636981
6636995
15
4
3,75
TCGCTCGCTCGCTCG
-109024
6637089
6637103
15
2
7,5
GCGCGCGCGCGCGCG
-108916
6637215
6637229
15
5
3
CTCAGCTCAGCTCAG
-108790
6637303
6637328
26
6
4,33
TGCAGGTGCAGGTGCAGGTGCAGGTG
-108691
6642251
6642263
13
3
4,33
GAGGAGGAGGAGG
-103756
6644587
6644614
28
2
14
TATATATATATATATATATATATATATA
-101405
6646964
6646974
11
2
5,5
TGTGTGTGTGT
-99045
6647094
6647109
16
4
4
TTAATTAATTAATTAA
-98910
6647777
6647790
14
4
3,5
CGTACGTACGTACG
-98229
6647798
6647811
14
4
3,5
TACATACATACATA
-98208
6647955
6647966
12
3
4
CGGCGGCGGCGG
-98053
6649543
6649567
25
4
6,25
TATCTATCTATCTATCTATCTATCT
-96452
6649617
6649629
13
4
3,25
TGGCTGGCTGGCT
-96390
6650360
6650372
13
3
4,33
TACTACTACTACT
-95647
6651592
6651606
15
4
3,75
GCTAGCTAGCTAGCT
-94413
6651666
6651677
12
2
6
TATATATATATA
-94342
6652064
6652074
11
2
5,5
GCGCGCGCGCG
-93945
6652143
6652154
12
2
6
CGCGCGCGCGCG
-93865
6656267
6656278
12
3
4
AGGAGGAGGAGG
-89741
6656501
6656516
16
2
8
GAGAGAGAGAGAGAGA
-89503
6656737
6656751
15
4
3,75
TAGCTAGCTAGCTAG
-89268
6659989
6660025
37
3
12,33
AGTAGTAGTAGTAGTAGTAGTAGTAGTAGTAGTAGTA
-85994
6662889
6662901
13
4
3,25
GCTAGCTAGCTAG
-83118
6663228
6663240
13
2
6,5
GCGCGCGCGCGCG
-82779
6663368
6663383
16
3
5,33
GAGGAGGAGGAGGAGG
-82636
6663423
6663444
22
3
7,33
GACGACGACGACGACGACGACG
-82575
6664108
6664136
29
2
14,5
TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT
-81883
6664205
6664219
15
2
7,5
TGTGTGTGTGTGTGT
-81800
6664288
6664304
17
2
8,5
TGTGTGTGTGTGTGTGT
-81715
228
6664373
6664389
17
2
8,5
TGTGTGTGTGTGTGTGT
-81630
6666361
6666376
16
4
4
GGCTGGCTGGCTGGCT
-79643
6669405
6669416
12
2
6
TATATATATATA
-76603
6670999
6671010
12
2
6
CGCGCGCGCGCG
-75009
6681906
6681917
12
3
4
CCGCCGCCGCCG
-64102
6683161
6683172
12
2
6
ACACACACACAC
-62847
6684727
6684738
12
3
4
CGTCGTCGTCGT
-61281
6684767
6684783
17
3
5,67
CGCCGCCGCCGCCGCCG
-61236
6686454
6686464
11
2
5,5
GAGAGAGAGAG
-59555
6687659
6687670
12
3
4
CGCCGCCGCCGC
-58349
6688264
6688279
16
3
5,33
GCCGCCGCCGCCGCCG
-57740
6688293
6688313
21
5
4,2
AAGAGAAGAGAAGAGAAGAGA
-57706
6688343
6688354
12
2
6
GAGAGAGAGAGA
-57665
6691626
6691644
19
3
6,33
CGCCGCCGCCGCCGCCGCC
-54375
6693190
6693210
21
6
3,5
CCTCCCCCTCCCCCTCCCCCT
-52809
6694039
6694055
17
5
3,4
GCTTAGCTTAGCTTAGC
-51964
6695626
6695648
23
6
3,83
CGGCCCCGGCCCCGGCCCCGGCC
-50371
6698240
6698253
14
2
7
ATATATATATATAT
-47766
6699813
6699832
20
5
4
ATAATATAATATAATATAAT
-46187
6703295
6703309
15
3
5
CGACGACGACGACGA
-42710
6703396
6703409
14
3
4,67
TCGTCGTCGTCGTC
-42610
6703812
6703827
16
5
3,2
TGCAATGCAATGCAAT
-42192
6705855
6705865
11
2
5,5
ACACACACACA
-40154
6705865
6705877
13
2
6,5
ATATATATATATA
-40142
6705883
6705899
17
2
8,5
ATATATATATATATATA
-40120
6705902
6705915
14
2
7
TATATATATATATA
-40104
6705918
6705934
17
2
8,5
TATATATATATATATAT
-40085
6705944
6705962
19
2
9,5
TATATATATATATATATAT
-40057
6705964
6705978
15
2
7,5
TATATATATATATAT
-40041
6705989
6706000
12
2
6
ATATATATATAT
-40019
6706031
6706048
18
6
3
ATATACATATACATATAC
-39971
6706065
6706078
14
2
7
ATATATATATATAT
-39941
6711420
6711433
14
2
7
CTCTCTCTCTCTCT
-34586
6712245
6712258
14
2
7
GAGAGAGAGAGAGA
-33761
6712445
6712456
12
3
4
GCCGCCGCCGCC
-33563
229
6712470
6712481
12
3
4
CGCCGCCGCCGC
-33538
6712519
6712529
11
2
5,5
GAGAGAGAGAG
-33490
6715361
6715378
18
3
6
TCCTCCTCCTCCTCCTCC
-30641
6729632
6729651
20
3
6,67
CGGCGGCGGCGGCGGCGGCG
-16368
6729724
6729738
15
3
5
CGTCGTCGTCGTCGT
-16281
6729789
6729801
13
4
3,25
GGGAGGGAGGGAG
-16218
6730036
6730049
14
3
4,67
CGCCGCCGCCGCCG
-15970
6730316
6730328
13
3
4,33
CGCCGCCGCCGCC
-15691
6730442
6730457
16
3
5,33
CGCCGCCGCCGCCGCC
-15562
6730561
6730575
15
2
7,5
GAGAGAGAGAGAGAG
-15444
6735135
6735151
17
3
5,67
TGGTGGTGGTGGTGGTG
-10868
6735433
6735445
13
3
4,33
CGGCGGCGGCGGC
-10574
6736683
6736696
14
3
4,67
AGTAGTAGTAGTAG
-9323
6742085
6742270
186
3
62
AATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATA
ATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAA
TAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAAT
AATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAAT
-3749
6744078
6744088
11
2
5,5
ATATATATATA
-1931
6744515
6744525
11
2
5,5
CTCTCTCTCTC
-1494
6747254
6747268
15
5
3
GAAGAGAAGAGAAGA
DENTRO DO GENE
6747826
6747837
12
3
4
GAGGAGGAGGAG
DENTRO DO GENE
6748102
6748119
18
6
3
GCGCCGGCGCCGGCGCCG
DENTRO DO GENE
6757260
6757272
13
3
4,33
CTGCTGCTGCTGC
6663
6757463
6757482
20
6
3,33
CGGCGCCGGCGCCGGCGCCG
6866
6757481
6757501
21
3
7
CGACGACGACGACGACGACGA
6884
6759492
6759505
14
4
3,5
TTCTTTCTTTCTTT
8895
6768096
6768110
15
4
3,75
AAATAAATAAATAAA
17499
6768808
6768823
16
3
5,33
GGCGGCGGCGGCGGCG
18211
6769151
6769161
11
2
5,5
AGAGAGAGAGA
18554
6773256
6773282
27
2
13,5
TATATATATATATATATATATATATAT
22659
6774099
6774109
11
2
5,5
TCTCTCTCTCT
23502
6774107
6774123
17
5
3,4
TCTTTTCTTTTCTTTTC
23510
6774153
6774165
13
2
6,5
TCTCTCTCTCTCT
23556
6774178
6774189
12
2
6
TCTCTCTCTCTC
23581
6775229
6775245
17
3
5,67
ATTATTATTATTATTAT
24632
230
6776774
6776786
13
3
4,33
GGCGGCGGCGGCG
26177
6777216
6777233
18
5
3,6
GCCGTGCCGTGCCGTGCC
26619
6782952
6782963
12
3
4
GCCGCCGCCGCC
32355
6785630
6785642
13
3
4,33
TACTACTACTACT
35033
6793229
6793248
20
3
6,67
GGCGGCGGCGGCGGCGGCGG
42632
6793299
6793310
12
3
4
GCAGCAGCAGCA
42702
6793323
6793336
14
3
4,67
GGCGGCGGCGGCGG
42726
6796961
6796972
12
3
4
CGCCGCCGCCGC
46364
6800908
6800921
14
4
3,5
ATTTATTTATTTAT
50311
6800919
6800929
11
2
5,5
TATATATATAT
50322
6810572
6810590
19
2
9,5
GAGAGAGAGAGAGAGAGAG
59975
6811469
6811486
18
6
3
AGAAAAAGAAAAAGAAAA
60872
6811609
6811623
15
5
3
AAAATAAAATAAAAT
61012
6811757
6811775
19
6
3,17
AATAAAAATAAAAATAAAA
61160
6818311
6818325
15
3
5
GCTGCTGCTGCTGCT
67714
6818563
6818577
15
3
5
CGCCGCCGCCGCCGC
67966
6818606
6818620
15
3
5
GGTGGTGGTGGTGGT
68009
6820059
6820076
18
5
3,6
GCTTGGCTTGGCTTGGCT
69462
6831443
6831457
15
3
5
CTCCTCCTCCTCCTC
80846
6831771
6831783
13
3
4,33
CCGCCGCCGCCGC
81174
6831793
6831804
12
3
4
TGGTGGTGGTGG
81196
6831845
6831860
16
5
3,2
GAAGAGAAGAGAAGAG
81248
6831924
6831938
15
5
3
TTAATTTAATTTAAT
81327
6831969
6831983
15
4
3,75
CTGGCTGGCTGGCTG
81372
6834010
6834022
13
4
3,25
TTAATTAATTAAT
83413
6837202
6837219
18
2
9
CTCTCTCTCTCTCTCTCT
86605
6841170
6841182
13
4
3,25
TAGTTAGTTAGTT
90573
6841997
6842015
19
3
6,33
CGCCGCCGCCGCCGCCGCC
91400
6861275
6861316
42
4
10,5
ATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGAT
110678
6862029
6862046
18
6
3
AAAAATAAAAATAAAAAT
111432
6863322
6863337
16
4
4
CGTGCGTGCGTGCGTG
112725
6867214
6867232
19
5
3,8
CCTCACCTCACCTCACCTC
116617
6868063
6868075
13
4
3,25
TGCATGCATGCAT
117466
6868105
6868117
13
3
4,33
GGAGGAGGAGGAG
117508
6872464
6872474
11
2
5,5
GAGAGAGAGAG
121867
231
6872564
6872578
15
3
5
GCGGCGGCGGCGGCG
121967
6874921
6874934
14
3
4,67
CATCATCATCATCA
124324
6877468
6877482
15
5
3
ATTTTATTTTATTTT
126871
6877628
6877642
15
5
3
ATTTTATTTTATTTT
127031
6878203
6878215
13
3
4,33
CGGCGGCGGCGGC
127606
6878249
6878260
12
3
4
CGGCGGCGGCGG
127652
6879181
6879265
85
2
42,5
ATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATA
TATATATATATATATATATATATATATATATATA
128584
6881170
6881186
17
3
5,67
GTAGTAGTAGTAGTAGT
130573
6885149
6885161
13
4
3,25
CTTTCTTTCTTTC
134552
6886096
6886111
16
2
8
GAGAGAGAGAGAGAGA
135499
6886413
6886425
13
4
3,25
AGCTAGCTAGCTA
135816
6887287
6887298
12
3
4
GTCGTCGTCGTC
136690
6894372
6894385
14
3
4,67
GGAGGAGGAGGAGG
143775
6896106
6896118
13
3
4,33
TGATGATGATGAT
145509
6906908
6906922
15
3
5
GGCGGCGGCGGCGGC
156311
6912704
6912716
13
4
3,25
CGCACGCACGCAC
162107
6913116
6913139
24
2
12
TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC
162519
6914794
6914808
15
3
5
CGGCGGCGGCGGCGG
164197
6914881
6914892
12
3
4
CGTCGTCGTCGT
164284
6914913
6914925
13
3
4,33
GCGGCGGCGGCGG
164316
6915084
6915095
12
3
4
CACCACCACCAC
164487
6916465
6916481
17
4
4,25
TAATTAATTAATTAATT
165868
6917605
6917619
15
5
3
GAGAGGAGAGGAGAG
167008
6918412
6918424
13
4
3,25
AGGAAGGAAGGAA
167815
6922750
6922764
15
3
5
GCTGCTGCTGCTGCT
172153
6923187
6923199
13
3
4,33
CGCCGCCGCCGCC
172590
6923690
6923701
12
3
4
CCTCCTCCTCCT
173093
6923745
6923768
24
5
4,8
CATCTCATCTCATCTCATCTCATC
173148
6923900
6923913
14
3
4,67
GGTGGTGGTGGTGG
173303
6923971
6923984
14
3
4,67
GGAGGAGGAGGAGG
173374
6923996
6924011
16
5
3,2
GATGCGATGCGATGCG
173399
6924107
6924126
20
6
3,33
GGTCGCGGTCGCGGTCGCGG
173510
6926156
6926168
13
3
4,33
CAGCAGCAGCAGC
175559
6926263
6926281
19
6
3,17
CCTCGCCCTCGCCCTCGCC
175666
232
6931437
6931450
14
4
3,5
CTTCCTTCCTTCCT
180840
6934734
6934746
13
3
4,33
GCCGCCGCCGCCG
184137
6934811
6934823
13
2
6,5
GAGAGAGAGAGAG
184214
6945364
6945385
22
6
3,67
CGGCTTCGGCTTCGGCTTCGGC
194767
6948843
6948880
38
2
19
TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC
198246
6949720
6949731
12
3
4
GCGGCGGCGGCG
199123
233
ANEXO 2
234
ADP-
glucose-SS-
1
(A)
ADP-glucose-
SS-1
(A)
ADP-glucose-
SS-1
(A)
ADP- glucose-
LS -2
(B)
ADP- glucose-
LS- 2
(B)
ADP-
glucose-LS-2
(B)
ADP-
glucose-SS-2
(C)
ADP-glucose-
SS-2
(C)
DBE-Isomilase
(D)
DBE-
Isomilase
(D)
DBE-
Pullulanase
(E)
DBE-
Pullulanase
(E)
DBE-
Pullulanase
(E)
DBE-
Pullulanase
(E)
Waxy
(F)
Waxy
(F)
Waxy
(F)
SBE 1
(G)
SBE 1
(G)
SBE 1
(G)
SBE-2a
/SBE-4
(H)
SBE-2a /SBE-
4
(H)
SBE-2a /SBE-
4
(H)
SBE-
2b/SBE-3
(I)
SBE-2b/SBE-
3
(I)
SBE-
2b/SBE-3
(I)
SSII-2
(J)
SSII-2
(J)
SSII-2
(J)
SSII-2
(J)
SSII-3
(L)
SSII-3
(L)
SSII-3
(L)
SSII-3
(L)
ID# AGPS1.A1 AGPS1.A2 AGPS1.A3 AGPL2.B2 AGPL2.B3 AGPL2.B4 AGPS2.C2 AGPS2.C4 Dbe.Isa1.D1 Dbe.Isa1.D3 Dbe.Pul.E1 Dbe.Pul.E2 Dbe.Pul.E3 Dbe.Pul.E4 WAXY.F2 WAXY.F3 WAXY.F4 SBE1.G2 SBE1.G3 SBE1.G4 SBE-IIa.H2 SBE-IIa.H3 SBE-IIa.H4 SBE-IIb.I2 SBE-IIb.I3 SBE-IIb.I4 SSII-2.J1 SSII-2.J2 SSII-2.J3 SSII-2.J4 SSII-3.L1 SSII-3.L2 SSII-3.L3 SSII-3.L4
Formoso 140/140 ?/? 245/245 234/234 228/228 223/223 163/163 184/184 223/223 ?/? 243/243 230/230 182/182 196/196 228/228 229/229 233/239 207/207 153/153 193/193 183/183 165/165 215/215 165/165 217/217 241/241 246/246 232/232 253/253 231/231 153/167 222/222 191/199 227/227
Diamante 140/140 233/233 245/245 258/258 ?/? ?/? 163/163 184/184 223/223 163/163 243/243 230/230 170/170 192/192 230/230 243/243 233/233 207/207 153/153 191/191 183/183 165/165 215/215 165/165 217/217 243/243 248/248 232/232 249/249 233/233 153/167 192/192 191/199 203/203
CNA8502 140/140 235/235 245/245 232/232 289/289 223/223 163/163 184/184 223/223 142/163 243/243 224/230 170/170 192/210 230/230 229/229 233/237 247/247 153/153 191/193 181/181 163/163 215/215 189/189 245/245 241/241 246/246 232/232 243/255 231/231 161/167 228/228 191/199 227/227
Primavera 154/154 255/255 249/249 219/219 265/265 233/233 157/157 186/186 221/221 142/163 243/243 234/234 179/179 208/208 230/230 239/239 233/233 207/207 153/153 183/183 191/191 173/173 213/213 158/165 217/217 241/249 246/246 234/234 255/255 233/233 153/153 192/195 191/199 199/199
CNAi9930 140/140 235/235 245/245 234/302 ?/? ?/? ?/? 184/184 223/223 157/166 243/243 224/230 170/170 192/192 230/230 229/229 233/237 207/207 153/153 191/191 183/183 163/163 213/213 161/161 217/217 241/241 254/254 232/232 243/253 231/231 153/167 216/216 189/197 227/227
CNAi9022 140/140 233/233 245/245 260/260 ?/? ?/? 163/163 184/184 221/221 145/145 243/243 222/230 161/161 174/208 230/230 229/229 233/235 207/207 153/153 ?/? 183/183 165/165 215/215 189/189 245/245 231/239 248/248 232/232 253/253 231/231 153/161 149/149 199/213 199/199
CNAi9029 140/160 213/213 245/245 232/232 228/228 ?/? ?/? 184/188 203/223 142/163 243/243 224/230 170/184 192/192 230/230 229/229 233/237 207/207 153/153 193/193 183/189 173/173 213/213 165/165 217/217 241/241 246/246 232/232 245/253 231/231 153/167 222/222 189/199 219/227
Oryzica Llanos4
170/170 197/197 245/245 258/258 228/228 223/223 163/163 184/184 223/223 142/163 243/243 226/232 161/167 226/226 230/230 229/229 229/237 207/207 153/153 193/193 191/191 165/165 213/213 165/165 217/217 241/241 246/246 232/232 243/253 231/231 153/167 149/149 191/199 199/203
Oryzica Lanos5
140/140 195/195 245/245 262/262 228/228 ?/? 163/163 184/184 223/223 142/142 246/246 226/232 161/167 226/226 230/230 229/229 229/237 207/207 151/151 ?/? 191/191 173/173 215/215 165/165 219/219 241/241 240/242 232/232 245/255 233/233 153/167 149/149 191/199 199/203
Oryzica1 160/160 211/211 245/245 234/234 228/228 ?/? 163/163 186/186 203/203 142/142 243/243 222/230 164/170 192/192 230/230 247/247 233/233 207/207 151/151 193/193 191/191 173/173 213/213 165/165 217/217 241/241 240/242 232/232 253/253 231/231 153/167 149/149 189/199 ?/?
5287 148/154 255/255 249/249 236/236 285/285 219/219 ?/? 190/190 221/221 145/163 243/243 230/230 173/179 190/190 230/230 243/243 233/233 247/247 153/153 191/191 185/191 173/173 213/213 165/165 217/217 249/249 234/236 234/234 241/249 227/227 153/153 159/159 189/199 199/199
Colombia1 154/154 323/323 249/249 236/236 244/244 233/233 163/163 192/192 221/221 148/148 243/243 234/234 179/179 210/210 230/230 243/243 233/233 209/253 153/153 179/185 185/191 173/173 213/213 165/165 217/217 249/249 242/242 234/234 255/255 233/233 153/153 180/180 189/199 215/215
CNA8212 154/154 255/255 249/249 ?/? 240/240 ?/? 163/163 184/184 221/221 142/163 243/243 ?/? 179/179 208/208 230/230 247/247 235/235 247/247 151/151 183/189 ?/? 173/173 213/213 158/165 245/245 239/239 248/248 232/232 255/255 233/233 153/167 149/149 191/199 203/203
CNA8198 154/154 ?/? 249/249 236/236 222/222 225/225 163/163 190/190 223/223 145/163 243/243 ?/? 179/179 208/208 230/230 247/247 235/235 241/241 151/151 189/189 191/191 173/173 213/213 189/189 245/245 239/239 244/246 234/234 249/249 225/225 153/153 192/195 191/199 199/199
C101/A51 140/140 233/233 245/245 260/260 222/222 ?/? 163/163 186/186 223/223 145/163 246/246 230/230 182/182 194/194 230/230 223/223 233/233 207/207 153/153 185/191 183/183 165/165 215/215 165/165 217/217 241/241 244/246 232/232 253/253 231/231 153/167 192/ 195 195/203 195/199
Rantulasi 154/154 321/321 237/247 224/224 ?/? ?/? 163/163 190/190 229/229 154/157 243/243 230/230 179/179 192/192 230/230 241/241 233/235 241/241 149/153 ?/? 191/191 163/163 213/213 165/165 217/217 241/241 234/236 234/234 253/253 227/227 153/153 225/225 191/199 199/199
RS/16 154/154 183/183 237/247 ?/? 269/269 ?/? 159/159 184/184 221/221 139/145 243/243 230/230 155/155 ?/? ?/? 225/225 233/233 207/207 153/153 199/199 183/183 165/165 213/213 165/165 ?/? 239/239 208/208 234/234 253/253 231/231 153/153 ?/? 199/199 199/199
BG 90/2 140/140 233/233 237/245 234/302 ?/? ?/? 163/163 184/184 223/223 145/163 243/243 230/230 170/170 192/192 228/228 229/229 239/239 207/207 153/153 191/191 175/181 163/163 215/215 165/165 217/217 241/241 254/254 232/232 253/253 231/231 153/167 222/222 199/199 227/227
Chorinho 154/154 255/255 249/249 222/222 283/283 ?/? 163/163 190/190 221/221 142/142 243/243 234/234 179/179 208/208 230/230 247/247 235/235 207/207 151/151 183/189 191/191 173/173 213/213 189/189 245/245 241/241 242/244 234/234 255/255 233/233 165/165 198/198 191/199 211/211
Puteca 154/154 255/255 249/249 294/294 279/279 235/235 ?/? 186/186 221/221 142/165 243/243 234/234 179/179 208/208 230/230 247/247 233/233 207/207 151/151 191/191 191/191 173/173 213/213 189/189 245/245 239/239 244/246 234/234 255/255 233/233 155/155 192/192 191/199 199/199
Bico Ganga 154/154 255/255 249/249 232/232 279/279 215/215 163/163 190/190 221/221 145/165 243/243 230/248 179/179 230/230 230/230 247/247 235/235 207/207 151/151 183/189 191/191 173/173 213/213 189/189 245/245 239/239 242/244 234/234 255/255 233/233 155/155 192/192 191/199 199/199
Zenith 136/154 367/367 249/249 232/232 275/275 229/229 163/163 184/190 225/225 163/163 243/243 232/232 179/179 230/230 230/230 243/243 233/237 241/241 151/151 189/189 189/189 171/171 213/213 165/165 217/217 249/249 238/240 232/232 253/253 229/229 153/167 192/195 191/199 199/199
Farroupilha 154/154 247/247 247/247 224/224 ?/? 225/225 163/163 190/190 221/221 163/163 243/243 230/230 179/179 230/230 230/230 243/243 235/235 207/207 151/151 183/189 183/189 171/171 213/213 165/165 217/217 241/249 236/238 234/234 249/249 227/227 167/167 195/198 191/199 199/199
Amaroo 154/154 249/249 249/249 222/222 283/283 219/219 157/163 184/184 221/221 154/154 243/243 248/248 179/179 214/214 230/230 245/245 233/233 243/243 147/147 193/193 191/191 173/173 213/213 165/165 219/219 249/249 236/246 234/234 249/249 227/227 167/167 183/183 191/199 199/199
Curinga 154/154 323/323 249/249 230/230 263/263 ?/? 163/163 186/186 223/223 163/163 243/243 234/234 167/167 226/226 230/230 239/239 233/233 243/243 151/151 179/185 191/191 173/173 215/215 165/165 219/219 249/249 238/240 234/234 247/253 225/225 175/175 162/62 191/199 203/203
IRGA417 150/150 197/197 247/247 256/256 ?/? 231/231 163/163 184/190 225/225 145/163 243/243 230/230 170/170 190/190 230/230 229/229 237/237 207/207 151/151 183/183 181/181 163/163 215/215 165/165 217/217 243/243 246/246 232/232 253/253 231/231 153/167 149/149 191/199 203/203
Mutante 140/140 233/233 245/245 232/232 341/341 ?/? 163/163 184/184 223/223 163/163 246/246 230/230 164/170 208/208 230/230 229/229 225/233 207/207 149/149 193/193 177/183 165/165 215/215 165/165 217/217 243/243 248/248 232/232 253/253 231/231 153/161 228/231 191/199 227/227
Nipponbare 154/154 247/247 247/247 219/219 293/293 229/229 163/163 190/190 221/221 154/154 246/246 234/234 167/167 222/222 230/230 243/243 233/233 245/245 147/147 189/189 191/191 173/173 213/213 165/165 217/217 241/241 244/244 234/234 249/249 227/227 167/167 246/246 199/199 195/195
Fonte: Gramene Database e National Center for Biotechnology Information (NCBI)
Anexo 2.1 – Dados de genotipagem de 28 acessos do Banco de Germoplasma de Arroz com 34 locos microssatélites localizados na região
de genes da via metabólica de amido.
235
ADP-
glucose-SS-
1
(A)
ADP-glucose-
SS-1
(A)
ADP-glucose-
SS-1
(A)
ADP- glucose-
LS -2
(B)
ADP- glucose-
LS- 2
(B)
ADP-
glucose-LS-2
(B)
ADP-
glucose-SS-2
(C)
ADP-glucose-
SS-2
(C)
DBE-Isomilase
(D)
DBE-
Isomilase
(D)
DBE-
Pullulanase
(E)
DBE-
Pullulanase
(E)
DBE-
Pullulanase
(E)
DBE-
Pullulanase
(E)
Waxy
(F)
Waxy
(F)
Waxy
(F)
SBE 1
(G)
SBE 1
(G)
SBE 1
(G)
SBE-2a
/SBE-4
(H)
SBE-2a /SBE-
4
(H)
SBE-2a /SBE-
4
(H)
SBE-
2b/SBE-3
(I)
SBE-2b/SBE-
3
(I)
SBE-
2b/SBE-3
(I)
SSII-2
(J)
SSII-2
(J)
SSII-2
(J)
SSII-2
(J)
SSII-3
(L)
SSII-3
(L)
SSII-3
(L)
SSII-3
(L)
ID# AGPS1.A1 AGPS1.A2 AGPS1.A3 AGPL2.B2 AGPL2.B3 AGPL2.B4 AGPS2.C2 AGPS2.C4 Dbe.Isa1.D1 Dbe.Isa1.D3 Dbe.Pul.E1 Dbe.Pul.E2 Dbe.Pul.E3 Dbe.Pul.E4 WAXY.F2 WAXY.F3 WAXY.F4 SBE1.G2 SBE1.G3 SBE1.G4 SBE-IIa.H2 SBE-IIa.H3 SBE-IIa.H4 SBE-IIb.I2 SBE-IIb.I3 SBE-IIb.I4 SSII-2.J1 SSII-2.J2 SSII-2.J3 SSII-2.J4 SSII-3.L1 SSII-3.L2 SSII-3.L3 SSII-3.L4
Formoso 140/140 ?/? 245/245 234/234 228/228 223/223 163/163 184/184 223/223 ?/? 243/243 230/230 182/182 196/196 228/228 229/229 233/239 207/207 153/153 193/193 183/183 165/165 215/215 165/165 217/217 241/241 246/246 232/232 253/253 231/231 153/167 222/222 191/199 227/227
Diamante 140/140 233/233 245/245 258/258 ?/? ?/? 163/163 184/184 223/223 163/163 243/243 230/230 170/170 192/192 230/230 243/243 233/233 207/207 153/153 191/191 183/183 165/165 215/215 165/165 217/217 243/243 248/248 232/232 249/249 233/233 153/167 192/192 191/199 203/203
CNA8502 140/140 235/235 245/245 232/232 289/289 223/223 163/163 184/184 223/223 142/163 243/243 224/230 170/170 192/210 230/230 229/229 233/237 247/247 153/153 191/193 181/181 163/163 215/215 189/189 245/245 241/241 246/246 232/232 243/255 231/231 161/167 228/228 191/199 227/227
Primavera 154/154 255/255 249/249 219/219 265/265 233/233 157/157 186/186 221/221 142/163 243/243 234/234 179/179 208/208 230/230 239/239 233/233 207/207 153/153 183/183 191/191 173/173 213/213 158/165 217/217 241/249 246/246 234/234 255/255 233/233 153/153 192/195 191/199 199/199
CNAi9930 140/140 235/235 245/245 234/302 ?/? ?/? ?/? 184/184 223/223 157/166 243/243 224/230 170/170 192/192 230/230 229/229 233/237 207/207 153/153 191/191 183/183 163/163 213/213 161/161 217/217 241/241 254/254 232/232 243/253 231/231 153/167 216/216 189/197 227/227
CNAi9022 140/140 233/233 245/245 260/260 ?/? ?/? 163/163 184/184 221/221 145/145 243/243 222/230 161/161 174/208 230/230 229/229 233/235 207/207 153/153 ?/? 183/183 165/165 215/215 189/189 245/245 231/239 248/248 232/232 253/253 231/231 153/161 149/149 199/213 199/199
CNAi9029 140/160 213/213 245/245 232/232 228/228 ?/? ?/? 184/188 203/223 142/163 243/243 224/230 170/184 192/192 230/230 229/229 233/237 207/207 153/153 193/193 183/189 173/173 213/213 165/165 217/217 241/241 246/246 232/232 245/253 231/231 153/167 222/222 189/199 219/227
Oryzica Llanos4
170/170 197/197 245/245 258/258 228/228 223/223 163/163 184/184 223/223 142/163 243/243 226/232 161/167 226/226 230/230 229/229 229/237 207/207 153/153 193/193 191/191 165/165 213/213 165/165 217/217 241/241 246/246 232/232 243/253 231/231 153/167 149/149 191/199 199/203
Oryzica Lanos5
140/140 195/195 245/245 262/262 228/228 ?/? 163/163 184/184 223/223 142/142 246/246 226/232 161/167 226/226 230/230 229/229 229/237 207/207 151/151 ?/? 191/191 173/173 215/215 165/165 219/219 241/241 240/242 232/232 245/255 233/233 153/167 149/149 191/199 199/203
Oryzica1 160/160 211/211 245/245 234/234 228/228 ?/? 163/163 186/186 203/203 142/142 243/243 222/230 164/170 192/192 230/230 247/247 233/233 207/207 151/151 193/193 191/191 173/173 213/213 165/165 217/217 241/241 240/242 232/232 253/253 231/231 153/167 149/149 189/199 ?/?
5287 148/154 255/255 249/249 236/236 285/285 219/219 ?/? 190/190 221/221 145/163 243/243 230/230 173/179 190/190 230/230 243/243 233/233 247/247 153/153 191/191 185/191 173/173 213/213 165/165 217/217 249/249 234/236 234/234 241/249 227/227 153/153 159/159 189/199 199/199
Colombia1 154/154 323/323 249/249 236/236 244/244 233/233 163/163 192/192 221/221 148/148 243/243 234/234 179/179 210/210 230/230 243/243 233/233 209/253 153/153 179/185 185/191 173/173 213/213 165/165 217/217 249/249 242/242 234/234 255/255 233/233 153/153 180/180 189/199 215/215
CNA8212 154/154 255/255 249/249 ?/? 240/240 ?/? 163/163 184/184 221/221 142/163 243/243 ?/? 179/179 208/208 230/230 247/247 235/235 247/247 151/151 183/189 ?/? 173/173 213/213 158/165 245/245 239/239 248/248 232/232 255/255 233/233 153/167 149/149 191/199 203/203
CNA8198 154/154 ?/? 249/249 236/236 222/222 225/225 163/163 190/190 223/223 145/163 243/243 ?/? 179/179 208/208 230/230 247/247 235/235 241/241 151/151 189/189 191/191 173/173 213/213 189/189 245/245 239/239 244/246 234/234 249/249 225/225 153/153 192/195 191/199 199/199
C101/A51 140/140 233/233 245/245 260/260 222/222 ?/? 163/163 186/186 223/223 145/163 246/246 230/230 182/182 194/194 230/230 223/223 233/233 207/207 153/153 185/191 183/183 165/165 215/215 165/165 217/217 241/241 244/246 232/232 253/253 231/231 153/167 192/ 195 195/203 195/199
Rantulasi 154/154 321/321 237/247 224/224 ?/? ?/? 163/163 190/190 229/229 154/157 243/243 230/230 179/179 192/192 230/230 241/241 233/235 241/241 149/153 ?/? 191/191 163/163 213/213 165/165 217/217 241/241 234/236 234/234 253/253 227/227 153/153 225/225 191/199 199/199
RS/16 154/154 183/183 237/247 ?/? 269/269 ?/? 159/159 184/184 221/221 139/145 243/243 230/230 155/155 ?/? ?/? 225/225 233/233 207/207 153/153 199/199 183/183 165/165 213/213 165/165 ?/? 239/239 208/208 234/234 253/253 231/231 153/153 ?/? 199/199 199/199
BG 90/2 140/140 233/233 237/245 234/302 ?/? ?/? 163/163 184/184 223/223 145/163 243/243 230/230 170/170 192/192 228/228 229/229 239/239 207/207 153/153 191/191 175/181 163/163 215/215 165/165 217/217 241/241 254/254 232/232 253/253 231/231 153/167 222/222 199/199 227/227
Chorinho 154/154 255/255 249/249 222/222 283/283 ?/? 163/163 190/190 221/221 142/142 243/243 234/234 179/179 208/208 230/230 247/247 235/235 207/207 151/151 183/189 191/191 173/173 213/213 189/189 245/245 241/241 242/244 234/234 255/255 233/233 165/165 198/198 191/199 211/211
Puteca 154/154 255/255 249/249 294/294 279/279 235/235 ?/? 186/186 221/221 142/165 243/243 234/234 179/179 208/208 230/230 247/247 233/233 207/207 151/151 191/191 191/191 173/173 213/213 189/189 245/245 239/239 244/246 234/234 255/255 233/233 155/155 192/192 191/199 199/199
Bico Ganga 154/154 255/255 249/249 232/232 279/279 215/215 163/163 190/190 221/221 145/165 243/243 230/248 179/179 230/230 230/230 247/247 235/235 207/207 151/151 183/189 191/191 173/173 213/213 189/189 245/245 239/239 242/244 234/234 255/255 233/233 155/155 192/192 191/199 199/199
Zenith 136/154 367/367 249/249 232/232 275/275 229/229 163/163 184/190 225/225 163/163 243/243 232/232 179/179 230/230 230/230 243/243 233/237 241/241 151/151 189/189 189/189 171/171 213/213 165/165 217/217 249/249 238/240 232/232 253/253 229/229 153/167 192/195 191/199 199/199
Farroupilha 154/154 247/247 247/247 224/224 ?/? 225/225 163/163 190/190 221/221 163/163 243/243 230/230 179/179 230/230 230/230 243/243 235/235 207/207 151/151 183/189 183/189 171/171 213/213 165/165 217/217 241/249 236/238 234/234 249/249 227/227 167/167 195/198 191/199 199/199
Amaroo 154/154 249/249 249/249 222/222 283/283 219/219 157/163 184/184 221/221 154/154 243/243 248/248 179/179 214/214 230/230 245/245 233/233 243/243 147/147 193/193 191/191 173/173 213/213 165/165 219/219 249/249 236/246 234/234 249/249 227/227 167/167 183/183 191/199 199/199
Curinga 154/154 323/323 249/249 230/230 263/263 ?/? 163/163 186/186 223/223 163/163 243/243 234/234 167/167 226/226 230/230 239/239 233/233 243/243 151/151 179/185 191/191 173/173 215/215 165/165 219/219 249/249 238/240 234/234 247/253 225/225 175/175 162/62 191/199 203/203
IRGA417 150/150 197/197 247/247 256/256 ?/? 231/231 163/163 184/190 225/225 145/163 243/243 230/230 170/170 190/190 230/230 229/229 237/237 207/207 151/151 183/183 181/181 163/163 215/215 165/165 217/217 243/243 246/246 232/232 253/253 231/231 153/167 149/149 191/199 203/203
Mutante 140/140 233/233 245/245 232/232 341/341 ?/? 163/163 184/184 223/223 163/163 246/246 230/230 164/170 208/208 230/230 229/229 225/233 207/207 149/149 193/193 177/183 165/165 215/215 165/165 217/217 243/243 248/248 232/232 253/253 231/231 153/161 228/231 191/199 227/227
Nipponbare 154/154 247/247 247/247 219/219 293/293 229/229 163/163 190/190 221/221 154/154 246/246 234/234 167/167 222/222 230/230 243/243 233/233 245/245 147/147 189/189 191/191 173/173 213/213 165/165 217/217 241/241 244/244 234/234 249/249 227/227 167/167 246/246 199/199 195/195
Fonte: Gramene Database e National Center for Biotechnology Information (NCBI)
ADP-
glucose-SS-
1
(A)
ADP-glucose-
SS-1
(A)
ADP-glucose-
SS-1
(A)
ADP- glucose-
LS -2
(B)
ADP- glucose-
LS- 2
(B)
ADP-
glucose-LS-2
(B)
ADP-
glucose-SS-2
(C)
ADP-glucose-
SS-2
(C)
DBE-Isomilase
(D)
DBE-
Isomilase
(D)
DBE-
Pullulanase
(E)
DBE-
Pullulanase
(E)
DBE-
Pullulanase
(E)
DBE-
Pullulanase
(E)
Waxy
(F)
Waxy
(F)
Waxy
(F)
SBE 1
(G)
SBE 1
(G)
SBE 1
(G)
SBE-2a
/SBE-4
(H)
SBE-2a /SBE-
4
(H)
SBE-2a /SBE-
4
(H)
SBE-
2b/SBE-3
(I)
SBE-2b/SBE-
3
(I)
SBE-
2b/SBE-3
(I)
SSII-2
(J)
SSII-2
(J)
SSII-2
(J)
SSII-2
(J)
SSII-3
(L)
SSII-3
(L)
SSII-3
(L)
SSII-3
(L)
ID# AGPS1.A1 AGPS1.A2 AGPS1.A3 AGPL2.B2 AGPL2.B3 AGPL2.B4 AGPS2.C2 AGPS2.C4 Dbe.Isa1.D1 Dbe.Isa1.D3 Dbe.Pul.E1 Dbe.Pul.E2 Dbe.Pul.E3 Dbe.Pul.E4 WAXY.F2 WAXY.F3 WAXY.F4 SBE1.G2 SBE1.G3 SBE1.G4 SBE-IIa.H2 SBE-IIa.H3 SBE-IIa.H4 SBE-IIb.I2 SBE-IIb.I3 SBE-IIb.I4 SSII-2.J1 SSII-2.J2 SSII-2.J3 SSII-2.J4 SSII-3.L1 SSII-3.L2 SSII-3.L3 SSII-3.L4
Formoso 140/140 ?/? 245/245 234/234 228/228 223/223 163/163 184/184 223/223 ?/? 243/243 230/230 182/182 196/196 228/228 229/229 233/239 207/207 153/153 193/193 183/183 165/165 215/215 165/165 217/217 241/241 246/246 232/232 253/253 231/231 153/167 222/222 191/199 227/227
Diamante 140/140 233/233 245/245 258/258 ?/? ?/? 163/163 184/184 223/223 163/163 243/243 230/230 170/170 192/192 230/230 243/243 233/233 207/207 153/153 191/191 183/183 165/165 215/215 165/165 217/217 243/243 248/248 232/232 249/249 233/233 153/167 192/192 191/199 203/203
CNA8502 140/140 235/235 245/245 232/232 289/289 223/223 163/163 184/184 223/223 142/163 243/243 224/230 170/170 192/210 230/230 229/229 233/237 247/247 153/153 191/193 181/181 163/163 215/215 189/189 245/245 241/241 246/246 232/232 243/255 231/231 161/167 228/228 191/199 227/227
Primavera 154/154 255/255 249/249 219/219 265/265 233/233 157/157 186/186 221/221 142/163 243/243 234/234 179/179 208/208 230/230 239/239 233/233 207/207 153/153 183/183 191/191 173/173 213/213 158/165 217/217 241/249 246/246 234/234 255/255 233/233 153/153 192/195 191/199 199/199
CNAi9930 140/140 235/235 245/245 234/302 ?/? ?/? ?/? 184/184 223/223 157/166 243/243 224/230 170/170 192/192 230/230 229/229 233/237 207/207 153/153 191/191 183/183 163/163 213/213 161/161 217/217 241/241 254/254 232/232 243/253 231/231 153/167 216/216 189/197 227/227
CNAi9022 140/140 233/233 245/245 260/260 ?/? ?/? 163/163 184/184 221/221 145/145 243/243 222/230 161/161 174/208 230/230 229/229 233/235 207/207 153/153 ?/? 183/183 165/165 215/215 189/189 245/245 231/239 248/248 232/232 253/253 231/231 153/161 149/149 199/213 199/199
CNAi9029 140/160 213/213 245/245 232/232 228/228 ?/? ?/? 184/188 203/223 142/163 243/243 224/230 170/184 192/192 230/230 229/229 233/237 207/207 153/153 193/193 183/189 173/173 213/213 165/165 217/217 241/241 246/246 232/232 245/253 231/231 153/167 222/222 189/199 219/227
Oryzica Llanos4
170/170 197/197 245/245 258/258 228/228 223/223 163/163 184/184 223/223 142/163 243/243 226/232 161/167 226/226 230/230 229/229 229/237 207/207 153/153 193/193 191/191 165/165 213/213 165/165 217/217 241/241 246/246 232/232 243/253 231/231 153/167 149/149 191/199 199/203
Oryzica Lanos5
140/140 195/195 245/245 262/262 228/228 ?/? 163/163 184/184 223/223 142/142 246/246 226/232 161/167 226/226 230/230 229/229 229/237 207/207 151/151 ?/? 191/191 173/173 215/215 165/165 219/219 241/241 240/242 232/232 245/255 233/233 153/167 149/149 191/199 199/203
Oryzica1 160/160 211/211 245/245 234/234 228/228 ?/? 163/163 186/186 203/203 142/142 243/243 222/230 164/170 192/192 230/230 247/247 233/233 207/207 151/151 193/193 191/191 173/173 213/213 165/165 217/217 241/241 240/242 232/232 253/253 231/231 153/167 149/149 189/199 ?/?
5287 148/154 255/255 249/249 236/236 285/285 219/219 ?/? 190/190 221/221 145/163 243/243 230/230 173/179 190/190 230/230 243/243 233/233 247/247 153/153 191/191 185/191 173/173 213/213 165/165 217/217 249/249 234/236 234/234 241/249 227/227 153/153 159/159 189/199 199/199
Colombia1 154/154 323/323 249/249 236/236 244/244 233/233 163/163 192/192 221/221 148/148 243/243 234/234 179/179 210/210 230/230 243/243 233/233 209/253 153/153 179/185 185/191 173/173 213/213 165/165 217/217 249/249 242/242 234/234 255/255 233/233 153/153 180/180 189/199 215/215
CNA8212 154/154 255/255 249/249 ?/? 240/240 ?/? 163/163 184/184 221/221 142/163 243/243 ?/? 179/179 208/208 230/230 247/247 235/235 247/247 151/151 183/189 ?/? 173/173 213/213 158/165 245/245 239/239 248/248 232/232 255/255 233/233 153/167 149/149 191/199 203/203
CNA8198 154/154 ?/? 249/249 236/236 222/222 225/225 163/163 190/190 223/223 145/163 243/243 ?/? 179/179 208/208 230/230 247/247 235/235 241/241 151/151 189/189 191/191 173/173 213/213 189/189 245/245 239/239 244/246 234/234 249/249 225/225 153/153 192/195 191/199 199/199
C101/A51 140/140 233/233 245/245 260/260 222/222 ?/? 163/163 186/186 223/223 145/163 246/246 230/230 182/182 194/194 230/230 223/223 233/233 207/207 153/153 185/191 183/183 165/165 215/215 165/165 217/217 241/241 244/246 232/232 253/253 231/231 153/167 192/ 195 195/203 195/199
Rantulasi 154/154 321/321 237/247 224/224 ?/? ?/? 163/163 190/190 229/229 154/157 243/243 230/230 179/179 192/192 230/230 241/241 233/235 241/241 149/153 ?/? 191/191 163/163 213/213 165/165 217/217 241/241 234/236 234/234 253/253 227/227 153/153 225/225 191/199 199/199
RS/16 154/154 183/183 237/247 ?/? 269/269 ?/? 159/159 184/184 221/221 139/145 243/243 230/230 155/155 ?/? ?/? 225/225 233/233 207/207 153/153 199/199 183/183 165/165 213/213 165/165 ?/? 239/239 208/208 234/234 253/253 231/231 153/153 ?/? 199/199 199/199
BG 90/2 140/140 233/233 237/245 234/302 ?/? ?/? 163/163 184/184 223/223 145/163 243/243 230/230 170/170 192/192 228/228 229/229 239/239 207/207 153/153 191/191 175/181 163/163 215/215 165/165 217/217 241/241 254/254 232/232 253/253 231/231 153/167 222/222 199/199 227/227
Chorinho 154/154 255/255 249/249 222/222 283/283 ?/? 163/163 190/190 221/221 142/142 243/243 234/234 179/179 208/208 230/230 247/247 235/235 207/207 151/151 183/189 191/191 173/173 213/213 189/189 245/245 241/241 242/244 234/234 255/255 233/233 165/165 198/198 191/199 211/211
Puteca 154/154 255/255 249/249 294/294 279/279 235/235 ?/? 186/186 221/221 142/165 243/243 234/234 179/179 208/208 230/230 247/247 233/233 207/207 151/151 191/191 191/191 173/173 213/213 189/189 245/245 239/239 244/246 234/234 255/255 233/233 155/155 192/192 191/199 199/199
Bico Ganga 154/154 255/255 249/249 232/232 279/279 215/215 163/163 190/190 221/221 145/165 243/243 230/248 179/179 230/230 230/230 247/247 235/235 207/207 151/151 183/189 191/191 173/173 213/213 189/189 245/245 239/239 242/244 234/234 255/255 233/233 155/155 192/192 191/199 199/199
Zenith 136/154 367/367 249/249 232/232 275/275 229/229 163/163 184/190 225/225 163/163 243/243 232/232 179/179 230/230 230/230 243/243 233/237 241/241 151/151 189/189 189/189 171/171 213/213 165/165 217/217 249/249 238/240 232/232 253/253 229/229 153/167 192/195 191/199 199/199
Farroupilha 154/154 247/247 247/247 224/224 ?/? 225/225 163/163 190/190 221/221 163/163 243/243 230/230 179/179 230/230 230/230 243/243 235/235 207/207 151/151 183/189 183/189 171/171 213/213 165/165 217/217 241/249 236/238 234/234 249/249 227/227 167/167 195/198 191/199 199/199
Amaroo 154/154 249/249 249/249 222/222 283/283 219/219 157/163 184/184 221/221 154/154 243/243 248/248 179/179 214/214 230/230 245/245 233/233 243/243 147/147 193/193 191/191 173/173 213/213 165/165 219/219 249/249 236/246 234/234 249/249 227/227 167/167 183/183 191/199 199/199
Curinga 154/154 323/323 249/249 230/230 263/263 ?/? 163/163 186/186 223/223 163/163 243/243 234/234 167/167 226/226 230/230 239/239 233/233 243/243 151/151 179/185 191/191 173/173 215/215 165/165 219/219 249/249 238/240 234/234 247/253 225/225 175/175 162/62 191/199 203/203
IRGA417 150/150 197/197 247/247 256/256 ?/? 231/231 163/163 184/190 225/225 145/163 243/243 230/230 170/170 190/190 230/230 229/229 237/237 207/207 151/151 183/183 181/181 163/163 215/215 165/165 217/217 243/243 246/246 232/232 253/253 231/231 153/167 149/149 191/199 203/203
Mutante 140/140 233/233 245/245 232/232 341/341 ?/? 163/163 184/184 223/223 163/163 246/246 230/230 164/170 208/208 230/230 229/229 225/233 207/207 149/149 193/193 177/183 165/165 215/215 165/165 217/217 243/243 248/248 232/232 253/253 231/231 153/161 228/231 191/199 227/227
Nipponbare 154/154 247/247 247/247 219/219 293/293 229/229 163/163 190/190 221/221 154/154 246/246 234/234 167/167 222/222 230/230 243/243 233/233 245/245 147/147 189/189 191/191 173/173 213/213 165/165 217/217 241/241 244/244 234/234 249/249 227/227 167/167 246/246 199/199 195/195
Fonte: Gramene Database e National Center for Biotechnology Information (NCBI)
236
ADP-
glucose-SS-
1
(A)
ADP-glucose-
SS-1
(A)
ADP-glucose-
SS-1
(A)
ADP- glucose-
LS -2
(B)
ADP- glucose-
LS- 2
(B)
ADP-
glucose-LS-2
(B)
ADP-
glucose-SS-2
(C)
ADP-glucose-
SS-2
(C)
DBE-Isomilase
(D)
DBE-
Isomilase
(D)
DBE-
Pullulanase
(E)
DBE-
Pullulanase
(E)
DBE-
Pullulanase
(E)
DBE-
Pullulanase
(E)
Waxy
(F)
Waxy
(F)
Waxy
(F)
SBE 1
(G)
SBE 1
(G)
SBE 1
(G)
SBE-2a
/SBE-4
(H)
SBE-2a /SBE-
4
(H)
SBE-2a /SBE-
4
(H)
SBE-
2b/SBE-3
(I)
SBE-2b/SBE-
3
(I)
SBE-
2b/SBE-3
(I)
SSII-2
(J)
SSII-2
(J)
SSII-2
(J)
SSII-2
(J)
SSII-3
(L)
SSII-3
(L)
SSII-3
(L)
SSII-3
(L)
ID# AGPS1.A1 AGPS1.A2 AGPS1.A3 AGPL2.B2 AGPL2.B3 AGPL2.B4 AGPS2.C2 AGPS2.C4 Dbe.Isa1.D1 Dbe.Isa1.D3 Dbe.Pul.E1 Dbe.Pul.E2 Dbe.Pul.E3 Dbe.Pul.E4 WAXY.F2 WAXY.F3 WAXY.F4 SBE1.G2 SBE1.G3 SBE1.G4 SBE-IIa.H2 SBE-IIa.H3 SBE-IIa.H4 SBE-IIb.I2 SBE-IIb.I3 SBE-IIb.I4 SSII-2.J1 SSII-2.J2 SSII-2.J3 SSII-2.J4 SSII-3.L1 SSII-3.L2 SSII-3.L3 SSII-3.L4
Formoso 140/140 ?/? 245/245 234/234 228/228 223/223 163/163 184/184 223/223 ?/? 243/243 230/230 182/182 196/196 228/228 229/229 233/239 207/207 153/153 193/193 183/183 165/165 215/215 165/165 217/217 241/241 246/246 232/232 253/253 231/231 153/167 222/222 191/199 227/227
Diamante 140/140 233/233 245/245 258/258 ?/? ?/? 163/163 184/184 223/223 163/163 243/243 230/230 170/170 192/192 230/230 243/243 233/233 207/207 153/153 191/191 183/183 165/165 215/215 165/165 217/217 243/243 248/248 232/232 249/249 233/233 153/167 192/192 191/199 203/203
CNA8502 140/140 235/235 245/245 232/232 289/289 223/223 163/163 184/184 223/223 142/163 243/243 224/230 170/170 192/210 230/230 229/229 233/237 247/247 153/153 191/193 181/181 163/163 215/215 189/189 245/245 241/241 246/246 232/232 243/255 231/231 161/167 228/228 191/199 227/227
Primavera 154/154 255/255 249/249 219/219 265/265 233/233 157/157 186/186 221/221 142/163 243/243 234/234 179/179 208/208 230/230 239/239 233/233 207/207 153/153 183/183 191/191 173/173 213/213 158/165 217/217 241/249 246/246 234/234 255/255 233/233 153/153 192/195 191/199 199/199
CNAi9930 140/140 235/235 245/245 234/302 ?/? ?/? ?/? 184/184 223/223 157/166 243/243 224/230 170/170 192/192 230/230 229/229 233/237 207/207 153/153 191/191 183/183 163/163 213/213 161/161 217/217 241/241 254/254 232/232 243/253 231/231 153/167 216/216 189/197 227/227
CNAi9022 140/140 233/233 245/245 260/260 ?/? ?/? 163/163 184/184 221/221 145/145 243/243 222/230 161/161 174/208 230/230 229/229 233/235 207/207 153/153 ?/? 183/183 165/165 215/215 189/189 245/245 231/239 248/248 232/232 253/253 231/231 153/161 149/149 199/213 199/199
CNAi9029 140/160 213/213 245/245 232/232 228/228 ?/? ?/? 184/188 203/223 142/163 243/243 224/230 170/184 192/192 230/230 229/229 233/237 207/207 153/153 193/193 183/189 173/173 213/213 165/165 217/217 241/241 246/246 232/232 245/253 231/231 153/167 222/222 189/199 219/227
Oryzica Llanos4
170/170 197/197 245/245 258/258 228/228 223/223 163/163 184/184 223/223 142/163 243/243 226/232 161/167 226/226 230/230 229/229 229/237 207/207 153/153 193/193 191/191 165/165 213/213 165/165 217/217 241/241 246/246 232/232 243/253 231/231 153/167 149/149 191/199 199/203
Oryzica Lanos5
140/140 195/195 245/245 262/262 228/228 ?/? 163/163 184/184 223/223 142/142 246/246 226/232 161/167 226/226 230/230 229/229 229/237 207/207 151/151 ?/? 191/191 173/173 215/215 165/165 219/219 241/241 240/242 232/232 245/255 233/233 153/167 149/149 191/199 199/203
Oryzica1 160/160 211/211 245/245 234/234 228/228 ?/? 163/163 186/186 203/203 142/142 243/243 222/230 164/170 192/192 230/230 247/247 233/233 207/207 151/151 193/193 191/191 173/173 213/213 165/165 217/217 241/241 240/242 232/232 253/253 231/231 153/167 149/149 189/199 ?/?
5287 148/154 255/255 249/249 236/236 285/285 219/219 ?/? 190/190 221/221 145/163 243/243 230/230 173/179 190/190 230/230 243/243 233/233 247/247 153/153 191/191 185/191 173/173 213/213 165/165 217/217 249/249 234/236 234/234 241/249 227/227 153/153 159/159 189/199 199/199
Colombia1 154/154 323/323 249/249 236/236 244/244 233/233 163/163 192/192 221/221 148/148 243/243 234/234 179/179 210/210 230/230 243/243 233/233 209/253 153/153 179/185 185/191 173/173 213/213 165/165 217/217 249/249 242/242 234/234 255/255 233/233 153/153 180/180 189/199 215/215
CNA8212 154/154 255/255 249/249 ?/? 240/240 ?/? 163/163 184/184 221/221 142/163 243/243 ?/? 179/179 208/208 230/230 247/247 235/235 247/247 151/151 183/189 ?/? 173/173 213/213 158/165 245/245 239/239 248/248 232/232 255/255 233/233 153/167 149/149 191/199 203/203
CNA8198 154/154 ?/? 249/249 236/236 222/222 225/225 163/163 190/190 223/223 145/163 243/243 ?/? 179/179 208/208 230/230 247/247 235/235 241/241 151/151 189/189 191/191 173/173 213/213 189/189 245/245 239/239 244/246 234/234 249/249 225/225 153/153 192/195 191/199 199/199
C101/A51 140/140 233/233 245/245 260/260 222/222 ?/? 163/163 186/186 223/223 145/163 246/246 230/230 182/182 194/194 230/230 223/223 233/233 207/207 153/153 185/191 183/183 165/165 215/215 165/165 217/217 241/241 244/246 232/232 253/253 231/231 153/167 192/ 195 195/203 195/199
Rantulasi 154/154 321/321 237/247 224/224 ?/? ?/? 163/163 190/190 229/229 154/157 243/243 230/230 179/179 192/192 230/230 241/241 233/235 241/241 149/153 ?/? 191/191 163/163 213/213 165/165 217/217 241/241 234/236 234/234 253/253 227/227 153/153 225/225 191/199 199/199
RS/16 154/154 183/183 237/247 ?/? 269/269 ?/? 159/159 184/184 221/221 139/145 243/243 230/230 155/155 ?/? ?/? 225/225 233/233 207/207 153/153 199/199 183/183 165/165 213/213 165/165 ?/? 239/239 208/208 234/234 253/253 231/231 153/153 ?/? 199/199 199/199
BG 90/2 140/140 233/233 237/245 234/302 ?/? ?/? 163/163 184/184 223/223 145/163 243/243 230/230 170/170 192/192 228/228 229/229 239/239 207/207 153/153 191/191 175/181 163/163 215/215 165/165 217/217 241/241 254/254 232/232 253/253 231/231 153/167 222/222 199/199 227/227
Chorinho 154/154 255/255 249/249 222/222 283/283 ?/? 163/163 190/190 221/221 142/142 243/243 234/234 179/179 208/208 230/230 247/247 235/235 207/207 151/151 183/189 191/191 173/173 213/213 189/189 245/245 241/241 242/244 234/234 255/255 233/233 165/165 198/198 191/199 211/211
Puteca 154/154 255/255 249/249 294/294 279/279 235/235 ?/? 186/186 221/221 142/165 243/243 234/234 179/179 208/208 230/230 247/247 233/233 207/207 151/151 191/191 191/191 173/173 213/213 189/189 245/245 239/239 244/246 234/234 255/255 233/233 155/155 192/192 191/199 199/199
Bico Ganga 154/154 255/255 249/249 232/232 279/279 215/215 163/163 190/190 221/221 145/165 243/243 230/248 179/179 230/230 230/230 247/247 235/235 207/207 151/151 183/189 191/191 173/173 213/213 189/189 245/245 239/239 242/244 234/234 255/255 233/233 155/155 192/192 191/199 199/199
Zenith 136/154 367/367 249/249 232/232 275/275 229/229 163/163 184/190 225/225 163/163 243/243 232/232 179/179 230/230 230/230 243/243 233/237 241/241 151/151 189/189 189/189 171/171 213/213 165/165 217/217 249/249 238/240 232/232 253/253 229/229 153/167 192/195 191/199 199/199
Farroupilha 154/154 247/247 247/247 224/224 ?/? 225/225 163/163 190/190 221/221 163/163 243/243 230/230 179/179 230/230 230/230 243/243 235/235 207/207 151/151 183/189 183/189 171/171 213/213 165/165 217/217 241/249 236/238 234/234 249/249 227/227 167/167 195/198 191/199 199/199
Amaroo 154/154 249/249 249/249 222/222 283/283 219/219 157/163 184/184 221/221 154/154 243/243 248/248 179/179 214/214 230/230 245/245 233/233 243/243 147/147 193/193 191/191 173/173 213/213 165/165 219/219 249/249 236/246 234/234 249/249 227/227 167/167 183/183 191/199 199/199
Curinga 154/154 323/323 249/249 230/230 263/263 ?/? 163/163 186/186 223/223 163/163 243/243 234/234 167/167 226/226 230/230 239/239 233/233 243/243 151/151 179/185 191/191 173/173 215/215 165/165 219/219 249/249 238/240 234/234 247/253 225/225 175/175 162/62 191/199 203/203
IRGA417 150/150 197/197 247/247 256/256 ?/? 231/231 163/163 184/190 225/225 145/163 243/243 230/230 170/170 190/190 230/230 229/229 237/237 207/207 151/151 183/183 181/181 163/163 215/215 165/165 217/217 243/243 246/246 232/232 253/253 231/231 153/167 149/149 191/199 203/203
Mutante 140/140 233/233 245/245 232/232 341/341 ?/? 163/163 184/184 223/223 163/163 246/246 230/230 164/170 208/208 230/230 229/229 225/233 207/207 149/149 193/193 177/183 165/165 215/215 165/165 217/217 243/243 248/248 232/232 253/253 231/231 153/161 228/231 191/199 227/227
Nipponbare 154/154 247/247 247/247 219/219 293/293 229/229 163/163 190/190 221/221 154/154 246/246 234/234 167/167 222/222 230/230 243/243 233/233 245/245 147/147 189/189 191/191 173/173 213/213 165/165 217/217 241/241 244/244 234/234 249/249 227/227 167/167 246/246 199/199 195/195
Fonte: Gramene Database e National Center for Biotechnology Information (NCBI)
ADP-
glucose-SS-
1
(A)
ADP-glucose-
SS-1
(A)
ADP-glucose-
SS-1
(A)
ADP- glucose-
LS -2
(B)
ADP- glucose-
LS- 2
(B)
ADP-
glucose-LS-2
(B)
ADP-
glucose-SS-2
(C)
ADP-glucose-
SS-2
(C)
DBE-Isomilase
(D)
DBE-
Isomilase
(D)
DBE-
Pullulanase
(E)
DBE-
Pullulanase
(E)
DBE-
Pullulanase
(E)
DBE-
Pullulanase
(E)
Waxy
(F)
Waxy
(F)
Waxy
(F)
SBE 1
(G)
SBE 1
(G)
SBE 1
(G)
SBE-2a
/SBE-4
(H)
SBE-2a /SBE-
4
(H)
SBE-2a /SBE-
4
(H)
SBE-
2b/SBE-3
(I)
SBE-2b/SBE-
3
(I)
SBE-
2b/SBE-3
(I)
SSII-2
(J)
SSII-2
(J)
SSII-2
(J)
SSII-2
(J)
SSII-3
(L)
SSII-3
(L)
SSII-3
(L)
SSII-3
(L)
ID# AGPS1.A1 AGPS1.A2 AGPS1.A3 AGPL2.B2 AGPL2.B3 AGPL2.B4 AGPS2.C2 AGPS2.C4 Dbe.Isa1.D1 Dbe.Isa1.D3 Dbe.Pul.E1 Dbe.Pul.E2 Dbe.Pul.E3 Dbe.Pul.E4 WAXY.F2 WAXY.F3 WAXY.F4 SBE1.G2 SBE1.G3 SBE1.G4 SBE-IIa.H2 SBE-IIa.H3 SBE-IIa.H4 SBE-IIb.I2 SBE-IIb.I3 SBE-IIb.I4 SSII-2.J1 SSII-2.J2 SSII-2.J3 SSII-2.J4 SSII-3.L1 SSII-3.L2 SSII-3.L3 SSII-3.L4
Formoso 140/140 ?/? 245/245 234/234 228/228 223/223 163/163 184/184 223/223 ?/? 243/243 230/230 182/182 196/196 228/228 229/229 233/239 207/207 153/153 193/193 183/183 165/165 215/215 165/165 217/217 241/241 246/246 232/232 253/253 231/231 153/167 222/222 191/199 227/227
Diamante 140/140 233/233 245/245 258/258 ?/? ?/? 163/163 184/184 223/223 163/163 243/243 230/230 170/170 192/192 230/230 243/243 233/233 207/207 153/153 191/191 183/183 165/165 215/215 165/165 217/217 243/243 248/248 232/232 249/249 233/233 153/167 192/192 191/199 203/203
CNA8502 140/140 235/235 245/245 232/232 289/289 223/223 163/163 184/184 223/223 142/163 243/243 224/230 170/170 192/210 230/230 229/229 233/237 247/247 153/153 191/193 181/181 163/163 215/215 189/189 245/245 241/241 246/246 232/232 243/255 231/231 161/167 228/228 191/199 227/227
Primavera 154/154 255/255 249/249 219/219 265/265 233/233 157/157 186/186 221/221 142/163 243/243 234/234 179/179 208/208 230/230 239/239 233/233 207/207 153/153 183/183 191/191 173/173 213/213 158/165 217/217 241/249 246/246 234/234 255/255 233/233 153/153 192/195 191/199 199/199
CNAi9930 140/140 235/235 245/245 234/302 ?/? ?/? ?/? 184/184 223/223 157/166 243/243 224/230 170/170 192/192 230/230 229/229 233/237 207/207 153/153 191/191 183/183 163/163 213/213 161/161 217/217 241/241 254/254 232/232 243/253 231/231 153/167 216/216 189/197 227/227
CNAi9022 140/140 233/233 245/245 260/260 ?/? ?/? 163/163 184/184 221/221 145/145 243/243 222/230 161/161 174/208 230/230 229/229 233/235 207/207 153/153 ?/? 183/183 165/165 215/215 189/189 245/245 231/239 248/248 232/232 253/253 231/231 153/161 149/149 199/213 199/199
CNAi9029 140/160 213/213 245/245 232/232 228/228 ?/? ?/? 184/188 203/223 142/163 243/243 224/230 170/184 192/192 230/230 229/229 233/237 207/207 153/153 193/193 183/189 173/173 213/213 165/165 217/217 241/241 246/246 232/232 245/253 231/231 153/167 222/222 189/199 219/227
Oryzica Llanos4
170/170 197/197 245/245 258/258 228/228 223/223 163/163 184/184 223/223 142/163 243/243 226/232 161/167 226/226 230/230 229/229 229/237 207/207 153/153 193/193 191/191 165/165 213/213 165/165 217/217 241/241 246/246 232/232 243/253 231/231 153/167 149/149 191/199 199/203
Oryzica Lanos5
140/140 195/195 245/245 262/262 228/228 ?/? 163/163 184/184 223/223 142/142 246/246 226/232 161/167 226/226 230/230 229/229 229/237 207/207 151/151 ?/? 191/191 173/173 215/215 165/165 219/219 241/241 240/242 232/232 245/255 233/233 153/167 149/149 191/199 199/203
Oryzica1 160/160 211/211 245/245 234/234 228/228 ?/? 163/163 186/186 203/203 142/142 243/243 222/230 164/170 192/192 230/230 247/247 233/233 207/207 151/151 193/193 191/191 173/173 213/213 165/165 217/217 241/241 240/242 232/232 253/253 231/231 153/167 149/149 189/199 ?/?
5287 148/154 255/255 249/249 236/236 285/285 219/219 ?/? 190/190 221/221 145/163 243/243 230/230 173/179 190/190 230/230 243/243 233/233 247/247 153/153 191/191 185/191 173/173 213/213 165/165 217/217 249/249 234/236 234/234 241/249 227/227 153/153 159/159 189/199 199/199
Colombia1 154/154 323/323 249/249 236/236 244/244 233/233 163/163 192/192 221/221 148/148 243/243 234/234 179/179 210/210 230/230 243/243 233/233 209/253 153/153 179/185 185/191 173/173 213/213 165/165 217/217 249/249 242/242 234/234 255/255 233/233 153/153 180/180 189/199 215/215
CNA8212 154/154 255/255 249/249 ?/? 240/240 ?/? 163/163 184/184 221/221 142/163 243/243 ?/? 179/179 208/208 230/230 247/247 235/235 247/247 151/151 183/189 ?/? 173/173 213/213 158/165 245/245 239/239 248/248 232/232 255/255 233/233 153/167 149/149 191/199 203/203
CNA8198 154/154 ?/? 249/249 236/236 222/222 225/225 163/163 190/190 223/223 145/163 243/243 ?/? 179/179 208/208 230/230 247/247 235/235 241/241 151/151 189/189 191/191 173/173 213/213 189/189 245/245 239/239 244/246 234/234 249/249 225/225 153/153 192/195 191/199 199/199
C101/A51 140/140 233/233 245/245 260/260 222/222 ?/? 163/163 186/186 223/223 145/163 246/246 230/230 182/182 194/194 230/230 223/223 233/233 207/207 153/153 185/191 183/183 165/165 215/215 165/165 217/217 241/241 244/246 232/232 253/253 231/231 153/167 192/ 195 195/203 195/199
Rantulasi 154/154 321/321 237/247 224/224 ?/? ?/? 163/163 190/190 229/229 154/157 243/243 230/230 179/179 192/192 230/230 241/241 233/235 241/241 149/153 ?/? 191/191 163/163 213/213 165/165 217/217 241/241 234/236 234/234 253/253 227/227 153/153 225/225 191/199 199/199
RS/16 154/154 183/183 237/247 ?/? 269/269 ?/? 159/159 184/184 221/221 139/145 243/243 230/230 155/155 ?/? ?/? 225/225 233/233 207/207 153/153 199/199 183/183 165/165 213/213 165/165 ?/? 239/239 208/208 234/234 253/253 231/231 153/153 ?/? 199/199 199/199
BG 90/2 140/140 233/233 237/245 234/302 ?/? ?/? 163/163 184/184 223/223 145/163 243/243 230/230 170/170 192/192 228/228 229/229 239/239 207/207 153/153 191/191 175/181 163/163 215/215 165/165 217/217 241/241 254/254 232/232 253/253 231/231 153/167 222/222 199/199 227/227
Chorinho 154/154 255/255 249/249 222/222 283/283 ?/? 163/163 190/190 221/221 142/142 243/243 234/234 179/179 208/208 230/230 247/247 235/235 207/207 151/151 183/189 191/191 173/173 213/213 189/189 245/245 241/241 242/244 234/234 255/255 233/233 165/165 198/198 191/199 211/211
Puteca 154/154 255/255 249/249 294/294 279/279 235/235 ?/? 186/186 221/221 142/165 243/243 234/234 179/179 208/208 230/230 247/247 233/233 207/207 151/151 191/191 191/191 173/173 213/213 189/189 245/245 239/239 244/246 234/234 255/255 233/233 155/155 192/192 191/199 199/199
Bico Ganga 154/154 255/255 249/249 232/232 279/279 215/215 163/163 190/190 221/221 145/165 243/243 230/248 179/179 230/230 230/230 247/247 235/235 207/207 151/151 183/189 191/191 173/173 213/213 189/189 245/245 239/239 242/244 234/234 255/255 233/233 155/155 192/192 191/199 199/199
Zenith 136/154 367/367 249/249 232/232 275/275 229/229 163/163 184/190 225/225 163/163 243/243 232/232 179/179 230/230 230/230 243/243 233/237 241/241 151/151 189/189 189/189 171/171 213/213 165/165 217/217 249/249 238/240 232/232 253/253 229/229 153/167 192/195 191/199 199/199
Farroupilha 154/154 247/247 247/247 224/224 ?/? 225/225 163/163 190/190 221/221 163/163 243/243 230/230 179/179 230/230 230/230 243/243 235/235 207/207 151/151 183/189 183/189 171/171 213/213 165/165 217/217 241/249 236/238 234/234 249/249 227/227 167/167 195/198 191/199 199/199
Amaroo 154/154 249/249 249/249 222/222 283/283 219/219 157/163 184/184 221/221 154/154 243/243 248/248 179/179 214/214 230/230 245/245 233/233 243/243 147/147 193/193 191/191 173/173 213/213 165/165 219/219 249/249 236/246 234/234 249/249 227/227 167/167 183/183 191/199 199/199
Curinga 154/154 323/323 249/249 230/230 263/263 ?/? 163/163 186/186 223/223 163/163 243/243 234/234 167/167 226/226 230/230 239/239 233/233 243/243 151/151 179/185 191/191 173/173 215/215 165/165 219/219 249/249 238/240 234/234 247/253 225/225 175/175 162/62 191/199 203/203
IRGA417 150/150 197/197 247/247 256/256 ?/? 231/231 163/163 184/190 225/225 145/163 243/243 230/230 170/170 190/190 230/230 229/229 237/237 207/207 151/151 183/183 181/181 163/163 215/215 165/165 217/217 243/243 246/246 232/232 253/253 231/231 153/167 149/149 191/199 203/203
Mutante 140/140 233/233 245/245 232/232 341/341 ?/? 163/163 184/184 223/223 163/163 246/246 230/230 164/170 208/208 230/230 229/229 225/233 207/207 149/149 193/193 177/183 165/165 215/215 165/165 217/217 243/243 248/248 232/232 253/253 231/231 153/161 228/231 191/199 227/227
Nipponbare 154/154 247/247 247/247 219/219 293/293 229/229 163/163 190/190 221/221 154/154 246/246 234/234 167/167 222/222 230/230 243/243 233/233 245/245 147/147 189/189 191/191 173/173 213/213 165/165 217/217 241/241 244/244 234/234 249/249 227/227 167/167 246/246 199/199 195/195
Fonte: Gramene Database e National Center for Biotechnology Information (NCBI)
237
ANEXO 3
238
**RM3740 - A A A A B A A A - A A A A A A B A
A - B A A A A B A A B B A - A B B - B
- B A B A A B - A - B A A A B A A - -
A B B A A A A A B A B B A - B A A B B
B A B A - A A B A B B B - A A B A B B
A - - A A A B - A A A B B A A B B - B
B A B B B A A B A B B A A - A B B A B
A B A B A B A B B - - - A A A B A B B
B B A A A B B - B A A B B B A B
*RM220 B B A A A B A A A A - A A A A A B A
A A B B A A A B A A B B A A A B B A B
- B A B A A B A A B B A A A B A A - A
A B B A - B A - - A - B A - B A A B A
B A B A A A A B A B B B A A A B - - B
A - B B A A - - A A A B B A A A B B B
B A B B B A A A A B B A A A A B B A B
A B A B A - A B B A A B - A A - - B B
- B A A A B B A B A A B B B A B
*RM1 B B A - A - A A A B A A A A A - B A A
A B B A - B B - A B - A - A B B A B B
B A B A A B B A - B A A A - - A - A A
B B A - B - B B A B B A B B A A B A B
A B A A A - B A B B B A A A B B B B A
A B B A A B B A A A B B A A B B B - B
A B B B A A A A B B A A - A B B A B -
- A B A - A B B A - B B A A B A B B B
B A A - B B A B A A B B B A B
Anexo 3.1 – Genótipos de 167 linhagens puras recombinantes derivadas do cruzamento entre as variedades Chorinho (A) e Amaroo (B).
Dados faltantes foram codificados como (-)
239
*RM283 B B A A A B A A A - A A A A A - B A
A A B B A A B B A A B - A - A B B - B
- B A B A A B B A B B A A A B A A A A
A B B A - B - B B A B B A - B A A B A
- A B A A - A B A B B B B A A B B B B
A A B B A A B B A A A B B A A B B B B
B A - B B A A A A B B A B A - B B A B
A B A B A B A B B A A B B A A B A B B
B B A A - B B A B A A - - B A B
*RM5359 - B A B A A A A A - A A B A A - B A
- B B B A A B B A B B - A - A B B - B
A B A B A A A B B - B A B A A A A A -
A A B A - A A B A A - B A A A A B B B
B A B B - A A B A B B B A A A A B B A
A - - B A A B B A A A B B A A A B - B
B A A B B A A A A B A A B - - B B A B
A B A A B B B A B - A - B A A B B A B
- A B A - B B - A A B - A - A B
*RM3412 B B B B A A B A A B B A B B B A A A
- B A B B B A B A B A A A B A B B A A
B - A - - A A B A B B A B A B B B A A
B B A B B B A B B B B B A A A A B A B
B B B B B A B A A A A B A - B A A B A
- - B B - A - A A B A B B A A A B B A
B A - B B A B A A B A - B A B B B A B
A B B A B A - B B B A - - B A A A A A
A A B - B A A A A A B B A - A B
*OG43 - B - B A A B A A B B A A B A A A A A
A A - B B A B B B A A A B A A B A A B
B - A A A A B - - B A B A - B A A - B
B A B B B A A B B B B A - A A B A B B
B B B B A B A A A A A A - - - A B A A
240
A A A A A A A A B A B B A B A A A A B
A - B B A B A A B A A B - A B B A B -
A - A B A - A B B A - A B B A A A A A
A B B A A A A A A B B A B A B
*RM5638 B B A B A B B A A B B A A B B A A A
A A A B B B B B B B A A A B A A B A A
B B A A B B A - A B B A B A B A A A A
A B A B B B A A A A B B A A A A B A A
B A B A A A B A A A A A A - B A A B A
B A A A A A A A B B A B A A B A B A B
B A A B B B B A A B A B A A B B B A A
A A B A B B B A B B A - B B B B A A -
- B B B B A A A B A B B A A B -
*RM9 B B A B A B A A A A A A A A B A B A A
A B B - B B B B B - B - B A A B A B B
B A A B A A B A B B A B A B B B A A A
B B B B - A A A A A A A A A A B A A B
A B - A A B A A A A A A A B A B B A A
A A B A A A B B A B A A A B A - A B -
A A B B A B A A B - B A A A A A A A A
A A B B B B A B B B A A B B A A B A -
B B B A A - A B A B B A - A B
*RM5 B B A B A B A - A A A A A A B - A A A
A B B A B A B B B A B A B A A B A B B
B A A B A - B A B B A B A - - B - A A
B - B B - A A A A B A A A B A A A A B
A B - A A - A A A A A A A - A B B A B
A A B - A A B B A B A B A B A A A B B
A A B A A B A A B B B A - B A A - - -
- - B B - B A B B A A A B B A - - A A
B B B A A A A B A A B A A - B
241
*RM7124 B B A B A B A A B A A A A A B A A A
B A A B A A A A B B B B A A - A B A B
- B A A B A - - A B B - B A B A B A A
- B - A B A A A A A B A A A B A A A A
B A B A A B B - A A A A A A B A - B A
B A A B A B A B B A B A B A B A B A B
B A A B A A A A B B B B A B B A A A A
A - - B B B B A B B A A A B B A A B A
A B B B A A B A B A A - B A A B
*RM7202 A B A B A B B A B A B A A B B A A B
- A A B B A A A B B B A A B A A B A B
B - A A B A A B B B B A B A B A B A B
A B B A B A B A A A - A A A A A B B A
B A A A A B B A A A A B A A B A B B A
A A A B A B B A B A B A B A B A A B B
A A A A B A A A B B A A B A - B A A A
A A A B B B A A A B A A A B B A A B A
- B A B A B A A B A A B A A A B
*RM246 A - A A - A A - B - A B A A A A B -
B B A A B A B - - A B A A B B A A A A
B - A A B B A A B - - B A A - - A - -
B A A - A A A A A A B B A - A B A - A
- B A - - A A - A A A - A A B - A B A
A A A B - B B A B A B - - A B A A B B
B A A A B - A A B B A A B A - B A A A
- - A B B B - B A B A - A A A A A A A
B B A - A B B A - A A B A A - A
*OG79 - B B A A B B B A A A B A B A B B B B
A A B B A B B B B A B B B A - B A A A
B A - B A B B B - B A B A B A A A - A
A A A B A A A A A B A B A A A B B A A
A A A - A A A A A A B A A B A B B A A
242
- - - B B B A A A B B - A B A A - B B
A A A B B B A A B A A B - - B A B A A
- A B B B - B A - A - A B B B A A A B
B A A A B B A B A B B A A A A
*RM315 A B B A A A B B B A A B A B A B B A
B A B A B A B A B B B A B B A A B A A
A B A A B A A B B B B B B A A A A A B
A B A A B B B A A A B A B A B A B B A
A B A B B A A A A A A B A A A A B A B
A A A B - B B A A B A A A A B A B A B
A A A B B B A A B B A A B A B A B B B
A B B B B B B A A B A A A A A A A A A
B B A A A B A A B A B B A B A A
*RM431 A B A A A A B A B A A B A B A A B A
A A B A A A A A B A B A B B B A B A A
B B A B A A A B B B A B B A B A A B B
A A A A B A A A A A A A A A B A B B A
A A A A A A A A A A A A B A A A B B B
A A A B A A B B A B B A A A B A B B A
A A A B B B A A A B B A B A A B B B B
A B A B B B A A A B B A A A A B A A A
B B A A A B A A A A A B A B B A
*RM7600 A B - A A A B B - A A B A B A A B A
B A B A A A A A B A B A B B B A B A A
B A A B B A A B B - A B B A B - A A B
A A A A B A - A A A A A B A A A B B A
A A A A A A A A A A B A B A - A B B B
A B A A A A B A A - B A A A B A B B A
A A B - B B A A A B B A B A - B B B B
- B A B B A A A A B B A A - A - A - B
A B A A A B A A A A A B A B A A
243
*OG81 A B A B B A B B B B B B B A B A - A B
A A A A A A A A B A A A B B A B B B B
A A B A B A B - B A A B - A B A A A A
A B A A A A A B B B B B B A B A - B B
A A B A A B A A A A A B A B A B A B A
A B A A A B - A B A A B A A B A B A A
B B B B A B A A A A A A A B A A - B B
A A A B B A A A B B B B A A - B B A -
B A B A B A B B A A A - A A A
*OSR14 B A A B B B B A B B A A B A A A B A
B A A B B B A A A B B B B B A A B A A
A B B B B A A B B B B B B B A A A A B
B A B B A A B B B B B B A B B B B A A
B A A A B A A A B B B B B B B A B A B
A A A A A A A A A A B A A B A A B A A
B A B A A B A A A A B B A A A A B A B
A B A A A A A B B B B B A B B B B B B
B B B B A B - A B A A A A B A A
*RM154 B A A B - B B A A B A A B A A A B A
B B A B B B B B A B B B B A A A B A A
B B A - B A A B B - - - A B A A A A B
B A B B B A B B B B B B A B B B - A A
B A A A B A A A B B B B - - B A B A B
A A A A A A A A A A B A A B A A B A A
B A B A A B A - A A B B A A A A B - B
A B A A A A A B B B B B A B B - B B B
B B B B A B A A B A A A A B A -
*RM7033 B A A B - B B A A B A A B A A A B A
B B A B B B B B A B B B B A B A B A A
B B A - B A A B B B B - A B - - A A A
B A - B A A B B B B B B A B B B A A A
B A A A B - A A B - B B - - - A B A A
244
A A A A A B A A A A B A A - A - B A A
B A - A A B B A A A B B A A A A B - B
- - A - B B A B B B B B A B B B B B B
B B B A A B A A B B A A A B A A
*RM7652 B B A B B A B A A A A A B B A A B B
B B A B B B B B A B - A B A B A B A A
B B A A B A A B B B B - A B A A A A A
B A B B A A A B B B B B A B B B A A A
B - A A B A A A B B B B B A - A - A A
A A A A A B A A A A A A A - A A A A A
B A B B A B B A A A A A A A A A B B B
B B A A B B A B B B B B A B B B B B B
- A B A A B A B - B A A A B A A
*RM7581 - B A B B A B - A A A A B A A B B B
B A A - B B B B A A - A B A B A B A A
B B A - B A A B - - B - A B - A B A -
B A B B A A A B B - B B A B B B A A B
A A A A B A A A B A B B B A - - B A A
A A A A A B A A A B A A A - A A A A A
B A B B A B B A A A - A A - A A A B B
- B - A A B - B B B B - A B B B B B B
B A A A A B B B A B A A A B A A
*RM7215 B B A B B A B A A A A A B A A B B B
B A A B B B - B A A B A B A B A B A A
B B A - B A A B B B B A A B B A B A A
B A B B A A A B A - B B A B B B A A B
A A A A A A - A B A B A B A A A A A A
A A A A A B A A A B A A A A A A - A A
B A B - A B B A A A B A A A A A A - B
B B A B A B A B B B B B A B B - B B B
B A A A A A B B A B A A A B A A
245
*RM300 B B A B B A A A - B A A B A - - - B
- A A - B B A A A B - B B A B B A B A
B A A B A B A B A B A A B A - A B A A
B A B B A - A A B B B - A B A A B A A
A B A A A A A B - - A B B A B - B A A
- B - - - B B B A A A A B B B B - - B
A A - A B B B A - A B A A A A A A A B
B A B A B B A B A A A A A - A - A A B
B A A B A A B A A B A A - A A -
*I3 B A A A B A A A A A A A B B B B A B A
A A A A B A - A B B B A A B B B B A B
A A B - B A B A A A A B A A B A A A B
A B B A B A A B A B A A B A B B B A A
B A B A B A B B A A B B A A B B - A A
B B A A A B B A A A B A B B B A B A A
A B A B B A A B A B A A A B A A B B B
B B B B B B B A - A A A B B B A A B B
B B B A A B - B B - A B A - B
*RM341 - A A A B A A - - A A A - B B - A B
A A A A A B A A A B - B A A B B B B A
B - A A A B A B - - A A B - - - - A A
B A B B A B A A B A B A A B A B - B -
A B A B A B A B B A A B B A A B B A A
A B B A A A B B A A A A A B B B A B A
A A B A B B A A A - B A A A A A A A B
- - - B A B B B A - A - A B B B A A A
- B B B A A - B B B A A A A A A
*RM7205 B - A A A B B - B A B - B B B - B B
A - A - - - A B A A B - A - - - B B A
A A B B A - - - - - - A B A A B A - A
A B - B A B A A - A B A B - A B A B -
A B A B A B A A B A A B A A - - A - A
246
B B B A A B A A B A A A A B B B A B B
A A B A B A A B A A B A - - A B B A B
A - A - A - - A A A A A B B B B B B B
B B B B B A A B B A B A A A - B
*RM7511 B B - A A B B A - A B A B B A B B A
- B A B A A - B A A B B A B A A A B A
A A B B A B B A A A A A - A A A B A A
A B B B A A A A B A B B B - A - A - A
A B A B B B A A B A A B A - A A A - A
A B B A A B A A B A A A A B A B B B B
A B A A B A A A A A A A B A - A B A B
A B A B A B B A A A - B B B B A B B B
B B B B B A A A A A B A B A - B
*RM7286 A B B B A B A - A A B - B A A B A B
- B A B B A - B A - B A - B - A A B B
- A B A A - B A A - A B A A - - - - B
A B A A A - A A B A B B A B A B B A -
A B A B - B A A B B B B A A - B A A B
A A - B B A A A B A A - - B A B A - B
A A A A B A A A B A A A - - - B A - -
- - B A B B B A - A A A - B - - A A B
A - A B B A A B A A B A - B A -
*RM207 A - B B A A A B A A B B B B A B A B
A B B B B A B A B A - B A A B B B A A
A B B A - A B A B B B A A B B A B A B
A B A A A A B A A A B B A A A A A A A
B B A B B B B A B B B B A A B B A A B
B A B B B A A A B A A A B B A A A B B
B A A B B B A B B A A A A B B B A A A
A A B A B B B B B A - A A B B A A A B
A A B B A A A B B A A A B A B B
247
*RM55 - - B - - - B B B - B B B B B - A B
- B A A B - A A B B A - - - B A A - A
A A B A B - - A B - A B B B - - - - B
- A A B A A - A A - A A B A A B B A B
A B A B B B - A B A A - B B - A A A A
B B A A - - - A B B B A A B B - A A -
A B A A A B B B - A A B B - B A A - A
- - - - B - B A A B - A A B - A B A A
A A B B - A A - A B B A A A B -
*RM22 A B A A A - A - - A - - - - A - B -
- - A A A B B B - B A - A B - A - B B
B A A - A A B A A A B B A A A A B B A
B A A B A A - - - B - A B B A A B A A
A A A B B B B B B A A A - - B A - - -
- B - - - - - A - A B A B B A A B B A
- B A A - A - B - A B B B - A B A A A
B B A A B A - A A B B A B B B - - B A
- A B A A A B B A A A B B A A B
*RM569 B B A A A B A A B A A A B B A A - A
A B A B A B - B B B - B A B B A A B A
B - A A A A B A A - B B B A - - B - A
B A - B A A - B B B A A B B A A B A B
A A A B B B B - B A A A - A - A A A A
B B B - A - - A B A B A B B A A - A -
- B A A A A A B - - - - - - A B A A A
- - - - B A A A A B - A B - - A B - A
A A B - A - - - - A A B B A A B
*RM231 B B A A A B A A B A - A B B A A - A
A B B B A B A B B B - B A B B A A A A
B - A A B A B A A A B B B A A - B B A
B A A B - A A B B B A A B - A A B A B
B A A B B B B B B A A A - A B A B A A
248
B B B - A A B A A A B B B B B A B A A
B B A B A A A B A A B B B B A B A A A
B B A A B A B A A B A A B B B A B B A
A A B A A A B B A A A B B - A B
*RM489 B B A - A - B - B B A A A B A B B B
- B B - A B B B A A B B A B B A A A A
B - A A B - B A A - B B - A - A B A B
B B A A B - B A - B B A B A B A B A B
A B A B B B B B A A A B B A B B B - A
B A B B A A B A A A B B B A B B B A -
A B - B B A B B - A A B B - B B A B B
B - - A A B B B A B B A B B B B B B A
B A B A B A A A A B B B B B A B
*OG66 B B - A A B B A B - A A A B A B B B A
B B B - B B B A A B B - B B A A A A B
A A - A A B A A A B B A A B A B A B B
B A A B B B A A B B B B A - B B A A A
A - A - A B B A A A B B A B A A A A B
A B B A - B A A A B - B - B B B - B B
- A B A A B B A A A B B A B B A B B B
B A A A B B B B B B B B B B B B A A B
A B A B A A A A B B B B B - B
*RM3461 B B A A A B B - B - A A A B A A A A
B B - A A A B A A A B B A B B A A A A
A A A B B B B A A A B B A A B A A A B
B B A A B B B A A B B B B A B B B A A
A A A A B A A B A A B - A A B A B B A
A A B A B A B A A A B A B - B B B A A
B A A A - A A - A A B B A A B B A A A
B - A A A B B B B B A B B B B A B A A
B A A A A A A A A B A A B - B B
249
*RM338 B A B A A B A B A - A B A A A A A A
A B A B B A A A A A B B A B A A A A A
A A A B A - B A A A A B B A - - B A B
B A A A B B - A - B B A B A A B B A -
A B B A - A B B A A B - B A A A - B A
- A B A B A B A - A B A A A A A B A A
B B A A B A A B A - B A A B A B A A A
- - A A A - A B B A A - B A B A A - A
A A A A A B A A A B A B A A A A
*RM1164 B A B A - - A - A B A B A B B A A A
A B B A B A A A A B B B A B A A A A A
A A B B A A B A A A A - - - - - - - -
- - A A B - A A A B B A B A A B - A B
A B A A B A B B A A A B B A A A B B A
- A B B B A B A B A B B A B A A A A A
A B A A B A B B - A B A A B A - A A A
B B A - A A A A B A A B B A B A A - B
A A A - A B - B A B A B A A A A
*RM411 - A B A A - A A A B A B B B A B A A
B B B A A A - A A B B A A B B A A A B
B A B B - B B A A - B B B A B A B - A
B B A - B B A A A B B B A A A B B A B
A A A A A B B B B A A B B - B A B B A
A - B B A A B A B A B A A A A A A A A
A A A B A A - B A B B A A - A A A A A
B B A - A A A A A A B B B A A A A B B
A A - B B - B B A B A B A A A A
*RM7076 B A A B B A A B A A A B B B A B A A
A B B A A A B B A B B B B B B A B A B
A B B A A B B A A B A A A B A A B A A
B B B B B B A A B A B B A B A A B A B
A B A A A A B A A A A A A A A B A B B
250
A B B A A A B A A A A A B A A A B A A
A A A A B B A A A B A A B B A A A A A
A B A B A A B A A B B B A B B B B B B
A B B B A A A A B A A B A B A A
*RM422 B A A B B A A B A A A B B B A B A A
A B B A A A - B A B B B B B B A B A B
A A B B A B - A A B A B - B A A B A A
B B B B B B A A B A B B A - A A B A B
A B A A A A B A A A A A A A A B A B B
A B B A A A - - A A A A B A A A B A A
A A A A B B A - B B A A B B - A A A A
A B A B A A B - A B B B A B B B B B B
A B B B A A A A B - - B A B A A
*RM7389 B A B B A - B B A A - A B B B B - A
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A B B A A B B B A B B - - - A B B A A
B B B B B B B A B B B B A B A A B - B
B A A B A B B A A B A B - B A A B B B
B B - A A - B - A A A A A A B A B A A
A A A A B B A A B B A A B B B A A - A
A B B B B B B B A B B B A B B B B B B
B B B B A A B B B A B - - - - A
*G3 B A B A A B A - A B A A A A A B B B A
A A B A B B A B A A A A A A A A - A A
B B A B B A A A B A B B B A A A A A A
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A B A A A B B A A B B B B B A A B A A
A B B B A A B A A B A B B A A A B B A
A B - B A A A A - A A A A - A - A A B
A B B A B A B B - A B B A A A - A B B
B B B A A B B A A A A A A B B
251
*RM335 A B B B - B B A A - B A B B B B A A
A B A A B B B A A B B B A A B B A B A
A A B A A A B A B A B B B B - - A - B
A A B A B B A B - A B B A B A A B A B
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B B B B - A B - B B B B A B A A B B A
B A A A A A A A A B B A B - A B A - B
- - - A - - A B A B A A A - - - A A A
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*RM5414 A B B B A B B A A B B A B B A B A A
A B A A - B - A A B B B - A B B A B A
A A B A A A B - B A B B B A B A A B A
A A B A B B A B A A B B A B A - B B B
B B A B B A B B A B A B B A A A A B B
B B B B A B B - A B B B - B A A B B A
B A A B B A A A B B B A B A - B A - B
A B B A B B A B A B B A A B B B A A A
B A - B B B - B A B A A A A A A
*RM7200 A A B B A B B - A B B A B B A B A B
A B A A B B B A A B B B A A B B A B A
A A B A B A B B B A B B B A B A A B A
A A B A B B - B A A B B A B A A A B B
B B A B B A B B A B A B B A A A A B A
B B B B - B B B A B B A - B A A B B A
B A A B B - A A B B B A B A A B A - A
A B B A B B A B A A B A A B B - A A A
- A - B B B - B A B B B A A A A
*RM7504 A A B A A B B A - B B B A B A B A A
A A A A B A - A A B B B A A B B A B A
A A A B B A B B B A B B B A B A A A A
A B B A B B A B A A B A A B A - A B B
B B B B - - B B A B A B B B A A A B A
252
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B A A B B - A A B B B A B A A B A A A
A B B A - B A B A B B A A B B A B A A
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*RM307 A A B A B B B - - B B B - B A B A A
A B A A B A B A A B B B A A B B A B A
A - A B B A B B B - B B B A - - - A A
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B B - B A A B B A B A B B B A A A B A
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B A A B B A A A B - B A B A - B A B A
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B A A B A A A B A B B B A A A A
*RM7279 A A B A B - - A - A - - - - A B A -
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A A A B B A B B B B B - B A B A A A A
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B B A B B B A A A B B A B A - B A A A
A A B A B B A B B B B A A B B - - A A
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*RM6314 A - B A B A B A A A B - A B A - A -
A A - - A A B A A A - B A A B - A B A
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B B - A B B A B - A B B B - A A - A -
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A B A B B B - A A B B A B - B B B - B
B - - - B - - A B B B B A B B A B A A
A A B B A A A B A B B B A B B A
253
*RM252 - B B A B A A A - - B A A B A B A A
- B A - B B B B B B B B A - B B A B A
A A - - B - A B B A B A B B B A B B A
B B A A - B B A - B A B B A - - B A B
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B B B B B B A A A B B B A B A A B A A
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A A - - - A - - B B - B B A - - - B A
B A B - A A A - A A B B B B - -
*RM7208 A B B A A B B B A B A A B B B A B A
B B - A B A B A B B B A B - A B A A A
A A B B A A A B B A B A B B A A A B A
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B A B A - A B A B A A B A B B A B A A
B B B B A B A A A B B B A B A A B A B
A A - A A B B B A B - B B A - B A A B
A A A B B B B A B A A B - - B A B B A
B B B B A B B B A A B B B A A B
*RM348 A A B A B B A A B - A A B B A A B A
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A A A B A - - B B A B A B - - - B B A
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B A B A - - B A B A B B A B B A B B A
A B - B - B A A A B B B A B A A - A A
A A - A A A B B B - B B B - - A - - B
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*OSR15 A A B A B B A A A A A A B B A A B A
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A A B B A A A B B A B A B B A B B A A
A A B B B B A A B B B A B B A A A A B
B A A A A A B A B A - B A B B A B B A
254
A A B B A B A A A B B B A B A A A A A
A A A B A A B B B - B B B A A A - A B
B A B A A A B A A A A B A B B - A A B
A B B B A A B B A A A B B A A B
*RM574 A A A A A A B A A A B A B A B A - A
B A A B B A A A B B A A A A B B A A A
B A A A A A A A A B A B A B B A B B A
A A A A B A B B B A B A A A B A B A A
B B A A A - A - B B B A A A A B B B B
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A A A A A B B B - A B A B B A B B A A
A A A A B A A A B B A A B A A A A A A
B A B B A B B A A B A A B B A A
*OG32 A B B B - B B A B - B A A B A A A A B
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A A A A A A A A - B A B B B A - A - B
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B B A A - B B A A A - B - B A B B - B
B - A B A B B B A - A - - - B A - B -
B A B A A A - A B B A B A A A - A B A
B A B A B A A A A B A A B B B
*RM7446 B A - A A B A B A B A A B B A A A B
B B A A - B A - A A A B A B A B B B A
A B A A - B B A B B B A B B A A B A A
A A B A A A B A B B B B B B B B B B A
B B A B - B B B B A A A B B B A B B B
A B A A B - B A A A B B B B B B A A B
B A B A A B A A A B A A A A B A B B B
A B B A A A A B B A A A B A A A A A A
A A A B A A B B B B B A B B - B
255
*RM6822 B - B A A B B A A B - B B A B A - -
B - A B A A B B B A A B A B B B B A A
A B A - A B B A B A A A B B A B - A B
B A B B B B A A B B A - A B B A B A -
A B A A B - A A B A A B B - B B B A A
A A A B - A A B B - - A B A B A A B -
B A B B B A A - A B B A B A - B B A B
A A - B B A A A B A B B B B B B A A A
A A A A B B B B B A A A B A B B
*RM31 B A B A A A B A A B A B B B B A A A
B B A B A A B B B A B B B B B B B A A
A B A A A B A A B - A A B B A B A A B
B A B - A B A A B B A B A B B A B A A
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A A A B - A A B B A A A B B A A A B A
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A A A A A A A A B A B B B B B B A A A
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*RM345 A A B A A B A - A A A A A A B - B B
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A B B A B B A A A B A B - B - - A - A
A A B A A - B B A - A A B A A B B A A
A A B A A A - B A A B B - B - A A B A
A A B B - A A B A A B A B B A A A B -
A A B - B A A A A - A A A - - A - A A
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B B B B A A B B A A A A A A B B
*RM7269 A A B A B B B A B A B A B B A A B A
B B A A B B - A B A B B B A A A A B B
B B A A A A B A B B A B A B A B A - B
A A B A A A - A A A A B B A A B A B A
A B B A B B A A A B B B B A B A B B A
256
B A B A A B A B B A B A A A B B A A B
A A B B A A A A B B A A B A A B A B A
B B B B B B A B B B B B B B B B B A A
B B A B B B A B A A B B B A A B
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- B A A A A - A B B A B B A B A B A A
B B B - B B B - B A A B A - A B A B A
B B B A B B B B A A A A - B B B A A B
B A B A A A A A A B A A B - A B B B -
- A - B B B - A B B B B A B A A - A A
A A B B A B A - A B - B B A B A B B A
A A B A B B A A - A A - A B B - B B B
A A B A A A B A B B A B B A - B
*F4 A A A B B B A - A A A B B A B A A B A
B A A A A B A B B A B B A B - B A A B
B B A B B B - B A A B A - A B A B A B
B A A B B B B A A A A A B B B A A B B
A B A A A A A A B A A B - A B B A A B
A A B B B A A B B B B A B A B A A A A
A - B A B A A A B A B - A B A B B A A
A B A B B A A B - A - A B B A - B B A
A B A A A B B B B A B B A A B
*RM204 A B A A - A A A A A A B B A B A A B
A B A - B - B A B A A B B A B A B A A
B B B A B B B A B A A - B - - - A - A
B B - A - B A B - B A A A B B B A A B
A A B A - B A A A - A A B B B B - A A
B A A B A A A A B B B B A - A B A A -
A A A B A B B A A B A B A - B A B - A
- - B - B - - A B B - A - A A A A - B
A A B A B A B A - B B B B A - B
257
*RM225 A B A A B A A A A A A B B A B A A B
- B - B B B B A B A A B B A B A B A A
B B B A B B B - B A A B B B - - A A A
B B A A B B A B B B A A A B B A A B B
A A B A - B A A A B A - B B B B - A A
B A A B A A A A - B B B A B A B A A A
A A - B A B B A A - A B - A B A B B A
- - B A B - A - B B A - A A A A B B B
- A B A B A B A B B B B B A A B
*RM217 A B A - B - A A A A A B B A A - A B
B B B B B - B A B A A B B A B A B A A
B B B A B - B - B - A B B A - - A - A
B B A A B B A B B A A A A B B B A B B
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A A - B A B B A A B A B B - B - B B A
- - B A B - A A B B - A A A A - - B -
A A A A - A B A A B - B A A A -
*RM3370 B B B A A A A A A A A A B A A A A B
- B - A B A - A B B B B B A - A B A A
A B B B B A B A A A B B B B A B B A A
A B A B A B A B B A A A A B B B A B B
A A B A A A A A A B A B A B A A A A A
B A B A A A A A B B A B A B B B B B A
B A A B A B B A A B A A A A - A A A B
B - B B B B A A B B B B A A A A A B B
A A A A B A B B A B B B A B A A
*L2 B B B A A A A A - A A A B A B B A B -
B - A B A B A B B - - - A B A B A A B
B B B - A B A A A B B B B A B B A A A
B A B A B A B - A A A A - B B - B A A
A B A A A A A A B A B A B A A A A A B
258
A B A A A A - B B A B A B B B B B A B
A - B A B B A A B A A A A - A A - B B
B A B B B A A B B B B A A A A A B B -
A - A - A B B A B B - A - A -
*RM7213 B B B A B - B A A - A A - A A B B B
- B - A B A - A B B - B - A B A A B A
B B B A A A B A A A B B B B - - A A A
A A A B A B A A A A A A A - A B B B B
A A B A - A A A A A A B B B A A - B B
A A A A A A B A - B A A A B B B B B A
B B - B A A B A B - A A A B - A A B B
- - B B B - A - B A B - A A A B B B B
- B A A B B A B A B B B A A A -
*RM445 A B B B A B A A B B B B A B B B A B
A A A B B B B A A A A B B A B A A A A
A B A A A A B A A B A A A A A A A A A
B B A A A B A A B A B B A A A B B B B
A A B B B B B - A B A A - A B A A - B
A B - - - - - - A A - A A - - - - - A
B A A B B - B B A B B B - - B B A A -
- - B A A - A - - B B - A A - A A A A
- B A A A A B - B - B A A - A B
*RM10 A B B B B A A A B A B B B B B B A B
B A A B B A B B B A - B A A B A A A A
B B B A A A B A A A A A A B A B A A A
B B - A B B A A B A B B A A A A B B A
B A B B A B A B A B B A A A A A A - B
B A B B B A B B B B A A A B B B B A B
A A A B A A A B B A A B B B - A B A A
A B B B A A A B A A A B B A A A A B B
A B A - A B A B B B A A A B B A
259
*RM248 A A A A A B B A A B B B B B A B A A
A B A A B A A A B A A B A A A B B B B
B B B A B B B A A B A B A A A A A B B
B B A A A A A A B A A B A A A B B A A
B B B A A B A B B A A A B A B B B A B
B A A B B A B B B B A A B A B A A B A
B A A A A A - B A A A B B B A A A B B
A B A B A B A B A B A A B A A A B A B
B A A B A A A B A B A B A A A A
*RM420 A A A A A B B A A - B B B B A B A A
A B A A B A - - A A A - A A A B B B B
- B B A B B B A A B A B A A A A A B B
B B A A A A A A B A A B A A A - B A A
B B - A A B A B B A A B B A B B B A B
- A A B B A B B B B A A B A A A A B A
B A A A - A - - A A A B B B A A A B A
A B A - A B A B A A A A B A A A B A B
- A A - A A A A A B A A A A A A
*RM3555 A B A B A A B A A B B B A B A B A B
B B A A B A A A A A - B A A A B B B B
B B B A B B B A A B B B A A A A A B B
B B B A A A A A B A A - A A A B B B A
B B B A - B A B A A A A B A B B B A B
A A A B B A B B B B B A B A B A B A A
A A A A A A A B B A A B B B - A A A A
A B A B A B A B A A A A A A A A B A B
- A A B A B B B A B A B A A A A
*OSR22 A B B B - A A A B A B B - B - B A B
B A A B B - B A A A - - A A B A A A A
B B A A A A B A A A A A A B B B A A A
B B - A B B - A B A B B A A A B B B B
B A B B A B B A A B - A A - - B A - B
260
A A B B B A B B B B B A A B B B B B A
A B A B A A A A - A A B B B - A B A A
B B B B A A B A A A A B A A A A B B B
A B A B A B A A B B A A A B B A
*RM481 A B B B A B B A B - A B B A B B A A
- A A A B B A B A A A B B A B A B A -
B A A A B B A A B A A A B B B A B B B
A A - B A A B B B B B B A A A B A A A
A A B B A A B A B - B A B A B A B A A
A A A A A B B A A B B A A B A A B A A
B B A B A A A B A - B - A A A B B A B
A B B A A A B B B A A B A A A A B B A
B B A B B A B A A B A B A - B B
*RM1243 - A B B A B B - B - A B B A B B A A
B A A B B B A B A A A B B A B A B A -
B A A A - B A A B - A A B B A A - - -
B A - - A A B B B B B B A A A B A A A
A A B B A A B A B A B A B A - A A A A
A A A A A B B A A B B A A B A A B A A
B B A B A A - B - B - A A - A B B B B
A B B A A A B A B A - B A A A - B B A
B B A B B A A A A B A A - B B B
*RM214 A A A B B B B A - B B B - B B B A B
B - A - B B A B A A A A B A B A A A A
B B A - A B A A B - B A B A - - A B B
B B A A A B - A B A B A A - A B B B A
A A A B A A B A A A A B B B - B A B B
A B B B B B A A B B B A A B B B B A A
- B A B A A A - A - A B B A - A B A A
A B B B A A B A B A B B A A A - A B B
A B B B B B A A B B B A A B B -
261
*RM7338 A A B B B B A A A B B B - B B - A B
A A A B B B A B A A A A B A B A A A A
B B A A A B A A B - B A B A - - A B B
B B A - A - - A B A B A A - A - B B B
A A - B A - B A A A A B - - A B A B A
A B - - B A A A B B B A A B B B B A A
B B A B A A A A - B - B B A B A B A A
- - A B A A B A B A B B A B - A A B B
A B B B B B A A B B B A B B B -
*RM500 A A B B B A A A - A B B B B B B - B
A A A B B B - B A A A B B A B A A A A
B B B A A B A A B B B A A A B A A B B
B B A A A B B A B A B A A - A B B - B
A A B B A B B A A A A B A B A B A B A
A B B B B A A - B B B A A B B B B - A
A B A B A A A A B B A B B A - A B A A
A B A B A A B A B A B B A B A B A B B
- B B B B B A A B B B A - B B B
*RM7110 A A B B B A A A B - B B B B B B A B
A A A B B B - B A A - B B A B A A A A
B B A A A B A A B B B A A A B A A B A
B B A A A B - A B A B A A - A B B B B
A A B B A B B A A A A B A B A B A B A
A B B B B A A A B B B A A B B B B - A
- B A B A A A A B B A B B A - A B A A
A B A B A A B A B A B B A B A - A B B
- B B B B B A A B B B A B B B B
*RM533 A B B B B - A A B B B B A B B B A B
A A A B B B B A A A B B B A B A A A A
A - A B A A - A A B A A - A B - A A A
B B A A - B B A B A B B A - A B B B B
A A B B B B B A A B B B - - A B A B A
262
- A B B B A - B B B B A A B B B B B A
B B A B A A B B B A A B B A B A B A A
A B A B A A B A B A B B A B A B B B B
- B B B B B A A B B B A - B B B
*RM418 A B B B B A - - B B B - A B B B A B
- A A B B - B - A A B - - A B A A A A
B - - A A - B A A - A A A B - - - - A
B B A A A - B A B A B B A A A B - - -
B A B - - B B A A B B B - - - B A B B
- A - B B A A B B B B A A B B B - B A
A B A B A A A A B A A B B - B A B A -
- - A B - A B A - A B B A A - A B B B
- - - - A B A A B B - - A - - -
*RM11 A B B B B A A A B A B B A B B B A B
B A A B B B B A A A B B B A B A A A A
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263
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264
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265
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266
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267
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268
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272
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273
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274
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A A A A B B A A - A A B B A B B B A B
B A - - B B B B - - B B A A B B B A -
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B A A A A B B A - A A B A A B A A B A
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A A - - A A A A B A A A A B A A B A A
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B A B A B B B A B B A A A B A A A B B
B B A A A A B B A B A A A A - A A B B
A B - B A A A - A A A A A B A A A - A
A A A A - A B B A B B B A - - A A A -
- - B A A B A A - A B A A - B A A A A
A - A - A A B A A A B A A - - -
*RM3428 A A A A B B A - B B A A A B A A A B
A A - - A A A A B A A A A B - A B A B
A A A A - - A A - - A B A A - - A - A
B A A A B B B A B B A A A B A A A B B
B B A A - - B B A A A A A A B - A B B
A B A B A A A A A A A A A B A A A A A
B A A A - A B B - A B - A - B B A A B
- - B A A B - A A A B - A - B A A A A
A A A A A A B - A A B A A B - B
275
*RM7275 A A A A - B B B - B A A A B A A A A
A A - A A A A A B A A A A B A A - A A
A B - A A - A A - - A A A A B B - B -
B B - A A B B B B B A B A B A A A - -
B A A A A A B B A B A A A A B A A B A
A B A B A A A A A A A A A A A A A A B
B A A B B A B B - A - A A - B B B A B
A A A A A B A A - A B A A B A A A A A
A A A A A A B A A B B - A B - B
*RM209 A A B A B - B B B B A A A B A A A A
A A B A - - B A B A A A A B A A B A A
A B B A A B A A A B A A A A A B A B A
B A B A A B B B B B A B A - B - A B A
B A A A A B A B A B B A - A B A B B A
A B A B - A A - - A A A A B A B A A B
B A A B B A B B B A B B A B B B B A B
A A A B A B A A A A B A A A A B A A A
B A A A A A B A A B A B A B B B
*RM229 A A B A B B B B B A A B A B A A A A
A B B A B B A A B A A B A B A A A A A
A B B A A B A A A B A A A A A B A B A
A A B A A B B B B B A B A B B A A A A
- A A A A B A B A B B A B A B A B B A
A B A B - A A A A A A A A A A B A A B
- A A B B A B B A A B A A B B B B A A
A A A B A B A A A B B A A A A A A A A
A A A A A A B A A A A B A A A B
*OG7 - A B A - - - - - A - - - - A A A - -
- B A B B A A B A A B A B A A A A A A
B B A A B A A A - A A A A A B A B A A
A B A - B B - - B - B A B B A A A A A
A A A A B A B A B B A - B B A B B B B
276
- A B - B B - A A A A A A A B A A B B
A A B B A B B A A B A A - B B B A B A
A A B A B A A A B B A A A A B B A A B
A - A A A B A A - A B A - - B
*RM206 A A A B A A B - B B A B A A B B A A
- A B A B B B B A A B A A B A A A B A
B B B A A A A A A B A A A A A B A A A
A B - A A A A B B A A B A B A A A A B
B A B A A B B A A B B - A B A A B A A
A A B A A B B B B A A A A A A A A A A
- A - B A A B B - B A A A B - B A B A
A - B B B B - B B B B B - A A - A A A
- A A B A B A A B A A B B B B B
*RM144 A A A B A - B B B - A B B A A - A A
- - A - B B B B A A - B B A A A A B B
B - B A A A A A A - - - A A - - - - A
A B B A A A - - B A A B A A B A A A B
A B B A A B - A A B A - - B B B A A A
A A - A - B B A B B B A A B A A B A -
A A A B A A A B A - A A B A A B B - A
- - B B A - A B B B B B B A A - A A A
A A A B A B A - B B A B B B - B
*RM224 B B A B A B - - - B - A A A A A - A
- B - A B B B B A A B A A B A B - - A
B A A A B - B A A B - B B B A A B A B
- B B B - B A A A A A A A A A A A A B
B A B B B - B A A B A B B B B - A A A
A A A A A B - A B B B A A B A A B A B
A - A B A A A B A B A A B - B B B B A
A B B B A B - B B B B B B A A A A A A
A A A A A B A A B B A B B B - B
277
*RM19 A A B A A A A - A A A A A A A - A B
A B B A B B A A B A A A A A A A A A A
B A A A A A B A B A B A A A - - A A B
A A A - A B A A A A A A B A A A A A A
A A A B - - A A A A A B - - A B A A A
B A - - - A B A - - A A A A A A A A A
B B - A B A A A A - - A A B A A B A B
- - A - - A A A A A B B A A - A B B A
B B A A A B B A B B B B A A A -
*RM3455 - A B A B A A A A - - B A A A B A B
A B A B B B A B B B A B A A B A A A A
A A A A A A B B A A B B A A - - A - B
- A B B A B A A A B A B B A A A A A B
B A B B A B B A B A A B B B - A A A A
B B A B B A B A A B A A A A A A A A A
A A A A B B B A A A A B A - A A B A B
- - - A A - A B A A A A A A - A - B A
B B A A A A B A B B A A A A A B
*RM1261 B A B B B A - - A A B B A B A B A B
- B A B - - B B B B - B A A B A A A A
A B A B A B A - B A B B - A A A A A B
A B A B A B A A A B A B A A A A B A A
A B B B A B - A B A A B B B B A B - A
B B A B B A B A B B A A B A A A A A B
A A B A A B A A A A B B B B B A B B A
B A A A B B B B A B A A A A A - B A B
A A A A A B B A A B B - B B A B
*RM235 B A B B A A A - B - A B B B B A B A
A B - - B B B B B B - B A A - B B A A
B B B - A - A A B - A B B A - - A A A
B A A B B A A B B B B A A - B B B A B
A B B B A - B B B B B B B B B A B - B
278
A A B B B A B B B A A B B B A - A B -
A B A B A A A A A B A A B - A B B B A
- B B - A - B B A B B A A A A B - B B
B B - A A B - A - B B - B B A -
*RM270 - A B B A A A B B B A B B B B A B A
A - B - B - B B B B - B A A - B B A B
B B B A A A A - B - A B B A - B A A A
B B A B B A A A B B B A A A B B B - B
A B B B B B - B A B B B B B - A B A B
A B B B B A B B B A A B B B A - A B B
A B A B B B A A A B A A B - A B B B A
- B B - A A B B B B B A A A A B - A B
B B A A A B - A A A B A B B -
A************************************************************************
279
*Rendimento de grãos Inteiros: 60,48 71,34 - - - - - - 64,38 - - 67,6 67,42 -
55,38 51,46 - 58,6 58,3 61,88 56,06 - - - - - - - - 64,16 71,32 - -
- 72,3 - 59,04 - 62,9 57,72 69,1 70,58 65,54 68,1 68,86 66,1 71,28 67,82 66,56 - - 67,2
70,02 63,98 62,36 - 60,88 66,76 - 63,8 64,14 67,72 - 55,08 63,98 63,92 66,02 50,96 61,16 - 65,86
58,94 59,96 68,96 - - - - - - - - - - 65,06 - - - - -
- - - - - - 67,6 64,18 - - - 64,24 69,74 59,76 - - 63,08 - 69,86
- - 65,3 - - - 72,94 - - 64,14 74,36 54,32 53,02 71,8 - 64,68 66,94 66,56 61,02
65,58 68,44 67,7 73,24 65,94 63,5 67,26 71,36 62,58 70,1 70,72 67,28 52,24 - 72,56 69,98 66,14 65,84 -
67,18 63,1 64,88 72,58 71,54 69,36 64,48 61,4 52,96 58,44 73,26 68,98 70,32 67,9 66,8 71,08 64,74 72,3 65,1
60,02
* Rendimento no Benefício: 70 73,38 - - - - - - 70,28 - - 70,08 70,8 - 57,04 59,8
- 62,72 60,66 63,94 64,84 - - - - - - - - 71,8 74,34 - - - 75,48
- 68,3 - 71,7 71,8 72,04 72,2 72,6 71,5 72,96 75 74,28 72,94 69,18 - - 71,2 73,24 66,9
66,84 - 70,66 69,68 - 69,42 70,44 71,94 - 59,32 70,04 72,66 71,34 66,64 68,28 - 69,18 65,54 66,3
73,22 - - - - - - - - - - 70,48 - - - - - - -
- - - - 71,86 67,32 - - - 69,84 71,48 69,28 - - 67,66 - 72,54 - -
71,26 - - - 78,3 - - 68,74 84,92 63,62 66,5 74,58 - 71,08 70,6 70,64 69,6 70,7 71,94
71,74 76,06 70,66 70,66 71,04 73,84 71,72 73,12 73,78 70,42 62,94 - 74,12 71,32 72,94 70,02 - 72,98 74
68,64 74,44 74,24 74,4 70,38 74,56 71,7 76,9 75,86 71,44 72,56 70,08 74,74 72,84 68,86 74,36 70,08 72,36
*Teor de amilose: A 23 23 - - - - - - 21 - - 15 15 - 15 23
- 18 19 16 22 - - - - - - - - 15 16 - - - 17
- 20 - 16 15 19 15 14 15 20 14 20 22 16 - - 21 17 21
16 - 15 16 - 22 17 18 - 16 21 20 20 21 20 - 18 16 20
23 - - - - - - - - - - 16 - - - - - - -
- - - - 21 16 - - - 20 18 18 - - 21 - 24 - -
23 - - - 20 - - 17 23 22 20 15 - 15 19 20 16 22 15
19 22 22 21 14 21 18 17 20 20 14 - 22 20 21 15 - 22 18
16 17 19 20 16 19 20 21 17 17 14 14 22 16 13 21 21 18
Anexo 3.2 – Dados fenotipicos das 167 linhagens puras recombinantes derivadas do cruzamento entre as variedades Chorinho e Amaroo. Dados
faltantes foram codificados como (-)
280
*Temperatura de Gelatinização: 5,3 5,8 - - - - - - 2,8 - - 2,6 5,0 -
5,0 5,7 - 5,0 4,4 5,0 5,5 - - - - - - - - 3,4 3,5 - -
- 5,0 - 3,0 - 5,0 4,8 5,8 5,0 2,5 5,0 3,1 2,8 3,8 6,7 5,0 - - 3,3
5,0 5,0 2,7 - 3,0 5,0 - 5,3 3,0 5,0 - 5,0 5,3 3,5 2,7 3,0 2,7 - 5,0
5,0 5,5 6,6 - - - - - - - - - - 5,0 - - - - -
- - - - - - 5,2 2,8 - - - 4,0 5,0 5,0 - - 4,0 - 6,6
- - 6,0 - - - 4,4 - - 5,0 6,4 3,2 3,1 5,0 - 2,7 3,5 4,0 4,0
3,9 3,0 4,0 5,9 6,0 5,8 2,8 6,0 5,0 5,3 3,3 4,0 5,3 - 5,9 5,6 3,8 2,8 -
4,0 3,5 2,8 5,3 2,7 3,0 5,2 3,2 7,0 3,6 5,1 5,0 2,7 5,0 7,0 5,0 3,0 4,0 3,0
3,8
*Comprimento do Grão: 3 9 - - - - - - 9 - - 9 9 - 9
9 - 9 7 7 9 - - - - - - - - 3 5 - - -
5 - 5 - 8 5 5 4 3 9 3 3 5 5 7 - - 5 5
5 4 - 8 7 - 3 8 7 - 3 5 5 7 4 7 - 3 9
9 5 - - - - - - - - - - 6 - - - - - -
- - - - - 9 9 - - - 7 9 4 - - 9 - 7 -
- 5 - - - 5 - - 6 7 5 5 9 - 7 7 7 4 3
4 7 3 7 8 4 7 4 4 4 9 7 - 5 7 6 3 - 4
5 5 8 5 5 3 4 5 8 5 5 5 8 4 7 4 4 3 3
*Largura do Grão: 6 7 - - - - - - 6 - - 6 6 - 5 7 -
7 5 6 7 - - - - - - - - 3 4 - - - 3 -
3 - 7 6 5 5 3 5 3 5 6 5 8 - - 7 3 3 5
- 9 7 - 7 9 7 - 5 5 5 7 7 5 - 5 5 7 7
- - - - - - - - - - 7 - - - - - - - -
- - - 7 7 - - - 7 6 5 - - 7 - 6 - - 4
- - - 3 - - 7 6 5 6 6 - 7 7 9 7 7 7 7
5 7 7 7 7 6 5 6 9 9 - 7 7 7 5 - 9 5 7
7 5 5 5 6 7 9 5 9 5 9 5 9 5 8 6 3
*Centro Branco: 3,0 2,0 - - - - - - 4,0 - - 3,0 3,0 - 3,0 4,0 -
3,0 3,0 3,5 3,0 - - - - - - - - 3,0 3,0 - - - 3 -
3,0 - 2,5 3,5 3,0 3,5 1,0 3,0 3,0 - 2,0 3,0 3,0 - - 3,5 3,0 4,0 3,5
281
- 3,5 2,0 - 3,5 3,5 4,0 - 2,0 4,0 3,5 3,5 3,5 3,0 - 2,0 1,5 4,0 4,0
- - - - - - - - - - 3,5 - - - - - - - -
- - - 3,5 4,0 - - - 3,5 2,0 2,5 - - 4,0 - 3,5 - - 3,5
- - - 3,5 - - 2,5 4,0 5,0 4,5 1,5 - 3,0 3,0 3,5 3,0 3,5 3,5 3,5
4,5 3,5 3,0 - 3,5 2,5 1,5 3,5 3,5 2,5 - 4,5 2,0 3,5 3,0 - 3,5 3,0 3,0
1,5 2,5 2,0 1,0 3,0 3,5 1,5 3,0 3,5 2,5 3,0 3,0 3,5 - 3,5 3,5 4,0 -*
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